雖然對(duì)植物葉際和根際的微生物群(包括所有微生物，主要是細(xì)菌和真菌)的研究很重要，但法國國家農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院（INRA）的科學(xué)家認(rèn)為應(yīng)該更多地關(guān)注作物殘茬的微生物群。

作物殘茬作為一個(gè)重要的微生物生態(tài)系統(tǒng)，對(duì)作物健康和生產(chǎn)都有積極/消極影響。作物殘茬是植物病害的滋生地，但也明顯有助于農(nóng)業(yè)系統(tǒng)的穩(wěn)定性。

有學(xué)者稱，在作物保護(hù)的背景下，作物殘茬值得特別關(guān)注。首先，殘茬是作物致病病原物的主要載體，是需要解決的“問題”。第二，殘茬也可以成為防治這些病害的解決方案的組成部分。以谷類作物為研究重點(diǎn)，INRA的科學(xué)家們探索了作物殘茬微生物群落之間的動(dòng)態(tài)互作與創(chuàng)新的病害治理策略的關(guān)聯(lián)，如新一代基于微生物組的生物防治。通過結(jié)合微生物生態(tài)學(xué)和流行病學(xué)的知識(shí)，科學(xué)家們首次將殘留物微生物群與作物殘茬攜帶的植物病原真菌的存活聯(lián)系起來。