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        不同產(chǎn)地溫莪術(shù)遺傳多樣性及親緣關(guān)系的ISSR分析*

        2020-11-25 03:09:26張玉秀劉培衛(wèi)留詩雨魏建和

        張玉秀,劉 楊,劉培衛(wèi),留詩雨,黃 嫻,魏建和,**

        (1. 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 藥用植物研究所海南分所,海南省南藥資源保護(hù)與開發(fā)重點實驗室 海口570311;2. 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 藥用植物研究所,中草藥物質(zhì)基礎(chǔ)與資源利用教育部重點實驗室&瀕危藥材繁育國家工程實驗室 北京 100193;3. 海南碧凱藥物研究所有限公司 ???570216)

        溫郁金(Curcuma wenyujinY.H.Chen et C.Ling),又稱溫莪術(shù),屬姜科(Zingiberaceae)姜黃屬(Curcuma)多年生草本植物[1],是“片姜黃”、“溫莪術(shù)”和“溫郁金”等多種中藥材的基原植物,同時也是莪術(shù)油的主要來源[2]?,F(xiàn)代研究[3-5]證明溫莪術(shù)含有姜黃素類、莪術(shù)醇、β-欖香烯、莪術(shù)二酮等多種活性成分,具有很好的抑菌、抗炎、抗腫瘤等藥理作用。溫莪術(shù)的道地產(chǎn)區(qū)在浙江溫州,但僅靠道地產(chǎn)區(qū)小面積種植已不能滿足日益增長的市場需求,現(xiàn)已大量異地引種栽培[6-8]。實踐證明,很多藥用植物從原產(chǎn)地引種到新地區(qū)后,經(jīng)常出現(xiàn)性狀變異,基原不清和種質(zhì)退化等問題[9-10]。因此我們在基原鑒定的基礎(chǔ)上,對不同產(chǎn)地的溫莪術(shù)遺傳多樣性進(jìn)行了研究。

        簡單序列重復(fù)區(qū)間(Inter-simple sequence repeat,ISSR)擴(kuò)增多態(tài)性是一種在簡單重復(fù)序列基礎(chǔ)上發(fā)展起來的新型分子標(biāo)記,由加拿大科學(xué)家Zietkiewicz 等在1994 年首次提出[11],現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用于植物品種鑒定、進(jìn)化與親緣關(guān)系分析、遺傳多樣性與居群遺傳結(jié)構(gòu)檢測等方面[12-13]。如 Raina 等[14]利用 ISSR 技術(shù)對花生栽培種和野生種的親緣進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)Arachis monticola和A. hypogaea親緣關(guān)系密切,同時表明A.villosa和A. ipaensis(二倍體,野生種)是A. monticola和A.hypogaea(四倍體,栽培種)的祖先。陳河龍等基于ISSR對蘆筍種質(zhì)資源進(jìn)行聚類分析,將46份蘆筍種質(zhì)分為 Pacific Challenger 2、A 和 B 共 3 大類;而 A 類又分為3 個亞類,B 類分為4 個亞類[15]。關(guān)萍等基于ISSR技術(shù)對貴州5個不同產(chǎn)地粗毛淫羊藿進(jìn)行遺傳多樣性分析,發(fā)現(xiàn)粗毛淫羊藿的遺傳變異主要存在于群體內(nèi),并且居群間的親緣關(guān)系與地理分布關(guān)系密切,但人為引種會影響這種相關(guān)性[16]。

        ISSR 技術(shù)在溫莪術(shù)遺傳多樣性方面已有不少的研究報道[17-19],但得到了不同的結(jié)論。王佐元等應(yīng)用ISSR 標(biāo)記技術(shù)對瑞安、樂清和平陽三個地區(qū)5 個居群的溫莪術(shù)遺傳多樣性進(jìn)行分析,結(jié)果顯示不同產(chǎn)地溫莪術(shù)之間有較高的遺傳多樣性,且居群內(nèi)發(fā)生了較高的遺傳分化,基因交流也比較多[17]。陶正明等[18]運(yùn)用該技術(shù)對浙江溫莪術(shù)主產(chǎn)區(qū)6個居群的遺傳多樣性進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)溫莪術(shù)居群間的多態(tài)性不豐富,遺傳多樣性水平較低。王曉慧等[19]利用ISSR-PCR 標(biāo)記技術(shù)研究了不同種及居群莪術(shù)的親緣關(guān)系和遺傳多樣性,數(shù)據(jù)表明溫郁金不同居群間遺傳相似系數(shù)在97%以上,居群內(nèi)分化程度很低。本研究利用ISSR 分子標(biāo)記技術(shù)對道地產(chǎn)區(qū)(溫州)、其他種植區(qū)(海南、貴州)3個產(chǎn)地共8 個溫莪術(shù)居群進(jìn)行了研究,旨在從分子水平了解不同產(chǎn)地溫莪術(shù)的遺傳多樣性及親緣關(guān)系,期望為藥用植物異地栽培及優(yōu)良種質(zhì)選育提供一定的理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 植物材料

        樣品采自浙江溫州溫莪術(shù)主產(chǎn)地、海南溫莪術(shù)種植基地和貴州麻江種植地。海南和貴州麻江最初種植的種莖都來自浙江溫州,在當(dāng)?shù)剡B續(xù)種植4年以上。目前海南種植基地的種莖少量來自浙江溫州,絕大部分為自留種,為了減少誤差,課題組在海南種植基地多地、多點采樣。采樣后立即用硅膠干燥留存?zhèn)溆?。所有樣品由中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥用植物研究所海南分所朱平老師鑒定為溫莪術(shù)(C.wenyujinY.H.Chen et C.Ling),樣品信息見表1。

        表1 不同產(chǎn)地溫莪術(shù)的來源及編號

        1.2 方法

        1.2.1 儀器

        凝膠水平電泳儀(君意JY600c,中國)、凝膠成像系統(tǒng)(Bio-rad ChemiDoc,美國)、微波爐(美的,中國)、高速離心機(jī)(Hettich 220R,德國)、核酸蛋白質(zhì)儀(Thermo Nanodrop 2000,美國)、梯度PCR 儀(Biometra TProfessional,德國)

        1.2.2 試劑

        植物總DNA 提取試劑盒(OMEGA HP Plant DNA Kit,中國)、2×Taq PCR MasterMix(Transgen As151,中國)、液氮(海南青峰生物科技有限公司)、核酸染色劑(Solarbio Gold view I 型,中國)、超純水(Thermo,美國)、Agarose(Biowest Agarose G-10,西班牙)、β-巰基乙醇(上海艾研生物科技有限公司)、冰醋酸(西隴科學(xué)股份有限公司)、無水乙醇(西隴科學(xué)股份有限公司)、TBE 電泳緩沖液(Biosharp,中國)、D2000 Marker(Tiangen,中國)。

        1.2.3 DNA提取

        參照OMEGA 公司的植物總DNA 試劑盒的操作方法(適用于新鮮/冷凍樣品提取),提取每個樣品葉片的總DNA。為了避免樣品間的交叉污染,每個樣品需單獨處理,提取后用核酸蛋白質(zhì)儀檢測DNA濃度和純度,濃度值要求在 20 ng?μL-1以上,OD260 和 280 的比值在1.8-2.0范圍內(nèi)。

        1.2.4 ISSR引物篩選

        采用加拿大英屬哥倫比亞大學(xué)(University of British Columbia,UBC)設(shè)計的引物為篩選對象,引物由華大基因(深圳)股份有限公司合成,通過已確定的反應(yīng)體系與擴(kuò)增程序從20條引物中篩選出多態(tài)性好、擴(kuò)增譜帶清晰的6條引物(表2)。

        1.2.5 引物最佳退火溫度確定

        反應(yīng)體系 25 μL,包括 DNA 模板 1 μL,2×EcoTaq PCR SuperMix 12.5 μL,引物1 μL,ddH2O 10.5 μL。采用PCR 儀進(jìn)行退火溫度梯度試驗,逐一確定所篩選引物的最佳退火溫度。設(shè)定退火溫度梯度范圍50-62℃,自動形成8 個梯度。PCR 擴(kuò)增程序為94 ℃預(yù)變性 5 min;94℃變性 30 s,50-62 ℃復(fù)性 30 s,72℃延伸1.5 min,35 個循環(huán);72℃延伸 10 min;反應(yīng)結(jié)束后4℃保存。擴(kuò)增產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,凝膠成像系統(tǒng)檢測拍照,根據(jù)多態(tài)性條帶多少及清晰度確定每條引物的最佳退火溫度(圖1、表2)。

        圖1 最佳退火溫度篩選(UBC-859)

        表2 ISSR分析的引物

        1.2.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析

        ISSR-PCR 條帶分析和數(shù)據(jù)處理以D2000 Marker作為相對分子質(zhì)量標(biāo)記的標(biāo)準(zhǔn),根據(jù)PCR 擴(kuò)增條帶在瓊脂糖凝膠上的遷移程度,確定各居群ISSR-PCR 條帶的位置。同一條引物的擴(kuò)增產(chǎn)物,依據(jù)電泳圖譜中同一位置上DNA條帶的有無進(jìn)行統(tǒng)計與聚類分析,有帶的記為“1”,無帶的記為“0”,用 Excel 軟件建立0/1格式的原始表征二元數(shù)據(jù)矩陣。利用PopGene 32 軟件計算多態(tài)位點百分率(PPB)、等位遺傳標(biāo)記數(shù)(Na)、有效等位遺傳標(biāo)記數(shù)(Ne)、總的遺傳多樣性(Ht)、居群內(nèi)遺傳多樣性(Hs)、各居群間的遺傳分化指數(shù)(Gst)、基因流(Nm)、Nei’s 遺傳多樣性(He)、Nei’s 遺傳距離(D)、Shannon’s 信息指數(shù)(I)等;通過NTsys 2.1中的非加權(quán)組平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)建立聚類樹。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 ISSR引物篩選和最佳退火溫度確定

        每個物種都有各自的適宜的ISSR 引物,根據(jù)文獻(xiàn)從UBC 設(shè)計的100 條ISSR 引物中首先選擇20 條引物,發(fā)現(xiàn)其中的6條引物擴(kuò)增產(chǎn)物的條帶性較好(表2)。圖2 為引物UBC-859 擴(kuò)增產(chǎn)物在瓊脂糖凝膠電泳后獲得的凝膠圖,從圖中可以看出此引物的ISSR條帶的多態(tài)性較好,不同樣品間差異明顯(圖2)。

        ISSR-PCR 試驗中,退火溫度對條帶的有無和清晰度有顯著的影響,例如UBC-859的最佳退火溫度為53.8℃,高于這個溫度條帶數(shù)減少,低于這個溫度清晰度下降(圖1)。對上述篩選到的6 條引物的退火溫度進(jìn)行了進(jìn)一步優(yōu)化,篩選到了各自的最佳退火溫度(表2)。

        2.2 遺傳多樣性分析和居群間遺傳變異分析

        2.2.1 遺傳多樣性分析

        圖2 引物UBC-859對溫莪術(shù)樣品的擴(kuò)增結(jié)果

        6 條引物共擴(kuò)增出42 條清晰、可重復(fù)的DNA 條帶。通過對8 個居群的溫莪術(shù)進(jìn)行ISSR 遺傳多樣性分析表明(表 3),瑞安1、瑞安2、臨高1、臨高2、澄邁1、澄邁2、紅旗、貴州多態(tài)位點百分率(PPB)在19.05%-47.62%之間,其中紅旗最高(47.62%),臨高2 最低(19.05%),平均值為29.17%。居群內(nèi)Nei’s 基因多樣性(He)在 0.0640-0.1440 之間 ,平均值為 0.1005;Shannon’s 指數(shù)(I)在 0.0998-0.2220 之間,平均值為0.1511??梢钥闯鰷剌g(shù)居群內(nèi)ISSR 多態(tài)性不豐富,遺傳多樣性水平偏低。

        2.2.2 居群間遺傳變異分析

        通過對溫莪術(shù)居群間和居群內(nèi)的遺傳分化及基因流分析,結(jié)果顯示,8個溫莪術(shù)居群總的遺傳多樣性(Ht)為 0.1709,居群內(nèi)的遺傳多樣性(Hs)為 0.1045,說明溫莪術(shù)居群內(nèi)和居群間都存在一定的遺傳分化。根據(jù)Ht 和Hs 計算不同溫莪術(shù)居群間的遺傳分化系數(shù)Gst 為0.3886,即總的遺傳變異中有38.86%的變異存在于居群間,61.14%的變異存在于居群內(nèi),表明居群內(nèi)遺傳分化大于居群間遺傳分化。居群間每代個體的基因流系數(shù)(Nm)為0.7868,表明居群間基因流動性水平偏低。

        2.2.3 不同產(chǎn)地溫莪術(shù)的聚類分析

        運(yùn)用PopGene 32 軟件計算出溫莪術(shù)各居群間遺傳一致性和遺傳距離,然后基于遺傳一致性運(yùn)用NTsys 2.1 軟件進(jìn)行UPGMA 聚類(圖3)。從結(jié)果中可以看出溫莪術(shù)各居群間的遺傳一致性的范圍為0.8481-0.9736,平均值為 0.9155,遺傳距離(D)范圍為0.0268-0.1647,平均值為0.0901,這些數(shù)據(jù)表明溫莪術(shù)不同居群間在分子水平上差異較小。具體到居群間可以看出,臨高1和臨高2溫莪術(shù)的遺傳一致性最高(0.9736),遺傳距離最?。?.0268)(表4),在聚類圖上最先聚為一支(圖3);貴州麻江與臨高1溫莪術(shù)的遺傳一致性最低(0.8481),遺傳距離最大(0.1647)(表4),在聚類圖上最后才與其他居群聚在一起(圖3)。

        表3 居群內(nèi)的遺傳多樣性

        圖3 不同產(chǎn)地溫莪術(shù)群體間的UPGMA聚類圖

        表4 Nei’s遺傳一致性(右上角)和遺傳距離(左下角)

        3 討論

        遺傳信息在外界或內(nèi)在的因素作用下,在復(fù)制過程中出現(xiàn)偏差導(dǎo)致了不同程度的遺傳變異,形成了物種間和物種內(nèi)豐富的遺傳多樣性[17]。物種或居群的遺傳多樣性是長期進(jìn)化的產(chǎn)物,是其生存適應(yīng)和發(fā)展進(jìn)化的前提,一個居群或物種遺傳多樣性越高或遺傳變異越豐富,對環(huán)境變化的適應(yīng)能力就越強(qiáng),越容易擴(kuò)展其分布范圍和開拓新的環(huán)境,即使無性繁殖占優(yōu)勢的種也不例外,遺傳多樣性是保護(hù)生物學(xué)研究的核心之一。因此,對遺傳多樣性的研究無疑有助于人們更清楚地認(rèn)識生物多樣性的起源和進(jìn)化,進(jìn)而為育種和遺傳改良奠定基礎(chǔ)[17]。

        陶正明等[18]利用ISSR技術(shù)對溫州傳統(tǒng)產(chǎn)區(qū)的6個溫莪術(shù)居群進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)其ISSR 多態(tài)位點百分率(PPB)為31.7%,遺傳一致性范圍為0.9129-0.9943,遺傳距離范圍為0.0057-0.0911,這些數(shù)據(jù)均表明這些道地產(chǎn)區(qū)的溫莪術(shù)之間遺傳變異小、較為穩(wěn)定。王曉慧等利用該技術(shù)對廣西、福建和浙江等5 個溫莪術(shù)居群研究發(fā)現(xiàn),其PPB 范圍為3.08%-12.31%,遺傳一致性范圍為0.97-0.9991, 遺傳距離為0.009-0.030,這些數(shù)據(jù)表明這3 個產(chǎn)地溫莪術(shù)遺傳多樣性較小[19]。本文中8 個溫莪術(shù)居群的PPB 范圍為19.05%-47.62%,遺傳一致性范圍為0.8481-0.9736,遺傳距離為0.0268-0.1647。綜合以上的研究可以看出,不同溫莪術(shù)居群間遺傳多樣性普遍較低,居群間在分子水平上差異較小。但有的學(xué)者研究發(fā)現(xiàn),溫莪術(shù)有著較高的遺傳多樣性水平,且居群內(nèi)發(fā)生了較高的遺傳分化,這可能由于所選用的引物、樣本來源和樣本數(shù)量及分析方法等因素造成的。在今后的研究中,應(yīng)擴(kuò)大樣品收集的區(qū)域和樣本數(shù)量,同時結(jié)合其他技術(shù)手段,分析溫莪術(shù)遺傳多樣性,為尋找出優(yōu)良的種質(zhì)資源提供理論依據(jù)。

        溫莪術(shù)原產(chǎn)浙江溫州,但隨著社會的發(fā)展,異地引種栽培越來越多[6-9]。據(jù)調(diào)查,海南和貴州種植的溫莪術(shù)的種莖最初都來自道地產(chǎn)地浙江溫州,其中海南溫莪術(shù)大規(guī)模種植已有5 年時間,目前絕大部分為自留種,貴州種植的溫莪術(shù)的種植至少有4年的時間,每年都是利用自留種莖無性繁殖。本文的數(shù)據(jù)表明,溫莪術(shù)從溫州引種到海南和貴州以后,其遺傳信息確實發(fā)生了一些改變,但整體上變異不大。究竟是自留種莖進(jìn)行繁殖好,還是每年從原產(chǎn)地購買種莖進(jìn)行繁殖好,還需要多年的對比研究。

        中藥材是治病救人的特殊商品,必須保證其安全性、有效性、穩(wěn)定性及一致性。因此對異地引種栽培與道地產(chǎn)區(qū)的中藥材進(jìn)行科學(xué)的比較評價十分必要。早先課題組從形態(tài)學(xué)及化學(xué)水平證明了海南產(chǎn)溫莪術(shù)與道地產(chǎn)區(qū)溫莪術(shù)的形態(tài)結(jié)構(gòu)和化學(xué)構(gòu)成基本一致[7,20]。本文通過對溫莪術(shù)5 個居群遺傳多樣性的分析,從分子水平證明了海南溫莪術(shù)和道地產(chǎn)區(qū)溫莪術(shù)的差異很小。隨著溫莪術(shù)引種栽培規(guī)模的增大和種植年限的增加,下一步我們將從遺傳信息、有效成分和療效等方面進(jìn)行比較研究,為海南產(chǎn)溫莪術(shù)的合理開發(fā)和利用提供保障,為其他中藥材的引種栽培提供參考。

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