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        環(huán)狀RNA在心血管疾病臨床診斷和預(yù)警中的研究進(jìn)展

        2020-12-20 02:15:57呂夢(mèng)偉綜述張楊楊審校
        關(guān)鍵詞:高通量外顯子心血管

        呂夢(mèng)偉, 章 興 綜述, 張楊楊,4 審校

        (1. 南京醫(yī)科大學(xué)上海東方臨床醫(yī)學(xué)院,南京 210029; 2. 同濟(jì)大學(xué)心律失常教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,上海 200120; 3. 南京醫(yī)科大學(xué)兒科學(xué)院,南京 211166; 4. 同濟(jì)大學(xué)附屬東方醫(yī)院心臟大血管外科,上海 200120)

        人類基因組只有部分DNA用于編碼蛋白質(zhì),其余大部分轉(zhuǎn)錄成各類RNA最終并不被翻譯成蛋白質(zhì),這些RNA稱為非編碼RNA[1]。部分非編碼RNA參與基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控、剪切和修飾等,在生命活動(dòng)中發(fā)揮重要的作用。環(huán)狀RNA(circularRNA,circRNA)是一類雙鏈閉合非編碼RNA,無5′帽子結(jié)構(gòu)及3′poly A尾,長度在幾百到幾千個(gè)核苷酸不等,不受RNA外切酶降解,穩(wěn)定且廣泛地存在于真核生物,具有進(jìn)化保守性[2]。circRNA在許多疾病中起著重要的調(diào)控作用,如神經(jīng)系統(tǒng)疾病、心血管疾病、糖尿病和腫瘤等[3]。本文就circRNA在心血管疾病臨床診斷和預(yù)警方面的應(yīng)用研究現(xiàn)狀進(jìn)行綜述。

        circRNA主要來自于外顯子,和一般的RNA剪接模式不同。這種結(jié)構(gòu)上的差異體現(xiàn)在3′端和5′端通過環(huán)化的方式結(jié)合在一起[4]。目前主要有3種環(huán)化的方式。(1) 內(nèi)含子配對(duì)驅(qū)動(dòng)的環(huán)化: 以內(nèi)含子區(qū)域的順式作用元件配對(duì)為基礎(chǔ),外顯子于前體信使RNA(messenger RNA, mRNA)的側(cè)面相接,形成反義剪接[5]。(2) RNA結(jié)合蛋白(RNA bindingprotein, RBP)驅(qū)動(dòng)的環(huán)化: RBP識(shí)別并且結(jié)合內(nèi)含子中的特定基序,通過RBP之間的二聚作用,外顯子兩端的剪接位點(diǎn)相互靠近,于前體mRNA的側(cè)邊成環(huán)[6-7]。(3) 套索驅(qū)動(dòng)式環(huán)化: 分為兩種,一種是前體mRNA在剪接過程中去除內(nèi)含子,內(nèi)含子形成套索結(jié)構(gòu),此類circRNA不包含外顯子;另一種是由于外顯子跳讀形成套索,此類circRNA包含外顯子[8-9]。circRNA廣泛表達(dá)于人體的各種細(xì)胞、外周血、唾液和其他體液中,在某些情況下其表達(dá)水平要比相關(guān)的線狀RNA高10倍以上[5]。circRNA在分裂緩慢的組織細(xì)胞中豐度很高(如神經(jīng)細(xì)胞或其他分化程度較高的細(xì)胞),在分裂迅速的組織細(xì)胞中豐度較低(如癌細(xì)胞)[10-11]。由于沒有游離端而增加了自身穩(wěn)定性,且在多種體液中富集,circRNA成為非侵入性生物標(biāo)志物的理想候選者。

        1 circRNA的生物學(xué)功能

        1.1 微小RNA(microRNA,miRNA)海綿作用

        circRNA可以吸附并隔絕miRNA,阻止miRNA與mRNA的相互作用。如來源于CDR1基因的circCDR1AS,含有許多miRNA-7的結(jié)合位點(diǎn),能夠抑制miRNA-7對(duì)靶基因的調(diào)控[12]。

        1.2 蛋白質(zhì)支架作用

        circRNA可以結(jié)合蛋白質(zhì),調(diào)控其活性。如來源于MBNL1基因的circRNA,包含許多MBNL1的結(jié)合位點(diǎn)。當(dāng)MBNL1蛋白含量過高時(shí),其轉(zhuǎn)錄本含量降低,轉(zhuǎn)而生成更多circRNA來結(jié)合MBNL1蛋白[6]。

        1.3 轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用

        Hela細(xì)胞與H9細(xì)胞中有一類circRNA亞型,主要定位于細(xì)胞核,通過與小核蛋白顆粒U1相互作用調(diào)控RNA聚合酶Ⅱ的活性,提高其親本基因的轉(zhuǎn)錄水平[8,13]。

        1.4 競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用

        由于線狀剪接與反義剪接的供體與受體相同,circRNA的產(chǎn)生是以犧牲線狀mRNA為代價(jià)的。如果蠅S2細(xì)胞中提高線狀mRNA的含量會(huì)導(dǎo)致circRNA的表達(dá)水平降低[6]。

        1.5 蛋白質(zhì)合成模板

        circRNA缺乏典型的5′帽子結(jié)構(gòu)及3′poly A尾,無法被翻譯。但序列中引入內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)可使蛋白質(zhì)翻譯起始不依賴于5′帽子結(jié)構(gòu),circRNA也可以被翻譯成蛋白質(zhì)[14-16]。

        2 circRNA與心肌梗死后心力衰竭

        左室重構(gòu)和心功能障礙是急性心肌梗死(acute myocardial infarction, AMI)后常發(fā)生的并發(fā)癥,如何對(duì)其準(zhǔn)確預(yù)測(cè)是一個(gè)臨床難題。Vausort等[17]通過檢測(cè)心肌梗死相關(guān)circRNA(myocardial infarction associatedcircular RNA, MICRA),預(yù)測(cè)心肌梗死后心力衰竭的發(fā)生率。定量反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(quantitative reverse transcription-polymerasechain re-action, qRT-PCR)檢測(cè)結(jié)果表明,AMI患者外周血液中的MICRA表達(dá)水平顯著低于健康志愿者。綜合多種變量建立AMI后左室功能衰竭的預(yù)測(cè)模型,引入MICRA可以改善其預(yù)測(cè)功能,其綜合判別改善指數(shù)[18](integrated discrimination improvement, IDI)為0.07。研究發(fā)現(xiàn),左心室射血分?jǐn)?shù)(ejection fraction, EF)≤40%的AMI患者,外周血液中的MICRA水平顯著低于EF>40%的AMI患者(P<0.001)[19]。有序回歸多變量分析提示,MICRA和AMI后心功能障礙有著密切關(guān)系,MICRA能夠預(yù)測(cè)AMI后的心力衰竭。精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時(shí)代,準(zhǔn)確預(yù)測(cè)患者AMI后心力衰竭的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn),可以提前干預(yù),提高治療效果,有助于醫(yī)療資源的合理分配。

        3 circRNA與術(shù)后心房顫動(dòng)

        心房顫動(dòng)(atrial fibrillation, AF)是冠狀動(dòng)脈旁路移植術(shù)(coronary artery bypass grafting, CABG)后最常見的并發(fā)癥之一。術(shù)后心房顫動(dòng)(postoperative atrial fibrillation, PoAF)的發(fā)生率與發(fā)病率、死亡率以及總治療費(fèi)用顯著相關(guān)[20]。為了預(yù)防PoAF,臨床上常進(jìn)行藥物干預(yù),考慮到藥物副作用,對(duì)高?;颊叩母深A(yù)更有意義。高齡是PoAF公認(rèn)的危險(xiǎn)因素,體質(zhì)量指數(shù)[21]、高血壓、糖尿病[22]、左心房增大等也是危險(xiǎn)因素,但目前還沒有能夠被廣泛接受的預(yù)測(cè)PoAF的風(fēng)險(xiǎn)模型。Zhang等[23]應(yīng)用高通量技術(shù)分析患者CABG手術(shù)前1周的血樣,通過對(duì)比PoAF與非PoAF患者的檢測(cè)結(jié)果,發(fā)現(xiàn)9種circRNA明顯表達(dá)差異。擴(kuò)大樣本量(365例)應(yīng)用qRT-PCR對(duì)這9種circRNA進(jìn)行驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)hsa_circ_025016與PoAF強(qiáng)相關(guān)性。受試者工作特征曲線(receiver operating characteristic curve, ROC)分析顯示,hsa_circ_025016預(yù)測(cè)PoAF的靈敏度為73.5%,特異度為77.8%,曲線下面積(area under curve, AUC)為0.802,表明 hsa_circ_025016對(duì)PoAF有預(yù)測(cè)效能。Harling等[24]研究表明,外周血液中的miRNA-483-5p表達(dá)水平是預(yù)測(cè)PoAF的潛在生物標(biāo)志物。與miRNA相比,circRNA由于缺乏游離端而對(duì)核糖核酸酶R具有抗性,不容易被降解,其作為PoAF診斷和預(yù)后的生物標(biāo)志物具有更穩(wěn)定的優(yōu)勢(shì)[23]。

        4 circRNA與冠心病

        冠心病(coronary artery disease, CAD)是全球高發(fā)病率和高死亡率的心血管疾病,早期診斷CAD的意義重大。目前冠狀動(dòng)脈造影術(shù)(coronary arteriography, CAG)是診斷CAD的金標(biāo)準(zhǔn)[25],但這種方法是有創(chuàng)性檢查,費(fèi)用較高,并不適用于低?;颊叩暮Y查。心電圖(electrocardiogram, ECG)作為無創(chuàng)性的檢查,其靈敏度和特異度均比較低,診斷效能不佳。Zhao等[26]通過高通量技術(shù)分析CAD患者和健康志愿者的外周血,發(fā)現(xiàn)5個(gè)差異最大的circRNA。進(jìn)一步研究表明,其中hsa_circ_0124644的表達(dá)水平與CAD的嚴(yán)重程度相關(guān),SYNTAX評(píng)分越高,hsa_circ_0124644的含量也越高。ROC曲線分析發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0124644診斷CAD的靈敏度為0.861,特異度為0.626。引入CAD的相關(guān)危險(xiǎn)因素,如吸煙、高血壓、糖尿病、低密度脂蛋白和總膽固醇,調(diào)整后的靈敏度為0.759,特異度為0.704。Li等[27]通過高通量技術(shù)研究CAD患者和健康志愿者的外周血,發(fā)現(xiàn)2036個(gè)差異表達(dá)的circRNA,選取其中差異最大的5個(gè)circRNA,qRT-PCR發(fā)現(xiàn)其中hsa_circ_11806-28、hsa_circ_6510-1和hsa_circ_11783-2的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,引入相關(guān)危險(xiǎn)因素后通過Logistic回歸分析表明hsa_circ_11783-2與CAD具有相關(guān)性。Deng等[28]通過高通量技術(shù)比較AMI患者和健康志愿者外周血中的circRNA,發(fā)現(xiàn)hsa_circ_081881表達(dá)水平差異最大。基因本體論(geneoncology, GO)分析發(fā)現(xiàn)hsa_circ_081881有7個(gè)miRNA-548位點(diǎn),可以起到miRNA海綿吸附作用,抑制miRNA-548對(duì)血漿中過氧化物酶體增殖物激活受體(peroxisome proliferator-activated receptor, PPAR)γ蛋白表達(dá)的調(diào)控作用,使得PPAR γ表達(dá)增加,進(jìn)而減少泡沫細(xì)胞的形成。因此hsa_circ_081881可以作為AMI診斷的潛在生物標(biāo)志物。

        5 circRNA與室間隔缺損

        室間隔缺損(ventricular septal defect, VSD)是常見的先天性心臟病,是各種原因?qū)е率议g隔在胚胎時(shí)期發(fā)育不全,形成異常交通,在心室水平產(chǎn)生左向右分流。隨著對(duì)VSD研究的深入,非編碼RNA在心臟發(fā)育中起著重要的作用[29]。Liu等[30]收集6例流產(chǎn)胎兒(24~28周),在胎兒期應(yīng)用超聲診斷是否患有VSD,胎兒流產(chǎn)后解剖確認(rèn),將其分為VSD組和非VSD組(每組3例)。應(yīng)用高通量技術(shù),分析兩組心肌中circRNA表達(dá)的差異,發(fā)現(xiàn)6234個(gè)差異表達(dá)的circRNA。從20個(gè)表達(dá)差異最大的circRNA中隨機(jī)選擇5個(gè)circRNA并通過qRT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證,其差異表達(dá)的趨勢(shì)與高通量技術(shù)的結(jié)果一致。綜合GO分析結(jié)果,發(fā)現(xiàn)差異circRNA含有許多miRNA-30c結(jié)合位點(diǎn)。上調(diào)的miRNA-30c被報(bào)道可通過相關(guān)信號(hào)通路影響胚胎發(fā)育和P19細(xì)胞的分化,影響增殖和凋亡的平衡[31]。circRNA可以作為miRNA-30c的海綿,參與心臟疾病的發(fā)生和發(fā)展。這些差異表達(dá)的circRNA具有篩查診斷VSD的潛在臨床應(yīng)用價(jià)值。

        6 circRNA與原發(fā)性高血壓

        原發(fā)性高血壓(essential hypertension, EH)是最常見的一種發(fā)病率高、危害性大的心血管疾病。EH的危險(xiǎn)因素有很多,目前比較明確的有年齡、性別、區(qū)域和社會(huì)經(jīng)濟(jì)狀態(tài)[32-33],遺傳因素也是目前研究的熱點(diǎn)。Bao等[34]根據(jù)CircBase數(shù)據(jù)庫的生物信息學(xué)分析,提示hsa_circ_0037911和EH的發(fā)生、發(fā)展高度相關(guān)。通過檢測(cè)EH患者和健康志愿者外周血,證實(shí)hsa_circ_0037911表達(dá)水平在兩組中有顯著差異。Bao等還發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0037911的表達(dá)水平與血肌酐的濃度有著顯著的正相關(guān)性(相關(guān)系數(shù)r=0.294,P<0.0001)。Santhanam等[35]發(fā)現(xiàn)血肌酐和血壓有著緊密的關(guān)系,血壓隨著血肌酐升高而升高,血肌酐升高也是高血壓的危險(xiǎn)因素之一。結(jié)合Santhanam等關(guān)于血壓和血肌酐的研究結(jié)果,推測(cè)hsa_circ_0037911可能通過血肌酐濃度影響血壓[34]。Liu等[36]收集EH組(n=5)和對(duì)照組(n=5)的血液標(biāo)本,高通量分析發(fā)現(xiàn)287個(gè)異常表達(dá)的circRNA。選取其中表達(dá)上調(diào)的hsa_circ_0126991和表達(dá)下調(diào)的hsa_circ_0041000,在另外的EH患者(n=89)和健康志愿者(n=89)中擴(kuò)大驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0126991的表達(dá)水平顯著升高,而hsa_circ_0041000的差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。ROC曲線分析提示hsa_circ_0126991可以作為預(yù)測(cè)EH的生物標(biāo)志物,靈敏度0.724,特異度為0.673。

        7 circRNA與子癇前期

        子癇前期(preeclampsia, PE)是妊娠期高血壓的一種,不僅影響孕婦全身多個(gè)器官,而且嚴(yán)重地影響胎兒的生長、發(fā)育,引起生長受限、早產(chǎn)甚至死亡[37]。Jiang等[38]通過高通量技術(shù)分析PE患者和健康志愿者的血樣,發(fā)現(xiàn)2178個(gè)差異表達(dá)的circRNA,進(jìn)一步驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0001855和hsa_circ_0004904在PE患者中顯著升高。酶聯(lián)免疫測(cè)定懷孕相關(guān)血漿蛋白A(pregnancy-associated plasma protein A, PAPP-A),發(fā)現(xiàn)PE組中PAPP-A表達(dá)水平比健康志愿者顯著升高[(65.78vs41.38) pg/mL,P<0.05]。單獨(dú)應(yīng)用circRNA(AUC=0.621)或PAPP-A(AUC=0.728)預(yù)測(cè)PE效能不佳;聯(lián)合應(yīng)用circRNA和PAPP-A建立預(yù)測(cè)模型,具有更好的預(yù)測(cè)效能(AUC=0.940)。Hu等[39]通過高通量技術(shù)分析胎盤組織,發(fā)現(xiàn)8553個(gè)差異表達(dá)的circRNA,其中hsa_circ_0036877在PE患者胎盤組織中的表達(dá)水平低于健康志愿者。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0036877在PE患者外周血中的表達(dá)水平顯著高于健康志愿者。hsa_circ_0036877預(yù)測(cè)PE(AUC=0.846),其靈敏度和特異度分別為85.3%和72.7%。Zhang等[40]在另外的研究中發(fā)現(xiàn)hsa_circ_101222聯(lián)合應(yīng)用血漿蛋白因子內(nèi)毒素診斷PE,具有更好的預(yù)測(cè)效能,其診斷的靈敏度為70.73%,特異度為80.49%,AUC=0.876。

        8 展 望

        circRNA是一類特殊的雙鏈閉合RNA,與線狀RNA相比,在生物體內(nèi)相對(duì)穩(wěn)定[41]。一些臨床研究提示circRNA在AMI后心力衰竭、PoAF、CAD、AMI、VSD、EH、PE等心血管疾病的診斷和預(yù)警中具有潛在臨床應(yīng)用價(jià)值。當(dāng)然這些研究還存在著一些不足之處: AMI后心力衰竭研究缺乏對(duì)MICRA診斷價(jià)值的評(píng)估,患者臨床基線資料不完整;PoAF研究沒有對(duì)hsa_circ_025016相關(guān)信號(hào)通路進(jìn)行深入研究,其調(diào)節(jié)AF的潛在機(jī)制需要探索;CAD診斷方面研究是單中心研究,易受當(dāng)?shù)丨h(huán)境和人文因素的影響;AMI方面研究沒有擴(kuò)大樣本量驗(yàn)證circRNA的診斷作用;circRNA與VSD的研究沒有證明circRNA可以直接調(diào)節(jié)心臟發(fā)育,也沒有發(fā)現(xiàn)對(duì)mRNA或miRNA的影響;預(yù)測(cè)EH研究中臨床樣本量太小,且沒有根據(jù)患者體質(zhì)量指數(shù)進(jìn)行配對(duì)。更大樣本量、更多臨床中心的研究才能更加令人信服地證實(shí)circRNA在心血管疾病中的診斷預(yù)警作用,同時(shí)也需要更多的基礎(chǔ)研究以闡明circRNA在心血管疾病發(fā)生發(fā)展中的生物學(xué)作用。

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