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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究女貞子-淫羊藿藥對活性成分抗骨質(zhì)疏松的分子機(jī)制

        2020-08-07 02:35:06陳楠宋紅沙南南王擁軍張巖
        中國骨質(zhì)疏松雜志 2020年5期
        關(guān)鍵詞:淫羊女貞子靶點(diǎn)

        陳楠 宋紅 沙南南 王擁軍,3 張巖,3*

        1.上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬龍華醫(yī)院,上海 2000322.貴州省骨科醫(yī)院,貴州 貴陽 5500023.教育部筋骨理論與治法重點(diǎn)實驗室,上海 200032

        骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)是一種常見的骨代謝疾病,其主要特征為骨密度降低和骨微結(jié)構(gòu)破壞[1-2]。據(jù)估計,全世界約有30%的婦女和12%的男性受到OP的影響,全球每年會有890萬人發(fā)生骨折[3-4]。但是在臨床藥物只能發(fā)揮改善癥狀的作用,并不能有效抑制OP的進(jìn)一步發(fā)展[5]。隨著中醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展,中藥在治療OP方面的多成分、多機(jī)制的優(yōu)勢也逐漸被發(fā)掘出來,所以從OP的發(fā)生機(jī)制上尋找中藥中的有效成分,并做出科學(xué)闡述,能夠發(fā)揮傳統(tǒng)中藥在治療OP方面的獨(dú)特優(yōu)勢。

        女貞子為木犀科植物女貞的干燥成熟果實,首次記載于《神農(nóng)本草經(jīng)》,具有滋補(bǔ)肝腎、養(yǎng)血益陰的作用,用于臨床治療OP也有千年歷史上[6-7]?,F(xiàn)代科學(xué)研究發(fā)現(xiàn),中藥女貞子化學(xué)成分多達(dá)100多種,其中以多糖、黃酮類等為主[8]。具有多種藥理作用,包括抗OP[9]、抗氧化[10]、抗衰老[11]、抗癌[12]、抗糖尿病[13]等。中藥淫羊藿為小檗科淫羊藿屬植物,最初記載于《神農(nóng)本草經(jīng)》,主要發(fā)揮補(bǔ)足腎陽、強(qiáng)健筋骨作用,應(yīng)用廣泛[14]。同時研究發(fā)現(xiàn),淫羊藿含有260多種有效成分,包括黃酮、多糖、生物堿等[15]。淫羊藿藥理學(xué)作用包括抗OP、抗腫瘤、抗動脈粥樣硬化[16]。有研究表明[17-18],女貞子和淫羊藿的藥對配伍對OP有很大的改善和治療作用,所以揭示其分子機(jī)制也有利于女貞子-淫羊藿藥對基礎(chǔ)和臨床的使用及推廣。

        1 資料與方法

        1.1 女貞子-淫羊藿中活性成分的篩選

        TCMSP數(shù)據(jù)庫中收錄約502味中藥,及對應(yīng)約12 144個相關(guān)中藥成分,并對每個中藥的化合物按照藥代動力學(xué)參數(shù)進(jìn)行分類,同時對應(yīng)上相關(guān)疾病[19]。本研究通過檢索TCMSP數(shù)據(jù)庫,分別以女貞子和淫羊藿為關(guān)鍵詞,其中篩選條件設(shè)置為類藥性(DL)≥ 0.18、口服生物吸收利用度(OB)≥30%,將獲取的女貞子和淫羊藿的所有活性成分進(jìn)行查重和整合。

        1.2 疾病靶點(diǎn)的獲取

        DrugBank數(shù)據(jù)庫是包含有關(guān)藥物及其機(jī)制的全面分子信息[20](同時還包括DisGeNET[21]、TTD[22]、OMIM 數(shù)據(jù)庫[23]、GAD數(shù)據(jù)庫[24]、PharmGKB數(shù)據(jù)庫[25]、GeneCards數(shù)據(jù)庫[26]),設(shè)置“osteoporosis”為關(guān)鍵詞在以上7個數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行檢索,并對檢索結(jié)果進(jìn)行整理,查重和整合所有靶點(diǎn)即為OP的所有已知靶點(diǎn)。

        1.3 中藥活性成分和疾病靶點(diǎn)基因的獲取

        使用UniProt數(shù)據(jù)庫[27],種族設(shè)置為Human,查詢中藥活性成分和疾病靶點(diǎn)對應(yīng)靶點(diǎn),將OP已知相關(guān)靶點(diǎn)使用UniProt查出對應(yīng)靶點(diǎn)基因,并繪制維恩圖獲得女貞子-淫羊藿活性成分潛在抗OP的作用靶點(diǎn)基因。

        1.4 女貞子與淫羊藿“活性成分-靶點(diǎn)基因網(wǎng)絡(luò)”的構(gòu)建

        用軟件Cytoscape3.7.1對其進(jìn)行構(gòu)造,作網(wǎng)絡(luò)可視化分析圖[28]。將從上述獲得的女貞子與淫羊藿的有效活性成分和靶點(diǎn)基因?qū)胲浖﨏ytoscape3.7.1,篩選出女貞子-淫羊藿有效活性成分及其對應(yīng)靶點(diǎn)基因,同時結(jié)合文獻(xiàn)研究,整理和分析其中的相互作用。

        1.5 關(guān)鍵靶點(diǎn)生物功能注釋及通路分析

        DAVID是一個信息數(shù)據(jù)庫,可以對靶點(diǎn)的功能和通路進(jìn)行KEGG通路分析,通過信號通路對疾病闡述中藥的獨(dú)特優(yōu)勢[29]。在DAVID數(shù)據(jù)庫中依次輸入女貞子、淫羊藿和OP的關(guān)鍵靶點(diǎn),在通路分析選項設(shè)置KEGG,以P<0.05為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行信號通路篩選。

        2 結(jié)果

        2.1 女貞子-淫羊藿有效活性成分的篩選

        通過TCMSP數(shù)據(jù)庫,檢索發(fā)現(xiàn)女貞子化學(xué)成分共有119個,淫羊藿化學(xué)成分共有130個,通過DL≥0.18和OB≥30%進(jìn)一步篩選得到其潛在活性化合物,其中女貞子有13個,淫羊藿有23個(表1),使用Draw Venn Diagram平臺將中藥活性成分劃分并繪制維恩圖(圖1)。

        圖1 女貞子-淫羊藿中潛在活性成分維恩圖Fig.1 Venn diagram of potential active components in Ligustrum lucidum and Epimedium

        表1 女貞子-淫羊藿中潛在活性成分DL和OB值及其化學(xué)結(jié)構(gòu)式Table 1 DL and OB values and chemical structure formula of potential active components in Ligustrum lucidum and Epimedium

        續(xù)表1 女貞子-淫羊藿中潛在活性成分DL和OB值及其化學(xué)結(jié)構(gòu)式Continued table 1 DL and OB values and chemical structure formula of potential active components in Ligustrum lucidum and Epimedium

        2.2 女貞子與淫羊藿活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        將女貞子和淫羊藿的33個潛在活性成分,及其對應(yīng)的227個靶點(diǎn)進(jìn)行構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖,見圖2。

        圖2 中藥生物活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖Fig.2 Network diagram of bioactive components and targets of traditional Chinese medicine注:兩個八邊形:女貞子、淫羊藿兩味中藥;外圈圓形:潛在活性成分;中間四邊形:潛在活性成分對應(yīng)靶點(diǎn)基因。

        2.3 疾病-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        將OP與其對應(yīng)的190個靶點(diǎn)基因進(jìn)行構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖,見圖3。

        圖3 OP-靶點(diǎn)基因網(wǎng)絡(luò)圖Fig.3 OP target gene network注:中間圓形:骨質(zhì)疏松;四周為骨質(zhì)疏松治療的潛在靶點(diǎn)基因。

        2.4 女貞子-淫羊藿成分抗OP的潛在作用靶點(diǎn)預(yù)測

        將女貞子-淫羊藿成分靶點(diǎn)使用UniProt得到對應(yīng)靶點(diǎn)基因,查重和整合得到女貞子和淫羊藿活性成分靶點(diǎn)基因各190個、216個[30]。繪制維恩圖將藥物與骨質(zhì)疏松癥對應(yīng)靶點(diǎn)基因188個進(jìn)行分析(圖4),最終獲得共同基因16個,其中歸屬女貞子的有15個,分別為TGFβ1、PGR、AR、ESR1、COL1A1、CA2、PPARG、NOS3、CYP3A4、TNF、STAT1、SELE、RUNX2、THBD、HK2;歸屬于淫羊藿的有15個,分別為TGFβ1、PGR、AR、ESR1、COL1A1、ESR2、PPARG、NOS3、CYP3A4、TNF、STAT1、SELE、RUNX2、THBD、HK2;兩者間共同靶點(diǎn)為14個,分別為TGFβ1、PGR、AR、ESR1、COL1A1、PPARG、NOS3、CYP3A4、TNF、STAT1、SELE、RUNX2、THBD、HK2。這提示女貞子與淫羊藿在抗OP治療過程中大多為共同的作用靶點(diǎn)發(fā)揮作用,同時又有其自己關(guān)鍵作用靶點(diǎn)可單獨(dú)發(fā)揮作用,兩藥可協(xié)同發(fā)揮抗OP作用。

        圖4 女貞子-淫羊藿-OP靶點(diǎn)基因維恩圖Fig.4 Venn map of target gene of privet fructus ligustri lucidi-herba epimedii maxim-OP

        2.5 藥物-活性成分-關(guān)鍵作用靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析

        對女貞子-淫羊藿以及OP疾病共有靶點(diǎn)基因進(jìn)行橋接,共獲得有效成分18個,有效靶點(diǎn)基因16個,見圖5。

        圖5 中藥生物關(guān)鍵活性成分-OP靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖Fig.5 Target network diagram of OP, a key bioactive component of traditional Chinese medicine注:上面兩個八邊形:女貞子、淫羊藿兩味中藥;中間四邊形:有效成分;下面圓形:有效靶點(diǎn)基因。

        2.6 女貞子-淫羊藿治療OP機(jī)制通路分析

        KEGG通路富集分析女貞子-淫羊藿的14個潛在關(guān)鍵靶點(diǎn)基因,發(fā)現(xiàn)共有12條信號通路發(fā)揮作用(圖6),其中選擇相關(guān)性最大的前10條通路分別為破骨細(xì)胞分化通路(圖7)、癌癥途徑、癌癥的蛋白多糖通路、結(jié)核病通路、乙型肝炎通路、弓形蟲病通路、阿米巴病通路、利什曼病通路、炎癥性腸病通路、瘧疾通路、非洲錐蟲病通路、II型糖尿病通路,表明女貞子-淫羊藿藥對可能通過這些信號通路協(xié)調(diào)發(fā)揮抗OP作用。采用OmicShare對通路進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)女貞子-淫羊藿藥對關(guān)鍵靶點(diǎn)基因富集于多種OP通路上,提示此通路可作為未來研究女貞子-淫羊藿抗OP的重要方向。

        圖6 女貞子-淫羊藿抗OP的信號通路富集分析Fig.6 Enrichment analysis of anti OP signal pathway of Ligustrum lucidum and Epimedium

        圖7 女貞子-淫羊藿抗OP的KEGG信號通路Fig.7 KEGG signaling pathway of Ligustrum lucidum-Epimedium against OP注:粗框:女貞子和淫羊藿藥對治療OP的有效靶點(diǎn)。

        3 討論

        基于中醫(yī)“腎藏精,主骨、生髓”理論,腎虛是OP癥的主要發(fā)病機(jī)制[31]。女貞子、淫羊藿作為兩味常用治療腎虛中藥,其中女貞子以治療腎陰虛為主,淫羊藿以治療腎陽虛為主,以“陰陽雙補(bǔ),益精壯骨”的立法將二者配伍用于臨床治療OP已接近50年之久[32]。目前許多臨床研究認(rèn)為女貞子-淫羊藿藥對在治療糖皮質(zhì)激素所致OP方面療效顯著[33],同時女貞子-淫羊藿藥對在調(diào)節(jié)患者機(jī)體免疫功能和預(yù)防疾病作用明顯[34-35]。

        通過本研究中所有網(wǎng)絡(luò)圖顯示,山奈酚(kaempferol)及槲皮素(quercetin)為女貞子和淫羊藿共有活性成分,除此之外還有淫羊藿苷(icariin)、去水淫羊藿黃素(anhydroicaritin)和木犀草素(luteolin)均為網(wǎng)絡(luò)中的重要節(jié)點(diǎn),說明這些潛在有效化合物在女貞子-淫羊藿藥對抗OP治療中發(fā)揮著重要作用,這與目前的基礎(chǔ)和臨床的相關(guān)研究結(jié)果基本保持一致,同時也提高了本研究中對預(yù)測結(jié)果的可信度。研究表明山奈酚可以顯著抑制去卵巢(OVX)大鼠骨吸收,改善骨小梁微結(jié)構(gòu)[36],而且山奈酚可以減緩OVX模型后引起的體重增加,并且不會引起子宮內(nèi)膜肥大[37]。共有活性成分槲皮素可以使糖皮質(zhì)激素誘導(dǎo)的OP癥大鼠的股骨骨小梁密度和皮質(zhì)骨骨厚度增加[38]。也有文獻(xiàn)指出[39],當(dāng)給藥TNF-α刺激骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞(BMSCs)時,會誘導(dǎo)BMSCs的核因子κB(NF-κB)的激活和β-連環(huán)蛋白的降解,而此時可以通過槲皮素抑制這個過程,并促進(jìn)BMSCs增殖和其向成骨分化,增加成骨細(xì)胞。維生素D受體(VDR)的激活被認(rèn)為是治療OP的潛在藥物靶標(biāo),有研究報道槲皮素可以激活VDR與配體結(jié)合的結(jié)構(gòu)域。此外,該研究還證實槲皮素提高了Caco-2細(xì)胞中VDR靶基因TRPV6 mRNA表達(dá)水平。以上結(jié)果表明,槲皮素可作為VDR的激動劑起到抗OP作用[40]。

        本研究通過藥物有效活性成分及其對應(yīng)靶點(diǎn)和疾病靶點(diǎn)的對應(yīng)匹配構(gòu)建的網(wǎng)絡(luò)圖,最終獲取得到女貞子-淫羊藿藥對在治療OP方面的關(guān)鍵靶點(diǎn)基因共16個,其中女貞子15個,淫羊藿15個,兩者共有的靶點(diǎn)有14個,進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)有效的治療靶點(diǎn)蛋白有TNF、PPARG、STAT1、TGFB1,而這4個關(guān)鍵靶點(diǎn)在抗骨質(zhì)疏松的信號通路中均占有重要地位,可作為女貞子-淫羊藿藥對抗OP的重要靶點(diǎn)蛋白。在KEGG 信號通路富集分析的結(jié)構(gòu)中也顯示,這4個關(guān)鍵靶點(diǎn)富集的通路主要為破骨細(xì)胞分化通路等,結(jié)合目前基礎(chǔ)和臨床的研究中,女貞子-淫羊藿的配伍發(fā)揮抗OP機(jī)制及所對應(yīng)的通路中都有所體現(xiàn)。KEGG信號通路富集分析結(jié)果也表明女貞子-淫羊藿藥對的多種活性成分對應(yīng)的關(guān)鍵靶點(diǎn)作用于多種有效通路,正符合中醫(yī)藥獨(dú)特優(yōu)勢,不同成分、靶點(diǎn)和通路之間的相互協(xié)調(diào)共同發(fā)揮治療OP的作用,初步證明女貞子和淫羊藿配伍治療OP的科學(xué)性,為進(jìn)一步深入探討其作用機(jī)制以及研發(fā)防治骨質(zhì)疏松新藥提供了新方向。

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