尹寶珍,邵 靜,焦 石,殷成港,夏廣軍
(延邊大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,吉林 延吉 133000)
延邊黃牛是我國著名的五大地方良種牛之一,生產(chǎn)實踐證明其具有生產(chǎn)高檔牛肉的遺傳基礎(chǔ),而隨著分子遺傳學(xué)研究的不斷深入,從分子角度改良肉質(zhì)已成為一種趨勢。脂肪酸結(jié)合蛋白4(fatty acid binding protein 4,F(xiàn)ABP4)是脂肪細(xì)胞和巨噬細(xì)胞分泌的一種脂肪因子,能轉(zhuǎn)運脂類,促進細(xì)胞的分化,調(diào)控脂類代謝和脂肪沉積。UYSAL等[1]研究表明,敲除小鼠FABP4基因,降低了血漿膽固醇和甘油三酯水平,血脂異常也有所改善。HOASHI等[2]研究發(fā)現(xiàn),日本黑毛和牛FABP4基因的多態(tài)性與肌內(nèi)棕櫚油酸含量顯著相關(guān)。閆偉等[3]研究表明,藏綿羊FABP4基因多態(tài)性與肌內(nèi)脂肪(intramuscular fat,IMF)含量有關(guān)。SUNG等[4]研究表明,韓牛FABP4基因g.3691G>A位點與背膘厚和大理石花紋性狀顯著相關(guān),可以作為韓牛肉質(zhì)性狀的候選基因。夏廣軍[5]研究發(fā)現(xiàn)FABP4基因在延邊黃牛公牛和閹牛的背最長肌中差異表達,推測可能是影響延邊黃牛肉質(zhì)性狀的候選基因。FABP4基因在畜禽脂肪沉積中發(fā)揮重要作用,但在延邊黃牛群體中的作用機制尚不明確。本試驗通過實時熒光定量PCR檢測延邊黃牛不同組織中FABP4基因的表達水平,分析肌肉組織FABP4基因的表達量與肌內(nèi)脂肪沉積的關(guān)系;利用直接測序和PCR-RFLP技術(shù)分析FABP4基因多態(tài)位點與延邊黃牛肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)性,為研究延邊黃牛肌內(nèi)脂肪沉積機理和肉質(zhì)選育篩選奠定基礎(chǔ)。
1.1 試驗動物從飼養(yǎng)管理、飼料配方和養(yǎng)殖環(huán)境一致的延邊黃牛育肥牛中隨機選擇30月齡公牛120頭(由琿春吉興牧業(yè)有限公司提供)。屠宰前每頭牛頸靜脈采血25 mL,加入抗凝劑,分裝-80℃保存?zhèn)溆?;另采集?2,13肋骨間背最長肌和后腿肌,保存于-20℃,用于測定肌內(nèi)脂肪和肉質(zhì)性狀。屠宰后隨機選取3頭公牛采集腎臟、肺臟、心臟、脾臟、肝臟、后腿肌及背最長肌各3 g,用眼科剪剪成0.3 cm3的組織塊裝入凍存管,投入液氮保存,用于提取總RNA。
1.2 基因組DNA、RNA提取及cDNA的合成參照TIANGEN-血液基因組DNA提取試劑盒說明書提取延邊黃牛DNA樣本,并用1%瓊脂糖凝膠檢測。
根據(jù)Invitrogen Trizol試劑說明書提供的方法和步驟,提取延邊黃牛上述組織的總RNA。
在冰上配制混合液:dNTP 混合液(10 mmol/L)1 μL,寡 dT 引物(2.5 μmol/L)1 μL,RNA 2 μL,Nuclease-free H2O 6 μL,Total Volume 10 μL。在 PCR 儀上65℃反應(yīng)5 min;4℃放置。建立反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)液:上述反應(yīng)液 10 μL,5× 反轉(zhuǎn)錄緩沖液 4 μL,RNase抑制劑(40 U/μL) 0.5 μL,Reverse transcriptase 0.5 μL,Nuclease-free H2O 5 μL,Total Volume 20 μL。反轉(zhuǎn)錄程序:42℃ 30 min;95℃ 5 min;4℃保存。cDNA于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3 實時熒光定量PCR以GAPDH作為內(nèi)參基因,應(yīng)用實時熒光定量PCR儀檢測FABP4基因在不同組織中的表達。根據(jù)FABP4、GAPDH基因序列,利用primer5.0和Oligo6.0引物設(shè)計軟件設(shè)計實時熒光定量引物。引物序列見表1。
表1 實時熒光定量引物序列
反應(yīng)體系:2×miRcute Plus miRNA Premix(with SYBR&ROX)10 μL,上下游引物(10 μmol/L)各 1 μL,cDNA 5 μL,Nuclease-free H2O補齊至20 μL。反應(yīng)程序:95℃反應(yīng)45 min;94℃反應(yīng)20 s;64℃ 反應(yīng)30 s,40個循環(huán)。
1.4 FABP4基因多態(tài)性檢測
1.4.1引物設(shè)計與合成 使用Primer Premier 5.0設(shè)計FABP4( NC-007312.4 )引物,引物序列見表2。引物由生工生物技術(shù)有限公司(上海)合成。
表2 PCR檢測引物序列
1.4.2PCR擴增及測序 PCR擴增總體積為20 μL,含2 μL的DNA模板、上下游引物各0.5 μL、7 μL的ddH2O、10 μL的2×Taq PCR Mastermix。程序如下:預(yù)變性95℃ 5 min;變性94℃ 30 s,55℃退火30 s,72℃ 延伸30 s,30個循環(huán);72℃ 延伸10 min;4℃保存。用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物,放至凝膠成像系統(tǒng)觀察其擴增結(jié)果。將所有PCR擴增產(chǎn)物及相應(yīng)引物分裝送至生工生物技術(shù)有限公司(上海)進行測序。
1.4.3PCR-RFLP酶切反應(yīng) 將測序結(jié)果通過Chromas與原序列進行比對,尋找PCR擴增片段上存在的突變位點,并利用最適限制性內(nèi)切酶NlaⅢ酶對PCR擴增產(chǎn)物進行酶切分型。反應(yīng)體系為:1.4.2擴增產(chǎn)物10 μL,0.5 μL,10×CutSmart Buffer 0.5 μL ,37℃酶切2 h,65℃ 20 min終止反應(yīng),1%瓊脂糖凝膠電泳檢測酶切產(chǎn)物,放至凝膠成像系統(tǒng)觀察酶切結(jié)果。
1.5 數(shù)據(jù)分析采用2-△△CT方法計算FABP4基因的相對表達量,其中△Ct目的基因=Ct目的基因-Ct內(nèi)參基因,△△Ct = △Ct試驗組-△Ct對照組。
采用SPSS Statistics統(tǒng)計軟件對基因多態(tài)性與肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析的試驗數(shù)據(jù)進行單因素方差分析(one way-ANOVA),結(jié)果為平均值±標(biāo)準(zhǔn)差,P<0.05為結(jié)果差異顯著。
2.1 FABP4基因組織表達特征分析由圖1可以看出,以腎臟為參照,F(xiàn)ABP4基因在延邊黃牛7個組織中都有表達,表達水平從高到低依次為心臟、背最長肌、后腿肌、脾臟、肝臟、肺臟、腎臟。其中,在心臟中的表達量極顯著高于脾臟、后腿肌、肺臟、肝臟、腎臟(P<0.01)。
圖1 FABP4基因的組織表達譜 A.差異極顯著(P<0.01)
2.2 FABP4基因在肌肉組織中的表達水平與IMF含量的相關(guān)性分析由表3可以看出,背最長肌組織FABP4 mRNA表達量與IMF含量呈極顯著正相關(guān)(P<0.01),相關(guān)系數(shù)為0.994。后腿肌組織FABP4 mRNA表達量與IMF含量呈顯著正相關(guān)(P<0.05),相關(guān)系數(shù)為0.952。
表3 FABP4 基因mRNA表達水平與IMF含量的相關(guān)分析
2.3 延邊黃牛FABP4基因多態(tài)位點檢測對延邊黃牛FABP4基因進行擴增,結(jié)果如圖2所示,在約565 bp處存在單一、明亮的條帶,與目的條帶大小一致;經(jīng)測序分析,在第三外顯子發(fā)現(xiàn)g.3691 G>A位點,如圖3所示;該位點293 bp處有NlaⅢ酶酶切位點,對該位點進行酶切,如圖4,顯示出3種基因型,即GG基因型(469 bp);GA基因型(469,236,233 bp)和AA基因型(236,233 bp)。
圖2 FABP4基因位點的擴增
圖3 FABP4基因引物g.3691 G>A位點測序結(jié)果
圖4 FABP4基因g.3691 G>A位點NlaⅢ酶酶切電泳圖
2.4 FABP4基因多態(tài)性與肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析通過對FABP4基因多態(tài)性與延邊黃牛肉質(zhì)性狀進行關(guān)聯(lián)分析,結(jié)果見表4,可知,g.3691 G>A位點GG基因型的水分含量顯著高于GA和AA基因型(P<0.05),GA基因型的脂肪含量顯著高于GG和AA基因型(P<0.05),GG和AA基因型的蛋白含量顯著高于GA基因型(P<0.05)。
表4 FABP4基因多態(tài)性與肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
FABP4基因最早被 SPIEGELMAN等[6]在脂肪細(xì)胞中發(fā)現(xiàn),參與細(xì)胞內(nèi)脂肪酸的轉(zhuǎn)運和代謝,是研究畜禽脂肪沉積與代謝的熱門候選基因。談笑[7]利用3T3-L1細(xì)胞超表達FABP4基因,顯著促進脂肪細(xì)胞的分化與脂質(zhì)沉積;干擾FABP4基因表達,抑制脂肪細(xì)胞的分化。魏勝娟[8]研究表明,F(xiàn)ABP4正向調(diào)控牛脂質(zhì)代謝,在脂肪細(xì)胞脂質(zhì)代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中起著重要作用。屠云潔等[9]研究發(fā)現(xiàn),清遠(yuǎn)麻雞的FABP4基因主要在腹脂、肝臟中表達,在心肌、胸肌和腿肌中均不表達。FABP4基因在鴨的大部分組織中均有表達,其中在脂肪組織中表達量最高,在腎、肺、間腦中不表達[10]。鵝FABP4基因在脂肪、腎、心中表達量較高,在肌肉、肺、胃、肝、垂體、下丘腦、睪丸中存在微量表達,在脾、小腸不表達[11]。LIU等[12]用RT-PCR檢測發(fā)現(xiàn)FABP4 基因在大鼠各組織中廣泛表達。李曉玲[13]利用半定量RT-PCR方法檢測了豬各組織中FABP4基因的表達,結(jié)果發(fā)現(xiàn)在背最長肌、心、脾、肝、肺、腿肌、腎中均有表達,而腿肌、背最長肌的表達量最高,肺的表達量最低。本研究利用qRT-PCR檢測了FABP4基因在延邊黃牛不同組織中的表達量,結(jié)果表明FABP4基因在背最長肌、心臟、后腿肌、肝臟、腎臟、脾臟、肺臟都有表達,在心臟中的表達量最高,在腎臟中的表達量最低。心臟中的表達量極顯著高于脾臟、后腿肌、肺臟、肝臟、腎臟,可能是物種的差異和實驗條件的不同導(dǎo)致本研究結(jié)果與上述報道不一致。
徐秋良等[14]研究表明,F(xiàn)ABP4基因在90,120,160和200日齡綿羊背最長肌中的表達量與相應(yīng)日齡的背最長肌肌內(nèi)脂肪含量呈正相關(guān)。GERBENS等[15]研究顯示,豬FABP4基因mRNA表達量與IMF含量顯著相關(guān)。余俊旭[16]研究發(fā)現(xiàn),天府肉羊股二頭肌中FABP4基因的表達量與股二頭肌中IMF含量表現(xiàn)為顯著負(fù)相關(guān)。本研究結(jié)果表明,延邊黃牛后腿肌與背最長肌中FABP4基因表達差異顯著,F(xiàn)ABP4基因在后腿肌中的表達量與IMF含量顯著正相關(guān),F(xiàn)ABP4基因在背最長肌中的表達量與IMF含量極顯著正相關(guān)。提示FABP4基因的表達影響肌內(nèi)脂肪含量,并在不同部位肌肉組織中存在表達差異。
KENJI等[17]檢測日本黑牛FABP4 基因多態(tài)性時發(fā)現(xiàn),F(xiàn)ABP4 基因I74V位點影響脂肪酸的形成。余橫偉等[18]研究發(fā)現(xiàn),F(xiàn)ABP4基因g.2834 C>G位點CC基因型眼肌面積及脂肪含量顯著高于CG和GG基因型;g.4420 A>G位點TT基因型背膘厚顯著高于CT和CC基因型。CHO等[19]研究發(fā)現(xiàn)FABP4基因220A>G (I74V) 和348+303T>C 位點與牛體內(nèi)脂肪酸沉積和背膘厚顯著相關(guān)。MICHAL等[20]研究發(fā)現(xiàn)牛FABP4基因g.7516 G
FABP4基因在延邊黃牛不同的組織中的表達量也不同,表達水平從高到低依次為心臟、背最長肌、后腿肌、脾臟、肝臟、肺臟、腎臟,且心臟的表達量極顯著高于脾臟、后腿肌、肺臟、肝臟和腎臟。后腿肌組織中FABP4 mRNA表達量與IMF含量呈顯著正相關(guān),與背最長肌組織中IMF含量極顯著正相關(guān)。在FABP4基因還發(fā)現(xiàn)g.3691 G>A突變位點,該位點與延邊黃牛水分含量、脂肪含量、蛋白含量顯著相關(guān)。因此該基因可以作為延邊黃牛肌內(nèi)脂肪沉積和肉質(zhì)性狀的候選基因。