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        基于ISSR分子標記的孑遺瀕危植物四合木遺傳結(jié)構(gòu)分析

        2021-03-22 09:23:06段義忠王海濤張格格嚴偉娜
        植物研究 2021年3期
        關(guān)鍵詞:條帶種群分化

        段義忠 王海濤 張格格 嚴偉娜

        (榆林學院,陜西省陜北生態(tài)修復重點實驗室,榆林 719000)

        四合木(Tetraena mongolica)屬蒺藜科(Zygophyllaceae),是古地中海第三紀活化石植物,國家一級保護植物。四合木屬于落葉小灌木,雙數(shù)羽狀復葉,花1~2 朵著生于短枝上,成熟果實具有不開裂的分果瓣4 個,其種子形狀為鐮狀披針形,絕大多數(shù)果實中只含有一個較小的種子[1]。目前四合木(T.mongolica)在全世界分布區(qū)主要集中在中國內(nèi)蒙古鄂爾多斯、烏海、寧夏石嘴山等地,在俄羅斯、烏克蘭也有零星分布,為典型的西鄂爾多斯特有單種屬和特有群系,對維持中國西北干旱、半干旱區(qū)的生態(tài)系統(tǒng)功能及穩(wěn)定性具有重要意義。四合木具有超強抗旱能力,但近年來由于全球氣候變化的加劇以及人類對其分布區(qū)域所屬地區(qū)的煤炭等天然礦產(chǎn)資源的大量開采等對生態(tài)環(huán)境的干擾[2~3],使得四合木這一瀕危物種所在分布區(qū)域生態(tài)系統(tǒng)變得非常脆弱且分布面積迅速縮小,其棲息地僅為2 700 km2,且呈現(xiàn)破碎化分布,生境適宜性驟降,瀕危狀況加?。?]。

        當前國內(nèi)外針對四合木的研究主要集中在其光和特征及固碳能力[5~6]、保護對策[7]、花粉形態(tài)學[8]、種子脂肪酸含量測定及分析[9]、傳粉生態(tài)學[10]、生理學和瀕危肇因與機制等方面[11~12]。依據(jù)四合木在異域播種后生長量大小比較及對不同屬性土壤和對水、熱等綜合影響因子的適應性分析得到,相同地區(qū)不同土壤間四合木生長量之間不存在差異性,不同地區(qū)相同土壤間四合木生長量之間卻存在著特別明顯的差異性,表明了土壤條件對四合木的生長影響不大,而氣候成為直接影響四合木生長的最重要條件;四合木分布區(qū)與異地保護區(qū)中土壤之間的微量元素具有一定的差異性,但因為土壤中的微量元素含量均低于植物中含量,表明四合木具有對土壤中微量元素的富集作用,土壤中微量元素的含量并不能影響四合木正常生長[13]。張云飛等[14]通過設(shè)計了9個10 m×10 m 樣方的觀察結(jié)果,系統(tǒng)地對比了四合木在自然更新、消極圍欄保護和積極圍欄保護3種不同情況下的種群生長狀況,結(jié)果表明消極圍欄保護對四合木種群的更新?lián)Q代并無促進作用;而積極進行圍欄保護也就是人工圍欄并進行適當?shù)难a水補肥對四合木種群有很好的保護作用,是就地保護四合木的有效手段。Ge 等[15]對四合木基因的變異、種群結(jié)構(gòu)和譜系地理等方面進行評估,為四合木保護和管理提供依據(jù)。張穎娟和盧萍[16]對四合木進行了遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳分化、基因變異性和遺傳多樣性的研究,提出了應對具有較高遺傳多樣性的四合木中的meta-種群加強保護。近年來,諸多學者利用等位酶、RAPD和微衛(wèi)星等方法對四合木的遺傳多樣性和遺產(chǎn)結(jié)構(gòu)進行了研究[16~18],但等位酶分析法所選酶的所有基因未必都能表達在酶譜上,且受酶數(shù)量影響,數(shù)量較少時,其結(jié)果可能不具有代表性[19],而且RAPD 具有對反應條件敏感,重復性差,多態(tài)性信息量較低等不足[20],增加了試驗難度和工作量。目前,還未見基于ISSR技術(shù)對四合木的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)的分析研究。

        ISSR(Inter-simple sequence repeat)即簡單重復序列標記,其基本原理為將1~4 個堿基作引物標定在SSR 的3'或5'端,擴增兩側(cè)具有反向排列SSR 的一段序列,而不是擴增SSR 本身[21]。ISSR分子標記技術(shù)同時具有多種分子標記的優(yōu)點,ISSR 成本低且多態(tài)性高、可獲得幾倍于RAPD 的信息量、精確度高、有較高的重復性且相對穩(wěn)定、簡單快捷且更容易操作、更專一。物種經(jīng)歷長時間的進化而具有了豐富的遺傳多樣性,這對研究物種的生物學特性具有重要意義,通過對物種遺傳多樣性的研究可以得知該物種的適應性、生存力,進而對其實施科學有效保護措施。ISSR 分子標記技術(shù)同時兼具多種分子標記技術(shù)的優(yōu)點,因此該技術(shù)得到了各界的肯定并得到了廣泛應用[22]。李娟等[23]利用ISSR分子標記對閩楠不同地理種群的遺傳多樣性進行分析,研究結(jié)果為該物種保護策略制定提供有價值的種群遺傳學信息。沈奇等[24]采用ISSR 分子標記技術(shù)對野生桃兒七13 個居群進行遺傳多樣性分析,結(jié)果表明種群內(nèi)的基因流十分豐富,居群內(nèi)的遺傳分化明顯大于居群間的分化,聚類結(jié)果顯示桃兒七13 個居群可以分為兩大類,研究結(jié)果為其品種分類及種質(zhì)保護提供理論依據(jù)。

        本試驗以中國西北干旱區(qū)特有孑遺瀕危植物四合木為研究對象,選取鄂爾多斯高原西部6個不同地理分布的四合木種群作作為試驗材料,利用ISSR 分子標記技術(shù)進行試驗,通過分析和探討其遺傳多樣性水平及遺傳結(jié)構(gòu),以解釋其遺傳多樣性與不同地區(qū)的生境條件關(guān)系,為四合木遺傳資源的有效保護、管理與利用提供重要參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        本實驗所采集的四合木種群材料均來自中國四合木自然棲息地6 個自然種群(見表1),采下嫩葉置于自封袋并放入適量變色硅膠,記錄后放于-80℃的超低溫冰箱中作為試驗材料。

        表1 四合木采樣地點Table 1 Sampling position of T.mongolica

        1.2 DNA的提取及檢測

        采用三博遠志公司提供的DNA提取試劑盒提取,將提取好的DNA 溶液稀釋10 倍后,將其保存于-20℃的冷藏環(huán)境中備用。將上述試驗提取出來的四合木DNA 挑選出一組作為模板,選取30 條UBC引物進行擴增。從中篩選出6個清晰度較好、條帶數(shù)目多且沒有拖尾現(xiàn)象的引物,將以下6 個UBC引物作為下一步擴增的引物(見表2)。

        表2 UBC引物序列Table 2 UBS primer sequence

        本試驗采用了單因素法對25 μL 的PCR 反應體系各項因子進行優(yōu)化。以UBC 811 和UBC 835為引物,參考相關(guān)文獻設(shè)計了4 個10×Easy Tag buffer梯度:1.5,2.0,2.5和3.0 μL;4個dNTPs梯度:1.6,2.0,2.4 和2.8 μL;4 個Easy Taq DNA 聚合酶梯度:0.10,0.15,0.20 和0.25 μL;DNA(母液稀釋10倍)模板設(shè)計4 個梯度1,2,3 和4 μL。最后得出PCR 反應體系為:DNA 模板2 μL,UBC 引物1 μL,Taq 聚合酶0.15 μL,dNTP 1.6 μL,10×Buffer 2.5 μL,ddH2O 17.75 μL。對退火溫度、循環(huán)次數(shù)及延伸時間進行優(yōu)化后的PCR擴增程序為:①選擇94℃預變性5 min;②變性30s 后在42℃~48℃溫度下退火30 s;③在72℃溫度下延伸3 min,循環(huán)32次,再補平7 min;④選擇8℃溫度下永久保存。

        1.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析

        通過人工識別的手段記錄四合木66個材料的凝膠電泳圖譜條帶數(shù)目。由于ISSR分子標記是顯性標記,所以一個引物的結(jié)合位點用電泳圖譜中的每個清晰的條帶表示。對于同一引物,條帶電泳遷移率一致說明是具有同源性的擴增產(chǎn)物。篩選上述凝膠電泳圖中易于辨認且較為清晰的條帶,將同一位置上是否有DNA 結(jié)合位點的條帶進行統(tǒng)計。統(tǒng)計的結(jié)果以二元數(shù)據(jù)的形式記錄,穩(wěn)定出現(xiàn)的清晰條帶(顯性)記作1,沒有條帶(隱性)記為0,制作“0.l”組成的原始矩陣并記錄數(shù)據(jù)。利用軟件Popgene 32 計算“0,1 矩陣”多態(tài)位點、多態(tài)位點百分率、Nei’s遺傳多樣性指數(shù)(He)、Shannon’s信息指數(shù)以及Nei的遺傳距離等參數(shù)。用分析軟件NTSYS-PC對統(tǒng)計結(jié)果進行聚類分析,得到四合木種群間的遺傳聚類圖,以此來研究四合木6個不同地理種群的親緣關(guān)系和遺傳多樣性。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 ISSR-PCR擴增結(jié)果

        本試驗利用6個ISSR引物(UBC810,UBC811,UBC814,UBC824,UBC835,UBC873)對6個不同地理種群的66個四合木個體進行ISSR-PCR 擴增,引物UBC811對千里溝、伊克布拉格、甘德爾山、四合木自然保護區(qū)、磴口—桃司兔和巴拉貢的24 個個體DNA模板擴增后電泳得到的電泳圖(見圖1)。

        2.2 各個引物擴增產(chǎn)物的多態(tài)性

        本試驗選擇用6 個ISSR 引物對6 個不同地理種群的四合木進行ISSR-PCR 擴增,然后通過瓊脂糖凝膠電泳共獲得370 個清晰的電泳譜帶,利用POPGENE 1.31 軟件分析四合木各種群的遺傳多樣性指數(shù)[25]。結(jié)果顯示不同ISSR引物的差異存在于擴增帶數(shù)量、擴增帶型、多態(tài)性檢出率、條帶分布均勻度等多方面。試驗所用的6條引物,各自的擴增結(jié)果于不同材料間表現(xiàn)出較高的多態(tài)性,在一定程度上表明四合木遺傳背景的復雜性與豐富的遺傳多樣性。四合木的各引物擴增多態(tài)性結(jié)果參照ISSR引物擴增結(jié)果(見表3)。

        2.3 蒙古沙冬青不同地理種群的遺傳多樣性

        用Popgene 32 軟件計算四合木各種群的各項相關(guān)指數(shù)[26]。計算結(jié)果參照四合木遺傳多樣性(見表4),不同種群的四合木平均多態(tài)位點數(shù)為23,Nei’s 多樣性指數(shù)(He)為0.286 5~0.350 8,Shannon’s 信息指數(shù)(I)為0.423 6~0.504 9,其四合木自然保護區(qū)的Nei’s多樣性指數(shù)和Shannon’s信息指數(shù)均為6個地理種群中最高,而磴口桃司兔的Nei’s 多 樣 性 指 數(shù) 和Shannon’s 信 息 指 數(shù) 均 為最低。

        表3 ISSR引物擴增結(jié)果Table 3 ISSR primer amplification results

        2.4 四合木不同地理種群遺傳多樣性及遺傳距離分析

        利用軟件Popgene 32 軟件計算四合木不同地理種群的遺傳分化系數(shù)(Gst)為0.125 3,表明群體間存在一定程度的遺傳分化;種群內(nèi)遺傳多樣性(Hs)為0.316 7,表明四合木的遺傳分化主要發(fā)生在種群內(nèi);6 個種群的基因流(Nm)為3.491 5>1,表明四合木6個種群間具有一定的基因流,可以防止遺傳漂變所導致的遺傳分化。由四合木種群間的遺傳距離結(jié)果可知,伊克布拉格種群(YKBLG)和巴拉貢種群(BLG)的遺傳距離最小為0.025 9,而四合木千里溝種群(QLG)和甘德爾山種群(GDES)遺傳距離最大為0.974 4(見表5)。

        2.5 四合木不同種群聚類分析

        用NTSYS.pc 2.10e 軟件構(gòu)建了四合木6 個種群的聚類分析圖(見圖2),6 個種群聚類結(jié)果被聚為三大類,千里溝種群、伊克布拉格種群和巴拉貢種群先聚成第一大類,再與磴口—桃司兔種群聚成第二大類,而種群四合木自然保護區(qū)種群和種群甘德爾山種群則組成第三大類。

        表4 基于ISSR標記的四合木遺傳多樣性Table 4 Genetic diversity of T.mongolica based on ISSR marker

        表5 四合木種群間的遺傳距離Table 5 Genetic distance between T.monglica populations

        3 討論

        遺傳多樣性一般指物種種內(nèi)的遺傳多樣性,即同一物種不同群體間或是同一種群內(nèi)的不同個體的遺傳變異總和。一個物種的遺傳多樣性與其適應環(huán)境變化的能力呈正相關(guān),遺傳多樣性越高其對環(huán)境的適應能力越強[27]。四合木作為一種特有建群植物,其長期處在土壤貧瘠、氣候干燥的惡劣環(huán)境中且不斷繁衍、進化,因此展現(xiàn)出豐富的遺傳多樣性。6 個地理種群中,Nei’s 多樣性指數(shù)(He)、Shannon’s信息指數(shù)(I)最高的均是四合木自然保護區(qū)種群,該地區(qū)年均溫度相對其他幾個地區(qū)偏高,且滿足四合木生長所需要的水分,這些條件是導致四合木具有豐富的遺傳多樣性的基礎(chǔ),而桃司兔因其特殊的地理位置,相對較低的溫度和相對濕潤的氣候,使得該地區(qū)四合木種群的遺傳多樣性較低。和其余種群相比,四合木自然保護區(qū)種群的遺傳多樣性更顯著,對其周邊的四合木種群應首先加強保護,但是只保護該地區(qū)的四合木種群對四合木整體的遺傳多樣性的保護是不利的,所以應當制定合適的遷地保護策略?;蛄骷瓷锓N群之間的基因交流,當某一物種的基因流大于5.0 時,說明該物種具有較高的異交率,而當基因流(Nm)小于l時,遺傳漂變導致了種群間的遺傳分化。植物種群內(nèi)和種群間的基因流主要依賴于孢子、花粉、種子、植株個體以及其他攜有遺傳物質(zhì)的物體等媒介進行,花粉傳播和種子擴散是自然植物種群最主要的基因流的方式[18]。適當?shù)幕蛄鞑坏梢跃S持種群的穩(wěn)定性,而且在一定程度上可以提高它們對不斷變化的環(huán)境適應能力。四合木基因流Nm為3.491 5,Nm>1.0,說明四合木種群間基因流水平較高。四合木6 個種群的平均遺傳距離為0.139 3,說明四合木種群之間的遺傳分化程度較小。通過四合木種群間的聚類圖可知聚類結(jié)果分為三類,種群千里溝、伊克布拉格和巴拉貢先聚成一大類,再與甘德爾山聚成第二大類,而四合木自然保護區(qū)和桃司兔則組成第三大類。這說明距離因素是影響四合木種群間遺傳分化的主要原因,但不同生境條件也對四合木種群的遺傳分化產(chǎn)生了影響,桃司兔與千里溝、伊克布拉格和巴拉貢因距離較近,但也產(chǎn)生了一定的遺傳分化,主要原因是因為桃司兔的生境條件為黃河河灘生境,相對濕度較大;而千里溝、伊克布拉格和巴拉貢為荒漠草原生境,相對濕度較小,生境的差異導致了桃司兔種群與另外的三個種群產(chǎn)生了遺傳差異。因此,本研究的結(jié)果對于進一步研究四合木的遺傳分化是否與地理因素相關(guān)具有一定的參考意義。張穎娟等[28]利用等位酶和RAPD分析技術(shù)對海南區(qū)、桃司圖、烏加廟、石嘴山和千里山的四合木種群進行遺傳距離分析結(jié)果表明,烏加廟種群與其他4 個種群的遺傳距離都較大,并認為是生境的選擇壓力所導致而與距離因素無關(guān),與本研究的結(jié)果不一致,主要原因可能是RAPD 與ISSR 算法原理上的不同,雖然ISSR 與RAPD 兩種研究方法在一定程度上都能反映四合木的遺傳多樣性較高,但RAPD 在方法上有一定缺陷,而ISSR多態(tài)性、精確度和重復性都較高,

        通過對四合木6 個不同地理種群進行研究得出如下結(jié)論:①本試驗共篩選出6 條ISSR 引物獲得多樣性豐富、清晰的條帶共370 個,其中261 個條帶具有多態(tài)性,占總條帶數(shù)的71%,6 個地理種群中四合木自然保護區(qū)種群的Nei’s多樣性指數(shù)、Shannon’s 信息指數(shù)均為最高,而磴口—桃司兔的則為最低。以上結(jié)果表明本試驗的四合木遺傳多樣性水平較高,且本研究所采集的66 個樣本分布范圍較廣,生態(tài)環(huán)境差異較大,其所處植物群落結(jié)構(gòu)差異較大,所以具有豐富的遺傳多樣性。②通過對四合木6個種群的基因分化系數(shù)(Gst)分析,表明種群內(nèi)遺傳多樣性變異的百分率為81.81%,說明種群內(nèi)變異是四合木的遺傳變異主要來源。種群內(nèi)遺傳多樣性(Hs)為0.316 7,說明四合木的遺傳分化主要發(fā)生在種群內(nèi)。6 個種群的基因流(Nm)為3.491 5>1,表明6 個種群間具有一定的基因流,可以防止遺傳漂變所導致的遺傳分化。四合木的6 個種群的遺傳距離平均值為0.139 3,伊克布拉格種群和巴拉貢種群的遺傳距離最小為0.025 9,而千里溝種群和甘德爾山種群遺傳距離最大為0.974 4。由四合木種群間的聚類圖得知聚類結(jié)果分為三類:千里溝種群、伊克布拉格種群和巴拉貢種群先聚成一大類,再與磴口—桃司兔種群聚成第二大類,而四合木自然保護區(qū)種群和甘德爾山種群則組成第三大類。這說明距離因素是影響四合木種群間遺傳分化的主要原因,但不同生境條件也對四合木種群的遺傳分化產(chǎn)生了影響。

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