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        結(jié)合深度殘差網(wǎng)絡(luò)的SSD肺部結(jié)節(jié)檢測方法①

        2020-12-28 02:37:36李建鋒
        關(guān)鍵詞:檢測模型

        汪 洋, 李建鋒

        (吉首大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院,湖南 吉首 416000)

        0 引 言

        肺部結(jié)節(jié)的診斷是肺癌早期臨床指征的重要指標[1],傳統(tǒng)方法的肺部結(jié)節(jié)診斷方式主要是通過醫(yī)生的臨床經(jīng)驗對患者每一張肺部CT影像進行甄別來判斷肺部結(jié)節(jié)的大小和有無,但是一般情況下,患者完整的CT圖像數(shù)量較多,工作量較大,而且肺部結(jié)節(jié)所占區(qū)域較小,醫(yī)生排查的難度較大,極易造成漏診和誤診[2],所以基于計算機輔助技術(shù)的醫(yī)療診斷影像十分必要。目前,基于計算機診斷技術(shù)肺部CT圖像病癥的診斷大體步驟為肺部分割、結(jié)節(jié)檢測、結(jié)節(jié)分割、結(jié)節(jié)分類,隨著卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的提出,基于深度學(xué)習方法的肺部CT影像計算機診斷技術(shù)得到了進一步的發(fā)展[4],如何通過計算機信息輔助技術(shù)提高患者肺部影像病癥的精度和效率成為眾多科研人員關(guān)注的熱點問題。在two-stage目標檢測方法中RCNN(Region CNN:RCNN)[3]打開了目標檢測的大門后,文獻[6、7]在RCNN基礎(chǔ)上分別提出 Fast RCNN、Faster RCNN改進了RCNN算法,對肺部結(jié)節(jié)的檢測提升了一定的準確率,但檢測速度方面有待提升[8];隨著one-stage目標檢測方法的發(fā)展, YOLO[9]算法提升了目標檢測的速度,但是對目標比較密集的區(qū)域,容易出現(xiàn)漏檢以及檢測錯誤的情況。文獻[11]提出傳統(tǒng)SSD(Single Shot MultiBox Detector:SSD)算法在小目標檢測上的準確度不理想,實際應(yīng)用中對于直徑在5mm-30mm之間的肺部結(jié)節(jié)小目標,檢測更加困難。針對肺部CT影像肺部結(jié)節(jié)的檢測問題,結(jié)合前人的工作基礎(chǔ),提出結(jié)合深度殘差網(wǎng)絡(luò)的SSD算法,改進傳統(tǒng)SDD算法在檢測精度方面的性能。

        1 方法介紹

        1.1 卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)

        卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(Convolutional Neural Network,CNN)最先是由學(xué)者Hubel和Wiesel提出的,其主要結(jié)構(gòu)有卷積層(convolutional layer)和池化層(pooling layer)[10]。學(xué)者 K.Fukushima提出的新識別機實現(xiàn)了該網(wǎng)絡(luò),隨后,許多的研究人員對于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進行了不斷地改進,其中最具代表性是"改進認知機"的提出。該網(wǎng)絡(luò)對二維圖像的特征提取非常有效,目前廣泛用在圖像處理的領(lǐng)域[15]。如圖1所示含有一個隱藏層的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)單元:

        圖1 含有一個隱藏層的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)單元

        根據(jù)上圖的網(wǎng)絡(luò)單元可以得到:

        (1)

        (2)

        (3)

        (4)

        其中:a為隱藏層的輸出,f為激活函數(shù),W為權(quán)重參數(shù),x為網(wǎng)絡(luò)單元的輸入,b為輸出的偏置,h為網(wǎng)絡(luò)單元的輸出,一個完整的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型是由多個圖一所示的網(wǎng)絡(luò)單元構(gòu)成的。這樣使得網(wǎng)絡(luò)的規(guī)??梢酝ㄟ^實際的問題來決定,增加了網(wǎng)絡(luò)的靈活性。

        1.2 目標檢測算法

        目前為止,在目標檢測中運用深度學(xué)習的算法主要有以下兩種:

        1one-stage:均勻的在圖片上的不同位置進行密集的采樣,然后使用不同的尺度與寬高比對目標進行標記,最后利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提取相應(yīng)的特征后直接進行分類與回歸,這類算法在檢測速度上非??欤唧w算法流程如圖2所示:

        圖2 one-stage目標檢測算法流程

        (2) two-stage:采用啟發(fā)式的方法產(chǎn)生許多大小不同稀疏性的候選框,然后對于這一系列候選框進行分類與回歸。具體算法流程如圖3所示:

        圖3 two-stage目標檢測算法流程

        1.3 SSD目標檢測算法

        SSD[11]是Wei Liu在ECCV 2016上提出來的目標檢測算法,它是基于一種端到端的思想,SSD不但結(jié)合了上下文的信息,而且采用不同大小的特征圖進行位置回歸和Softmax分類。使得目標檢測不容易漏檢,提高了模型的準確性。

        SSD先驗框的設(shè)置是借鑒了Faster RCNN中的anchor機制,在每一個單元生成的先驗框上,都會得出一系列的檢測值。對于每一個邊界框,都會得到兩個信息,首先是每個類別的置信度,其中SSD算法是將背景也當做一個類別。其次可得到邊界框的位置,其中包含邊界框所在的中心坐標以及它的寬高。SSD設(shè)置的默認框的尺寸是按照特征圖的大小線性遞增的,具體計算公式如式(5):

        (5)

        其中表示Smin最底層的尺寸為0.2,Smax表示最高層的尺寸為0.9。至于默認框的寬高比SSD提供了5種不同的比例:

        ar={1,2,3,1/2,1/3}

        (6)

        所以每個默認框的寬高尺寸計算公式分別為:

        (7)

        (8)

        (9)

        因此,在每一個特征圖上都會出現(xiàn)6種不同的默認框,比例都是不相同的,這樣模型的檢測就可以涵蓋更多的不同大小的物體,對于圖片中待檢目標密度較大時也有較好的效果。

        SSD的損失函數(shù)主要是由物體類別的置信度誤差和位置誤差的加權(quán)和組成的,其表達式如下:

        (10)

        式中:x表示是否含有目標,c表示置信度,l表示預(yù)測框,g表示真實框,Lconf表示置信度損失,Lloc表示定位損失,N為匹配的默認框的數(shù)目,α為權(quán)重參數(shù)。

        SSD算法在VOC數(shù)據(jù)集上表現(xiàn)出較好的檢測性能,但是對于圖片中的小目標的檢測就會存在漏檢的情況,主要的問題是由于待檢的小目標淺層特征分辨率更高,相關(guān)特征更容易表達,因此得到的特征信息更加完全,然而SSD算法是檢測和分類同時進行,在這個過程中會把一些IOU較小的過濾掉,所以檢測的精度表現(xiàn)不佳。

        2 融合深度殘差網(wǎng)絡(luò)的SSD目標檢測算法

        2.1 問題描述

        引入了一種遷移學(xué)習的方法改進傳統(tǒng)的SSD方法,解決傳統(tǒng)SSD方法在肺部CT影像細小肺部結(jié)節(jié)檢測效果不好的問題。遷移學(xué)習[14]實質(zhì)就是在源域中找到與目標域相似的數(shù)據(jù),通過把這些數(shù)據(jù)的權(quán)值進行適當?shù)恼{(diào)整,使得調(diào)整后的新的數(shù)據(jù)與目標域的數(shù)據(jù)能夠進行匹配,然后進行訓(xùn)練學(xué)習,得到適用于目標域的模型。使得模型在微調(diào)之前具有更高的起點,在訓(xùn)練過程中模型的收斂性更強。

        通過遷移學(xué)習初步確定了網(wǎng)絡(luò)的超參數(shù)的權(quán)值之后,然后改進SSD算法的主干網(wǎng)絡(luò),最初的SSD的主干網(wǎng)絡(luò)采用的是VGG16[12],但是對小目標檢測網(wǎng)絡(luò)層數(shù)還是太淺,算法提取目標特征不夠充分,但是盲目的增加網(wǎng)絡(luò)的層數(shù)會使模型產(chǎn)生梯度彌散和梯度爆炸,這里引入一種參數(shù)訓(xùn)練較好的ResNet152[13]模型,解決VGG16網(wǎng)絡(luò)層數(shù)不夠的問題,更好的提取較小的肺部結(jié)節(jié)的信息,并消除梯度彌散和梯度爆炸的問題。

        2.2 算法基本框架介紹

        殘差網(wǎng)絡(luò)[12]的思想最早是由Kaiming He在2016的CVPR會議上提出來的,它的基本思路就是存在一個名為M的模型,它的最優(yōu)網(wǎng)絡(luò)是N層,那么就可以構(gòu)造一個更加深的網(wǎng)絡(luò)模型,在其最后幾層的網(wǎng)絡(luò)的輸出相當于模型M的第N層的輸出的恒等映射(Identity Mapping),就可以取得幾乎一致的結(jié)果。然而,相對于較為淺層的網(wǎng)絡(luò),更深的網(wǎng)絡(luò)有著更好的效果,ResNet152模型就是深層網(wǎng)絡(luò),所以需要引入殘差網(wǎng)絡(luò)易于訓(xùn)練。

        ResNet152主要是由許多的殘差單元構(gòu)成的,如圖4所示。假設(shè)該殘差單為第l層,其的映射結(jié)果為:

        圖4 殘差單元

        H(xl,wl)=F(xl,wl)+xl

        (11)

        其中:xl為第l層的輸入,Wl是第l層的參數(shù)。

        那么,第l+1層的輸入為:

        xl+1=H(xl,wl)

        (12)

        所以可以得到:xl+1=F(xl,wl)+xl,通過不斷地的代入該式子:

        xl+2=xl+1+F(xl+1,wl+1)=xl+F(xl,wl)+F(xl+1,wl+1)

        (13)

        最終可以得到通項式:

        (14)

        同樣,在反向傳播過程中,假設(shè)網(wǎng)絡(luò)的為ε,利用鏈式求導(dǎo)法則可以得出:

        (15)

        通過改進SSD算法中的主干網(wǎng)絡(luò),引入ResNet152網(wǎng)絡(luò)構(gòu)成一種新的網(wǎng)絡(luò)模型,其模型結(jié)構(gòu)如圖5所示。通過主干網(wǎng)絡(luò)中的一系列的卷積層和池化層,不斷的提取肺部切片上的肺結(jié)節(jié)特征生成預(yù)測框,最終生成的預(yù)測框就達到8732個,通過非極大值抑制可以刪除高度冗余的預(yù)測框,使得保留下來的預(yù)測框逼近真實的目標。因為該模型的網(wǎng)絡(luò)較深,對于較小的肺部結(jié)節(jié)的信息得到更好的學(xué)習,使得檢測的結(jié)果能夠更加的準確。

        圖5 融合深度殘差網(wǎng)絡(luò)的SSD目標檢測算法模型結(jié)構(gòu)

        3 數(shù)據(jù)的預(yù)處理

        使用的是數(shù)據(jù)集是LUNA16,其中包含了大量的由多個軸向切片構(gòu)成的肺部CT影像,其中每個CT影像的軸向切片數(shù)量會有所不同,這與掃描機器的種類,掃描設(shè)置的厚度以及患者的不同有關(guān)。整個CT影像是一個三維圖像,它是由多個數(shù)量不同的二維圖像堆疊而成的。其中的一個二維切片如圖6所示。

        圖6 肺部切片

        為了使得模型得到更好的數(shù)據(jù),加快訓(xùn)練的速度以及檢測的精確度,需要對數(shù)據(jù)進行預(yù)處理處理操作,避免某一組數(shù)據(jù)的特殊性對實驗結(jié)果造成干擾。所以在肺部CT切片中需要得到帶有肺結(jié)節(jié)的肺實質(zhì)。在這個預(yù)處理過程有標準化像素值,確定肺部的實際邊界,取出最大的連通區(qū)域,進行腐蝕、膨脹等操作,最后得到肺實質(zhì),結(jié)果如圖7所示,具體的操作過程為:

        1圖中a為原始的肺部切片,首先對其進行二值化處理,用于區(qū)分肺部區(qū)域與其他區(qū)域,以便于所設(shè)的閾值能夠明顯的區(qū)分肺部和其他組織,得到圖7(b)。

        2據(jù)每一個區(qū)域的邊界框的大小來確定肺部的邊界,將圖7(b)的白色區(qū)域以及噪聲區(qū)提取出來,對于圖像邊緣位置的噪聲產(chǎn)生的黑色區(qū)域通過將其值設(shè)置為0來消除,保留最大的兩塊連通區(qū)域,如圖7(c)所示。

        3對于圖7(c)的肺部圖像中會有許多的空洞氣孔,可以通過腐蝕與膨脹來進行消除,可以得到肺部掩碼,然后提取出肺實質(zhì),如圖7(d)所示,最終得到的肺部圖片如圖7(e)所示。

        圖7 數(shù)據(jù)的預(yù)處理

        4 實驗結(jié)果與分析

        本文主要從算法敏感度、假陽性率等方面進行分析

        使用的數(shù)據(jù)集為公開的LUNA16數(shù)據(jù)集,其中包含的肺部CT有888例,總共的肺部結(jié)節(jié)有1186個。對于該模型輸出的每一個候選肺結(jié)節(jié),計算出出肺部結(jié)節(jié)的距離,通過與標注文件進行比較,當該距離小于標準結(jié)節(jié)半徑時該肺結(jié)節(jié)視為真陽性(true positive,TP),反之視為假陽性(false positive,F(xiàn)P)。當參考標準中有肺結(jié)節(jié)被漏檢時該結(jié)節(jié)被視為假陰性(false negative,F(xiàn)N)。敏感度(sensitivity)是指在判斷陽性的樣本中,其真實值為陽性的概率。計算公式如式(16):

        (16)

        表1比較了兩種網(wǎng)絡(luò)模型進行檢測的敏感度與假陽性率。實驗數(shù)據(jù)結(jié)果表明本方法無論在敏感度和假陽性率上都要優(yōu)于VGG16。本方法加深了網(wǎng)絡(luò)的深度,在肺部結(jié)節(jié)的細節(jié)特征提出上更加全面,所以在檢測的過程中有較好的表現(xiàn)。

        表1 本方法與其他檢測算法的比較

        5 結(jié) 論

        將殘差網(wǎng)絡(luò)與傳統(tǒng)的SSD算法結(jié)合,并且加大了網(wǎng)絡(luò)的深度,通過對數(shù)據(jù)集中的CT圖像進行預(yù)處理操作,從而得到肺部的實質(zhì),運用遷移學(xué)習的方法,快速的得到檢測的結(jié)果,使得模型對于肺結(jié)節(jié)有較高的檢出率。也進一步說明了基于深度學(xué)習的目標檢測在肺部結(jié)節(jié)上的有效性和實用性。

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