謝維，林承棋，李健，李默怡,2

解析基因組如何編碼腦的挑戰(zhàn)

謝維1,2,3，林承棋1，李健1，李默怡1,2

1. 東南大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，發(fā)育與疾病相關(guān)基因教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，南京 200096 2. 東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)系，南京 210009 3. 東南大學(xué)腦科學(xué)與智能技術(shù)研究院/SEU-ALLEN聯(lián)合中心，南京 200096

人腦是自然界生物體內(nèi)結(jié)構(gòu)和功能最復(fù)雜的器官。解析人類基因組如何編碼人腦的結(jié)構(gòu)與功能是極具挑戰(zhàn)的科學(xué)與技術(shù)問題，也是從根本上認(rèn)識(shí)腦的本質(zhì)問題。本文對(duì)近年來(lái)腦的“斷面”組學(xué)研究的相關(guān)進(jìn)展進(jìn)行歸納，提出解析基因組如何編碼腦的挑戰(zhàn)與展望。

腦；發(fā)育；基因組；編碼；自閉癥

人腦無(wú)疑是自然界生物體內(nèi)結(jié)構(gòu)和功能最復(fù)雜的器官，由1012個(gè)神經(jīng)元通過超過1015個(gè)突觸聯(lián)結(jié)所形成的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。這樣的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)是人腦接受外界信號(hào)，產(chǎn)生感覺、形成意識(shí)，進(jìn)行邏輯思維，產(chǎn)生行為的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。過去人們對(duì)人和不同模式動(dòng)物的腦的結(jié)構(gòu)與功能進(jìn)行了很多研究，包括腦解剖結(jié)構(gòu)、神經(jīng)生理與病理、神經(jīng)細(xì)胞的分化遷移與環(huán)路，腦高級(jí)功能等方面；也從早期胚胎發(fā)育到神經(jīng)前體細(xì)胞增殖、分化、神經(jīng)元遷移，軸樹突投射，突觸的形成與修剪，神經(jīng)環(huán)路的建立，神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)形成和活性依賴的(內(nèi)、外環(huán)境因子參與)重塑等進(jìn)行了很多研究，鑒定出很多參與調(diào)控腦發(fā)育過程的基因；在對(duì)以社交障礙、狹隘興趣和刻板行為等腦高級(jí)功能缺陷為特征的自閉癥的研究中，發(fā)現(xiàn)了1000余個(gè)基因、2000余拷貝數(shù)變異(copy number variation, CNV)的遺傳位點(diǎn)與自閉癥譜系障礙(autism spectrum disorder, ASD)相關(guān)[1]，顯示遺傳因素在腦發(fā)育的不同階段編碼腦網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建并整合體內(nèi)、外環(huán)境因素進(jìn)而“編碼”腦高級(jí)功能。然而，從全基因組的視角，解析基因組如何編碼腦，同時(shí)綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、物理學(xué)的理論與方法解析腦高級(jí)功能的編碼原理，闡明人類“生命藍(lán)圖”如何編碼人類“智力藍(lán)圖”, 將會(huì)從根本上認(rèn)識(shí)腦和生命原理的本質(zhì)[2]。

1 腦結(jié)構(gòu)與功能由基因組編碼的“斷面”組學(xué)研究證據(jù)

高通量的技術(shù)已應(yīng)用于腦科學(xué)研究，產(chǎn)生了大量的全基因組范圍的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。盡管這些數(shù)據(jù)僅代表發(fā)育過程中特定時(shí)間或空間的“斷面”基因表達(dá)情況，但是研究者依然從中發(fā)現(xiàn)了一些規(guī)律。(1)利用基因組學(xué)分析技術(shù)，對(duì)大腦前額葉皮層樣品的基因表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)了在不同的生命時(shí)期，基因行為有很大變化，其中胎兒期的大腦基因活動(dòng)幅度巨大，在出生后許多高表達(dá)的基因就突然下降，到老年期有些基因的活動(dòng)又激增[3,4]。(2)使用基因芯片技術(shù)分析精確切割的大腦腦片的轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)，并與對(duì)應(yīng)大腦的核磁共振成像掃描結(jié)果進(jìn)行疊加，構(gòu)建出人腦三維基因表達(dá)圖譜，呈現(xiàn)腦組織不同區(qū)域的基因表達(dá)的細(xì)節(jié)信息、大腦不同部位基因表達(dá)與大腦功能、疾病和進(jìn)化方面的聯(lián)系[5]。這些研究為理解大腦組織中的全部基因如何表達(dá)和在何處表達(dá)提供了關(guān)鍵的數(shù)據(jù)。(3)對(duì)約1000個(gè)與神經(jīng)功能相關(guān)的重要基因的表達(dá)分析，顯示人類個(gè)體間腦組織基因表達(dá)具有高度的相似性(95%)[6]，表明腦細(xì)胞和分子組成Pattern的相對(duì)穩(wěn)定性，多數(shù)基因決定腦結(jié)構(gòu)的相似性；人腦類器官可在體外發(fā)育到一定階段也支持這一現(xiàn)象[7]；而與小鼠比較，有近80%基因表達(dá)譜相似，

顯示基因組編碼了一定程度保守的腦結(jié)構(gòu)。(4)基于解剖結(jié)構(gòu)功能區(qū)，綜合運(yùn)用原位雜交、超高分辨核磁共振和基因芯片等技術(shù)對(duì)不同發(fā)育期人腦基因表達(dá)圖譜分析[8]、小鼠腦神經(jīng)元介觀連接組圖譜分析[9]和單個(gè)神經(jīng)元的形態(tài)描述[10,11]，對(duì)于研究人類大腦發(fā)育和神經(jīng)回路，從而理解人類的行為和認(rèn)知過程的生物學(xué)特征提供了極其重要的數(shù)據(jù)。(5)運(yùn)用單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)，對(duì)人類大腦細(xì)胞的多樣性進(jìn)行分類，進(jìn)而構(gòu)建人類大腦細(xì)胞圖譜。結(jié)合三維轉(zhuǎn)錄分析技術(shù)對(duì)空間分布的神經(jīng)細(xì)胞，經(jīng)分子分型的細(xì)胞類型進(jìn)行定位，并檢測(cè)形態(tài)、活性或連接特征[5,12]。(6)通過嚙齒類動(dòng)物、非人靈長(zhǎng)類等動(dòng)物模型以及類腦器官方法構(gòu)建人腦疾病模型，對(duì)人腦疾病的病理學(xué)特征以及基因異常如何導(dǎo)致人腦相關(guān)疾病的認(rèn)識(shí)，加深理解基因如何編碼腦。(7)隨著蛋白質(zhì)組學(xué)的技術(shù)發(fā)展，結(jié)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，有關(guān)大腦的蛋白質(zhì)表達(dá)的數(shù)據(jù)也在大量增加[13]，顯示腦相關(guān)的蛋白質(zhì)既包括持家基因蛋白質(zhì)，也包括了中樞神經(jīng)系統(tǒng)存在的一些特殊蛋白質(zhì)。這些腦細(xì)胞中差異蛋白質(zhì)信息是解析人類“智力藍(lán)圖”的重要工具。

2 解析基因組如何編碼腦的挑戰(zhàn)與展望

基于組學(xué)手段，科學(xué)家對(duì)腦細(xì)胞、腦區(qū)或發(fā)育的特定時(shí)段腦組織基因表達(dá)分析取得了重要進(jìn)展，獲得的大量有價(jià)值的信息。然而，上述的代表性進(jìn)展還是對(duì)于特定的時(shí)間與空間的斷面分析，回答“基因組如何編碼腦”還存在巨大的距離與困難。(1)由于人腦是超級(jí)復(fù)雜的多類型細(xì)胞構(gòu)成的組織，從胚胎發(fā)育的早期到成年腦成熟，時(shí)空跨度所累積的信息量之大，目前手段尚無(wú)法獲取和系統(tǒng)分析；(2)人類基因組計(jì)劃完成了大部分的DNA序列分析，依然有大量功能未知的冗余序列、重復(fù)序列，以及近年來(lái)發(fā)現(xiàn)在腦組織中特異活躍的轉(zhuǎn)座子等遺傳因子(可能是腦細(xì)胞形成多樣性的因素之一)；(3)人類基因組群體多態(tài)性的描述、人腦特有蛋白質(zhì)以及各類調(diào)控因子的信息注釋，仍不完善，阻礙了對(duì)基因編碼腦的機(jī)制的理解；(4)相對(duì)于其他組織，腦結(jié)構(gòu)的發(fā)育與腦功能的建立，與環(huán)境因素更為密切，基因組如何與環(huán)境因素協(xié)同作用編碼腦，也是巨大挑戰(zhàn)。因此，如何在單個(gè)神經(jīng)細(xì)胞水平實(shí)時(shí)追蹤并整合多組學(xué)數(shù)據(jù)，包括轉(zhuǎn)錄組、表觀組、蛋白質(zhì)組以及介觀連接組圖譜數(shù)據(jù)，將極大推動(dòng)“智力藍(lán)圖”的解析。

2002年諾貝爾獎(jiǎng)得主Sydney Brenner等應(yīng)用模式生物線蟲對(duì)細(xì)胞譜系與命運(yùn)的研究，發(fā)現(xiàn)了器官發(fā)育的遺傳調(diào)控和細(xì)胞程序化死亡，其研究思想對(duì)解析腦如何由基因組編碼有重要的借鑒價(jià)值。隨著單細(xì)胞標(biāo)記技術(shù)、單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)和數(shù)據(jù)分析技術(shù)的結(jié)合，重建了扁形蟲、魚、青蛙等器官形成的遺傳編碼[14,15]；國(guó)際上已有應(yīng)用這些組合技術(shù)研究人類細(xì)胞在一生中如何成熟，組織如何再生，以及細(xì)胞在疾病中如何變化的遺傳規(guī)律，可為解析基因組編碼人類器官奠定基礎(chǔ)。線蟲神經(jīng)細(xì)胞數(shù)量少，無(wú)論在結(jié)構(gòu)組織或功能回路方面都相對(duì)簡(jiǎn)單[16]，可用于系統(tǒng)性地闡明神經(jīng)細(xì)胞譜系產(chǎn)生的基因組編碼規(guī)律及其對(duì)神經(jīng)刺激反應(yīng)的動(dòng)力學(xué)規(guī)律；與此同時(shí)，應(yīng)選擇合適的模式生物，結(jié)合人類腦發(fā)育疾病(如自閉癥等)，對(duì)最終闡明基因組編碼腦功能原理有重要意義。

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Decoding brain encoded by genome

Wei Xie1,2,3, Chengqi Lin1, Jian Li1, Moyi Li1,2

Human brain is the most complicated living organ in nature. How the human genome encodes the structure and function of brain is a fundamental question to understand the essence of mind. Currently, it is still an unsolved scientific problem requiring the further breakthrough of comprehensive technologies. Here, we summarize the recent advances in brain development/function OMICS studies, and discuss the huge challenges and prospects in understanding how brain is encoded by genome.

brain; development; genome; encode; autism

2021-01-18;

2021-03-18

國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(編號(hào): 91632201，31430035)資助[Supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos. 91632201, 31430035)

謝維，博士，教授，研究方向：發(fā)育的遺傳調(diào)控。Email: wei.xie@seu.edu.cn

10.16288/j.yczz.21-019

2021/4/14 8:48:44

URI: https://kns.cnki.net/kcms/detail/11.1913.R.20210413.1512.002.html

(責(zé)任編委: 王曉群)