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        基于三維可視化的計算機(jī)輔助痛風(fēng)診斷方法

        2021-01-20 07:57:36胡顏民田聯(lián)房
        計算機(jī)工程與設(shè)計 2021年1期
        關(guān)鍵詞:可視化區(qū)域方法

        胡顏民,李 彬+,柏 瑞,田聯(lián)房

        (1.華南理工大學(xué) 自動化科學(xué)與工程學(xué)院,廣東 廣州 510640;2.廣東高尚醫(yī)學(xué)影像診斷中心 放射科,廣東 廣州 510017)

        0 引 言

        臨床診斷上,痛風(fēng)常因為癥狀不明顯或相似而被忽視或誤診為其它關(guān)節(jié)炎。同時,痛風(fēng)發(fā)病持續(xù)時間長且疼痛感劇烈,因此痛風(fēng)診斷需要極高的準(zhǔn)確性。傳統(tǒng)的痛風(fēng)診斷方法主要依賴于普通醫(yī)學(xué)影像、血尿酸檢測和關(guān)節(jié)穿刺,但它們中有的缺乏較高的特異性,有的技術(shù)要求高且有感染風(fēng)險。近些年,計算機(jī)輔助[1]及可視化技術(shù)[2]出現(xiàn)并逐步應(yīng)用到醫(yī)學(xué)診斷領(lǐng)域,幫助醫(yī)生十分便利地獲取醫(yī)學(xué)圖像上所不能直接呈現(xiàn)的信息,提高了很多病癥的診斷準(zhǔn)確率。在痛風(fēng)診斷領(lǐng)域,相對于Takeuchi等提出的磁場結(jié)合紅外光線檢測方法[3]及Curran等提出的RS光譜法[4],雙能量CT(dual energy computed tomography,DECT)檢測方法能依據(jù)不同能量下的衰減差異對物質(zhì)進(jìn)行分離,對尿酸鹽晶體具有更好的敏感性和特異性[5]。

        基于上述因素,本文提出了一種基于三維可視化的計算機(jī)輔助痛風(fēng)診斷方法。以雙能量CT為基礎(chǔ),將邏輯回歸與三維可視化方法應(yīng)用于痛風(fēng)診斷。經(jīng)過實驗驗證,本方法能精確地對骨質(zhì)區(qū)域與尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域進(jìn)行分割,并可在二維和三維上清晰顯示尿酸鹽結(jié)晶分布狀況,結(jié)合相應(yīng)指標(biāo)定量統(tǒng)計分析,能有效輔助醫(yī)生進(jìn)行痛風(fēng)診斷,提高診斷準(zhǔn)確率,盡可能避免漏診誤診的情況發(fā)生。

        1 基于三維可視化的痛風(fēng)診斷方法概述

        依據(jù)方法實現(xiàn)流程,可將方法大致分為四大部分:雙能量CT序列讀取、骨質(zhì)與尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域分割、三維重建和尿酸鹽結(jié)晶偽影去除,方法流程具體如圖1所示。

        圖1 方法流程

        其中,雙能量CT序列的讀取主要涉及到DICOM圖片格式的解析;骨質(zhì)與尿酸鹽區(qū)域的分割部分主要分為了3步:閾值分割[6]、區(qū)域增長[7]及邏輯回歸(logistic regression,LR)[8];三維重建使用MC(marching cubes)面繪制算法[9],可以細(xì)分為骨質(zhì)區(qū)域三維重建及尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域三維重建兩個部分;尿酸鹽結(jié)晶偽影去除利用的是一種類似于切割的算法。方法中的各個部分之間相互聯(lián)系,共同協(xié)作,從二維及三維可視化和指標(biāo)定量分析兩個角度輔助醫(yī)生進(jìn)行痛風(fēng)診斷。

        2 骨質(zhì)及尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域分割方法實現(xiàn)

        雙能量CT中,人體組織的CT值范圍是-1000HU~+2000HU,骨組織的CT范圍在+100HU~+1600HU[10],而尿酸鹽結(jié)晶的CT值在+600HU~+1100HU之間,二者CT值范圍重合,因而需要對其進(jìn)行分割。

        本研究共分3步對骨質(zhì)及尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域進(jìn)行分割,如圖1中所示,并將上一步的分割結(jié)果作為下一步的輸入。具體步驟如下:

        (1)設(shè)定閾值,利用閾值分割將骨組織及尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域與其它人體組織區(qū)域分離;

        (2)利用區(qū)域增長選取若干個聯(lián)通的骨組織及尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域;

        (3)設(shè)計邏輯回歸分類器,將得到的若干區(qū)域二分類成骨質(zhì)區(qū)域和尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域。

        2.1 閾值分割與區(qū)域增長

        閾值分割與區(qū)域增長都是基于三維數(shù)據(jù),它們的作用主要是將骨質(zhì)區(qū)域及尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域與其它人體組織區(qū)域分離。閾值分割實現(xiàn)骨質(zhì)及尿酸鹽晶體與人體其它組織分離,效果如圖2所示。由于尿酸鹽晶體可能含有很多小區(qū)域,普通的區(qū)域增長方法需要手動依次選取種子點(diǎn),操作繁瑣且效率不高,利用限定區(qū)域內(nèi)隨機(jī)取點(diǎn)的方式自動選取種子點(diǎn),可以自動進(jìn)行區(qū)域增長,效率有很大提升,效果如圖3所示。

        圖2 閾值分割效果

        圖3 區(qū)域增長效果

        2.2 邏輯回歸分類器設(shè)計

        雙能量CT序列表示的是物質(zhì)分別在80 KV和140 KV電壓的X射線下顯示出來的CT值,所以對于三維數(shù)據(jù)場中的每一個數(shù)據(jù)點(diǎn)起始就具有兩個特征:80 KV下的CT值和140 KV下的CT值。經(jīng)過統(tǒng)計骨質(zhì)與尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域每個數(shù)據(jù)點(diǎn)的這兩個特征,可以發(fā)現(xiàn)如圖4所示分布,圖中以140 KV下的CT值作為橫軸,80 KV下的CT值作為縱軸,用b表示骨質(zhì)體素,g表示尿酸鹽結(jié)晶。

        圖4 骨質(zhì)與尿酸鹽結(jié)晶數(shù)據(jù)點(diǎn)分布

        從分布圖上可以看出代表骨質(zhì)和尿酸鹽晶體的數(shù)據(jù)點(diǎn)各自聚集在一個區(qū)域中。利用這種分布特點(diǎn),可以用一條線性分界線將兩類數(shù)據(jù)點(diǎn)分開,如圖4中的黑色虛線。而且這明顯是一個二分類問題。在機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域,常用來進(jìn)行線性二分類的有邏輯回歸和支持向量機(jī)(support vector machines,SVM)算法[11],前者計算簡單、解釋性強(qiáng),適用于較大數(shù)據(jù)集,后者計算相對復(fù)雜,對異常值不敏感,不易過擬合,適用于小數(shù)據(jù)集。由于平均一個CT序列有300*512*512個數(shù)據(jù)點(diǎn),其中至少10%是骨質(zhì)及尿酸鹽晶體區(qū)域數(shù)據(jù)點(diǎn),10個CT序列就有上百萬個骨質(zhì)及尿酸鹽晶體數(shù)據(jù)點(diǎn),因而樣本數(shù)據(jù)集是比較大的,再加上邏輯回歸算法計算簡單,易解釋,所以本研究采用了邏輯回歸算法對骨質(zhì)與尿酸鹽晶體進(jìn)行區(qū)域分割。

        這里可以設(shè)定屬于骨質(zhì)區(qū)域的數(shù)據(jù)點(diǎn)標(biāo)簽為1,屬于尿酸鹽晶體區(qū)域的數(shù)據(jù)點(diǎn)標(biāo)簽為0,并將兩者之間的分界線設(shè)定為θ0+θ1x1+θ2x2=0, 其中x1表示140 KV下的CT值,x2表示80 KV下的CT值,θ0、θ1、θ2是待確定的分界線參數(shù)。對于每個數(shù)據(jù)點(diǎn),它分類出的類標(biāo)簽y應(yīng)滿足

        (1)

        (2)

        對于分界線參數(shù)的確定采用梯度下降法,可以得出θ迭代計算的公式

        (3)

        其中,m為樣本數(shù)據(jù)個數(shù),n為待確定參數(shù)個數(shù)。

        下面以向量形式表示θ的迭代過程。訓(xùn)練樣本如下

        (4)

        待確定參數(shù)θ表示為

        (5)

        分界線的表達(dá)式A可表示為

        (6)

        預(yù)測函數(shù)與真實類標(biāo)簽之間的差值E可表示為

        (7)

        由式(3)~式(7)可得待確定參數(shù)θ的迭代公式表示為

        (8)

        θ∶=θ-α·XT·E

        (9)

        其中,α表示每次更新比率,一般取值0.001。

        邏輯回歸算法的步驟可分為以下3步:

        (1)求取分界線的表達(dá)式A=X·θ;

        (2)表示出預(yù)測值與真實值之間的誤差E=g(A)-Y;

        (3)迭代更新待確定參數(shù)θ∶=θ-α·XT·E。

        初始化θ均為1,α取0.001,本研究經(jīng)過500次迭代之后,得到θ0=-10,θ1=1.2,θ2=-1, 因而分界線方程可以表示為: -10+1.2x1-x2=0。 利用該分界線分割骨質(zhì)區(qū)域與尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域效果如圖5所示。

        圖5 骨質(zhì)與尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域分割效果

        3 三維重建及尿酸鹽結(jié)晶偽影去除

        3.1 三維重建

        本研究采用基于MC(marching cubes)的面繪制三維重建方法。面繪制的原理是利用體元建立三角形網(wǎng)絡(luò),而后渲染得到三維模型。相對于體繪制三維重建方法,面繪制雖然顯示效果略差,但渲染速度快?;谀壳耙延械难芯砍晒鸞12],實現(xiàn)了骨質(zhì)與尿酸鹽晶體區(qū)域的三維重建,并為下一步尿酸鹽結(jié)晶的偽影去除提供了前提。

        3.2 尿酸鹽結(jié)晶偽影去除

        在醫(yī)學(xué)影像中,偽影是造成診斷結(jié)果假陽性的主要因素之一。雖然DECT檢測對尿酸鹽結(jié)晶有極高的敏感性和特異性,但仍然不排除偽影的存在。在痛風(fēng)檢測中,最常見的偽影主要有指(趾)甲偽影、皮膚偽影、亞毫米級偽影、運(yùn)動偽影及血管鈣化偽影等[13]。這些偽影都是因為在雙能量下CT值與尿酸鹽結(jié)晶相近或不確定的噪聲而造成的。當(dāng)前幾乎沒有方法能夠完全避免,只能通過三維模型交互式地去除,減小診斷結(jié)果的假陽性率。

        本文采用的尿酸鹽結(jié)晶偽影去除方法大致分為3步,如下:

        (1)依據(jù)三維模型,確定顯示尿酸鹽結(jié)晶是否為偽影;

        (2)繪制分割面,更改尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域和骨質(zhì)區(qū)域標(biāo)記;

        (3)重新進(jìn)行三維重建,得到去除偽影后的三維模型及相應(yīng)的指標(biāo)統(tǒng)計量。

        對于第(1)步,尚還需要依賴醫(yī)生進(jìn)行判斷,第(3)步基本上是重復(fù)三維重建操作。因此,第(2)步是偽影去除算法的核心,采用類似于切割的方法,只是用更改標(biāo)記代替刪除三角網(wǎng)絡(luò)。在分割面的繪制上,為了應(yīng)對不同且復(fù)雜的偽影存在情況,提供了單平面、角型平面、半閉合平面、全封閉平面4種繪制方式。各個偽影分割面分割示意如圖6所示。

        圖6 分割面繪制方式

        基于體素級的分割方式需要遍歷三維數(shù)據(jù)場中的每一個體素點(diǎn)P(i,j,k), 繪制分割面時,只需要根據(jù)需求依次在屏幕上選取P1→P2→P3→P4(兩個及以上,無須選全),然后就可生成相應(yīng)分割面。然后判斷分割面上一點(diǎn) (P1或P2或P3) 到體素點(diǎn)P的向量是否與分割面正法線方向一致(內(nèi)積是否大于零),若方向一致,且該體素點(diǎn)原來的標(biāo)記為0,就將標(biāo)記改為1,將該點(diǎn)從尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域變更為骨質(zhì)區(qū)域,否則不做更改。

        在三維模型上繪制分割面的示意圖如圖7所示。

        圖7 三維模型上偽影去除效果

        4 評估指標(biāo)設(shè)計與分析

        4.1 痛風(fēng)指標(biāo)定量評估

        在痛風(fēng)診斷上,總尿酸鹽結(jié)晶容積是反映痛風(fēng)狀態(tài)的重要指標(biāo),病患是否是痛風(fēng)發(fā)作,痛風(fēng)臨床分期情況如何都與總尿酸鹽結(jié)晶容積多少具有正相關(guān)關(guān)系[14]。此外,通過不同治療階段總尿酸鹽結(jié)晶容積的變化情況,還能對病患取得的療效等就診后狀況進(jìn)行評估。

        總尿酸鹽結(jié)晶容積的大小一定程度上依賴于先前區(qū)域分割及偽影去除操作的準(zhǔn)確度,其計算公式為

        (10)

        Vp=Xspacing*Yspacing*Zspacing

        (11)

        4.2 三維可視化視覺評估

        三維可視化視覺評估是為了配合定量評估而設(shè)計出來的評估方法。因為尿酸鹽結(jié)晶沉積最多的區(qū)域位于足踝部踝關(guān)節(jié)、跗骨間關(guān)節(jié)及跖趾關(guān)節(jié)等關(guān)節(jié)處,而這一特性無法從總尿酸鹽結(jié)晶容積上反映出來。再者,圖像比數(shù)字描述的內(nèi)容更多,通過三維模型可視化視圖,醫(yī)生能夠更為直觀獲取尿酸鹽結(jié)晶的分布情況,從而避免診斷過程中因為空間信息的缺乏而導(dǎo)致一些不確定性。

        三維可視化視覺評估的方法,主要是通過建立骨質(zhì)區(qū)域三維模型、尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域三維模型和二者組合模型,來確定尿酸鹽結(jié)晶的分布情況,特別是在常見的關(guān)節(jié)處的分布情況。

        5 實驗結(jié)果分析

        本研究所提方法從尿酸鹽結(jié)晶總?cè)莘e痛風(fēng)指標(biāo)及三維可視化兩個方面輔助醫(yī)生進(jìn)行痛風(fēng)診斷。為了更好評估其準(zhǔn)確性,這里做了兩類對照實驗。一類是定量尿酸鹽結(jié)晶與本方法測量結(jié)果作為對比,另一類是西門子工作站后處理痛風(fēng)測量方法與本方法作為對比。本方法運(yùn)行環(huán)境硬件:HP Z800 Workstation、CPU Intel Xeon(R) X5690、顯卡Nvidia Quadro 5800 4G;軟件:Win7 64位操作系統(tǒng)、VS 2008。同時,實驗所采用的CT圖像數(shù)據(jù)均來自于廣東高尚醫(yī)學(xué)影像診斷中心。

        5.1 痛風(fēng)指標(biāo)定量評估結(jié)果分析

        定量尿酸鹽結(jié)晶對比實驗使用了豬肘作為研究對象,因為其與人體骨骼的CT值近似。將定量的尿酸鹽結(jié)晶放入豬肘指定位置,經(jīng)過雙能量CT機(jī)掃描得到雙能量CT圖像序列,然后用本文方法檢測尿酸鹽結(jié)晶,通過比較前后容積差值來評估本方法檢測尿酸鹽結(jié)晶的準(zhǔn)確性,詳細(xì)結(jié)果見表1。一共進(jìn)行了兩次實驗,分別命名為Test-1和Test-2,Test-1在一個位置放置了尿酸鹽結(jié)晶,Test-2在3個位置放置了尿酸鹽結(jié)晶,從表中可以看出,本方法測量尿酸鹽結(jié)晶的偏差率在7%以內(nèi)。

        表1 定量尿酸鹽結(jié)晶與本方法檢測結(jié)果對比

        西門子后處理痛風(fēng)測量方法準(zhǔn)確度較高,可以通過實驗對比其與本文方法的尿酸鹽結(jié)晶容積檢測準(zhǔn)確性,詳細(xì)結(jié)果見表2??梢钥闯霰疚姆椒y量出的尿酸鹽結(jié)晶容積與西門子方法測量出的差異不大。

        表2 西門子檢測結(jié)果與本方法檢測結(jié)果對比

        5.2 三維可視化視覺評估結(jié)果分析

        三維可視化是本文方法輔助進(jìn)行痛風(fēng)診斷的另一個重要方式,可以從視覺的角度給予醫(yī)生尿酸鹽結(jié)晶在各個部位的空間分布信息。從西門子后處理痛風(fēng)檢測方法中得到啟發(fā),對于三維重建得到的模型,可以用不同深度的顏色表示骨質(zhì)及尿酸鹽結(jié)晶,如圖8所示。

        圖8 三維可視化視覺評估效果

        從圖8中可以看出骨質(zhì)區(qū)域與尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域區(qū)分效果明顯,通過呈現(xiàn)出的三維模型可以清楚地明確是否有尿酸鹽結(jié)晶,以及尿酸鹽結(jié)晶量的多少和位置等信息,而這是骨科醫(yī)生從CT圖像中直接較難獲取到的。因此,通過三維可視化的方式,能清楚展示出尿酸鹽結(jié)晶在各個部位的分布情況,這不僅有利于醫(yī)生進(jìn)行痛風(fēng)診斷,而且對于后續(xù)切除尿酸鹽結(jié)晶手術(shù)方案的制定有很大的積極意義。

        6 結(jié)束語

        本文介紹了一種基于三維可視化的計算機(jī)輔助痛風(fēng)診斷方法,詳細(xì)介紹了方法實現(xiàn)流程及各個部分涉及到的理論知識,同時,通過多組實驗從痛風(fēng)評估指標(biāo)和三維可視化兩個角度驗證了該方法輔助痛風(fēng)診斷的可行性。本文方法的核心在于尿酸鹽結(jié)晶區(qū)域與骨質(zhì)區(qū)域的分離以及尿酸鹽結(jié)晶偽影去除的實現(xiàn)。對比實驗結(jié)果表明,該方法能在一定程度上準(zhǔn)確統(tǒng)計各部分尿酸鹽結(jié)晶容積以及總?cè)莘e,并可以從二維、三維可視化的角度對各個部分分布的尿酸鹽結(jié)晶進(jìn)行顯示,這說明本文方法能有效輔助醫(yī)生進(jìn)行痛風(fēng)診斷,且對以后尿酸鹽結(jié)晶切除的手術(shù)方案設(shè)計及診療后康復(fù)狀況跟蹤有重大的積極意義。

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