朱文芳，張宜文

(安徽省胸科醫(yī)院 呼吸三科,安徽 合肥230031)

結(jié)核病是由結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群感染導(dǎo)致的慢性疾病，結(jié)核病是一個威脅人類健康的全球性公共衛(wèi)生問題[1]。非結(jié)核分枝桿菌(NTM)是指除結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群和麻風(fēng)分枝桿菌以外的分枝桿菌。在發(fā)達(dá)國家和發(fā)展中國家，肺非結(jié)核分枝桿菌病的患病率呈增加趨勢[2-9]。因臨床上肺結(jié)核與肺非結(jié)核分枝桿菌病臨床表現(xiàn)相似，均痰檢抗酸桿菌陽性，易導(dǎo)致誤診，NTM對某些常用的抗結(jié)核藥天然耐藥,造成患者久治不愈[10-12]，不能得到及時的診治，影響患者預(yù)后。對于結(jié)核病與肺非結(jié)核分枝桿菌病的鑒別臨床上主要依靠分枝桿菌培養(yǎng)分型，但其檢查耗時長，易延誤患者病情，如今，隨著宏基因組二代測序技術(shù)(mNGS)發(fā)展越來越成熟，越來越多的分子水平檢測方法進(jìn)入臨床，有望對疾病進(jìn)行早期診斷、精準(zhǔn)治療及改善預(yù)后等[2]。mNGS所匯報結(jié)果雖可信度高，但仍存在一定不足，現(xiàn)將本院收治的1例應(yīng)用mNGS將肺非結(jié)核分枝桿菌病誤診為肺結(jié)核的病例報道如下。

1 病例資料

患者男性，55歲，因“咳嗽咳痰、胸痛胸悶伴發(fā)熱3月”入院。患者3月前出現(xiàn)咳嗽咳痰，咳灰色膿痰，左側(cè)胸痛，進(jìn)行性胸悶加重，伴發(fā)熱，最高體溫39.2℃。既往有糖尿病、高血壓病史，血糖控制欠佳，血壓控制尚可。查體：胸廓無明顯畸形，左側(cè)胸壁腫脹明顯伴皮溫稍高，兩肺呼吸音粗，左肺聞及明顯濕啰音。胸水及灌洗液mNGS均檢出結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(見表1、表2)，予以抗癆治療后胸痛胸悶仍明顯，胸壁膿腫呈進(jìn)行性增加，此時化驗(yàn)室回報胸水培養(yǎng)出非結(jié)核分支桿菌(龜分枝桿菌膿腫亞型)，根據(jù)藥敏立即予以治療，同時對患者進(jìn)行胸壁膿腫引流，共引流出9 000 ml膿性分泌物，患者癥狀好轉(zhuǎn)，現(xiàn)僅有間斷性輕度胸部不適感，不影響日常生活，胸壁膿腫吸收良好，病情尚平穩(wěn)。

2 討論

mNGS為病原學(xué)診斷的一項(xiàng)技術(shù)手段[13]。一次性對幾百萬到十億條DNA分子進(jìn)行測序，數(shù)小時內(nèi)完成，可檢測包含細(xì)菌、真菌、寄生蟲和病毒等病原體[14]。測序時，將標(biāo)本中的全部DNA片段加以檢測，可檢出標(biāo)本中所含核酸的種類及序列數(shù)等數(shù)據(jù)[13]。且標(biāo)本在檢測前無需培養(yǎng)，避免了漏檢，縮短了時間。 mNGS技術(shù)優(yōu)勢特點(diǎn)為：準(zhǔn)確率高；覆蓋面廣；樣本制備簡單；邊合成邊測序；高通量；低成本；速度快[2,15]。近年來，mNGS從全基因組水平為認(rèn)識結(jié)核病與非結(jié)核分枝桿菌病，提供了準(zhǔn)確而高效的方法，為該病的研究提供了新的角度和方法[1]。

表1 患者胸水樣本中檢出的微生物列表

表2 患者灌洗液樣本中檢出的微生物列表

黃暢宇等[2]運(yùn)用mNGS確診肺非結(jié)核分枝桿菌病1例，該患者痰檢抗酸桿菌陽性，但常規(guī)抗癆治療療效欠佳，行灌洗液mNGS檢查出胞內(nèi)分枝桿菌，予以相應(yīng)治療后患者病情好轉(zhuǎn)。Matsumoto Y[3]等對非結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行分子生物學(xué)的進(jìn)一步剖析，將現(xiàn)有的基因組數(shù)據(jù)擴(kuò)展到 175 個非結(jié)核分枝桿菌亞種，并重新定義了它們的亞屬分類，基于 7547條基因組譜和一個鑒定軟件開發(fā)了一個新的多位點(diǎn)序列分型 (MLST) 數(shù)據(jù)庫。相對于傳統(tǒng)方法該分子水平的檢測顯示了較高的靈敏度和特異性，并證明了快速檢測 NTM 的能力。

mNGS較其他檢查手段來說有一定的優(yōu)勢，但仍存在一定的不足，可能會導(dǎo)致檢測結(jié)果的誤差[13]，如：①不同基因檢測公司微生物全基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫譜可能存在差異，某些罕見病原體基因組學(xué)不在檢測范圍內(nèi)，特別是某些細(xì)菌及真菌的基因組學(xué)尚不能完全覆蓋；②送檢標(biāo)本的可用成分多少及送檢標(biāo)本的大小對檢測結(jié)果也有一定影響；③mNGS仍可檢測出死菌釋放的DNA，檢測結(jié)果受治療的影響，針對性治療前的病原體序列數(shù)與治療后的序列數(shù)可完全不同，故此一定程度上可默認(rèn)檢測出的序列數(shù)與病情有高度相關(guān)性。④mNGS可檢出健康人標(biāo)本中的微生物序列，同時需判斷所檢出的微生物為致病菌、污染菌還是定植菌。⑤病原體序列數(shù)過少，特異性序列壞死消失，檢測可能為某幾種病原體的同源序列，均有可能導(dǎo)致誤判。⑥mNGS的基礎(chǔ)是數(shù)據(jù)庫內(nèi)的基因組，目前尚有某些病原體如非結(jié)核分枝桿菌的所有基因組尚未完全發(fā)現(xiàn)。

本例患者胸水及灌洗液mNGS均檢測出結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群，但同期胸水培養(yǎng)出龜分枝桿菌膿腫亞型，根據(jù)龜分枝桿菌膿腫亞型藥敏制定治療方案，患者病情較前好轉(zhuǎn)，故可肯定龜分枝桿菌膿腫亞型為該患者主要致病菌，因結(jié)核分枝桿菌自身結(jié)構(gòu)原因，與臨床默認(rèn)mNGS若檢出結(jié)核分支桿菌即為致病病原菌的定向思維相駁。此病例中患者胸水及灌洗液mNGS均提示為結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群，檢出結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群序列數(shù)不多，而未檢出非結(jié)核分枝桿菌，最可能的解釋為將非結(jié)核分枝桿菌錯檢為結(jié)核桿菌復(fù)合群。非結(jié)核分枝桿菌序列為數(shù)不多，可能標(biāo)本可用部分較少，數(shù)據(jù)庫可能檢出了非結(jié)核分枝桿菌與結(jié)核分枝桿菌同源部分，未檢測出非結(jié)核分枝桿菌特異片段?；蛘吣壳癿NGS技術(shù)有限，尚未完全認(rèn)識及覆蓋所有非結(jié)核分枝桿菌的全基因組，導(dǎo)致將非結(jié)核分枝桿菌特異性片段誤認(rèn)為結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群。

綜上所述，雖mNGS匯報的結(jié)果可信度高，但仍需結(jié)合臨床綜合考慮，所檢出病原體可能為致病菌、污染菌或定植菌，亦可能為幾種病原體的同源序列。相信隨著分子生物學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展，對某些特殊病原體基因組的認(rèn)識會愈發(fā)全面。