生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院始于1978年的生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)教育，是全國最早開展生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科建設(shè)的單位之一。1987年成立生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)系，并于2001年成立了生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院。學(xué)院現(xiàn)有生物醫(yī)學(xué)工程、假肢矯形工程和聽力與言語康復(fù)學(xué)三個(gè)本科專業(yè)。2008年生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)成為首批國家級(jí)和北京市級(jí)特色專業(yè)。國內(nèi)首創(chuàng)的假肢矯形工程專業(yè)始建于2003年，2009年成為北京市特色專業(yè)，2012年通過國際假肢/矯形器師教育資質(zhì)一級(jí)認(rèn)證。2000年，生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)開設(shè)聽力學(xué)專業(yè)方向，2017年開辦聽力與言語康復(fù)學(xué)專業(yè)。學(xué)院現(xiàn)有教職員工92人，教師隊(duì)伍中，教授11人(博士生導(dǎo)師11人，外籍教授2人)，副教授31人。形成了以高學(xué)歷、年輕化為主要特點(diǎn)的學(xué)術(shù)梯隊(duì)。學(xué)院有北京市創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個(gè)，北京市優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)，北京市高層次人才資助1人，中國科學(xué)院“百人計(jì)劃”入選者1人，北京市教學(xué)名師1人，北京市優(yōu)秀教師3人。

學(xué)院2002年成為北京市重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，2006年獲批生物醫(yī)學(xué)工程一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)，2008年成為北京市重點(diǎn)學(xué)科，2009年獲批生物醫(yī)學(xué)工程博士后流動(dòng)站，2012年獲批北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

學(xué)院提倡精英教育，注重學(xué)生能力的提升與培養(yǎng)，并建設(shè)立體型教育模式，促進(jìn)學(xué)生的全面發(fā)展。近年來學(xué)生參加國際、國內(nèi)各級(jí)各類競賽取得優(yōu)異成績。學(xué)生就業(yè)的主要去向?yàn)檠芯繖C(jī)構(gòu)、醫(yī)院、醫(yī)療器械企業(yè)、政府相關(guān)管理部門等。學(xué)院已成為我國生物醫(yī)學(xué)工程高級(jí)人才培養(yǎng)的重要基地。學(xué)院注重理工科學(xué)與生物醫(yī)學(xué)緊密結(jié)合、基礎(chǔ)研究與臨床實(shí)踐緊密結(jié)合。在學(xué)科建設(shè)中，把深入臨床、解決臨床實(shí)際問題作為學(xué)科發(fā)展核心，充分利用豐富的附屬醫(yī)院資源，與臨床醫(yī)學(xué)科室建立合作機(jī)制。