張 璋 張立琴 杜 瑋 陸薇冰 王巖艷 解 潔 邢泉生
青島大學附屬青島婦女兒童醫(yī)院(山東青島 266000)
高苯丙氨酸血癥(hyperphenylalaninemia,HPA)是由于苯丙氨酸羥化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)或其輔酶四氫生物碟呤(tetrahydrobiopterin,BH4)缺乏導致的血苯丙氨酸(phenylalanine,Phe)濃度升高的一組氨基酸代謝病,是最常見的先天性常染色體隱性遺傳病?;純后w內(nèi)的Phe不能通過正常代謝途徑轉(zhuǎn)變成酪氨酸,導致旁路代謝增強,產(chǎn)生大量苯丙酮酸、苯乙酸和苯乳酸并從尿中排除出,患兒尿液、汗液有鼠臭味。增高的血Phe 可以通過血腦屏障,引起腦髓鞘發(fā)育不良或脫髓鞘等腦白質(zhì)異常而導致神經(jīng)系統(tǒng)損害。未規(guī)范治療的HPA患兒隨著年齡增長,智能發(fā)育落后明顯,可出現(xiàn)行為、性格、神經(jīng)認知等異常,嚴重者可出現(xiàn)癲癇發(fā)作等。因HPA的癥狀缺乏特異性,易誤診為腦性癱瘓、癲癇等神經(jīng)系統(tǒng)疾病。但HPA 是一種可以治療及預防的疾病,盡早明確診斷并早期干預可以改善預后,提高患兒的生存質(zhì)量。
中國大陸HPA 的發(fā)病率約為1/11000[1]。2014年《高苯丙氨酸血癥的診治共識》將HPA 分為PAH缺乏癥和BH 4 缺乏癥兩大類[2],其中PAH 缺乏癥約占90%[3-4]。PAH基因位于染色體12q22-24.1,全長約90 kb,由13個外顯子及12個內(nèi)含子組成[2]。目前PAHvdb基因庫(http://www.biopku.org/pah/)共收錄了1 158種PAH基因變異。這些變異在不同程度上降低了PAH的催化活性,導致一系列不同的生化結(jié)果和臨床表型。HPA患兒的臨床表型主要由基因型決定[5],明確基因型有助于指導HPA的分型、判斷預后以及家系內(nèi)的遺傳咨詢。目前,臨床醫(yī)師可以通過Sanger測序及第二代高通量測序等常規(guī)的測序方法,迅速獲得患者確切的基因型。由于PAH基因變異的高度遺傳異質(zhì)性,各個國家的熱點變異位點差異很大[6-8],我國不同區(qū)域及省份之間PAH基因變異分布不同[9-11],因此有必要針對特定區(qū)域的人群進行研究。本文旨在構(gòu)建PAH變異基因譜,并根據(jù)變異特點分析基因型與表型的關(guān)系,以期對臨床診斷提供一定的幫助。
青島市自1996年開展新生兒疾病篩查起至2018年12月,共篩查新生兒1 622 956人次,確診PAH缺乏癥患兒204例,發(fā)病率1/7956。其中經(jīng)典型苯丙酮尿癥(phenylketonuria,PKU)患兒110例,輕度PKU患兒41例,輕度HPA患兒53例。征得家長同意后,共76例PAH缺乏癥患兒進行基因檢測并納入本研究,分析患兒的PAH基因變異位點,預測臨床表型?;純旱母改讣凹易寰鶡o遺傳代謝病家族史。
本研究已經(jīng)過醫(yī)院醫(yī)學倫理委員會批準,研究對象監(jiān)護人均簽署知情同意書。
1.2.1 臨床資料收集及隨訪 新生兒出生72 小時后(哺乳6~8次以上)采集足跟血,制成專用干血濾紙片進行血Phe濃度測定。自1996年至今,先后采用細菌抑制法或串聯(lián)質(zhì)譜法(MS/MS)進行血Phe濃度測定。血Phe≥120 μmol/L者再次采血復查,仍高者進行診斷及鑒別診斷。所有患兒進行長期隨訪,定期門診復查、監(jiān)測血Phe濃度,并對經(jīng)典型PKU及輕度PKU患兒給予低苯丙氨酸飲食治療。
1.2.2 診斷標準 根據(jù)2014年《高苯丙氨酸血癥的診治共識》[2],HPA診斷標準為:治療前血Phe濃度均>120 μmol/L(>2 mg/dL),且血Phe與酪氨酸比值(Phe/Tyr)>2.0;應用高效液相色譜分析法進行尿蝶呤譜分析,并行血二氫蝶啶還原酶活性測定及BH4負荷試驗,排除BH4缺乏癥。血Phe≥1 200 μmol/L為經(jīng)典型PKU;血Phe在360~1 200 μmol/L為輕度PKU;血Phe在120~360 μmol/L為輕度HPA。其中輕度PKU及輕度HPA患兒根據(jù)后期隨訪結(jié)果進一步明確診斷,若后期隨訪中輕度PKU患兒血Phe≥1 200 μmol/L診斷為經(jīng)典型PKU,輕度HPA患兒血Phe >360 μmol/L診斷為輕度PKU。
1.2.3 基因檢測及驗證 用EDTA 抗凝管抽取患兒外周靜脈全血3 mL,過柱法提取DNA,應用第二代高通量測序技術(shù)對PAH 的相關(guān)基因進行直接測序,用多重連接酶探針依賴擴增(multiples ligationdependent probe amplification,MLPA)檢測PAH基因是否存在大片段缺失或重復,并應用 Sanger測序?qū)ζ涓改傅腜AH基因相應突變位點進行檢測并驗證。所有突變位點均輸入PAHvdb數(shù)據(jù)庫進行查閱。所有新發(fā)現(xiàn)的突變位點均通過檢索千人數(shù)據(jù)庫(http://www.internationalgenome.org/)、dbSNP數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP)排除多態(tài)性位點。
1.2.4 變異位點特定值設定 根據(jù)PAH 體外酶的活性,參照Guldberg 等[5]的方法將各種變異分類輸入PAHvdb數(shù)據(jù)庫進行查閱,設定變異的變異位點特定值(assigning value,AV)值,組1代表嚴重的無義變異致使體外酶活性<10%,設定AV=1;組2代表殘余酶活性為10%~30%,設定AV=2;組3代表殘余酶活性為30%~70%,設定AV=4;組4殘余酶活性>70%,設定AV=8。
1.2.5 臨床表型預測模型 以患兒的2個變異等位基因AV值相加預測表型[5]:AV總和為2,預測為經(jīng)典型PKU;AV 總和為3~8,預測為輕度PKU;AV 總和9~16,預測為輕度HPA。有16例患兒的突變位點在PAHvdb數(shù)據(jù)庫中檢測不到PAH體外酶活性,無法進行AV 賦值,則排除在基因型-表型分析模型之外,共有60例患兒納入該模型。
應用SPSS 17.0統(tǒng)計軟件進行數(shù)據(jù)處理。符合正態(tài)分布的計量資料以均數(shù)±標準差表示,多組間比較采用單因素方差分析;非正態(tài)分布計量資料以中位數(shù)(四分位數(shù)范圍)表示,多組間比較采用Kruskal WallisH檢驗。計數(shù)資料以例數(shù)(百分比)表示。采用Spearman進行血Phe濃度和AV評分之和的相關(guān)性分析。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。
納入的76例患兒中,男40例、女36例,均為足月兒,平均出生體質(zhì)量(3.47±0.44)kg。經(jīng)典型PKU患兒28例,男15例、女13例;輕度PKU 26例,男15例、女11例;輕度HPA 22例,男10例、女12例。
76例患兒的152個等位基因中檢測出146個變異,檢出率96.1%。見表1。共檢測出變異類型45種,其中錯義變異29種(64.4%),無義變異6種(13.3%),剪接變異4種(8.9%),缺失變異3種(6.7%),同義變異2種(4.4%),發(fā)現(xiàn)1個新位點類型不明。41個(91.1%)變異位點位于外顯子區(qū),4個(8.9%)位于內(nèi)含子區(qū)。外顯子的突變多集中于E3、E5、E7、E11、E12,分別為6個(13.3%)、5個(11.1%)、6個(13.3%)、6個(13.3)、5 個(11.1%),外顯子E 4、E 13 未檢測出變異位點。在內(nèi)含子區(qū)域檢測出4個變異位點,分別位于I3、I4、I7、I12(圖1)。
熱點變異位點為c.728G>A(26/146,17.8%)、c.158G>A(13/146,8.9%)、c.1068C>A(11/146,7.5%)、c.721C>T(10/146,6.8%);另外c.1238G>C(8/146,5.5%)、c.331C>T(8/146,5.5%)、c.1301C>A(7/146,4.8%)出現(xiàn)頻率也較高。見圖2。
本研究發(fā)現(xiàn)未曾被BIOPKU 數(shù)據(jù)庫報道的新變異1 個:c.95 A>G,該位點致病性不明,有2 例患兒基因型為c.95 A>G/c.1197 A>T,2 例患兒初篩、復篩血Phe濃度分別為552 μmol/L、1 872 μmol/L及966 μmol/L、1 590 μmol/L,均診斷為經(jīng)典型PKU。
圖1 PAH 基因45 種突變的位置分布
圖2 PAH 基因熱點變異位點的占比
28 例經(jīng)典型PKU 患兒檢測出54 個、共22 種突變位點,最常出現(xiàn)的為c.728G>A(11/54,20.4%)、c.1068C>A(9/54,16.7%)、c.331C>T(5/54,9.3%)和c.1238G>C(5/54,9.3%)。
26例輕度PKU患兒檢測出50個、共25種突變位點,最常出現(xiàn)的為c.728G>A(9/50,18.0%)、c.721C>T(7/50,14.0%)、c.1301C>A(5/50,10.0%)和c.1238G>C(3/50,6.0%)。
22例輕度HPA患兒檢測出42個、共24種突變位點,最常出現(xiàn)的為c.158G>A(12/42,28.6%)、c.728G>A(6/42,14.3%)。見表2。
其中有c.331 C>T、c.1068 C>A、c.728 G>A、c.611A>G、c.739G>C、c.721C>T和c.842+2T>A共7個變異位點在三組中均有檢出。有12種變異位點僅在輕度HPA中檢出,分別為c.1024G>A、c.1256A>G、c.1215_1219delAATAC、c.320A>G、c.1174T>A、c.889 C>A、c.800 A>T、c.620 A>G、c.301 G>A、c.491T>C、c.505C>T和c.212G>A。
76例患兒的基因型見表1,其中69例檢測出2個變異位點,分別源自其父母;1例檢測到的2個突變位點1個源自其父親、另1個系自身變異,其母親未檢測到相應變異位點。另外6 例患兒只檢測到1 個源自其父或母的變異位點。
輕度HPA 出現(xiàn)頻率最高的基因型為c.728 C>T/c.158G>A,有3例,占比13.6%(3/22),是輕度HPA的熱點基因型。
70 例檢測出2 個變異等位基因的患兒中,3 例為純合變異,其余67 例為復合雜合變異。3 例純合變異患兒中1例基因型為c.721C>T、c.721C>T,臨床診斷為輕度PKU(初篩為237 μmol/L、復篩為399 μmol/L),根據(jù)基因型預測為輕度HPA;另2 例基因型為c.728C>T、c.728C>T,其中1例診斷為經(jīng)典型PKU,另1 例診斷為輕度PKU,根據(jù)基因型預測為經(jīng)典型PKU。
表1 76例患兒的基因型、表型及預測表型
續(xù)表1
表2 PAH缺乏癥患兒熱點基因突變結(jié)果[n(%)]
60例患兒的基因型突變位點可以在PAHvdb數(shù)據(jù)庫中檢測到AV值及PAH體外酶的活性,納入基因型-表型分析模型(表3)。根據(jù)兩個等位基因的AV 評分之和預測患兒的臨床表型,并與患兒最終臨床診斷進行比較分析,三組由基因型預測的表型與患兒臨床表型的一致率(陽性預測值)達81.7%,其中輕度HPA的預測一致率最高,達93.3%,其次是輕度PKU,達80.0%,最低的是經(jīng)典型PKU,為76.0%。3組預測的靈敏度分別為經(jīng)典型PKU 82.6%,輕度PKU 72.7%,輕度HPA 93.3%。
表3 60例患兒基因型-表型預測分析
所有患兒治療前的血Phe濃度見表1,經(jīng)典型PKU、輕度PKU、輕度HPA組治療前血Phe濃度均值分別為(1 484.21±315.54)μmol/L、(632.56±212.68)μmol/L、(175.54±48.77)μmol/L。三組間血Phe濃度差異有統(tǒng)計學意義(F=211.332,P<0.001)。
所有患兒的AV評分之和見表1。應用Spearman進行血Phe濃度和AV值之和的相關(guān)性分析,治療前患兒血Phe水平與AV評分之和呈顯著負相關(guān)(r=-0.83,P<0.001),即PAH剩余酶活性越高,患兒血Phe濃度越低。
對所有患兒進行長期隨訪(2.5~22年),并檢測血Phe 的濃度。其中有1 例患兒初篩、復篩血Phe 均不超過360 μmol/L(244.8 μmol/L、210 μmol/L),后期監(jiān)測血Phe濃度超過360 μmol/L,診斷為輕度PKU,立即予控制飲食治療。對輕度HPA的長期隨訪發(fā)現(xiàn)有2例患兒定期檢測血Phe濃度均<120 μmol/L。未發(fā)現(xiàn)輕度PKU轉(zhuǎn)為經(jīng)典型PKU患兒。
PAH缺乏引起的HPA是氨基酸代謝疾病中最常見的遺傳代謝病,缺乏規(guī)范治療的患兒會影響神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育,甚至造成心理行為的改變。早期合理化的飲食治療可以改善遠期預后。但目前臨床上對某些HPA早期的準確診斷仍有一定困難,如因肝功能發(fā)育不完善可以引起早產(chǎn)兒一過性血Phe 升高,或存在感染、發(fā)熱、腸道外營養(yǎng)或輸血等情況時,也可以引起新生兒血Phe 升高。隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展,臨床醫(yī)師更容易在新生兒早期獲得患兒準確的分子遺傳學診斷?;純旱幕蛐褪桥R床表型的主要決定因素。PAH基因變異在不同地區(qū)人群中分布不同,代謝表型也存在較大的差異。因此,構(gòu)建每個地區(qū)的PAH基因變異譜可更好地研究基因變異與表型的關(guān)系,更好地服務于臨床,完善中國不同地區(qū)PAH基因變異譜的構(gòu)成。HPA的早期診斷不僅有助于改善患兒的預后,還可對患兒家屬提供遺傳咨詢方面的幫助,為先證者家庭提供孕前產(chǎn)前診斷咨詢,做好二級預防,進一步優(yōu)化人口質(zhì)量,降低人口出生缺陷率。
本研究在76例PAH缺乏癥患兒中共檢測出45種變異,檢出率約為96.1%,基因變異型以錯義變異為主,占66.7%,與其他研究及PAHvdb數(shù)據(jù)庫記錄的結(jié)果相符[9-10]。本研究顯示,青島地區(qū)PAH缺乏癥患兒檢出PAH基因變異91.1%位于外顯子上,變異位點的分布模式多集中在E3、E5、E7、E11、E12,也與其他研究結(jié)果一致[9-10]。
青島地區(qū)PA H基因變異頻率最高的位點為c.728G>A(26/146,17.8%),與中國大陸地區(qū)大樣本測序研究結(jié)果相符[10],與中國西北地區(qū)(甘肅省、陜西省、寧夏省、青海省、新疆?。⑸虾J?、河南省、浙江省等地區(qū)PAH基因變異的特征一致[9,11-13]。c.158G>A位點亦是青島地區(qū)的熱點變異(13/146,8.9%),該位點在浙江地區(qū)變異頻率較高[9],c.1068C>A在青島地區(qū)出現(xiàn)頻率也較高(11/146,7.5%)與中國大陸地區(qū)、中國西北地區(qū)大樣本測序研究結(jié)果一致[10-11],該位點在浙江、上海地區(qū)變異頻率較低。c.721C>T是中國臺灣地區(qū)最常見的變異位點[14],在青島地區(qū)出現(xiàn)的頻率也較高(10/146,6.8%),亦是上海市、浙江省的熱點變異基因,該位點在中國西北地區(qū)變異頻率也較高[11]。另外c.1238G>C(8/146,5.5%)位點在青島地區(qū)檢出率較高,該位點是中國西北地區(qū)的熱點變異基因[11],中國大陸地區(qū)大樣本測序尤其是北方地區(qū)變異頻率較高[10]。c.331C>T(8/146,5.5%)位點在青島地區(qū)檢出率與上述地區(qū)大致相同。另c.1301C>A(7/146,4.8%)在青島地區(qū)的檢出率較高,該位點在上述地區(qū)檢出率均不高。
本研究中有一些變異位點在經(jīng)典型PKU、輕度PKU及輕度HPA中均可檢出,包括c.331C>T、c.1068C>A、c.728G>A、c.611A>G、c.739G>C、c.721C>T、c.842+2T>A共7個位點。而c.1024G>A、c.1256A>G、c.1215_1219delAATAC、c.320A>G、c.1174T>A、c.889 C>A、c.800 A>T、c.620 A>G、c.301 G>A、c.491T>C、c.505C>T、c.221G>A這12個位點僅在輕度HPA中檢出。研究顯示,基因型的兩個變異位點中較溫和的變異位點(剩余酶活性高的變異位點)占主導地位,即決定基因型的表型[5]。因此,若在HPA 患兒的基因型中檢出這12個位點,提示患兒為輕度HPA的可能性大。
本研究中6 例患兒只檢測到1 個變異位點,另有10 例患兒變異位點PAHvdb 數(shù)據(jù)庫未查閱到AV 值,即PAH 體外酶的活性未知,故這些患兒未納入基因型-表型分析模型,60例患兒納入基因型-表型預測分析。本研究顯示,基于基因型可以較好地預測患兒的臨床表型,總體準確率高達81.6%。經(jīng)典型PKU、輕度PKU、輕度HPA的預測一致率分別為76%、80%、93.3%。1998年首次提出根據(jù)體外PAH酶活性下降程度對變異進行分類并根據(jù)基因型預測表型,預測表型與患兒實際表型一致率高達79%[5],與本研究的預測率相似。2013年上海地區(qū)對272例HPA患兒進行的基因型預測表型分析,總預測表型符合率約為54.1%,其中經(jīng)典型PKU 的預測率最高為61.8%,輕度變異組的一致率最低為32.7%[15],各組預測率低于本研究結(jié)果。
在本研究的基因型-表型的預測結(jié)果中,預測型和患兒臨床表型存在差異的大多只相差1個表型,例如根據(jù)基因型預測為經(jīng)典型PKU共25例,其中19例臨床診斷與預測型相符,6 例臨床診斷為輕度PKU。導致這一結(jié)果的可能原因是一些患兒的血Phe濃度在臨床表型分類的界值附近,因而臨床診斷時被分到相鄰的表型中。其他研究者亦有同樣觀點[15]。本研究中僅有1例患兒臨床表型和預測型相差較大,基因型為c.158G>A/c.526C>T,預測為輕度HPA,而臨床診斷為經(jīng)典型PKU。其他預測為輕度HPA患兒共14例,臨床診斷均與預測型相符。
本研究中3 例患兒的基因型是純合突變,其中1例基因型為c.721C>T/c.721C>T,血Phe濃度初篩為237 μmol/L、復篩為399 μmol/L,臨床診斷為輕度PKU,根據(jù)基因型預測為輕度HPA;2 例基因型為c.728G>A/c.728G>A,根據(jù)基因型預測為經(jīng)典型PKU,但實際上只有1 例臨床診斷為經(jīng)典型PKU,而另1 例臨床診斷為輕度PKU。2 個純合變異的基因型一致,而臨床表型不同。根據(jù)之前的相關(guān)研究提示,c.728G>A位點作為在中國大陸的PAH變異高頻位點,在經(jīng)典型PKU 及輕度PKU 患者中出現(xiàn)頻率均較高,這表明攜帶某些特殊變異位點(如c.728 G>A)的患兒其臨床表型受基因型、血Phe濃度及其他因素共同影響[15-16]。
本研究對所有患兒進行了長期隨訪,73例患兒的最終診斷與初步診斷相符。1例患兒初篩、復篩血Phe分別為336 μmol/L、210 μmol/L,診斷為輕度HPA,未進行控制飲食治療,后期隨訪過程中患兒血Phe超過360 μmol/L,最終診斷為輕度PKU,給予控制飲食治療。這例患兒根據(jù)基因型預測表型與臨床最終診斷相符。還有2例輕度HPA患兒長期隨訪顯示血Phe均不超過 120 μmol/L,其中1例患兒目前1歲,基因型為c.331C>T/c.158G>A,另1例患兒目前1.5歲,基因型為c.620A>G/c.301G>A,均在隨訪中,未治療。對于基因測序發(fā)現(xiàn)2個PAH變異位點即基因診斷確定為HPA的患兒,長期隨訪血Phe<120 μmol/L,國內(nèi)未見相關(guān)報告。韓國1項關(guān)于PAH基因c.158G>A 的研究顯示,1例患兒的父親基因型為c.158G>A/c.158G>A純合變異,但未出現(xiàn)HPA,原因尚不明確[17]。本研究認為,對于這類患兒,雖然基因診斷明確,但PHA 剩余酶活性高,可維持患兒體內(nèi)血Phe濃度正常,可以不用長期控制飲食治療。這些患兒可能晚發(fā)病或者終生不發(fā)病,可進行長期隨訪、監(jiān)測血Phe濃度,在遇到可能引起血Phe濃度升高的情況,如患兒合并感染、膿毒血癥、慢性腎衰竭、2 型糖尿病、創(chuàng)傷等時,要加強對血Phe濃度的監(jiān)測,必要時根據(jù)血Phe濃度調(diào)整治療方案[18-19]。
綜上所述,本研究構(gòu)建了青島地區(qū)PAH基因的變異譜,確定本地區(qū)PAH基因變異區(qū)域的分布和常見的變異位點,根據(jù)已知的PAH體外酶活性,分析本地區(qū)患兒的基因型和表型的關(guān)系,為臨床及時診治及預后評估提供依據(jù);并通過構(gòu)建基因型-表型預測系統(tǒng),提高患兒的診斷準確率,有利于長期隨訪判斷患兒預后,防止過度治療,減輕患兒家長精神壓力。