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        基于DIA LC-MS對膿毒癥患者外周血差異蛋白的研究分析*

        2020-09-28 14:13:00王陳龍操龍斌朱天川曾令恒
        檢驗醫(yī)學與臨床 2020年18期
        關(guān)鍵詞:差異分析

        王陳龍,邱 峰,操龍斌△,朱天川,曾令恒

        1.南方醫(yī)科大學南海醫(yī)院,廣東佛山 528244;2.中山大學附屬第五醫(yī)院,廣東珠海 519000

        膿毒癥作為一種由于感染引起的全身炎癥反應(yīng)綜合征,它是嚴重創(chuàng)傷、燒傷、感染以及外科大手術(shù)常見并發(fā)癥,并且隨著病情進展可能導致患者出現(xiàn)器官功能障礙以及循環(huán)障礙,進一步發(fā)展還可能引起患者膿毒癥休克,危及生命安全,因此研究膿毒癥發(fā)病機制對于掌握患者病情進展情況,挽救患者生命有著重要意義[1-3]。外周血作為人體免疫系統(tǒng)的重要組成部分,其單個核細胞既能夠有效反映宿主的免疫情況,又相對容易獲取,因此觀察外周血單個核細胞變化情況對研究膿毒癥的發(fā)展有著重要指導意義[4-5]。隨著近年來醫(yī)學技術(shù)的發(fā)展,基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學已經(jīng)成為研究復雜高通量小分子蛋白的主流工具,而數(shù)據(jù)非依賴(DIA)技術(shù)則是通過對所有母離子選擇、碎裂,采集母離子的全部離子信息,能夠大規(guī)模、高通量地做到相對定量和絕對定量。為此,南方醫(yī)科大學南海醫(yī)院以及中山大學附屬第五醫(yī)院基于數(shù)據(jù)非依賴性采集高分辨率色譜-質(zhì)譜技術(shù)(DIA LC-MS)對膿毒癥患者外周血差異蛋白進行研究分析,現(xiàn)報道如下。

        1 資料與方法

        1.1一般資料 選擇南方醫(yī)科大學南海醫(yī)院以及中山大學附屬第五醫(yī)院2018年8月至2019年8月重癥監(jiān)護室收治的60例膿毒癥患者作為觀察組,同時將上述兩所醫(yī)院同一時期入住重癥監(jiān)護室的術(shù)后未并發(fā)膿毒癥的60例患者作為對照組。納入標準:(1)患者存在明確感染證據(jù),序貫器官衰竭評估(SOFA評分)變化≥2;(2)患者家屬知情并簽署同意書。排除標準:(1)患者存在自身免疫疾病;(2)合并嚴重肝、腎功能不全者;(3)患者近半年內(nèi)使用過免疫抑制藥物。觀察組中男33例,女27例;年齡35~79歲,平均(61.5±4.8)歲;肺部感染24例,腹腔感染12例,泌尿系感染15例,其他部位感染19例。對照組中男31例,女29例;年齡34~76歲,平均(61.2±4.7)歲。兩組研究對象在性別、年齡方面差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05),具有可比性。

        1.2方法

        1.2.1細胞蛋白標本制備 疑似膿毒癥患者在重癥監(jiān)護室發(fā)生高熱后,留取高熱血培養(yǎng)的同時取外周靜脈血5 mL,床邊EDTA管抗凝,于4 h內(nèi)送至實驗室分類提取外周血單個核細胞。

        1.2.2質(zhì)譜蛋白標本制備 在BCA法測定患者蛋白水平后取50 μg蛋白,加入6 mol/L尿素反應(yīng)30 min,55 ℃下 加入5 mmol/L TCEP還原反應(yīng)30 min,然后加入碘乙酰胺控制水平為6.25 mmol/L,避光反應(yīng)1 h,加入碳酸氫銨稀釋后再加入1 mmol/L氯化鈣,堿性環(huán)境中使胰酶變性,37 ℃下反應(yīng)16 h,除鹽后冷凍干燥。

        1.2.3采集質(zhì)譜數(shù)據(jù) 采用EASY nLC-1000 UPLC系統(tǒng)聯(lián)合Orbitrap質(zhì)譜檢測器Q-Exactive plus質(zhì)譜儀進行數(shù)據(jù)采集,上樣量1 μg,在同一根自制C18分析柱上進行。分離相:A相為0.1%甲酸,B相為0.1%甲酸加80%乙腈,環(huán)境溫度控制在4 ℃。梯度洗脫程序:0~5 min,A相97%~93%,B相3%~7%;>5~55 min,A相93%~78%,B相7%~22%;>55~65 min,A相78%~65%,B相22%~35%;>65~68 min,A相65%~20%,B相35%~80%;>68~75 min,A相20%,B相80%。

        1.2.4質(zhì)譜方法 DDA掃描:采用正離子掃描,范圍為400~1 200 m/z,時間75 min。一級掃描模式為全掃描,范圍為400~1 200 m/z,一級檢測軌道分辨率70 000 FWHM@200 m/z;自動增益控制為3×106,最長注射離子時間為50 ms,電荷數(shù)2~7,loop count 20,二級質(zhì)譜碎裂模式HCD,碰撞能量NCE為27%,二級自動增益控制為5×105。DIA數(shù)據(jù)采集:一級掃描模式為全掃描,范圍為400~1 200 m/z,一級檢測軌道分辨率35 000 FWHM@ 200 m/z,AGC為5×105,窗口為32個固定窗口,每個窗口分別為選擇、碎裂、采集母離子和全部子離子信息用于定量。

        1.2.5數(shù)據(jù)及生物信息分析 DDA數(shù)據(jù)采用軟件Proteome Discoverer進行搜庫,結(jié)果導入軟件Skyline建庫并進行數(shù)據(jù)分析提取。將篩選出的差異蛋白在DAVID生物信息數(shù)據(jù)庫中作KEGG通路分析、GO分析,從蛋白質(zhì)的生物過程、分子功能、細胞組分進行基因富集分析。

        1.2.6蛋白驗證 采用雙抗體夾心酶免疫分析法(ELISA)測定外周血單個核細胞中生物標志物的含量,試劑盒購自南京森貝伽生物科技有限公司,操作步驟嚴格按照說明書進行。

        2 結(jié) 果

        2.1差異蛋白的篩選 兩組患者共獲得530 391個碎片離子,63 378個肽段,7 104個蛋白;60個DIA標本采用Skyline共篩選鑒定得到147 363個碎片離子,21 840個肽段,6 213個蛋白。將碎片離子加和,共得到357個差異蛋白,其中93個高表達,264個低表達。為了更直觀地顯示不同差異蛋白在不同標本間的表達差異,可根據(jù)顯著性差異蛋白表達量在標本間進行層次聚類。

        2.2GO分析和通路分析 對這357個差異蛋白進行GO分析顯示,富集最多的細胞組分是細胞外泌體、細胞膜以及細胞質(zhì),見圖1A;聚類到最多的生物功能是受體介導內(nèi)吞、細胞黏附反應(yīng)以及血小板脫顆粒,見圖1B,這些功能可能與膿毒癥的發(fā)展密切相關(guān);最多見的分子功能是蛋白結(jié)合、poly(A)RNA結(jié)合、細胞黏附以及鐵離子結(jié)合,見圖1C;在對這些差異蛋白進行KEGG分析后顯示,細菌侵襲上皮細胞、代謝通路、碳代謝通路、血小板激活、補體以及凝血瀑布這幾條通路與膿毒癥的發(fā)展密切相關(guān),見圖1D。

        注:A為細胞組分;B為生物過程;C為分子功能;D為KEGG通路。

        2.3差異蛋白的驗證 對357個差異蛋白進行VIP值篩選,共篩選出138個差異蛋白,其中貢獻最大的分別是高遷移率蛋白(HMGB-1)、中性粒細胞明膠酶相關(guān)脂質(zhì)運載蛋白(NGAL)以及基質(zhì)金屬蛋白酶-8(MMP-8),在進行ELISA驗證后顯示,觀察組患者HMGB-1、NGAL以及MMP-8表達水平明顯高于對照組,兩組比較差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05),見表1。

        表1 兩組患者HMGB-1、NGAL以及MMP-8表達水平比較

        2.4ROC曲線診斷模型 將兩組患者外周血單個核細胞進行ELISA檢測后建立ROC曲線診斷模型顯示,HMGB-1靈敏度為0.832,特異度為0.865;NGAL靈敏度為0.802,特異度為0.668;MMP-8靈敏度為0.833,特異度為0.866。

        3 討 論

        目前膿毒癥的發(fā)病機制尚不明確,但是臨床研究顯示免疫紊亂是膿毒癥發(fā)病的關(guān)鍵因素[6-7]?;颊咭坏┌l(fā)病后病情進展迅速,臨床救治困難,這也是導致危重癥患者死亡的首要因素,研究顯示并發(fā)心肌損害更嚴重影響到患者臨床預后,近40%的患者會出現(xiàn)不同程度的心肌損害,尤其是在新生兒敗血癥中更易出現(xiàn),一旦出現(xiàn)心血管并發(fā)癥,患者病情就會急劇惡化,病死率可上升至70%~90%,因此了解膿毒癥的發(fā)病機制對于挽救患者生命安全有著重要意義[8]。

        本研究顯示,在對兩組患者檢測后共獲得530 391個碎片離子,63 378個肽段,7 104個蛋白;60個DIA標本采用Skyline共篩選鑒定得到147 363個碎片離子,21 840個肽段,6 213個蛋白。將碎片離子加和,共得到357個差異蛋白,其中93個高表達,264個低表達。正是這些蛋白的生物作用引發(fā)了促炎因子的釋放,加劇了患者膿毒癥的進展,因此通過蛋白質(zhì)組學的方法可以更加直觀地了解膿毒癥的發(fā)病機制[9-10]。

        研究發(fā)現(xiàn)膿毒癥的發(fā)展與多種通路有關(guān),免疫調(diào)節(jié)系統(tǒng)紊亂導致機體嚴重感染應(yīng)答失調(diào),免疫調(diào)控由過度的免疫激活進展至致死性免疫抑制。在對357個差異蛋白進行GO分析顯示,富集最多的細胞組分是細胞外泌體、細胞膜以及細胞質(zhì);聚類到最多的生物功能是受體介導內(nèi)吞、細胞黏附反應(yīng)以及血小板脫顆粒,這些功能可能與膿毒癥的發(fā)展密切相關(guān)。最多見的分子功能是蛋白結(jié)合、poly(A)RNA結(jié)合、細胞黏附以及鐵離子結(jié)合。在對這些差異蛋白進行KEGG分析后顯示,細菌侵襲上皮細胞、代謝通路、碳代謝通路、血小板激活、補體以及凝血瀑布這幾條通路與膿毒癥的發(fā)展密切相關(guān)[11-12]。而HMGB-1作為一種晚期炎癥遞質(zhì),它的主動分泌和被動釋放能夠誘發(fā)患者出現(xiàn)局部炎癥,激發(fā)細胞因子超表達,加劇炎性反應(yīng)。而凋亡細胞的二次壞死釋放HMGB-1能夠級聯(lián)加劇單核/巨噬細胞的致炎反應(yīng),因此膿毒癥患者外周血單核細胞HMGB-1的高表達可能與免疫細胞炎癥的啟動與維持,以及炎癥放大的級聯(lián)反應(yīng)存在密切聯(lián)系。NGAL作為急性腎損傷的生物標志物之一,它由肝臟細胞和免疫細胞分泌,與細菌生長和組織分化有密切關(guān)系,NGAL的升高可能與宿主感染細菌時自身免疫抗菌作用有關(guān)。MMP-8在正常情況下水平極低,它能夠激活巨噬細胞中NF-κB 促炎性轉(zhuǎn)錄因子,炎癥條件下MMP-8表達的升高導致患者組織的破壞[13-14]。本研究顯示,對357個差異蛋白進行VIP值篩選,共篩選出138個差異蛋白,其中貢獻最大的分別是HMGB-1、NGAL以及MMP-8,在進行ELISA驗證后顯示,膿毒癥患者HMGB-1、NGAL以及MMP-8表達水平明顯高于非膿毒癥患者,并且HMGB-1靈敏度為0.832、特異度為0.865,NGAL靈敏度為0.802、特異度為0.668,MMP-8靈敏度為0.833、特異度為0.866,對患者臨床診治具有一定指導意義。

        綜上所述,基于DIA LC-MS技術(shù)對膿毒癥患者外周血差異蛋白進行研究后顯示,PLS-DA、OPLS-DA以及PCA模式能夠分析蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù),初步篩選出HMGB-1、NGAL以及MMP-8作為膿毒癥患者外周血單個核細胞的候選生物標志物。

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