唐加龍，周 莉，孫祖越，張立超

(1.上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬市中醫(yī)醫(yī)院藥劑科，上海 200071；2.復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院，上海 200031)

自身免疫性疾病(autoimmune diseases，AIDs)是一類難治性疾病，具有多種危害，嚴(yán)重影響了患者生活質(zhì)量，其中類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(rheumatoid arthritis,RA)、銀屑病、系統(tǒng)性紅斑狼瘡(systemic lupus erythematosus, SLE)是臨床主要疾病。尋找特異生物標(biāo)志物有利于疾病診斷和防治[1]。中藥天然藥物苷類、生物堿類成分用于AIDs的治療，新型炎癥免疫反應(yīng)軟調(diào)節(jié)藥物芍藥苷-6-氧-苯磺酸酯也是來源于中藥活性成分芍藥苷的結(jié)構(gòu)修飾產(chǎn)物，中藥防治不良反應(yīng)少，療效確切[2]。

蛋白-蛋白互作 (protein-protein interaction，PPI)網(wǎng)絡(luò)對調(diào)節(jié)細(xì)胞行為至關(guān)重要，聯(lián)動的細(xì)胞信號網(wǎng)絡(luò)相互作用可引發(fā)復(fù)雜疾病，基于PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建分析鑒定具有疾病特異性的蛋白、基因等是生物標(biāo)志物研究的新方法[3]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)通過PPI網(wǎng)絡(luò)探索基因和miRNA等在疾病中的整體作用機(jī)制，從大數(shù)據(jù)中鑒定有價值的生物學(xué)靶標(biāo)作為疾病生物標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)[4]。有研究[5-6]分別基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)的整合策略發(fā)現(xiàn)了PPI網(wǎng)絡(luò)預(yù)測篩選得到的樞紐基因與中藥療效標(biāo)志存在潛在關(guān)聯(lián)。AIDs發(fā)生機(jī)制諸如表觀遺傳調(diào)控作用復(fù)雜多樣，表觀遺傳基因miRNA就可調(diào)節(jié)多個靶基因形成復(fù)雜分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)參與疾病，中醫(yī)藥治療與AIDs發(fā)病均是多途徑、多靶點(diǎn)、多機(jī)制作用的綜合效應(yīng)，傳統(tǒng)藥理學(xué)方法研究較為困難[4,7]。

新興的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法在闡明疾病復(fù)雜病理機(jī)制和中藥多成分、多靶點(diǎn)、多途徑作用特點(diǎn)中得到廣泛應(yīng)用。本文擬對網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在RA、銀屑病、SLE等常見AIDs中的應(yīng)用作一綜述，以期為科研人員尋找AIDs相關(guān)新的生物標(biāo)志物、藥物靶點(diǎn)和中醫(yī)藥抗AIDs領(lǐng)域提供思路和方法。

1 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中醫(yī)藥現(xiàn)代化研究中的應(yīng)用

以網(wǎng)絡(luò)為中心的藥理分析方法在細(xì)胞或表型網(wǎng)絡(luò)背景下考慮藥物反應(yīng)，在藥物發(fā)現(xiàn)中理解藥物多重作用的本質(zhì)，為合理藥物設(shè)計(jì)提供支持。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)從網(wǎng)絡(luò)層面系統(tǒng)分析生物系統(tǒng)、藥物和疾病之間的相互作用，以生物網(wǎng)絡(luò)平衡的整體觀角度解釋疾病的發(fā)生和指導(dǎo)新藥發(fā)現(xiàn)[8-9]。

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的思想和方法應(yīng)用于中藥藥理研究，作為一種新的方法，為中醫(yī)藥現(xiàn)代化提供契機(jī)。整體觀和辨證論治是中醫(yī)治療疾病的主要特點(diǎn)，與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的整體系統(tǒng)特征相符合。中藥復(fù)方是傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)在病機(jī)和中藥藥性等中醫(yī)藥基礎(chǔ)理論指導(dǎo)下臨床防治疾病的主要形式，在治療復(fù)雜疾病中有獨(dú)特優(yōu)勢，目前網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)多應(yīng)用于中藥復(fù)方研究，常用于揭示中藥復(fù)方治療RA、心血管疾病、婦科疾病等慢性復(fù)雜疾病的藥理作用機(jī)制，以及復(fù)方生物活性化合物篩選、新藥靶發(fā)現(xiàn)等[8-9]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的應(yīng)用現(xiàn)狀除了中藥藥理作用機(jī)制研究，還包括毒性機(jī)制評估，劉暢等[10]運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法揭示了山豆根導(dǎo)致神經(jīng)系統(tǒng)受損引發(fā)神經(jīng)毒性的主要15種毒性成分及其分子機(jī)制。由網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)發(fā)展而來的網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)篩選中藥毒性物質(zhì)及闡釋致毒機(jī)制，發(fā)現(xiàn)中藥不良反應(yīng)，促進(jìn)中藥安全性評價，也是對傳統(tǒng)中藥藥性理論之“有毒無毒”的現(xiàn)代化研究[11]，未來從藥理作用機(jī)制和毒性機(jī)制研究兩方面入手，提高中藥用藥有效性與安全性，為中藥“增效減毒”的效果提供依據(jù)。

在中醫(yī)藥現(xiàn)代化的結(jié)合與應(yīng)用還有中藥新藥研發(fā)，包括藥物重定位、單分子多靶點(diǎn)藥物研發(fā)等內(nèi)容。如對中藥復(fù)方的藥物重定位研究，即老藥新用，以擴(kuò)展新的臨床適應(yīng)癥[8]。解釋中藥配伍規(guī)律[8]，揭示中藥復(fù)方通過不同水平上對多個靶標(biāo)和途徑起作用的協(xié)同效應(yīng)，證明中藥配伍治療疾病的有效性。中醫(yī)證候研究，通過“疾病-表型-基因-藥物”應(yīng)用模型闡釋其生物學(xué)基礎(chǔ)[8]。中藥研究熱點(diǎn)質(zhì)量標(biāo)志物(Q-markers)的篩選, Q-marker用于中藥及復(fù)方的質(zhì)量控制，從功效Q-marker和毒性Q-marker兩方面入手，建立基于“藥效-毒性”關(guān)聯(lián)評價的Q-markers為核心的質(zhì)量評價體系，作為反映中藥有效性與安全性的標(biāo)記物確保療效與安全用藥[9,11]。

2 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在自身免疫性疾病中的應(yīng)用

目前用于治療AIDs藥物主要包括傳統(tǒng)抗風(fēng)濕藥和靶向生物制劑[2]。然而甲氨蝶呤等傳統(tǒng)緩解病情抗風(fēng)濕藥容易產(chǎn)生肝腎損害等毒副反應(yīng)，生物制劑不僅價格昂貴而且長期使用可致癌[7]。針對AIDs復(fù)雜的致病機(jī)制，中藥具有良好免疫調(diào)節(jié)效果，雷公藤總苷和青藤堿等天然藥物均能起到抗炎、免疫抑制作用，用于AIDs的治療[2]。一項(xiàng)基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究發(fā)現(xiàn)用于治療RA的傳統(tǒng)方劑清絡(luò)飲可以緩解甲氨蝶呤誘發(fā)的毒性反應(yīng)，表明中醫(yī)藥治療不僅可以緩解病情療效確切，而且安全性高[12]。

另一方面，AIDs在人群中具有高發(fā)病率與死亡率，新型生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)有利于疾病診斷和防治[1]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)對基因芯片等大數(shù)據(jù)分析，高效預(yù)測AIDs潛在標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)。目前基于分子靶點(diǎn)JAK研發(fā)的多種小分子抑制劑藥物已在臨床治療AIDs取得明確療效，如Tofacitinib、Decernotinib、Peficitinib均通過靶向JAK3治療RA[2]。Jain等[13]通過分子對接虛擬篩選JAK3的有效抑制劑，發(fā)現(xiàn)化合物SCHEMBL19100243 (PubChem CID-76749591)與靶蛋白具有高親和力，且該化合物的親和力得分高于已知藥物Tofacitinib。另有研究利用藥效團(tuán)模型從TCMD數(shù)據(jù)庫虛擬篩選對AIDs的靶點(diǎn)組織蛋白酶S(Cat S)存在抑制作用的中藥化合物，得到65個Cat S天然抑制劑，這些化合物存在于58種中藥中，對58種中藥與疾病關(guān)系進(jìn)一步研究證實(shí)Cat S與一些中藥治療AIDs具有相關(guān)性[14]。提示我們以分子對接為重要研究手段的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在虛擬篩選中藥活性成分中具有獨(dú)特優(yōu)勢，是否可以從中藥化合物中發(fā)現(xiàn)JAK3的天然抑制劑？篩選中藥來源天然產(chǎn)物對于發(fā)現(xiàn)治療AIDs的多靶點(diǎn)藥物及先導(dǎo)化合物將是一條捷徑。

2.1 探索中藥作用機(jī)制網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法有助于揭示中藥及復(fù)方通過有效成分群調(diào)節(jié)機(jī)體多個靶點(diǎn)與通路發(fā)揮的綜合治療作用模式。

Li等[15]通過全基因組表達(dá)譜芯片檢測技術(shù)和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析整合方法解析白虎加桂枝湯治療RA的物質(zhì)基礎(chǔ)和藥理機(jī)制。靶標(biāo)預(yù)測技術(shù)獲得白虎加桂枝湯候選靶標(biāo)譜，與轉(zhuǎn)錄組分析得到的RA相關(guān)基因結(jié)合，構(gòu)建“RA相關(guān)基因-白虎加桂枝湯靶標(biāo)”相互作用網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵靶點(diǎn)TLR4、c-Fos/AP-1、IL2、TNF直接相互作用，顯著富集于Toll樣受體和T細(xì)胞受體通路。蛋白免疫印跡實(shí)驗(yàn)顯示白虎加桂枝湯顯著降低RA模型鼠的TLR4、c-Fos/AP-1、IL2、TNF的蛋白表達(dá)水平，揭示其通過調(diào)節(jié)TLR4-c-Fos-IL2-TNF信號軸恢復(fù)“炎癥-免疫”系統(tǒng)平衡干預(yù)RA的作用機(jī)制。

來源于洋金花的醉茄內(nèi)酯組分有抗銀屑病作用，Cheng等[16]基于UHPLC/Orbitrap MS血清樣本非靶向代謝組學(xué)和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)闡明洋金花葉醉茄內(nèi)酯對銀屑病作用機(jī)制。代謝譜分析鑒定出20個脂質(zhì)代謝相關(guān)標(biāo)志物，網(wǎng)絡(luò)分析得到439個關(guān)鍵治療靶點(diǎn)。綜合代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果共有199個靶點(diǎn)在鞘脂代謝、VEGF和HIF-1等通路顯著富集，醉茄內(nèi)酯可能靶向血管生成和炎癥反應(yīng)兩條主要途徑參與銀屑病，通過酶聯(lián)免疫吸附法和蛋白免疫印跡實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)醉茄內(nèi)酯可通過抑制HIF-1α/VEGF通路抑制炎癥反應(yīng)和血管增生起到治療銀屑病的作用。

升麻鱉甲湯是治療SLE的中醫(yī)經(jīng)典名方，Huang等[17]對升麻鱉甲湯治療SLE的分子機(jī)制進(jìn)行研究，通過TCMID數(shù)據(jù)庫查找出方中所含6味中藥的390個化學(xué)成分及1 267個置信度較高的靶點(diǎn)，藥物靶標(biāo)功能顯示升麻鱉甲湯在氨基酸、脂肪酸等代謝途徑和趨化因子、Toll樣受體、脂肪細(xì)胞因子等通路顯著富集。疾病數(shù)據(jù)庫綜合檢索到431個SLE相關(guān)基因，其中，藥物靶標(biāo)與疾病基因有96個重疊核心靶點(diǎn)，其余1 171個一般靶點(diǎn)，在SLE中分別發(fā)揮不同的免疫功能途徑，但兩者在Toll樣受體信號通路又有重要聯(lián)系，揭示升麻鱉甲湯多方面治療SLE的系統(tǒng)療效。

2.2 篩選生物標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)通過生物信息學(xué)預(yù)測為高通量基因芯片數(shù)據(jù)處理提供研究方法， 通過預(yù)測分析基因、蛋白及miRNA在疾病中的整體作用，揭示其表達(dá)調(diào)控機(jī)制，在致病基因預(yù)測、藥物靶標(biāo)篩選扮演重要角色。篩選具有研究價值的生物學(xué)靶標(biāo)，提高疾病診斷水平和發(fā)展個體化診治。

Huang等[18]從基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫GEO篩選出RA與正常對照組的104個差異表達(dá)基因(differentially expressed genes，DEGs)(77個上調(diào)DEGs、27個下調(diào)DEGs)，GO分析顯示上調(diào)DEGs涉及免疫系統(tǒng)調(diào)控等生物過程，下調(diào)DEGs參與對含氧化合物的反應(yīng)等生物過程。PPI網(wǎng)絡(luò)篩選得到JUN、CD79A、CCL5、LCK、CD27、CXCL13、CXCL9、IL7R、CD3D、CXCL10等10個樞紐基因，PPI網(wǎng)絡(luò)模塊化分析得到4個活躍模塊，其中包含CCL5、CXCL6、CXCL9 CXCL10、CXCL13、ADCY2的模塊富集分析發(fā)現(xiàn)通過趨化因子介導(dǎo)信號通路生物過程參與RA的發(fā)生，CCL5及其相關(guān)基因可作為RA潛在標(biāo)志物及抗RA新藥研發(fā)的重要靶點(diǎn)。

Gu等[19]通過UPLC-MS代謝組學(xué)技術(shù)鑒定出44個銀屑病代謝途徑紊亂相關(guān)代謝標(biāo)志物，搜集與銀屑病炎癥反應(yīng)、免疫應(yīng)答、細(xì)胞增殖等3個系統(tǒng)病理過程相關(guān)靶標(biāo)，分子對接計(jì)算代謝標(biāo)志物與各系統(tǒng)蛋白的親和力，構(gòu)建代謝標(biāo)志物-靶標(biāo)網(wǎng)絡(luò)，得到Chenodeoxycholic acid、5b-Cholestane-3a,7a,12a,25-tetrol、Estradiol度值中心性最高的3個代謝標(biāo)志物，同樣方法篩選出TNF-α、MAPK3、iNOS、eNOS、COX-2、mTOR 6個廣泛參與以上3個系統(tǒng)的重要靶標(biāo)蛋白，可作為銀屑病藥物靶點(diǎn)深入研究。

Kong等[20]通過篩選GSE65391、GSE49454基因表達(dá)數(shù)據(jù)集鑒定了女性LN-/LN+與男性LN+的90個DEGs，其中70個導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫存在相互作用以構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，從PPI 網(wǎng)絡(luò)篩選出DDX58、IFI44、IFI44 L、STAT1、MX1、MX2、OAS1、OAS2、OAS3、IFIT1、IFIT2、IFIT3、XAF1、ISG15、RASD2等16個樞紐基因，STAT1、DDX58、IFIT1存在強(qiáng)烈相互作用。張濟(jì)等[4]基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法預(yù)測了SLE患者中異常表達(dá)的miR-410受其調(diào)控，且與SLE發(fā)病相關(guān)的FASLG、CSF2、IFNAR2、MAPK1、PLCG2、IL4等靶基因，靶基因參與細(xì)胞程序性死亡、細(xì)胞增殖、粒細(xì)胞分化等生物過程，在腫瘤、細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用、膠質(zhì)瘤等通路顯著富集，揭示miR-410通過調(diào)控多靶點(diǎn)、多途徑參與SLE的發(fā)病過程。

2.3 為藥物組合提供研究方法網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)為中藥配伍和中西藥物聯(lián)用等組合藥物研究提供方法。清絡(luò)飲是治療熱證型RA的傳統(tǒng)中藥配方組合藥物，網(wǎng)絡(luò)藥理研究顯示君藥苦參與其它幾味中藥通過靶向血管生成、炎癥和免疫應(yīng)答等生物過程發(fā)揮協(xié)同作用，臣藥和佐使藥均起到增強(qiáng)君藥的治療作用，黃柏還能通過PTGS1等脫靶基因拮抗苦參的不良反應(yīng)[21]，體現(xiàn)中醫(yī)基礎(chǔ)理論中“君臣佐使”和“七情配伍”中“相須”的配伍規(guī)律。Zuo等[12]通過網(wǎng)絡(luò)分析進(jìn)一步證明方中苦參和黃柏、青風(fēng)藤是發(fā)揮抗風(fēng)濕作用主要組分，苦參堿、小檗堿、青藤堿分別是三味主藥的重要活性成分。利用網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)法評估清絡(luò)飲與傳統(tǒng)抗風(fēng)濕藥甲氨蝶呤聯(lián)合用藥的可行性，網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)清絡(luò)飲可部分抵消甲氨蝶呤誘導(dǎo)的氧化應(yīng)激反應(yīng)和能量代謝的毒性相關(guān)信號改變，代謝組學(xué)分析也發(fā)現(xiàn)清絡(luò)飲在葉酸代謝方面對甲氨蝶呤表現(xiàn)出拮抗作用，綜合結(jié)果揭示甲氨蝶呤與清絡(luò)飲聯(lián)合用藥可減少其副作用，顯示中西藥物聯(lián)用可達(dá)到“增效減毒”中“減毒”的目的，為提高臨床治療效果提供理論依據(jù)。

2.4 中成藥再評價由于很多中成藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)不清，藥理機(jī)制不明，其有效性和安全性仍存在諸多疑問，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)應(yīng)用于中成藥成分挖掘、機(jī)制探索和不良反應(yīng)預(yù)警對其再評價有重要意義。

Fan等[22]通過代謝組學(xué)、網(wǎng)絡(luò)分析、分子對接方法研究八味龍鉆顆?？筊A的物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制。1H NMR發(fā)現(xiàn)16種八味龍鉆顆粒治療的代謝物變化，通過Metscape獲得16種差異代謝物的33個候選蛋白，以及疾病數(shù)據(jù)庫得到的42個RA靶標(biāo)，利用UPLC-Q-TOF/MS技術(shù)鑒定的20個成分與75個RA相關(guān)蛋白分子對接發(fā)現(xiàn)烏藥堿和橙皮苷對接得分最高，構(gòu)建的“化合物-蛋白-差異代謝物-疾病”相互作用網(wǎng)絡(luò)烏藥堿和橙皮苷呈現(xiàn)最高相關(guān)度，表明二者是八味龍鉆顆粒的潛在活性成分，為建立基于功效成分群的八味龍鉆顆粒生產(chǎn)過程控制體系提供參考。富集分析發(fā)現(xiàn)八味龍鉆顆粒通過對甾體激素生物合成、mTOR信號通路、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代謝、酮體合成與降解等生物過程的調(diào)節(jié)發(fā)揮抗風(fēng)濕作用。王曉月等[6]利用全基因組表達(dá)譜和miRNA表達(dá)譜芯片檢測技術(shù)和網(wǎng)絡(luò)分析篩選出hsa-miR-4720-5p，hsa-miR-374b-5p 和hsa-miR-185-3p 作為雷公藤多苷片治療RA的療效候選標(biāo)志，并基于3個療效標(biāo)志構(gòu)建了雷公藤多苷片治療RA的藥效預(yù)測模型以減少不良反應(yīng)發(fā)生，提高用藥安全。

2.5 開發(fā)中藥來源多靶點(diǎn)分子藥物多靶點(diǎn)藥物的開發(fā)有望治療慢性復(fù)雜疾病，中草藥是天然藥物研發(fā)主要來源，多靶點(diǎn)藥物對于AIDs等復(fù)雜疾病可以提高療效，減少副作用。雷公藤總苷、青藤堿均是可用于治療AIDs的中藥天然藥物[2]，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究發(fā)現(xiàn)雷公藤紅素、雷公藤甲素以及青藤堿作用于RA、SLE的多靶點(diǎn)機(jī)制。雷公藤紅素可通過調(diào)節(jié)MMP-9、COX-2、c-Myc、TGF-β、c-JUN、JAK-1、JAK-3、IKK-β、SYK、MMP-3、JNK和MEK1等多個信號蛋白對RA的Th1和Th2細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、成纖維細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞的功能形成抑制作用[23]。通過調(diào)節(jié)VEGFA、CAT、TP53、IL-10、TNF、IL-6、IL-1β、JUN、MAPK1、AKT1、CASP3、MMP9、EGFR等信號蛋白及MAPK通路起到抗SLE作用，分子對接驗(yàn)證了雷公藤紅素與CAT、IL-10、IL-1β、CASP3、TP53、VEGFA等靶點(diǎn)之間的特定相互作用，相互作用的主要形式為氫鍵和π-π疊加，類似于糖皮質(zhì)激素抗SLE的結(jié)合形式，提示雷公藤紅素抗SLE的分子機(jī)制可能與糖皮質(zhì)激素相似，可用于SLE治療的中藥免疫抑制劑[24]；雷公藤甲素通過CD274、RELA、MCL1、MAPK8、CXCL8、STAT1、STAT3、c-JUN、JNK、c-Fos、NF-κB、TNF-α調(diào)節(jié)RA患者Th1、Th2細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、成纖維細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞的活化[25]；青藤堿通過HSP90AA1、CTNNB1、RAC1、ERBB2、KIT、VAV2、HDAC6、MAP3K3、VWF、KPNB1、F13A1、MAGI1、SAMHD1、NFAT5、PRKD2、GRK6 共16個關(guān)鍵靶點(diǎn)抑制血管生成、滑膜增生和骨質(zhì)破壞改善RA病情[26]。這些中藥單體成分是一類天然抗AIDs的單分子多靶點(diǎn)藥物，也為新藥開發(fā)提供先導(dǎo)化合物選擇。

2.6 識別中藥質(zhì)量標(biāo)志物(Q-markers)中藥Q-markers是劉昌孝院士提出用于控制中藥質(zhì)量的新概念，其核心理念是反映中藥治療疾病本質(zhì)特征，建立中藥專屬的質(zhì)量評價標(biāo)準(zhǔn)，基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)識別Q-markers的研究策略是構(gòu)建可視化候選質(zhì)量標(biāo)志物網(wǎng)絡(luò)，通過中藥成分、靶點(diǎn)、通路之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系為中藥Q-markers挖掘和分析提供依據(jù)[11]。梁健欽等[27]利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測四方藤小復(fù)方治療RA的Q-markers，從構(gòu)建的“藥材-化學(xué)成分-作用靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)分析得出24個與RA作用靶點(diǎn)有關(guān)的化合物，再結(jié)合Q-markers有效性的基本特征對24個潛在Q-marker進(jìn)一步篩選，共得到橙皮苷、芹菜素、黃連堿、白藜蘆醇、巖白菜素、歐前胡素、蛇床子素、氯化兩面針堿、芳樟醇、乙氧基白屈菜紅堿、芝麻素等11個成分可作為四方藤小復(fù)方抗RA的Q-markers用于該制劑質(zhì)控研究。

2.7 闡釋中醫(yī)證候生物學(xué)基礎(chǔ)中醫(yī)證候是對復(fù)雜疾病進(jìn)行個體化診斷和治療的重要臨床表現(xiàn)，臨床治療常采取“同病異治”和“異病同治”治法，講究“方-證-病”對應(yīng)，關(guān)鍵在于證候異同，證同同治，證異異治，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)具體應(yīng)用于研究“藥-證”對應(yīng)的生物學(xué)基礎(chǔ)，詮釋病機(jī)理論的現(xiàn)代科學(xué)內(nèi)涵。RA患者中醫(yī)辨證可分為寒證和熱證，中醫(yī)辨證施治采用不同的方劑，清絡(luò)飲是治療熱證RA方劑，已有研究[21]運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)闡明其作用機(jī)理，烏頭湯(WTD)是治療RA寒證的經(jīng)典方劑，Zhang等[28]以WTD為例揭示治療RA寒證的網(wǎng)絡(luò)調(diào)節(jié)機(jī)制，網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)WTD作用于RA寒證的NCOA2、NCOA1、CREBBP、RXRA、MED1、PPARG等6個主要靶標(biāo)，與過氧化物酶體增殖物激活受體PPAR-γ共激活因子產(chǎn)熱通路密切相關(guān)，隨后利用體內(nèi)動物模型和體外細(xì)胞實(shí)驗(yàn)得到驗(yàn)證，提示PPAR-γ共激活因子產(chǎn)熱通路可能是WTD緩解RA寒證的潛在藥理作用靶點(diǎn)之一，PPAR-γ激動劑可能是一種RA寒證患者個體化治療方法。紅斑狼瘡與RA有相同的自身免疫發(fā)病機(jī)制，中醫(yī)辨為相同癥候，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)發(fā)現(xiàn)火把花根片(HBHGT)在治療兩種疾病中無論靶點(diǎn)還是通路都有極大相似性，發(fā)揮“異病同治”的關(guān)鍵靶點(diǎn)有EGFR、CBL、LCK等13個核心靶點(diǎn)，主要信號通路是受體酪氨酸激酶通路，揭示了HBHGT對LE和RA的共同作用機(jī)制，顯示中藥治療疾病的多功能效果[29]。

2.8 設(shè)計(jì)建立疾病天然藥物數(shù)據(jù)庫銀屑病中藥數(shù)據(jù)庫(the Psoriasis Database of Traditional Chinese Medicine，PDTCM)是第一個基于高通量虛擬篩選和網(wǎng)絡(luò)分析等系統(tǒng)藥理學(xué)方法建立的銀屑病數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包含與銀屑病相關(guān)的38個中醫(yī)驗(yàn)方，來自1 424種藥用植物、動物及微生物的34 373個化合物，44個蛋白和76個生物標(biāo)志物。PDTCM的建立將有助于銀屑病先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn)和促進(jìn)對中藥方劑分子機(jī)制的理解，為治療銀屑病相關(guān)天然產(chǎn)物的系統(tǒng)研究提供工具，一個可供用戶獲取銀屑病相關(guān)中藥的系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的長期資源[30]。

3 結(jié)語與展望

生物信息學(xué)方法在藥理學(xué)的運(yùn)用促進(jìn)了網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的發(fā)展，采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法處理海量基因組、蛋白組數(shù)據(jù)，從大數(shù)據(jù)中尋找重要靶標(biāo)，促進(jìn)生物標(biāo)志物和中藥作用靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)，提高疾病診斷、防治、預(yù)后的精確度。在網(wǎng)絡(luò)醫(yī)學(xué)時代，新的生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)依賴于多組學(xué)綜合策略[3]。單純網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究無法體現(xiàn)中藥在機(jī)體內(nèi)部真實(shí)的動態(tài)情況，并且存在數(shù)據(jù)庫整合不到位，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性等諸多問題。本文中多組學(xué)數(shù)據(jù)集綜合分析為整體水平中醫(yī)藥研究提供途徑，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合其他組學(xué)(代謝組學(xué)、基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué))的數(shù)據(jù)分析，實(shí)現(xiàn)組學(xué)間數(shù)據(jù)的多重相互聯(lián)系。此外網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與蛋白組學(xué)技術(shù)聯(lián)合，能夠直觀展示藥物在蛋白水平上的調(diào)控作用，建立相對全面的藥物-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)。

綜上所述，中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的未來發(fā)展需要多組學(xué)技術(shù)聯(lián)合以及生物信息學(xué)、生物芯片等相關(guān)學(xué)科與技術(shù)的共同發(fā)展，多組學(xué)、多學(xué)科結(jié)合策略是未來中藥研究的重要方向。