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        宏基因組測序技術(shù)在不同年齡段兒童重癥肺炎病原檢測中的應(yīng)用

        2021-05-22 09:42:14姚仲偉李美錦林虹蘇淑芬吳松韓爭爭鄭亦男廣東省婦幼保健院PICU廣州511400
        關(guān)鍵詞:嬰幼兒兒童檢測

        姚仲偉 李美錦 林虹 蘇淑芬 吳松 韓爭爭 鄭亦男廣東省婦幼保健院PICU,廣州511400

        肺炎是嬰幼兒時期發(fā)病率和病死率均較高的疾病,以證據(jù)為基礎(chǔ)的干預(yù)措施和管理策略對嬰幼兒時期高死亡率的國家來說是很有必要的。而成功管理嬰幼兒肺炎取決于早期的診斷和及時有效的治療。傳統(tǒng)臨床病原體檢測手段有限,臨床醫(yī)生主要依靠嬰幼兒時期發(fā)病時間和存在的高危因素給予相應(yīng)的經(jīng)驗(yàn)性治療,如果能找到一種檢測技術(shù),能夠同時進(jìn)行上千種甚至更多種病原體的檢測,無疑對臨床治療是有益的。

        有超過90%的兒童呼吸道感染由病毒引起。文獻(xiàn)報道,嬰兒出生后第1年約50%感染過呼吸道合胞病毒(RSV)[1-3],隨著年齡增長感染率有下降趨勢[4-7]。腺病毒在我國的感染率也相對較高,嬰幼兒時期被感染的概率較大,其中腺病毒7型甚至可導(dǎo)致重癥肺炎。又有文獻(xiàn)指出,流感病毒感染中3~7歲以流感A為主,但流感B近年來有上升趨勢[8-9]。本研究采用宏基因組測序技術(shù)(metagenomic next generation sequencing,mNGS)對本院PICU收治的77例重癥肺炎患兒的肺泡灌洗液進(jìn)行檢測分析,探討嬰幼兒重癥肺炎病原菌在不同年齡段的分布情況。

        1 資料與方法

        1.1 研究對象選擇2019年4月至2020年1月入住本院PICU的診斷為重癥肺炎并行纖維支氣管鏡檢查的患兒。研究對象入選標(biāo)準(zhǔn):⑴1個月<年齡<14歲;⑵診斷為重癥肺炎并行纖維支氣管鏡檢查;⑶排除心血管和氣管支氣管畸形,及先天性支氣管肺發(fā)育不良。

        1.2 診斷標(biāo)準(zhǔn)重癥肺炎的診斷標(biāo)準(zhǔn)參照中華醫(yī)學(xué)會兒科分會呼吸學(xué)組,結(jié)合我國實(shí)際情況制定的診斷標(biāo)準(zhǔn)[10-12],具體如下。⑴嬰幼兒:腋溫≥38.5℃,呼吸頻率(RR)≥70次/min(除外發(fā)熱哭吵等因素影響),胸壁吸氣性凹陷,鼻扇,紫紺,間歇性呼吸暫停、呼吸呻吟,拒食;⑵年長兒:腋溫≥38.5℃,RR≥50次/min(除外發(fā)熱哭吵等因素影響),鼻扇,紫紺,呼吸呻吟,有脫水征。

        1.3 標(biāo)本收集收集的標(biāo)本為肺泡灌洗液,肺泡灌洗液的取樣操作為:支氣管肺泡灌洗術(shù)均要求在局部麻醉下完成,一般選擇在病變肺段,若為彌漫性感染,則應(yīng)選擇肺葉中葉或舌葉,對于嬰兒則多選擇右肺下葉。在行纖維支氣管鏡操作時,將支氣管鏡嵌于肺葉的目的片段,利用溫?zé)o菌生理鹽水進(jìn)行灌洗,總灌洗液量1~3 ml/kg,分3次,同時利用吸引器以25~100 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa)的負(fù)壓將液體回收至無菌的塑料收集器,立即送檢,或保存在-80℃的冰箱里,并且及時送檢。收集符合入選標(biāo)準(zhǔn)患兒相應(yīng)的臨床信息及病原學(xué)檢查結(jié)果。

        1.4 mNGS由廣州微遠(yuǎn)基因生物公司完成,包括DNA和RNA兩部分的監(jiān)測。RNA部分進(jìn)行了宿主細(xì)胞核糖體RNA的去除步驟以提高RNA病毒的檢測靈敏度。mNGS技術(shù)通過臨床樣本總核酸提取后,隨機(jī)引物建庫,PCR擴(kuò)增出該樣本中的所有微生物,最后通過對擴(kuò)增片段的序列測定和比對鑒定具體的微生物種類,然后再扣除正常人群中出現(xiàn)的微生物群落背景,來找到所檢測臨床標(biāo)本中可能致病的微生物。

        2 結(jié) 果

        本研究共回顧分析77例重癥肺炎肺泡灌洗液標(biāo)本,其中小于6個月齡36例,6個月~2歲22例,2~5歲13例,大于5歲6例。

        小于6個月年齡段36例患兒中有4例檢測結(jié)果陰性,其余32例檢測陽性,陽性率為88.8%,所有標(biāo)本DNA和RNA共檢出39種病原菌,其中混合感染7例,7例混合感染中RSV合并其他病原菌感染的占5例,具體見表1。6個月~2歲年齡段22例患兒均陽性,陽性率為100.0%,所有標(biāo)本DNA和RNA共檢出15種病原菌,其中混合感染3例,副流感病毒合并感染2例,RSV合并感染1例,具體見表2。2~5歲年齡段13例患兒均陽性,陽性率為100.0%,所有標(biāo)本DNA和RNA共檢出7種病原菌,無混合感染,其中腺病毒7型占比明顯高于其他病原菌,具體見表3。大于5歲年齡段6例患兒均陽性,陽性率為100.0%,所有標(biāo)本DNA和RNA共檢出6種病原菌,1例混合感染為RSV合并巨細(xì)胞病毒感染,具體見表4。

        表1 小于6個月組36例重癥肺炎肺患兒檢出病原菌及構(gòu)成比

        表2 6個月~2歲組22例重癥肺炎肺患兒檢出病原菌及構(gòu)成比

        表3 2~5歲組13例重癥肺炎肺患兒檢出病原菌及構(gòu)成比

        表4 大于5歲組6例重癥肺炎肺患兒檢出病原菌及構(gòu)成比

        3 討 論

        小兒肺炎是嬰幼兒時期常見的感染性疾病,發(fā)病率高,居住院患兒首位。重癥肺炎病死率高達(dá)20%~30%,是發(fā)展中國家5歲以下兒童死亡的重要原因,明確病原體對治療及預(yù)后有著重要的指導(dǎo)意義。宏基因組測序技術(shù)在病原學(xué)檢測方面有著快速、高效、高靈敏度的特點(diǎn)[13-15]。本文77例患兒在小于6個月年齡段檢測陽性率88.8%,其余年齡段陽性率均為100.0%,總陽性率為94.8%,臨床依托高效的病原學(xué)檢測結(jié)果精準(zhǔn)治療,77例患兒除1例有先天性聯(lián)合免疫缺陷病家屬放棄治療簽字出院以外,其余76例均治愈出院。

        6個月以內(nèi)的嬰幼兒肺炎,特別是重癥肺炎或反復(fù)出現(xiàn)的肺炎,在排除心血管和氣管畸形之后需考慮到宮內(nèi)感染、產(chǎn)時感染和生后感染,其中生后感染最為常見。多個文獻(xiàn)報道,生后1年內(nèi)RSV感染比例較高,超過50.0%。阿根廷圣胡安省的兒童RSV感染以7個月以內(nèi)的嬰幼兒感染最為多見,常年發(fā)病,無明顯季節(jié)性。本研究顯示小于6個月年齡段中RSV檢出率占15.3%,另外腺病毒7型10.2%,其次為巨細(xì)胞病毒、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、細(xì)小脲原體,各占7.6%,沙眼衣原體、肺炎支原體、白色念珠菌各占5.1%,其余病原菌占比較低。數(shù)據(jù)顯示,RSV仍然為嬰幼兒最常見感染病原,且容易合并感染,本組患兒中混合感染病例中RSV占71.4%。另外在小于6個月年齡段檢出細(xì)小脲原體3例,沙眼衣原體2例,解脲支原體1例,此3種病原多為產(chǎn)時感染,回顧此6例病史均為順產(chǎn)出生,故產(chǎn)時感染的可能性極大。因此,小于6個月嬰幼兒重癥肺炎病原菌以產(chǎn)后感染和產(chǎn)時感染比例較高。

        近年來腺病毒7型導(dǎo)致嬰幼兒及兒童重癥肺炎較為常見。本研究顯示,腺病毒7型在小于6個月、6個月~2歲、2~5歲、大于5歲年齡段分別占10.2%、30.4%、46.0%、16.0%,是所有病原菌中年齡分布最廣的,在小于6個月和大于5歲年齡段居第2位,在6個月~2歲和2~5歲年齡段均居第1位,且占比遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他病原菌;說明腺病毒7型在嬰幼兒及兒童重癥肺炎發(fā)病中占重要因素,在各年齡階段均較多見,特別高發(fā)年齡為6個月~5歲。

        文獻(xiàn)報道,流感病毒近年來有上升趨勢[16-20]。本研究顯示,各年齡段流感病毒感染均不多見,在6個月~2歲年齡段副流感病毒居第2位,但占比較第1位的腺病毒相差甚遠(yuǎn),故流感病毒雖有上升趨勢,但導(dǎo)致嬰幼兒及兒童重癥肺炎尚不多見。

        多個國家數(shù)據(jù)顯示,在百日咳疫苗使用前約80.0%的百日咳患者為5歲以下兒童,41.0%為1歲以下嬰兒,但在百日咳疫苗使用后這一年齡構(gòu)成發(fā)生了變化[6]。在疫苗覆蓋率超過90.0%的國家,百日咳高發(fā)人群為3~9歲兒童。我國1991—1997年監(jiān)測數(shù)據(jù)顯示,95.0%以上的百日咳病例<15歲,其中<7歲和<5歲兒童分別占80.0%和60.0%;2004—2006年監(jiān)測顯示,<7歲兒童占85.0%以上。本研究百日咳桿菌在大于5歲和小于6個月年齡段各檢出1例,尚無法得出年齡分布特點(diǎn),需要更大樣本研究或基于百日咳肺炎的專項(xiàng)研究。

        卡氏肺孢子蟲是一種真菌,廣泛寄生于人和哺乳動物肺泡內(nèi),在健康宿主體內(nèi)不引起癥狀,當(dāng)機(jī)體免疫力下降時才會大量繁殖從而致病。原發(fā)性免疫缺陷病感染發(fā)生的年齡40.0%在1歲以內(nèi),40.0%在1~5歲,15.0%在6~16歲,5.0%發(fā)生在成人。本研究顯示,2~5歲年齡段檢出卡氏肺孢子蟲,符合免疫缺陷發(fā)病特點(diǎn)。

        總之,嬰幼兒及兒童重癥肺炎隨著年齡增長,患者例數(shù)逐漸下降,病原菌種類逐漸減少,構(gòu)成比例也不斷變化,通過總結(jié)發(fā)現(xiàn)不同年齡段病原菌的分布情況,再結(jié)合臨床征象以求精準(zhǔn)、及時掌握重癥肺炎患兒病原菌,爭取早期診斷與治療,提高嬰幼兒重癥肺炎治愈率。

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