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        植物組培再生虛擬仿真實驗的設(shè)計與應(yīng)用

        2020-09-29 05:48:28農(nóng)春仕孟國忠尹佟明汪貴斌張遠(yuǎn)蘭
        實驗技術(shù)與管理 2020年6期
        關(guān)鍵詞:植物實驗學(xué)生

        農(nóng)春仕,孟國忠,尹佟明,汪貴斌,張遠(yuǎn)蘭

        (1.南京林業(yè)大學(xué) 實驗室與基地建設(shè)管理處,江蘇 南京 210037;2.南京林業(yè)大學(xué) 現(xiàn)代分析測試中心,江蘇 南京 210037;3.南京林業(yè)大學(xué) 林學(xué)院,江蘇 南京 210037;4.南京林業(yè)大學(xué) 生物與環(huán)境學(xué)院,江蘇 南京 210037)

        2018 年6 月,教育部陳寶生部長在新時代全國高等學(xué)校本科教育工作會上提出了“金課”概念。如何抓好虛擬仿真實驗項目的“金課”建設(shè),開辟“智能+教育”新途徑是新時代本科實驗教學(xué)的重要任務(wù)。虛擬仿真技術(shù)是用虛擬系統(tǒng)模仿真實系統(tǒng)的技術(shù),也是仿真技術(shù)與虛擬現(xiàn)實技術(shù)相結(jié)合的產(chǎn)物[1]。隨著計算機(jī)仿真技術(shù)和信息技術(shù)的快速發(fā)展,虛擬仿真技術(shù)具有逼真、交互、虛擬等特點,能夠真實模擬實驗教學(xué)中的各種場景,使學(xué)校實驗、實踐教學(xué)的手段發(fā)生顯著的變化[2-5]。虛擬仿真實驗項目是學(xué)科專業(yè)與信息技術(shù)深度融合的產(chǎn)物,更加適合新時代大學(xué)生的學(xué)習(xí)習(xí)慣,在教育教學(xué)中發(fā)揮著越來越重要的作用。植物組織培養(yǎng)是高等院校農(nóng)學(xué)、林學(xué)、植物學(xué)、生物科學(xué)、園林植物以及生物技術(shù)等本科專業(yè)必修的實驗科目之一,也是對楊樹進(jìn)行基因工程操作的基礎(chǔ)性平臺。結(jié)合當(dāng)前虛擬仿真技術(shù)的快速發(fā)展,我校依托林木遺傳育種實驗室建立的“南林895 楊”高效組培再生體系,按照“能實不虛、虛實互補(bǔ)”的原則,構(gòu)建了楊樹良種組培再生虛擬仿真實驗平臺,為“互聯(lián)網(wǎng)+”背景下建立與教學(xué)內(nèi)容相符的人性化實驗教學(xué)運(yùn)行模式提供了支撐與保障[6-8]。

        1 實驗項目建設(shè)背景

        植物組織培養(yǎng)是一種對植物的器官、組織、細(xì)胞或原生質(zhì)體等進(jìn)行體外培養(yǎng)的技術(shù)?!澳狭?95 楊”是我校林木遺傳育種學(xué)科選育的優(yōu)良美洲黑楊品種,其良種組培快繁技術(shù)具有較強(qiáng)的技術(shù)優(yōu)勢,對于植物組織培養(yǎng)相關(guān)課程的實踐教學(xué)具有積極示范作用。由于受課時和實驗條件的限制,學(xué)生在傳統(tǒng)的植物組織培養(yǎng)實驗中主要進(jìn)行培養(yǎng)基配制、外植體選擇和接種等接觸性的實驗操作,缺乏對植物組織培養(yǎng)完整動態(tài)過程的感官認(rèn)知。同時,在傳統(tǒng)實驗教學(xué)中,學(xué)生主要按照指導(dǎo)教師的實驗設(shè)計,被動地進(jìn)行培養(yǎng)基配制、外植體加工、接種等固定環(huán)節(jié)的操作,缺乏實驗的自主性,此外,由于實驗結(jié)果無法追蹤、重復(fù)性差,導(dǎo)致實驗效果不理想。

        利用現(xiàn)代虛擬仿真技術(shù),可以再現(xiàn)植物組織培養(yǎng)所必需的實驗環(huán)境(包括準(zhǔn)備間、高壓滅菌室、無菌接種間和光照培養(yǎng)間等)、儀器設(shè)備(包括電子天平、PH 計、微波爐、高壓滅菌鍋和超凈工作臺等)以及組培的完整動態(tài)過程。通過虛擬仿真實驗,學(xué)生可以自己設(shè)計培養(yǎng)基的配方,實時追蹤該誘導(dǎo)條件下的不定芽、莖伸長生長和不定根發(fā)育的動態(tài)變化及其與最佳激素組合誘導(dǎo)結(jié)果的差異性,從中不僅可以深刻認(rèn)識到激素配比對組培再生效率的重要影響,而且根據(jù)反饋結(jié)果,可以通過反復(fù)實驗優(yōu)化設(shè)計和操作,篩選出適合不同組培誘導(dǎo)階段的最佳激素組合,作為真實實驗中的培養(yǎng)條件,達(dá)到虛擬與真實實驗教學(xué)的有機(jī)融合。

        2 實驗項目特點

        2.1 突破植物生長時間限制

        傳統(tǒng)植物組織培養(yǎng)實驗周期長、操作繁瑣、技術(shù)要求高[9-11],從葉片開始到大量再生植株移栽需要6個月以上的時間。而實驗課時少,學(xué)生無法在規(guī)定的學(xué)時內(nèi)認(rèn)知組織培養(yǎng)的動態(tài)過程和關(guān)鍵的影響環(huán)節(jié)。然而,通過虛擬仿真,學(xué)生可以在4 個學(xué)時內(nèi)完成整個實驗操作流程,節(jié)約了時間和成本,提高了感官認(rèn)識。此外,學(xué)生可通過開放端口,隨時登錄系統(tǒng),進(jìn)行在線實驗操作和自主學(xué)習(xí),不受預(yù)定實驗課程安排的限制。

        2.2 突破植物生長空間限制

        由于植物需要在滿足一定的環(huán)境條件下才能正常生長,因此植株組織培養(yǎng)從培育基配制、外植體選擇、不定芽誘導(dǎo)、不定芽伸長、生根都需要在維持一定溫度、濕度、光照和潔凈度的組培室中進(jìn)行,整個實驗過程需要投入大量人力和物力來維持。而通過虛擬仿真,有效克服了植物組織培養(yǎng)的空間限制。此外,植物虛擬仿真實驗可以基于PC 端和移動端而設(shè)計,學(xué)生不受實驗地點的限制進(jìn)行實踐操作,突破了空間的限制。從理論上來講,虛擬仿真實驗可以無限次重復(fù)進(jìn)行,有效節(jié)約實驗成本。

        2.3 自主化的實驗參數(shù)設(shè)計

        楊樹良種組培再生虛擬仿真實驗基于“以學(xué)生為中心”的教學(xué)理念開發(fā)設(shè)計,體現(xiàn)了良好的交互性。在線實驗操作過程中,學(xué)生可以根據(jù)系統(tǒng)的提示和自己對植物組織培養(yǎng)基本知識點的理解和把握情況,自主設(shè)計誘導(dǎo)培養(yǎng)基中的生長素和細(xì)胞分裂素使用濃度、選擇外植體和接種方向等關(guān)鍵參數(shù)。通過自主設(shè)計的實驗結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)實驗進(jìn)行對比,在線分析其中的原因和改進(jìn)措施,可以有效解決傳統(tǒng)實驗教學(xué)中學(xué)生因無法參與實驗設(shè)計,只能被動地進(jìn)行實驗操作的問題,提高學(xué)生在實驗中的主觀能動性和積極性。此外,學(xué)生也可以通過系統(tǒng)中的交互窗口,及時對實驗中存在的問題與指導(dǎo)教師進(jìn)行交流互動。

        3 實驗項目平臺框架

        學(xué)生通過網(wǎng)頁瀏覽器登錄虛擬仿真實驗平臺,自主選擇實驗項目,系統(tǒng)通過模塊調(diào)用、數(shù)據(jù)交互,實現(xiàn)學(xué)生對實驗工況及相關(guān)條件參數(shù)的選擇,并進(jìn)行過程演示,最終得到運(yùn)行結(jié)果,并對實驗結(jié)果進(jìn)行對比分析,完成實驗報告生成。

        3.1 平臺網(wǎng)絡(luò)技術(shù)要求

        虛擬仿真實驗通過3D 仿真、動畫技術(shù)、WebGL技術(shù),應(yīng)用Flash、3d Max、Adobe After Effects、Adobe Photoshop 等開發(fā)工具,再現(xiàn)植物組培的全過程。在項目品質(zhì)方面,單場景模型總面數(shù)可達(dá)6 萬左右,貼圖分辨率為1920×1080,每幀渲染次數(shù)為24 次,動作反饋時間為0.1 s,實時顯示刷新率,分辨率為1920×1080。

        3.2 系統(tǒng)模塊與功能

        我校虛擬仿真實驗項目平臺的功能模塊框架如圖1 所示。根據(jù)功能需要和角色不同,將實驗項目平臺的基本架構(gòu)設(shè)計為三個權(quán)限不等的功能區(qū),即學(xué)生功能區(qū)、教師功能區(qū)和管理功能區(qū)。在每個功能區(qū)下設(shè)計若干執(zhí)行某一特定任務(wù)的工作模塊,并在工作模塊中加載相關(guān)的虛擬仿真實驗教學(xué)資源數(shù)據(jù)。在學(xué)生功能區(qū),學(xué)生可以實現(xiàn)從實驗前預(yù)習(xí)和測試、實驗中操作練習(xí)、實驗后完成實驗報告和課后測試等不同環(huán)節(jié),幫助全面掌握植物組織培養(yǎng)相關(guān)知識。在教師功能區(qū),任課教師可以通過關(guān)注學(xué)生在網(wǎng)絡(luò)上實驗全程記錄,全面客觀地評價學(xué)生對植物組織培養(yǎng)實驗的掌握情況,并對學(xué)生進(jìn)行綜合成績評定,可以有效地克服傳統(tǒng)教學(xué)中僅憑學(xué)生在實驗中的表現(xiàn)和實驗報告進(jìn)行成績評定的不足。在管理員功能區(qū),管理人員可以對平臺用戶的權(quán)限、數(shù)據(jù)、安全等提供基本管理服務(wù),保證平臺的安全、有序運(yùn)行。

        圖1 實驗項目平臺的功能模塊框架

        4 實驗項目實踐

        4.1 實驗原理

        1902 年,德國著名植物學(xué)家哈勃蘭特提出植物細(xì)胞全能性的概念。他認(rèn)為由于植物的每個體細(xì)胞都含有該物種全部的遺傳信息,因此均具備發(fā)育成完整植株的潛在能力[12]。目前,該理論已經(jīng)被越來越多的植物組織培養(yǎng)的成功案例所證實,使之成為指導(dǎo)植物組織培養(yǎng)的基本理論基礎(chǔ)。楊樹良種組培再生虛擬仿真實驗主要涉及基本培養(yǎng)基、激素濃度配比、外植體選擇、外植體接種方式以及外在培養(yǎng)條件等5 個知識點。其中,基本培養(yǎng)基為離體器官或組織的生長和發(fā)育提供基本的營養(yǎng),主要由無機(jī)營養(yǎng)物、碳源、維生素、有機(jī)附加物等組成[13];離體植物材料的細(xì)胞分裂和分化活動主要依賴于培養(yǎng)基中的生長調(diào)節(jié)物質(zhì)及其濃度配比。外植體是指用于離體培養(yǎng)的植物組織、器官或細(xì)胞,其狀態(tài)的好壞直接決定著細(xì)胞的分裂和分化能力。在外植體的選擇過程中,需要綜合考慮基因型、外植體的來源、取材季節(jié)、外植體的生理狀態(tài)和發(fā)育年齡以及外植體的大小等因素;就外植體接種方式而言,植物不同部位的組織和器官由于行使的功能不同,在結(jié)構(gòu)上也存在很大的差異。例如,葉片近軸面和遠(yuǎn)軸面在組織結(jié)構(gòu)上的差異決定了兩者對培養(yǎng)基中營養(yǎng)和生理調(diào)節(jié)物質(zhì)的吸收能力是不同的;環(huán)境條件也會影響到離體植物組織或器官的生長發(fā)育過程,主要包括溫度、溫度和光照等因素。

        4.2 實驗方法與步驟

        在虛擬仿真實驗中,學(xué)生是學(xué)習(xí)的主體。因此,學(xué)生能否利用好虛擬資源是完成虛擬仿真實驗的關(guān)鍵。對本項目而言,學(xué)生可以通過智能手機(jī)或PC 登錄實驗項目平臺,熟悉實驗背景、目的,完成課前測試,并按照圖2 所示流程開展植物組織培養(yǎng)虛擬仿真實驗。

        圖2 植物組織培養(yǎng)虛擬仿真實驗流程

        (1)實驗前準(zhǔn)備。學(xué)生在系統(tǒng)登錄界面,輸入姓名和學(xué)號后,點擊“確定”,直接進(jìn)入到實驗操作界面。通過實驗簡介和幫助等模塊,了解項目背景、實驗原理、目的、基本操作以及操作系統(tǒng)使用方法。

        (2)虛擬實驗操作。依次點擊實驗操作界面左側(cè)培養(yǎng)基配制(見圖3)、接種材料選擇和葉盤制作、不定芽誘導(dǎo)、莖伸長培養(yǎng)、不定根誘導(dǎo)和煉苗移栽等模塊,根據(jù)系統(tǒng)提示,進(jìn)行相關(guān)參數(shù)設(shè)置和實驗操作。

        (3)撰寫實驗報告。實驗操作完成以后,學(xué)生點擊操作界面上方的“實驗報告”模塊,系統(tǒng)記錄學(xué)生的操作過程,生成實驗結(jié)果統(tǒng)計表。學(xué)生在統(tǒng)計表格中如實填寫不定芽和不定根數(shù)量,并計算不定芽/不定根的誘導(dǎo)率、平均不定芽/不定根數(shù),最后學(xué)生對比分析自主實驗設(shè)計結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)實驗結(jié)果,完成數(shù)據(jù)分析后,在線撰寫并提交實驗報告,如圖4 所示。

        圖3 培養(yǎng)基配制頁面

        (4)實驗項目評價。實驗報告在線提交以后,點擊界面上方的“課后習(xí)題測試”模塊,系統(tǒng)隨機(jī)從數(shù)據(jù)庫中抽取由5~10 道題組成的試卷,學(xué)生在線作答并提交,系統(tǒng)自動打分,并給出正確答案。整個實驗項目考核包括課前預(yù)習(xí)及在線測試、真實和虛擬實驗中的操作能力、實驗報告和綜合能力測試4 個部分,并根據(jù)每項考核指標(biāo)的重要性,分別給予一定的權(quán)重,最后由此計算出學(xué)生的綜合評定成績。

        5 實驗項目建設(shè)特色與成效

        5.1 以虛補(bǔ)實,解決植物組織培養(yǎng)周期長與實驗條件要求高的難題

        傳統(tǒng)植物組織培養(yǎng)實驗所利用的植物材料體積小,抗逆性差,對環(huán)境條件要求嚴(yán)格,需投入大量人力、物力,成本較高。通過虛擬仿真實驗平臺,學(xué)生能夠在線進(jìn)行培養(yǎng)基配方設(shè)計、配制、分裝、高壓滅菌、外植體選擇、加工和接種不定芽誘導(dǎo)、壯苗、不定根誘導(dǎo)和煉苗移栽等實驗操作,并實時追蹤特定誘導(dǎo)條件下的不定芽、莖生長和不定根的發(fā)育變化,有效地解決了因植物組織培養(yǎng)周期過長及課時和空間有限而導(dǎo)致的實驗操作有限和實驗結(jié)果難以跟蹤的難題,為“植物細(xì)胞工程”“植物基因工程”等實驗的開展提供了有益的在線輔助工作。

        5.2 虛實結(jié)合,提升學(xué)生參與實驗的主觀能動性與創(chuàng)造性

        在虛擬仿真實驗平臺,學(xué)生可以自己設(shè)計不同階段誘導(dǎo)培養(yǎng)基中的激素濃度配比,并實時追蹤與比較該誘導(dǎo)條件下的不定芽、莖伸長生長和不定根發(fā)育與實驗參照之間的差異性。同時,虛擬仿真實驗可以無限次重復(fù)進(jìn)行,使學(xué)生能夠在反復(fù)實驗過程中發(fā)現(xiàn)實驗設(shè)計存在的問題,可以通過重新設(shè)計實驗參數(shù)和反復(fù)操作,深入理解激素配比對植物組織培養(yǎng)階段性發(fā)育過程的重要性和差異性,提升學(xué)生參與實驗的主觀能動性與創(chuàng)造性。

        5.3 資源共享,構(gòu)建學(xué)生自主學(xué)習(xí)與師生互動平臺

        通過網(wǎng)絡(luò)平臺,學(xué)生可以隨時隨地進(jìn)行在線實驗操作。如在實驗前,學(xué)生可以通過系統(tǒng)中的相關(guān)模塊,事先了解實驗?zāi)康?、原理等相關(guān)基本知識。實驗課后,可以通過重復(fù)實驗設(shè)計和操作,鞏固課堂所學(xué)內(nèi)容。通過這種由“實驗設(shè)計—結(jié)果反饋—發(fā)現(xiàn)問題”的過程,培養(yǎng)學(xué)生科學(xué)的實驗方法,拓展其知識視野,激發(fā)個人的主觀能動性和創(chuàng)造性。同時,學(xué)生還可以通過在線交流的形式,與教師進(jìn)行一定的互動交流,提升學(xué)習(xí)的針對性和實效性。通過實驗平臺,任課教師可以清晰地了解學(xué)生對相關(guān)知識的掌握情況,為今后有針對性地開展課堂教學(xué)提供參考信息。

        6 結(jié)語

        楊樹良種組培再生虛擬仿真實驗項目秉承“虛實結(jié)合、綠色共享”的理念開發(fā)設(shè)計,虛擬條件下的植物生長過程是對實際實驗結(jié)果的動態(tài)模擬,虛擬結(jié)果是基于長期研究過程中積累的大量實驗數(shù)據(jù)。目前,該項目已獲得2018 年度國家虛擬仿真實驗教學(xué)項目認(rèn)定,截至2019 年10 月,已有14 540 人次使用該平臺。通過虛擬仿真實驗平臺,為其他生物基礎(chǔ)理論的深入研究提供了必要的方法和手段,拓展了相關(guān)專業(yè)學(xué)生學(xué)習(xí)知識的深度和廣度,可以有效激勵學(xué)生投入理論知識學(xué)習(xí)和實踐訓(xùn)練的積極性和想象力,有效解決教學(xué)過程中的沖突、壓力和倦怠等問題,為創(chuàng)新型人才的培養(yǎng)創(chuàng)造了條件,取得了良好效果。

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