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        生物信息技術(shù)在微生物研究中的應(yīng)用

        2021-03-30 03:37:44
        現(xiàn)代鹽化工 2021年4期
        關(guān)鍵詞:生物人類信息技術(shù)

        蔣 昊

        (永州職業(yè)技術(shù)學(xué)院,湖南 永州 425000)

        隨著人們對生命科學(xué)的研究越來越重視,生物信息技術(shù)的探究領(lǐng)域也逐漸擴(kuò)大,這離不開人類對HGP的有效實(shí)施,促進(jìn)了生物技術(shù)的進(jìn)步。生物的研究領(lǐng)域十分廣泛,加上生物信息技術(shù)的進(jìn)步,自然界中的微生物研究也涉獵極廣。在微生物研究過程中,要注重微生物與環(huán)境的關(guān)系,在研究微生物變化過程的同時(shí),以保護(hù)環(huán)境為首要準(zhǔn)則,共同促進(jìn)我國微生物研究技術(shù)的進(jìn)步,維護(hù)世界的和平發(fā)展以及環(huán)境衛(wèi)生。

        1 生物信息技術(shù)的基本介紹

        生物信息技術(shù)最初是以人類基因研究、生物學(xué)研究為基礎(chǔ),以信息科學(xué)的滲透為目標(biāo),逐漸發(fā)展成獨(dú)立且信息技術(shù)特征顯著的生物科學(xué)?!吧镄畔⒓夹g(shù)”是基于生物學(xué)、數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等方面的一門課程,除了基本的生物特性認(rèn)識,還融合了現(xiàn)代科技對微生物進(jìn)行剖析,不僅加深了人類對自然界生命的認(rèn)識,還為現(xiàn)代新物種的生物信息解構(gòu)、基因突變提供了解決方案,融合現(xiàn)代計(jì)算機(jī)技術(shù),深入探索了生命科學(xué)。生物信息技術(shù)為現(xiàn)代人類的生命安全以及多樣性微生物的研究作出了巨大貢獻(xiàn)。

        2 生物信息技術(shù)對微生物的辨識

        2.1 生物信息技術(shù)在微生物辨識中的應(yīng)用

        現(xiàn)代科技對生物的研究更加精準(zhǔn),在微生物的研究過程中,突破了傳統(tǒng)生物研究的桎梏,深入研究微生物從產(chǎn)生到強(qiáng)大的過程,并且對微生物的多樣性進(jìn)行了探究。生物信息技術(shù)通過數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析,將復(fù)雜問題簡單化,探索多年以來人類研究微生物的盲區(qū)。科研人員從最小的組織結(jié)構(gòu)開始(蛋白質(zhì)序列以及DNA序列)研究,通過精準(zhǔn)的基因分析來對微生物進(jìn)行辨別,再標(biāo)識。生物信息技術(shù)的重要性無處不在,對根際微生物培養(yǎng)的研究也很到位。近年來,我國對微生物的辨識發(fā)展較快,其中,通過生物信息技術(shù)對微生物進(jìn)行測序標(biāo)識的方法十分有效,彌補(bǔ)了我國傳統(tǒng)生物研究手段的粗糙?,F(xiàn)代生物信息科技的重要性在于能夠詳細(xì)分析微生物的生物特性,一般情況下,這種方法兼具靈便性以及高效性,是傳統(tǒng)研究方法不可比擬的。

        在生物信息技術(shù)對微生物的研究過程中,例如lon AmpliSep采用靶向測序,科研人員通過這項(xiàng)技術(shù),成功處理了獲取DNA測序困難的問題。根據(jù)AmpliSep技術(shù)以靶向測序,可以在FDPE、復(fù)雜的群體當(dāng)中提取DNA。AmpliSep只需少量樣本,就能進(jìn)行靶向測序,主要是因?yàn)锳mpliSep Designer自定義組織Panel的特殊性能,在24 h內(nèi)就可以從Lon Chef和lon S5系統(tǒng)中得到測序結(jié)果,只需花費(fèi)手動處理的45 min。

        2.2 生物信息技術(shù)對致病因子的研究應(yīng)用

        生物信息技術(shù)在對微生物進(jìn)行辨識的同時(shí),也具有研究致病因子的功能。辨識微生物還能進(jìn)一步在混合的群體中精準(zhǔn)定位突變因子。例如2019-nCoV病毒,存在于人體內(nèi)部的相似性極高,同一病患以及不同病患的相似率都超過了99%,并且在發(fā)生感染傳播之后,病毒還帶有突變的可能性,只有及時(shí)監(jiān)控病患、隔離受眾,才能防止病患傳播感染。此時(shí)通過生物信息技術(shù)對微生物進(jìn)行序列測序,科研人員可通過熒光PCR法隔絕氣溶膠污染,為保障醫(yī)護(hù)人員的健康作出貢獻(xiàn)。

        3 生物信息技術(shù)處理微生物溯源中的研究應(yīng)用

        3.1 創(chuàng)造微生物良好的生存環(huán)境

        微生物的生物結(jié)構(gòu)很復(fù)雜,要探究微生物的源頭需要耗費(fèi)很大的精力。由于微生物對生存環(huán)境的要求較高,在適宜的物理化學(xué)條件穩(wěn)定的情況下,才能正常發(fā)育生長。如果情況有所變化,微生物可能會被抑制或者消滅。采用生物信息技術(shù)對微生物的生存環(huán)境進(jìn)行檢測以及構(gòu)建,對微生物的結(jié)構(gòu)關(guān)系進(jìn)行檢測,在微生物研究中十分關(guān)鍵。例如在控制乳制品的有害物質(zhì)時(shí),首先,采用生物信息技術(shù)對菌株這類微生物進(jìn)行分型、溯源,可以采用基因組分型的方法進(jìn)行溯源;其次,在溯源之后,要注意防止微生物受到污染,影響微生物的發(fā)育,在此過程中,可以采取一定的防控措施,例如采用物理化學(xué)聯(lián)合滅菌的方式等;最后,對菌株進(jìn)行檢測,為微生物的發(fā)育創(chuàng)造一系列完整的生存空間。最新的檢測技術(shù)相對于傳統(tǒng)檢測技術(shù)而言,更加有效并且耗時(shí)更短。但是,隨著生物信息技術(shù)的快速發(fā)展,微生物研究領(lǐng)域已經(jīng)出現(xiàn)了相關(guān)的納米檢測技術(shù),這類檢測技術(shù)對微生物的保護(hù)會更加智能[1]。

        3.2 建全微生物的發(fā)育體系

        在研究微生物時(shí),科研人員可能會發(fā)現(xiàn)突變的微生物基因,這類基因一般存在特殊性,而傳統(tǒng)的微生物處理辦法很難解決相關(guān)問題。要準(zhǔn)確把握微生物突變的基因,可以采用生物信息技術(shù)的基因測序方法,通過測序到的基因進(jìn)行比照,從中挖掘相關(guān)聯(lián)的突變基因進(jìn)行信息技術(shù)分析,構(gòu)建微生物的發(fā)育體系,在體系內(nèi)部可以精準(zhǔn)定位突變基因的源頭,提供解決方案。在這類基因轉(zhuǎn)變?yōu)椴《局?,及時(shí)遏制。

        4 生物信息技術(shù)在農(nóng)業(yè)上微生物的研究應(yīng)用

        4.1 生物農(nóng)藥對微生物的查殺

        生物信息技術(shù)的發(fā)展為人類的生活服務(wù)也創(chuàng)造了一定的條件。傳統(tǒng)的農(nóng)藥噴灑可能會造成毒藥入侵人體的危害,對人類的生命安全具有潛在威脅。微生物元?dú)⑾x劑可以清除植物體內(nèi)的病害源,但不危及人類的生命安全。為微生物提供一個(gè)穩(wěn)定的生存條件很重要,一方面,對于微生物而言,一旦空氣遭受污染,微生物的結(jié)構(gòu)可能存在被侵害的風(fēng)險(xiǎn),并且攻擊微生物的病害也會增多,進(jìn)而影響微生物的繁殖;另一方面,在現(xiàn)代種植技術(shù)的發(fā)展下,許多農(nóng)戶或者農(nóng)場主要采用大棚種植的方法,能夠有效增加蔬菜的產(chǎn)量,但同時(shí)也要做好病蟲害防護(hù)措施。例如,安裝病蟲害防護(hù)設(shè)施,可以起到直接的保護(hù)作用,抵御外界的侵襲。此外,要注意對蔬菜的保護(hù),在栽種之前,要及時(shí)清理土壤,對土壤中存在的有害物質(zhì)進(jìn)行消毒清理,例如灑石灰,組織氧氣灌入土壤,生成情況不穩(wěn)定的微生物[2]。

        4.2 生物信息技術(shù)對植物的育種和培育

        生物技術(shù)信息除了對有生長能力的植物有幫助外,還能在一定情況下對新物種進(jìn)行培育,生物信息技術(shù)的基因工程技術(shù)可以促進(jìn)微生物的繁殖。一般情況下,在農(nóng)業(yè)發(fā)展上,人們都會保留優(yōu)良的品種進(jìn)行下一代培育,這類品種不僅品質(zhì)高,對人類的身體還有一定的優(yōu)化作用。在對優(yōu)良品種的培育下,生長出來的植物抵抗能力更強(qiáng),并且繁殖能力也較強(qiáng)。

        5 生物信息技術(shù)對藥物合成的研究

        微生物的特性相當(dāng)豐富,同時(shí),微生物的新陳代謝也十分豐富,這為科研人員研究藥物合成做足了準(zhǔn)備,提供了充足的科技基礎(chǔ),隨著生物科技的發(fā)展,也為人類提供了豐富的藥物合成平臺。藥物合成的成果不斷增多,在生物科技推動藥物合成的發(fā)展道路上又前進(jìn)了一步。微生物藥物的合成與研究是現(xiàn)代藥物合成的一個(gè)新階段,在現(xiàn)階段的抗生藥合成中,科研人員一般會進(jìn)行微生物序列的分析和探究,提取微生物分子結(jié)構(gòu),通過基因工程來挖掘新的物質(zhì)。主要是生物酶催化,通過基因組序列來合成他汀類藥物的關(guān)鍵中間體,主要是在Yarrowia lipolytica ACA-DC 50109的基因序列的鑒定下分析出來的。當(dāng)情況穩(wěn)定后,通過優(yōu)化環(huán)境,細(xì)胞的合成率提高,且成功率也較高[3]。

        在藥物合成過程中,可以通過生物信息技術(shù)來篩選微生物存在的新型基因,一般運(yùn)用強(qiáng)大的基因分析工程來篩選酶工程,同時(shí),運(yùn)用高通量篩選平臺、理性設(shè)計(jì)或者非理性設(shè)計(jì)工具,可以開發(fā)出更豐富的酶催化劑,并且適時(shí)定位最適宜酶催化劑生存發(fā)展的環(huán)境,更好地提供藥物合成的需要。目前,他汀類藥物的成本較高,主要是因?yàn)楝F(xiàn)代生物信息技術(shù)要求較高,需要促成中間體BHA的合成,搭建好他汀類藥物結(jié)構(gòu)關(guān)鍵點(diǎn),進(jìn)而完成構(gòu)建。

        6 生物信息技術(shù)對生物藥物的發(fā)展

        現(xiàn)代生物藥物已經(jīng)達(dá)到穩(wěn)定并且快速發(fā)展的程度,比如在抗生素的研究領(lǐng)域中,十分注重生物科技的基因分析工程。通過這種方式,可以優(yōu)化抗生素的原體結(jié)構(gòu),與天然物質(zhì)靠攏。在微生物初級新陳代謝的過程中,利用共價(jià)系統(tǒng)構(gòu)建的方式,使不同的微生物結(jié)構(gòu)進(jìn)一步合成,組成與眾不同的分子結(jié)構(gòu)。該方法是實(shí)現(xiàn)人為基因的重要步驟,可以為天然物質(zhì)的構(gòu)建提供實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。

        7 生物信息技術(shù)對實(shí)現(xiàn)致病基因研究的應(yīng)用

        7.1 分子生物學(xué)的相關(guān)理論

        伴隨著科技騰飛的時(shí)代更迭,人類對生命的重視程度也越來越高,從普通的看面相治病、把脈的中醫(yī)治病理療法,發(fā)展到了看微生物治病的階段,由宏觀層面發(fā)展到了微觀層面,對于人類的身體結(jié)構(gòu)可以深入細(xì)胞等微小結(jié)構(gòu)。人類可以從單個(gè)細(xì)胞生物觀察到組織群體、族群體,甚至細(xì)胞的內(nèi)部結(jié)構(gòu),通過顯微鏡觀察,激發(fā)科研人員的技術(shù)思想,使他們著重分析蛋白分子水平,為人們進(jìn)行微生物研究提供了強(qiáng)大的技術(shù)支撐,進(jìn)一步推動了生物學(xué)的研究發(fā)展。

        7.2 生物信息技術(shù)與分子生物學(xué)的融合

        目前,我國對微生物的研究融合了更多先進(jìn)的生物科技,科研人員在微生物的基因研究過程中提出了更多問題,并且也及時(shí)調(diào)整了研究方向。針對基因、基因剪的關(guān)系,對基因組進(jìn)行了詳細(xì)的研究。主要方法是比較基因組序列同源性,進(jìn)而有效保證疾病得以解決。在微生物內(nèi)部準(zhǔn)確定位病菌,找準(zhǔn)病菌所在的族,為解決病菌提供一定的理論支撐。

        例如,過期的食物會產(chǎn)生一系列病菌,人類食用之后也會產(chǎn)生一系列疾病,常見的有大腸埃希氏菌感染,進(jìn)而導(dǎo)致腸炎病發(fā)。病發(fā)階段會伴隨著一系列嘔吐、腹瀉的癥狀,嚴(yán)重的話還會導(dǎo)致人類機(jī)體休克。通過科研人員的不懈努力,最終在大腸埃希氏菌感染上獲得了一定成果。通過基因條形碼的構(gòu)建,科研人員對病菌體進(jìn)行標(biāo)識,并進(jìn)行下一步檢測,將高通量測序技術(shù)應(yīng)用到檢測上,以提高病菌的檢測效率。與此同時(shí),生物信息技術(shù)還實(shí)現(xiàn)了對細(xì)菌治病原理的探索,其對腸道感染的控制以及治愈有重要的實(shí)踐意義??茖W(xué)、合理地利用生物信息技術(shù),為科研人員研究更深度的病機(jī)理論提供了重要依據(jù),也對人類的生命安全以及微生物的重構(gòu)具有重要意義,在微生物資源二次利用以及開發(fā)利用的過程中,為科研人員提供了強(qiáng)大的支撐體系[4]。

        8 結(jié)語

        我國的生物信息技術(shù)在經(jīng)濟(jì)技術(shù)的支持下發(fā)展得更加壯大,我國微生物研究的方法也更加多元化。一方面,為生命科學(xué)的研究與發(fā)展提供了一個(gè)穩(wěn)定的基礎(chǔ)空間;另一方面,為實(shí)現(xiàn)我國技術(shù)強(qiáng)國的發(fā)展提供了推動力。因此,應(yīng)增加生物技術(shù)的儲備力量,大力投資我國的生物信息技術(shù),鼓勵(lì)生物信息技術(shù)在微生物的研究領(lǐng)域得到更好的應(yīng)用,推動我國經(jīng)濟(jì)技術(shù)的發(fā)展。微生物的研究領(lǐng)域在不斷擴(kuò)大,所需的理論支撐以及技術(shù)支撐也在不斷增加,并且,在研究微生物的道路上會面臨更多阻礙,相關(guān)科研人員和技術(shù)人員一定要堅(jiān)定信心,勇往直前。

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