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        實(shí)時熒光PCR快速鑒定橘臀紋粉蚧

        2020-07-10 10:07:36侯淑玲朱雅君劉靜遠(yuǎn)田沂民謝小玨易建平
        上海農(nóng)業(yè)學(xué)報 2020年3期
        關(guān)鍵詞:探針引物熒光

        侯淑玲,朱雅君,劉靜遠(yuǎn),田沂民,謝小玨,于 翠,葉 軍,易建平

        (上海海關(guān)動植物與食品檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心,上海 200135)

        橘臀紋粉蚧Planococcuscitris(Risso)又名橘粉蚧,隸屬于同翅目 Homoptera粉蚧科 Pseudococcidae臀紋粉蚧屬Planococcus,是熱帶、亞熱帶植物的主要害蟲[1],主要為害寄主植物的莖、葉片、花、果等幼嫩部位,輕者可使葉片變黃,重者干枯脫落,嚴(yán)重影響水果的經(jīng)濟(jì)價值和觀賞性植物的品相[2]。同時,橘臀紋粉蚧與另一種重要的檢疫性粉蚧大洋臀紋粉蚧P.minor(Maskell)形態(tài)相近,且常在同一種寄主上混合發(fā)生,極易混淆,區(qū)分兩者難度較大,因此建立快速準(zhǔn)確鑒定橘臀紋粉蚧的方法十分必要。實(shí)時熒光PCR方法相較傳統(tǒng)PCR方法具有快速、準(zhǔn)確、靈敏度高的優(yōu)點(diǎn),適用于實(shí)驗(yàn)室對有害生物的快速鑒定。本研究根據(jù)橘臀紋粉蚧穩(wěn)定的特異性片段設(shè)計(jì)實(shí)時熒光Taqman探針,并優(yōu)化反應(yīng)條件,以建立橘臀紋粉蚧實(shí)時熒光PCR快速鑒定方法,實(shí)現(xiàn)對橘臀紋粉蚧的快速鑒定。

        1 材料與方法

        1.1 標(biāo)本來源

        供試樣品材料包括上海市浦東新區(qū)葡萄上采集的橘臀紋粉蚧,上海辰山植物園(簡稱SCSBG)、云南省西雙版納熱帶植物園(簡稱XTBG)蘭花上采集的橘臀紋粉蚧,以及上海海關(guān)(簡稱SHCC)截獲標(biāo)本上的橘臀紋粉蚧。陰性對照為大洋臀紋粉蚧、南洋臀紋粉蚧P.lilacinus(Cockerell),為上海海關(guān)截獲樣本,具體信息見表1。所有標(biāo)本浸泡于無水乙醇中,保存于上海海關(guān)動植物與食品檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心植檢實(shí)驗(yàn)室-20 ℃冰箱中。

        表1 試驗(yàn)材料

        1.2 參考序列

        從GenBank數(shù)據(jù)庫中下載107條臀紋粉蚧屬線粒體COI基因序列,具體信息見表2。

        表2 參考序列信息

        1.3 實(shí)時熒光Taqman探針設(shè)計(jì)及反應(yīng)條件

        使用DNeasy?Blood Tissue Kit(Qiagen,Germany)試劑盒從整頭成蟲樣品中提取DNA。PCR引物為PcoF1/LepR1[3]。PCR反應(yīng)體系為50 μL,包括:1 μL DNA模板(10 ng),引物各1 μL(5 μmol/L),5 μL dNTPs(10 mmol/L),5 μL 10×PCR buffer(含有Mg2+,TaKaRa Bio.Dalian,China),Taq DNA polymerase 2 U,ddH2O 37 μL。PCR反應(yīng)條件為:94 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性30 s,52 ℃退火 30 s,72 ℃延伸1 min,35個循環(huán);72 ℃延伸10 min。產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測后,送北京六合華大基因科技有限公司上海分公司測序部雙向測序,測得PCR產(chǎn)物序列長度為678bp。應(yīng)用CLUSTX和GENEDOC軟件將測序所得DNA序列與GenBank中下載序列進(jìn)行整理和比對,尋找橘臀紋粉蚧穩(wěn)定的特異性序列,篩選適合于探針設(shè)計(jì)的片段。

        實(shí)時熒光PCR擴(kuò)增體系為25 μL(TaKaRa,Premix Ex TaqTM試劑盒):2×Premix Ex Taq 12.5 μL,50×ROX Reference Dye 0.5 μL,上下游引物(5 μmol/L)各1.0 μL,探針(10 μmol/L)1.0 μL,DNA模板2.0 μL,超純水補(bǔ)至25 μL。利用7500 Real-Time PCR System定量PCR儀進(jìn)行擴(kuò)增,反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性30 s,95℃ 5s,60℃ 30s,循環(huán)40次。每份樣品設(shè)置2個重復(fù),陰性對照為大洋臀紋粉蚧及南洋臀紋粉蚧,空白對照為超純水。

        1.4 實(shí)時熒光Taqman靈敏度檢測

        將上海辰山植物園采集的樣品CS-1a的DNA進(jìn)行10倍梯度稀釋,用數(shù)字進(jìn)行編號,1—7號表示樣品CS-1a DNA模板濃度依次稀釋10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6、10-7倍,每個梯度設(shè)置2個重復(fù),引物及探針、反應(yīng)條件同前,檢測實(shí)時熒光PCR的靈敏度。樣品CS-1a DNA初始濃度為6.33 mg/ μL。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 實(shí)時熒光Taqman探針設(shè)計(jì)

        通過比對橘臀紋粉蚧及幾個近似種的線粒體COI基因序列,最終確定在380 bp左右位置設(shè)計(jì)探針(圖1)。所有探針的熒光標(biāo)記信號均為FAM,引物分別為PCF3/PCR3,具體內(nèi)容見表3(引物和探針由上海基康公司合成)。

        表3 橘臀紋粉蚧實(shí)時熒光PCR引物、探針

        2.2 實(shí)時熒光PCR擴(kuò)增

        橘臀紋粉蚧特異性探針PC-MGB對供試的24個橘臀紋粉蚧樣品均有強(qiáng)的熒光信號增加曲線,表現(xiàn)為陽性擴(kuò)增,而陰性對照大洋臀紋粉蚧及南洋臀紋粉蚧樣品、空白對照則沒有檢測到熒光信號,表現(xiàn)為陰性,部分樣品擴(kuò)增曲線參照圖2。

        2.3 靈敏度

        熒光信號曲線如圖3所示,Ct值(Cycle threshold)分別為1號17.68、2號19.95、3號23.90、4號26.92、5號30.62、6號34.53、7號39.48。由于7號的Ct值>35,無法確定是否為陽性。所以,橘臀紋粉蚧特異性探針PC-MGB的檢測限位CS-1a的DNA濃度為6.33×10-5mg/ μL,即63.3 pg/ μL。

        3 討論與結(jié)論

        由于粉蚧科蟲體小,形態(tài)鑒別特征不明顯,往往需要豐富的經(jīng)驗(yàn)才能準(zhǔn)確鑒定。其種內(nèi)遺傳差異較小,相似度約98.5%—100%,同屬內(nèi)不同種間相似度約85%—93%,應(yīng)用DNA條形碼技術(shù)鑒定粉蚧科昆蟲具有一定的可行性[4]。目前GenBank中有關(guān)粉蚧科的序列數(shù)為3 000余條,種類數(shù)為400余種,相比較粉蚧科全世界1 400余種差距較大,但隨著數(shù)據(jù)庫中序列的不斷增加,能夠鑒定的種類數(shù)將越來越多。許曉東[5]研究了憑祥口岸截獲的11種粉蚧及無花果蠟蚧的COI區(qū)域序列及28SD2區(qū)域序列,任競妹[6]對粉蚧科23屬52種昆蟲進(jìn)行了DNA條形碼測序,研究結(jié)果均顯示DNA條形碼基本可以對粉蚧科昆蟲進(jìn)行有效的物種鑒定。但少數(shù)粉蚧科種內(nèi)遺傳差異較大,如Ferrisiavirgate種內(nèi)序列相似度為95.4%[7],而Ferrisia屬內(nèi)種間相似度可達(dá)95.9%,因此不能僅僅根據(jù)DNA條形碼技術(shù)對此種類型進(jìn)行最終鑒定,應(yīng)同時輔以形態(tài)學(xué)特征支持。除了DNA條形碼技術(shù)外,Saccaggi等[8]應(yīng)用多重PCR建立了區(qū)分橘臀紋粉蚧、無花果刺粉蚧Planococcusficus(Signoret)和擬長尾粉蚧的方法;Rung等[9]基于RFLP技術(shù)建立了大洋臀紋粉蚧與橘臀紋粉蚧的檢測方法。實(shí)時熒光PCR檢測在植物有害生物快速檢測中是公認(rèn)的一種快速、穩(wěn)定、靈敏度高的方法。該方法多應(yīng)用于病原微生物檢測中,在昆蟲檢測中應(yīng)用相對較少,Jones等[10]建立了區(qū)分B型和Q型煙粉虱Bemisiatabaci(Gennadius)的實(shí)時熒光PCR方法;Bass等[11]設(shè)計(jì)了三重?zé)晒馓结樣糜阼b定傳播瘧疾的按蚊及其近似種;另外,已針對5種實(shí)蠅建立了實(shí)時熒光PCR檢測方法[12]。但應(yīng)用實(shí)時熒光PCR技術(shù)進(jìn)行粉蚧科昆蟲鑒定相對較少,徐浪等[13]應(yīng)用熒光PCR方法建立了大洋臀紋粉蚧和南洋臀紋粉蚧的快速檢測方法,為國內(nèi)首次將實(shí)時熒光PCR技術(shù)應(yīng)用于蚧蟲種類鑒定,本文研究內(nèi)容豐富了該領(lǐng)域研究內(nèi)容,具有一定應(yīng)用價值。

        橘臀紋粉蚧與大洋臀紋粉蚧不僅在外部形態(tài)上近似,分子水平上的差異也較小,依據(jù)單個基因位點(diǎn)差異設(shè)計(jì)的特異性探針常易造成假陽性擴(kuò)增,這對橘臀紋粉蚧實(shí)時熒光特異性Taqman探針的設(shè)計(jì)造成一定難度。本試驗(yàn)在設(shè)計(jì)探針之時,選擇了具有4個差異位點(diǎn)區(qū)段,并選擇了其中擴(kuò)增效率較高,同時重復(fù)性好的PCF3/PCR3作為擴(kuò)增引物,檢測準(zhǔn)確度高,分析簡單快捷,可用于基層實(shí)驗(yàn)室橘臀紋粉蚧快速鑒定。且本試驗(yàn)設(shè)計(jì)的實(shí)時熒光PCR引物及探針檢測的最低樣本濃度可達(dá)pg級水平,靈敏度較高。值得注意的是,實(shí)際運(yùn)用時若Ct值在35—40,需濃縮待測樣品的DNA濃度,重復(fù)進(jìn)行檢測。

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