賀會利,謝永平*,龐彬輝,毛素梅,曾 飛
(1.廣西獸醫(yī)研究所,廣西南寧 530001;2.廣西獸醫(yī)生物技術重點實驗室,廣西南寧 530001;3.廣西桂東靈長類開發(fā)實驗有限公司,廣西梧州 543100)
食蟹猴(machin)屬于靈長目(Primate)猴科(Cercopithecidae)獼猴屬(Macaca)。由于其遺傳基因與人類的遺傳基因相似度可達98.5%,同時具有體型較小、性格溫順等優(yōu)點,因此常被作為國內外重要的實驗動物研究模型[1]。隨著世界科學研究中對試驗結果的準確度要求不斷提高,對試驗用猴的需求增多的同時對質量的要求也越來越高,但一些國家限制了食蟹猴的出口,導致實驗動物的流通數(shù)量不斷減少,這加速了廣西食蟹猴養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展[2]。在各種疫病中,寄生被認為是最重要的問題[3]。食蟹猴感染寄生蟲后對自身造成了生理、生化以及免疫學指標的變化,對試驗結果的準確性造成一定的干擾,為了提高實驗猴質量和養(yǎng)殖場的經濟效益,必須加強對猴群寄生蟲的控制與凈化。
結腸小袋蟲(Balantioidescoli,B.coli)屬于纖毛蟲門、動基裂綱、毛口目、小袋蟲科、小袋蟲屬,1857年首次從人體的糞便中發(fā)現(xiàn)該蟲體[4]。B.coli發(fā)育的過程中有滋養(yǎng)體和包囊兩種形態(tài)。滋養(yǎng)體主要以橫二分裂法增殖,蟲體極易變形,在不利的環(huán)境中形成包囊,包囊可在室溫條件下存活2月之久[5],包囊不易受環(huán)境壓力影響,是病原體的傳播階段。由于結腸小袋蟲產生蛋白水解酶,會損傷結腸黏膜,蟲體利用損傷部位侵入腸壁[6],寄生在動物腸道,導致動物機體腹瀉、結腸充血、出血、潰瘍和穿孔等,結腸小袋蟲是一種危害較大的人畜共患寄生性原蟲,必須給予足夠的重視[7]。目前認為豬是主要的傳播源,主要流行于熱帶和亞熱帶地區(qū),可感染包括人在內的30多種動物,人感染后可造成腸道潰瘍,甚至可轉移至呼吸道、尿生殖道、盆腔等部位寄生,造成壞死性肺、尿道感染、子宮陰道炎癥、膀胱炎等[8]。
糞便檢查對于診斷寄生蟲病有著非常重要的意義,對糞便樣品進行人工鏡檢法是目前寄生蟲檢測常用的方法,但由于標本量多,鏡檢速度較慢,易對操作者造成眼疲勞,并且存在一定的生物安全問題,因此常規(guī)的糞便檢查方法亟待改善[9]。近年來,隨著現(xiàn)代分子生物學技術的發(fā)展,聚合酶鏈反應(PCR)因其較高的敏感性、特異性及能夠提供病原體在體內存在的直接證據(jù),在其診斷中展示了廣闊的應用前景[10]。人們能直接從DNA分子水平上來對寄生蟲進行相關研究,從而避開了顯微鏡觀察的過程。因此,獲得高質量的總DNA就成為這些研究的必要前提。
1.1.1 樣品的采集和處理 廣西地區(qū)食蟹猴飼養(yǎng)場新鮮的腹瀉猴糞樣品,采集后立即鏡檢,確定是否有結腸小袋蟲滋養(yǎng)體和包囊。
1.1.2 試劑 糞便基因組DNA提取試劑盒、通用型柱式基因組DNA提取試劑盒、蛋白酶K、酚、氯仿、異戊醇、2×TaqMasterMix (Dye)、DNA Marker DL 2000、磷酸鹽緩沖液(PBS)、TE緩沖液、十二烷基硫酸鈉(SDS)、酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1)、氯仿∶異戊醇(24∶1)、無水乙醇,北京康為世紀生物科技有限公司產品;植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型),上海捷瑞生物工程有限公司產品;BIOWEST凝膠瓊脂,GENE公司產品。
1.1.3 儀器 PCR儀,天根生化科技(北京)有限公司產品;凝膠成像系統(tǒng),自Bio-Rad公司產品;超微量核酸蛋白分析儀,五洲東方公司產品。
1.2.1 引物設計 根據(jù)GenBank中已經發(fā)表的結腸小袋蟲序列(登錄號:MG837094.1),利用Oligo7軟件設計PCR引物,具體引物信息見表1。引物由廣州華大基因科技有限公司合成。
表1 引物
1.2.2 糞便中結腸小袋蟲DNA的提取 應用3種不同的商品化的試劑盒,按照試劑盒說明書提取樣品中的DNA,經典酚-氯仿法參考李霞[11]等人的操作方法進行提取。每種方法每個樣品重復3次,提取的DNA置于-20℃保存,用于核酸含量以及分子檢測。
1.2.3 DNA含量的測定 采用核酸核酸蛋白分析儀分別對通用型柱式基因組DNA提取試劑盒,植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型),糞便基因組DNA提取試劑盒和經典酚-氯仿法4種方法抽提的DNA含量進行測定,重復3次。
1.2.4 PCR擴增 以DNA為模板,應用上述PCR引物(xmc-F/xmc-R,本實驗室保存)進行PCR擴增,其PCR體系為25 μL,分別為2×TaqMasterMix 13 μL、ddH2O 7 μL、引物各1 μL、模板DNA 3 μL。PCR擴增反應程序為:94℃ 5 min;94℃ 45 s,65℃ 1 min,72℃ 1 min,35個循環(huán);72℃ 10 min。
1.2.5 電泳及測序 將PCR擴增產物在15 g/L 的瓊脂糖凝膠上進行電泳,然后將有目的條帶的PCR產物進行膠回收、克隆、測序,準確后用試劑盒進行提取質粒。
采用核酸核酸蛋白分析儀分別對通用型柱式基因組DNA提取試劑盒,植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型),糞便基因組DNA提取試劑盒和經典酚-氯仿法4種方法抽提的DNA含量進行測定,均值分別為25.6、32.9、42.05、12.3 ng/μL。
將PCR產物進行凝膠瓊脂電泳,如圖1所示,獲得了以下結果。
M.DNA標準DL 2 000;1.通用型柱式基因組DNA提取試劑盒;2.植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型);3.糞便基因組DNA提取試劑盒;4.經典酚-氯仿法;5.陰性對照M.DNA Marker DL 2 000;1.Universal genomic DNA kit;2.Plant genomic DNA kit;3.Stool genomic DNA kit;4.The phenol-chloroform extraction method;5.Negative control
利用糞便抽提試劑盒對68份廣西地區(qū)采集的腹瀉糞便進行DNA提取,12份為結腸小袋蟲陽性,與鏡檢結果進行對比驗證,結果顯示兩者的符合率為100%(圖2)。
M.DNA 標準 DL 2 000;1~22.臨床樣品檢測編號;23.陰性對照M.DNA Marker DL 2 000;1-22.Clinical samples;23.Negative control
近年來隨著動物醫(yī)學和生物學的大力發(fā)展,對實驗猴的需求量增加,同時對其等級質量要求也在提高,廣西因其優(yōu)越的地理位置及環(huán)境,成為全國人工養(yǎng)殖量最多的食蟹猴養(yǎng)殖基地,對其但隨著試驗猴集約化養(yǎng)殖程度的提高,寄生蟲感染狀況也日益凸顯,食蟹猴感染寄生蟲后對自身造成了生理、生化及免疫學指標的變化,對試驗結果的準確性造成一定的干擾[12]。研究發(fā)現(xiàn),試驗用猴結腸小袋蟲感染率為3.27%[13]。結腸小袋蟲感染動物機體后可使自身免疫力下降,導致結腸小袋蟲的大量繁殖,造成飼料的轉化率下降,并且容易繼發(fā)細菌或病毒感染,加重病情,嚴重時可致動物死亡,并傳播感染其他動物,給養(yǎng)殖業(yè)造成一定的經濟損失。
在非損傷性取樣材料中,動物糞便作為分析樣品,提取其DNA進行遺傳分析和分子生態(tài)學研究具有較好的實際意義和應用價值[14]。自1992年糞便DNA分析技術逐步發(fā)展起來,發(fā)展了多種糞便DNA提取方法,也證實了糞便DNA分析技術的穩(wěn)定性和可行性[15]。但仍存在很多問題,首先,由于糞便材料的特殊性,糞便中動物細胞分布不均,糞便中DNA含量少,容易降解[16],并且其成分比較復雜,含有大量末消化的食物殘渣、膽堿等雜質成分[17],因糞便中干擾因素多,增加了樣品DNA的提取和基因擴增的難度,甚至增加基因分型的錯誤率等[18]。其次,物種和個體之間的差異導致各種提取方法通用性不好,致使試驗中存在擴增成功率低。再次,從糞便中提取總DNA的方法眾多,采用不同的提取方法獲得的DNA含量和純度也不同[19]。提取結果受到多重因素的影響,如樣品的采集的方法、保存的條件等等,忽視其中任何一個環(huán)節(jié),都會給試驗結果帶來不利影響甚至導致試驗失敗,進而影響后續(xù)試驗,這是阻礙糞便DNA提取技術推廣的主要原因。故基因組DNA的成功提取及穩(wěn)定的PCR反應體系的建立成為開展該方面研究的前提。因此,針對不同的動物應選取不同的提取程序,并加以適當?shù)母倪M。選擇構建一套效果好、通用性好、性價比高的糞便樣品總DNA提取方法相當重要,可以大大推進糞便DNA診斷技術的推廣。
為了比較不同抽提方法對結腸小袋蟲DNA的提取效率和質量及對結腸小袋蟲PCR檢測的影響,本試驗采用3種商品化基因組DNA提取試劑盒和經典酚-氯仿法,分別對糞便樣品進行DNA提取,測定濃度,作為模板,進行PCR檢測,觀察不同抽提方法提取DNA的擴增效果。結果顯示,4種提取方法均能擴增出目的條帶,糞便抽提試劑盒的PCR擴增效果最好,通過此方法獲得的DNA含量達到42.05 ng/μL。王宏等[20]通過采用糞便基因組DNA提取試劑盒對獼猴的新鮮水樣糞便進行基因組DNA的提取,測得DNA質量濃度也達到40 mg/L以上。單磊等[21]也證實商品化的抽提試劑盒具有一定的優(yōu)越性。同時利用糞便抽提試劑盒對68份廣西地區(qū)采集的腹瀉糞便進行DNA提取,進行PCR檢測,結果顯示陽性率為17.65%(12/68),與鏡檢結果相一致。