（2020.11.4 園藝研究）

蘋果作為最具經(jīng)濟價值的大眾水果，距今已有2000多年的栽培歷史，最初主要分布在歐洲、中亞西亞和中國的新疆，近百年來，經(jīng)過各地的引種，世界五大洲的溫帶地區(qū)先后有了蘋果的栽培。優(yōu)良的品種是影響蘋果產(chǎn)業(yè)發(fā)展的核心要素，因此，蘋果育種研究是蘋果生產(chǎn)中最基本、最重要的環(huán)節(jié)。歐洲蘋果廣泛的遺傳變異賦予了栽培品種豐富的遺傳多樣性。但只有一小部分栽培種可用于商業(yè)生產(chǎn)。盡管世界范圍內(nèi)正在執(zhí)行的育種項目致力于創(chuàng)造新的栽培品種來應對變化的氣候環(huán)境并滿足不同消費者的需求，但是現(xiàn)有育種材料優(yōu)質(zhì)基因池稀缺的問題使得這些目標難以實現(xiàn)。

由于篩選優(yōu)良品種對時間和空間的特殊要求，蘋果育種是一個周期長、花費高的過程?；蚪M輔助育種利用基因組和表型信息來提高育種任務中的選擇效率，并且不同環(huán)境下的表型的測量可以促進育種手段在多種氣候條件下的應用。

近日，Horticulture Research在線發(fā)表了瑞士農(nóng)業(yè)科學研究所題為The apple REFPOP—a reference population for genomics-assisted breeding in apple的研究論文。本研究介紹了一個蘋果參考種群：the apple REFPOP，這個種群由種植在6個歐洲國家的534個基因型個體組成，可以加快蘋果育種。該種群由269個親本和來自于27個父母本組合的265個子代所構(gòu)成，分別代表了栽培種蘋果和當前歐洲育種材料的多樣性。兩個不同密度的SNP芯片的組合輸出產(chǎn)生了303，239個SNP的高密度全基因組數(shù)據(jù)集，芯片數(shù)據(jù)使用的基因型填充的方法增加密度，填充準確度達到0.95。基于基因型數(shù)據(jù)，該種群連鎖不平衡程度較低，群體結(jié)構(gòu)簡單。

本研究測量了成花起始和收獲時間這兩個已被充分研究的重要園藝物候性狀，研究發(fā)現(xiàn)在幾個先前確定的基因組區(qū)域內(nèi)標記和性狀的相關性，并且成花起始和收獲時間的最大預測能力分別為0.57和0.75。隨著SNP密度降低，重要的標記和性狀相關性變化依賴于性狀結(jié)構(gòu)。不考慮性狀，10000 SNPs足以使基因組預測能力達到最大化。本研究證實了蘋果REEPOP種群在基因組輔助育種，特別是利用相關種質(zhì)的育種方案中的適用性，并強調(diào)在基因組學時代，溝通協(xié)調(diào)各國研究成果以定制蘋果育種策略的優(yōu)勢。

該研究介紹了一個蘋果參考群體：the apple REFPOP，整合了the apple REFPOP的高密度SNP標記數(shù)據(jù)集，并且在描述該群體特征時應用分子標記。此外，研究還證明了the apple REFPOP在分子育種中的適用性。