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        肺外結(jié)核病微生物學(xué)診斷方法的研究和應(yīng)用進(jìn)展

        2021-01-27 06:51:34玄琦月韓雪付英梅
        生物技術(shù)進(jìn)展 2021年1期
        關(guān)鍵詞:涂片敏感度核酸

        玄琦月,韓雪,付英梅,2*

        1.哈爾濱醫(yī)科大學(xué)微生物學(xué)教研室, 黑龍江省感染與免疫重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 哈爾濱 150081;2.哈爾濱醫(yī)科大學(xué)伍連德研究所, 哈爾濱 150081

        肺外結(jié)核病(extrapulmonary tuberculosis, EPTB)是指由結(jié)核分枝桿菌(Mycobacteriumtuberculosis, MTB)感染所引起的發(fā)生在肺部以外器官和部位的結(jié)核病,可累及人體的任何部位,胸膜、淋巴結(jié)和骨是EPTB最常見的病變部位,其次可見于腸道、腹膜、腎、生殖系統(tǒng)、腦膜等。EPTB目前沒有統(tǒng)一的分類標(biāo)準(zhǔn),世界衛(wèi)生組織(World Health Organization,WHO)對EPTB診斷的一般標(biāo)準(zhǔn)為:標(biāo)本MTB培養(yǎng)陽性;或組織學(xué)檢測MTB陽性;或與活動(dòng)性EPTB一致的典型臨床證據(jù)[1]。

        根據(jù)WHO 2020年公布的全球結(jié)核病報(bào)告,2019年,全球新發(fā)結(jié)核病約7 100萬例,其中16%為EPTB,東亞和南亞地區(qū)EPTB的比率較高,為19%[2]。我國是全球22個(gè)結(jié)核病高負(fù)擔(dān)國家之一,EPTB的發(fā)病率也較高。天津市2015—2017年登記報(bào)告的新發(fā)EPTB共1 190例,占全部結(jié)核的10.4%,三年間,EPTB的總發(fā)病率從2.05/10萬上升到3.24/10萬[3];最新公布的一項(xiàng)研究顯示,近十年間,北京胸科醫(yī)院的住院結(jié)核患者中,EPTB占33.4%[4]。

        早期診斷的EPTB患者,經(jīng)正規(guī)抗結(jié)核治療多可治愈,但未得到早期有效治療的EPTB患者,可導(dǎo)致多種嚴(yán)重后果,例如,中樞神經(jīng)系統(tǒng)結(jié)核有較高的死亡率,患者可在發(fā)病后的8~11周死亡[5-6];骨關(guān)節(jié)結(jié)核可并發(fā)畸形、截癱、甚至死亡[7];泌尿系統(tǒng)結(jié)核可并發(fā)膀胱攣縮、腎功衰竭等[8]。以前認(rèn)為EPTB的傳染性不強(qiáng),但新近研究發(fā)現(xiàn),EPTB也具有一定傳染性[9]。因此,及早對EPTB做出有效診斷,有助于提高疾病治愈率、降低死亡率。目前,EPTB診斷的主要依據(jù)為臨床表現(xiàn)和病原學(xué)檢查,而多數(shù)EPTB患者的癥狀不典型,臨床和影像學(xué)表現(xiàn)可與多種其他疾病相似,因此,微生物學(xué)檢測方法對EPTB的診斷至關(guān)重要。近年來,EPTB的病原學(xué)檢測方法得到了快速的發(fā)展,除了傳統(tǒng)的細(xì)菌學(xué)檢查方法,標(biāo)本中MTB抗原和核酸的檢測對EPTB的早期和快速診斷提供了豐富的參考證據(jù)。本文總結(jié)了近年來EPTB細(xì)菌學(xué)檢查方法、MTB抗原檢測與分子生物學(xué)檢測等微生物學(xué)診斷方法的概況及近年來的應(yīng)用進(jìn)展,并對這些檢測方法的特點(diǎn)、優(yōu)劣勢和適用范圍等進(jìn)行了分析、比較,以期為今后EPTB病原學(xué)診斷的研究提供相關(guān)信息。

        1 細(xì)菌學(xué)檢查方法

        細(xì)菌學(xué)檢查方法雖然總體陽性率不高,但仍是目前診斷結(jié)核病的主要方法,主要包括改良的涂片鏡檢法和MTB培養(yǎng)法。

        1.1 涂片鏡檢法

        涂片鏡檢法是國內(nèi)外普遍應(yīng)用的EPTB實(shí)驗(yàn)室檢查方法,但因EPTB患者的體液樣本中細(xì)菌數(shù)量少,傳統(tǒng)的染色涂片法檢出率較低,多使用改良抗酸染色法與液體快速培養(yǎng)法以提高M(jìn)TB檢出率。改良抗酸染色法是先將樣品置于Cytospin4型細(xì)胞離心涂片機(jī)中離心濃集菌,然后再使用抗酸染色劑染色[10]。在腦脊液樣本的檢測中,Cytospin制片染色法不僅提高了細(xì)胞外MTB的檢出率,還可檢出白細(xì)胞內(nèi)的細(xì)菌[10]。但Cytospin制片染色法要求腦脊液中有足夠的MTB細(xì)菌數(shù)量,通常要求在5 000~50 000個(gè)·mL-1[11],而臨床上很多情況下,腦脊液含菌量平均僅10個(gè)·mL-1左右[12],所以,該法對結(jié)核性腦膜炎患者腦脊液中細(xì)菌的總檢出率僅在10.0%~20.0%[13]。此外,熒光染色技術(shù)也被應(yīng)用于EPTB的檢查中,其是將抗酸染色法的復(fù)紅改為金胺類,借助熒光顯微鏡觀察,可將結(jié)核性腦膜炎細(xì)菌的檢出率提高至79.2%,特異度也顯著高于Cytospin制片染色法[14]。

        1.2 MTB培養(yǎng)法

        MTB培養(yǎng)法包括羅氏培養(yǎng)法和液體快速培養(yǎng)法。目前廣泛使用的是液體快速培養(yǎng)法,BACREC MGIT 960液體快速培養(yǎng)法的敏感度和特異度分別達(dá)43.7%和93.0%[15]。聯(lián)合顯微鏡觀察藥物敏感度檢測技術(shù)(microscopic observation drug susceptibility assay, MODS)可同時(shí)檢測MTB的存在及其藥物敏感性,其主要原理是利用MTB在適宜的液體培養(yǎng)基中生長速度快于固體培養(yǎng)基、且可形成特征性索狀結(jié)構(gòu)的特性,采用添加抗結(jié)核藥物的液體培養(yǎng)基對標(biāo)本進(jìn)行直接培養(yǎng),通過顯微鏡觀察特征性索狀結(jié)構(gòu),以判斷標(biāo)本中是否存在MTB[16]。

        2 MTB抗原檢測

        EPTB患者的體液標(biāo)本中含菌量較低,導(dǎo)致細(xì)菌學(xué)檢查方法敏感度低、特異度差,且培養(yǎng)法耗時(shí)較長,無法快速對EPTB患者進(jìn)行診斷。而抗原檢測是檢測MTB特異性分泌蛋白或其細(xì)胞壁的特異性脂質(zhì)成分[17-18],對標(biāo)本含菌量的要求不高,且早期即可診斷。目前在診斷研究中使用較多的抗原包括MPT64、抗原85B(antigen 85B, Ag85B)、脂阿拉伯甘露糖(lipoarabinomannan, LAM)、早期分泌性抗原靶-6(early secretory antigenic target-6, ESAT-6)等,研究者對單一抗原和多抗原聯(lián)合的診斷效能都進(jìn)行了測試。

        2.1 單一抗原檢測

        2.1.1MPT64檢測 MPT64是發(fā)現(xiàn)最早的MTB特異性分泌蛋白,僅存在于結(jié)核分枝桿菌復(fù)合物(mycobacterium tuberculosis complex, MTBC)中[17]。利用免疫細(xì)胞化學(xué)染色(immunocytochemistry, ICC)方法檢測MPT64抗原是一種簡單而直接的方法,可用于EPTB的早期診斷。Davidsen等[19]收集了67例結(jié)核性淋巴結(jié)炎患者的淋巴活檢標(biāo)本,利用ICC法檢測MPT64抗原,發(fā)現(xiàn)敏感度和特異度可達(dá)69.0%和95.0%。Purohit等[20]的研究結(jié)果也同樣顯示了MPT64抗原檢測的高敏感度(96.0%)與高特異度(96.0%)。最近挪威的一項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn),MPT64抗原的檢測還可用于福爾馬林固定的活檢標(biāo)本,敏感度為37%,盡管其敏感度不如培養(yǎng)法(50%),但其診斷效能優(yōu)于細(xì)針穿刺和膿汁等液體樣本的檢查,為病理學(xué)實(shí)驗(yàn)室的病原學(xué)診斷提供了快速、特異的診斷參考[17]。

        2.1.2Ag85B檢測 Ag85B存在于MTB分泌蛋白中,可與人纖維結(jié)合蛋白結(jié)合,與MTB致病性密切相關(guān)[21]。Singh等[22]開發(fā)了一種新型的間接夾心免疫聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(immuno-PCR,I-PCR)檢測法,該方法兼具PCR的指數(shù)擴(kuò)增能力和酶聯(lián)免疫吸附測定(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)的靈活性,對105例EPTB患者的胸水、膿汁等液體樣本分別以I-PCR方法和傳統(tǒng)的ELISA法檢測Ag85B,結(jié)果發(fā)現(xiàn),總體敏感度分別為68.6%和52.4%,特異度分別為92.0%和96.0%,但I(xiàn)-PCR檢測Ag85B可以更快速地獲得結(jié)果,且I-PCR檢測Ag85B的檢出限為1 fg·mL-1,能檢出比ELISA方法低106倍的抗原量,敏感度更高。

        2.1.3LAM檢測 LAM是MTB細(xì)胞壁的一種脂多糖,尿脂阿拉伯甘露糖測定法(lateral flow urine lipoarabinomannan assay, LF-LAM)是一種新型的即時(shí)檢驗(yàn)方法,可檢測活動(dòng)性結(jié)核病患者尿中的LAM。研究表明,聯(lián)合使用LF-LAM與痰涂片鏡檢法檢測MTB的合并敏感度為59.0%,比單獨(dú)使用涂片法提高了19.0%,而特異度為92.0%,僅比單獨(dú)涂片法降低了6%,說明LF-LAM與痰涂片鏡檢聯(lián)合使用有助于結(jié)核病的診斷[18]。殷曉云等[23]使用蛋白芯片檢測了74例EPTB患者的血清LAM,結(jié)果顯示敏感度為56.8%,特異度為83.2%,提示LAM檢測對較難診斷的EPTB有重要意義。

        2.1.4ESAT-6檢測 ESAT-6是由MTB短期培養(yǎng)濾液純化而來,屬早期特異性分泌蛋白[21]。Mehta等[24]通過I-PCR方法,單獨(dú)檢測42例EPTB患者胸水標(biāo)本中的ESAT-6,結(jié)果顯示敏感度為38.1%,特異度為93.3%。

        2.2 多種抗原聯(lián)合檢測

        2.2.1Ag85B、ESAT-6與索狀因子聯(lián)合檢測 索狀因子(6,6-雙分枝菌酸海藻糖)是存在于有毒力的MTB細(xì)胞壁中的脂質(zhì)成分[25]。利用I-PCR方法對40例EPTB患者血清中的Ag85B、ESAT-6與索狀因子進(jìn)行聯(lián)合檢測,結(jié)果顯示敏感度和特異度分別為77.5%和92.0%[25]。在此研究的基礎(chǔ)上,同樣利用I-PCR方法,對40例EPTB患者的胸膜液標(biāo)本進(jìn)行抗原聯(lián)合檢測,結(jié)果表明其敏感度和特異度為61.9%和92.0%,均低于單獨(dú)檢測Ag85B[24]。

        2.2.2培養(yǎng)濾液蛋白10與ESAT-6聯(lián)合檢測

        培養(yǎng)濾液蛋白10(culture filtrate protein-10, CFP-10)也是由MTB短期培養(yǎng)濾液純化而來的,可刺激機(jī)體產(chǎn)生特異性抗體[21]。CFP-10和ESAT-6的表達(dá)可以作為MTB感染后的早期檢測,對于診斷活動(dòng)性結(jié)核也具有重要意義?;谘鍖W(xué)的方法對21例EPTB患者的血清標(biāo)本進(jìn)行抗原聯(lián)合檢測,敏感度為85.7%,同時(shí)在健康人與高危人群中也表現(xiàn)出了高特異度(87.1%~100%)[26]。

        2.2.3結(jié)核特異性抗原與植物凝集素比率的檢測 植物凝集素(phytohemagglutiinin, PHA)的值反映了免疫抑制的作用,可用于判斷不同免疫狀態(tài)的EPTB患者結(jié)核特異性抗原(tuberculosis-specific antigen,TBAg)檢測的可信度[27]。Wang等[28]選擇了CFP-10與ESAT-6聯(lián)合抗原作為TBAg,對734例EPTB血清標(biāo)本通過結(jié)核感染T細(xì)胞斑點(diǎn)試驗(yàn)(tuberculous T cell enzyme-linked immuno-spot assay,T-SPOT.TB)的方法分析TBAg/PHA比率,以0.2作為閾值來區(qū)分EPTB與非EPTB,結(jié)果表明敏感度和特異度為70.8%和91.6%。此外,在抗結(jié)核治療期間,TBAg/PHA比率顯著降低,表明該值也可用于監(jiān)測治療效果[28]。

        此外,還可根據(jù)結(jié)核感染時(shí)機(jī)體的免疫學(xué)反應(yīng),通過γ干擾素釋放試驗(yàn)(interferon-gamma release assay, IGRA)及血清中多種抗體的檢測,對肺外結(jié)核進(jìn)行輔助診斷[23,27]。

        3 結(jié)核分枝桿菌的分子生物學(xué)檢測

        分子生物學(xué)檢測方法將結(jié)核病的診斷提高到了分子和基因的水平。通過直接檢測標(biāo)本中MTB的特異性靶基因,能夠更敏感、更快速地檢出標(biāo)本中MTB的核酸成分,大幅度提高診斷的敏感度與特異度。

        3.1 實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)

        實(shí)時(shí)熒光定量PCR(realtime fluorescence quantitative PCR, FQ-PCR)技術(shù)是在PCR指數(shù)擴(kuò)增期間,通過連續(xù)監(jiān)測熒光信號(hào)的變化,并與加入的已知定量標(biāo)準(zhǔn)品比較,來分析目的基因的拷貝數(shù),實(shí)現(xiàn)對核酸的實(shí)時(shí)定量[29]。早期所用的FQ-PCR法檢測的靶標(biāo)是MTB基因的保守片段,可動(dòng)態(tài)檢測標(biāo)本中MTB-DNA的含量,不受細(xì)菌表型和耐藥性影響[30]。FQ-PCR法用于結(jié)核病診斷,其敏感度和特異度明顯高于涂片法,且操作簡便、快速、便于推廣、無須特殊精密儀器,對于結(jié)核病尤其是EPTB的診斷具有較高的應(yīng)用價(jià)值。李艷紅等[31]對22例EPTB患者的體液標(biāo)本同步檢測,結(jié)果表明FQ-PCR法的陽性率、敏感度、特異度分別為86.4%、95.0%和100%,高于涂片法的59.0%、60.0%和50.0%。

        目前,最常用的FQ-PCR法是Xpert Mtb/RIF [XpertMycobacteriumtuberculosis(MTB)/rifampicin (RIF) assay] 技術(shù),該技術(shù)以ropB為靶基因,通過實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增,同時(shí)檢測MTB和利福平(rifampicin,RIF)耐藥[32]。2013年,WHO建議將Xpert MTB/RIF 用于諸如結(jié)核性淋巴結(jié)炎和結(jié)核性腦膜炎等EPTB的診斷[33]。選取238例EPTB患者的體液標(biāo)本進(jìn)行Xpert Mtb/RIF檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)總體敏感度為65.5%,特異度為100%,其中膿液標(biāo)本的敏感度最高,為88.5%,腦脊液標(biāo)本的敏感度較低,為33.3%[15]。Tadesse等[34]對572例EPTB患者的肺外標(biāo)本進(jìn)行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)總體敏感度和特異度為75.0%和98.0%,其中敏感度最高的是淋巴結(jié)標(biāo)本,為89.8%,表明Xpert Mtb/RIF檢測可用于結(jié)核性淋巴結(jié)炎患者淋巴結(jié)標(biāo)本的初篩。

        雖然Xpert Mtb/RIF檢測和結(jié)核診斷金標(biāo)準(zhǔn)培養(yǎng)法有很高的陽性一致性,且特異度更高,但Xpert MTB/RIF技術(shù)在低細(xì)菌負(fù)荷下具有較差的敏感性,并且無法區(qū)分MTB的活菌和死菌[35-36]。對于骨關(guān)節(jié)和活檢標(biāo)本等需要研磨和均質(zhì)化的標(biāo)本,敏感性也較差[37]。為了克服這一局限,最近開發(fā)了新一代檢測技術(shù)Xpert MTB/ RIF Ultra(GX-Ultra),這個(gè)方法是在Xpert MTB/ RIF的基礎(chǔ)上,添加了MTBC的2個(gè)新靶標(biāo)(IS1081和IS6119),較大提高了在低細(xì)菌負(fù)荷下的靈敏度[38-39]。通過GX-Ultra檢測82例涂陰肺外標(biāo)本的敏感度可達(dá)75.9%[40]。使用208例胸膜結(jié)核患者的胸膜液標(biāo)本對Xpert Ultra和Xpert的性能進(jìn)行分析,Xpert Ultra的敏感性為44.2%,高于Xpert的19.23%,二者特異性均為98.7%[41]。

        3.2 DNA探針技術(shù)

        探針技術(shù)主要包括核酸雜交探針、線性探針測定和核酸擴(kuò)增測試(nucleic acid amplification testing, NAAT)等[42],使用寡核苷酸探針鑒定DNA靶標(biāo),這些方法不依賴于核酸擴(kuò)增來為測試提供足夠數(shù)量的靶分子。已經(jīng)選擇的靶標(biāo)包括來自16S或23S rRNA基因的基因間隔區(qū)(internal transcribed spacer, ITS)、MPB64基因、插入序列986或6110等[43]。Wang等[42]基于插入序列6110開發(fā)IS4引物和探針,設(shè)計(jì)了一種新型實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的NAAT,并對130例臨床標(biāo)本進(jìn)行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn),肺部標(biāo)本的臨床敏感度和特異度為92.0%和76.9%,肺外標(biāo)本的臨床敏感度和特異度為92.3%和86.8%。值得注意的是,IS4雖可以區(qū)分MTB和非結(jié)核分枝桿菌,但不能區(qū)分活菌和死菌,因此不適于治療監(jiān)測。

        3.3 實(shí)時(shí)熒光核酸恒溫?cái)U(kuò)增檢測技術(shù)

        實(shí)時(shí)熒光核酸恒溫?cái)U(kuò)增檢測技術(shù)(simultaneous amplification and testing, SAT)是近年研發(fā)的一項(xiàng)技術(shù),以MTB特異的16S rRNA為檢測靶標(biāo),在同一溫度(42 ℃)以RNA為起始模板,通過莫洛尼鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(moloney murine leukemia virus,MMLV-RT)產(chǎn)生1個(gè)雙鏈DNA拷貝,然后利用T7 RNA多聚酶(T7 RNA polymerase,T7RNP)從該拷貝產(chǎn)生100~1 000個(gè)RNA拷貝,通過恒溫RNA擴(kuò)增技術(shù)擴(kuò)增產(chǎn)物雜交后釋放出熒光信號(hào),對熒光信號(hào)進(jìn)行實(shí)時(shí)檢測,從而快速準(zhǔn)確地判斷待檢樣本中是否有MTB存在[44]。對433例EPTB樣本進(jìn)行檢測,結(jié)果表明,培養(yǎng)法的敏感度和特異度為29.3%和98.0%,而SAT檢測的敏感度和特異度為83.6%和79.4%[45]。由于RNA只存在于活菌中,在疾病活動(dòng)性、藥物療效檢測方面有較高的臨床價(jià)值,且RNA極易降解,可有效避免污染。

        3.4 液滴數(shù)字PCR技術(shù)

        液滴數(shù)字PCR技術(shù)(droplet digital PCR, ddPCR)是最近開發(fā)的一種高靈敏PCR方法,可以成功量化結(jié)核病患者血液樣本中的CFP-10和結(jié)核分歧桿菌Rv1768基因DNA微量拷貝數(shù),且比FQ-PCR更敏感,ddPCR對CFP-10檢測限為1.2拷貝·μL-1,而FQ-PCR為15.8拷貝·μL-1[46]。通過ddPCR對28名肺結(jié)核患者及28名EPTB患者的血液標(biāo)本進(jìn)行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)肺結(jié)核和EPTB標(biāo)本的敏感度均為100%[47]。ddPCR可在感染3周后檢測到低水平的MTB-DNA,適合用于疫苗開發(fā)、體內(nèi)細(xì)菌負(fù)荷評估和早期結(jié)核病的診斷[46]。

        4 不同檢測方法對于診斷EPTB的效能比較

        目前,EPTB的微生物學(xué)診斷方法主要包括細(xì)菌學(xué)檢查方法、MTB抗原檢測和MTB核酸檢測,不同檢測方法的優(yōu)缺點(diǎn)、適用范圍存在差異(表1)。細(xì)菌學(xué)檢查方法是國內(nèi)外普遍應(yīng)用的實(shí)

        表1 EPTB常用微生物學(xué)檢測方法的比較Table 1 Comparison of microbiological detection methods for extapulmonary tuberculosis

        驗(yàn)室檢查方法,但臨床中的標(biāo)本含菌量較低,難以達(dá)到涂片法要求的細(xì)菌數(shù)量,而培養(yǎng)法耗時(shí)較長,不適用于EPTB的快速診斷??乖瓩z測可使用血清標(biāo)本、活檢標(biāo)本或福爾馬林固定的活檢標(biāo)本,相較于細(xì)菌學(xué)檢查方法對標(biāo)本的含菌量要求不高,且適用于EPTB的早期診斷,但不同的抗原敏感度和特異性仍存在一定差異。核酸檢測能夠更敏感、更快速地檢出標(biāo)本中MTB的核酸成分,適用于EPTB的早期快速診斷。

        5 展望

        隨著免疫缺陷和免疫受損人群的增多,MTB的感染率增加,肺外組織和器官的感染也在增加。同肺內(nèi)結(jié)核病相比,EPTB患者缺乏特異性的臨床表現(xiàn), EPTB的早期診斷是臨床上的一大難題。由于EPTB不同感染部位的限制,在很大一部分病人中不易獲得適于實(shí)驗(yàn)室檢查的標(biāo)本,因此,探索不受標(biāo)本類型限制的早期、快速、敏感、特異的新診斷方法,是今后研發(fā)新型標(biāo)志物的方向。另一方面,目前正在研究和應(yīng)用的診斷技術(shù),對EPTB的診斷效能很大程度上受標(biāo)本類型、結(jié)核病地區(qū)負(fù)荷的影響,在今后的研究中,應(yīng)進(jìn)一步評估影響這些技術(shù)診斷效能的因素。在此基礎(chǔ)上,兼顧診斷方法的經(jīng)濟(jì)適用性和使用廣泛性,以提高EPTB實(shí)驗(yàn)室診斷效能,早期、有效地對EPTB進(jìn)行防控和治療。

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        痰涂片與痰培養(yǎng)在下呼吸道感染診斷中的比較
        直腸FH檢測剩余液涂片用于評估標(biāo)本取材質(zhì)量的探討
        第一次做核酸檢測
        快樂語文(2021年34期)2022-01-18 06:04:14
        核酸檢測
        中國(俄文)(2020年8期)2020-11-23 03:37:13
        全體外預(yù)應(yīng)力節(jié)段梁動(dòng)力特性對于接縫的敏感度研究
        電視臺(tái)記者新聞敏感度培養(yǎng)策略
        新聞傳播(2018年10期)2018-08-16 02:10:16
        在京韓國留學(xué)生跨文化敏感度實(shí)證研究
        低溫高速離心沉淀集菌涂片法查分枝桿菌與直接涂片法查分枝桿菌的比較研究
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