王耀嶸，楊 尉,2，任席林，江東能，鄧思平，陳華譜，朱春華，李廣麗

金錢魚基因組微衛(wèi)星分布特征分析及多態(tài)性標(biāo)記開發(fā)

王耀嶸1，楊 尉1,2，任席林1，江東能1，鄧思平1，陳華譜1，朱春華1，李廣麗1

（1. 廣東省名特優(yōu)魚類生殖調(diào)控與繁育工程技術(shù)研究中心 // 廣東海洋大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院，廣東 湛江 524088；2. 陽江職業(yè)技術(shù)學(xué)院 食品與環(huán)境工程系, 廣東 陽江 529566）

【目的】研究金錢魚()全基因組微衛(wèi)星分布特征，篩選高多態(tài)性微衛(wèi)星（SSR）標(biāo)記?！痉椒ā坷肕ISA軟件對金錢魚基因組中微衛(wèi)星進(jìn)行篩選并分析分布特征，利用聚丙烯酰胺凝膠電泳和毛細(xì)管電泳篩選高多態(tài)性位點(diǎn)。【結(jié)果與結(jié)論】金錢魚基因組總共挖掘390 967個(gè)SSR位點(diǎn)，相對豐度為653個(gè)/Mb。二堿基重復(fù)類型最多（52.64%），微衛(wèi)星標(biāo)記整體偏向A+T堿基組合。篩選出23對多態(tài)性標(biāo)記位點(diǎn)，其中7對的等位基因數(shù)為4 ~ 11，期望雜合度為0.431 ~ 0.859，觀測雜合度0.417 ~ 0.861，多態(tài)性含量為0.389 ~ 0.830。經(jīng)Bonferroni校正后，5個(gè)位點(diǎn)符合哈德溫伯格平衡，且位點(diǎn)間不存在連鎖不平衡現(xiàn)象。

金錢魚；基因組survey測序；微衛(wèi)星；標(biāo)記開發(fā)

微衛(wèi)星亦稱SSR（Simple sequence repeats）、短串聯(lián)重復(fù)序列（STR），是真核生物體以少數(shù)幾個(gè)核苷酸為單位、多次串聯(lián)重復(fù)的DNA序列。微衛(wèi)星標(biāo)記穩(wěn)定、可靠，無組織差異，可快速、準(zhǔn)確檢測且信息含量較高，已廣泛用于遺傳圖譜構(gòu)建[1]、遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)分析[2-5]、物種/種質(zhì)鑒定[6]、系統(tǒng)進(jìn)化分析[7]和親緣關(guān)系鑒定[8]等方面。SSR標(biāo)記開發(fā)引物設(shè)計(jì)時(shí)需準(zhǔn)確的SSR位點(diǎn)保守側(cè)翼序列[9]。許多物種基因組非編碼區(qū)序列信息匱乏，限制了SSR標(biāo)記開發(fā)。傳統(tǒng)的SSR標(biāo)記開發(fā)方法有文庫法、富集法、省略篩庫法和種間共用引物法等[10]。這些方法操作較繁瑣，實(shí)驗(yàn)周期長，所開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記有效性及多態(tài)性偏低[11]。高通量測序技術(shù)(Next-generation Sequencing, NGS) 使非模式生物基因組和轉(zhuǎn)錄組信息大大增加，批量開發(fā)SSR標(biāo)記成為現(xiàn)實(shí)。基于基因組測序結(jié)果篩選的SSR標(biāo)記數(shù)量多，穩(wěn)定性好，重復(fù)類型多，已成功用于石爬鮡(spp.)[12]、帶魚 ()[13]、竹?魚（）[14]、松江鱸（）[15]等多種魚類SSR標(biāo)記的批量開發(fā)。

金錢魚（）又名金鼓魚，隸屬鱸形目（Perciformes）刺尾魚亞目（Acanthuroidei）金錢魚科（Scatophagidae）金錢魚屬（）。其營養(yǎng)價(jià)值高，味道鮮美，食性廣，抗病抗逆性強(qiáng)，鹽度適應(yīng)范圍廣，是經(jīng)濟(jì)價(jià)值較高的名特優(yōu)養(yǎng)殖種類[16-21]。由于過度捕撈、環(huán)境污染、氣候變化等，我國金錢魚自然種群資源逐年減少，因此，加強(qiáng)種質(zhì)資源開發(fā)與保護(hù)，保障金錢魚養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展有重要意義。目前，關(guān)于金錢魚分子標(biāo)記開發(fā)等研究較少，SSR標(biāo)記資源稀少，有效性和多態(tài)性偏低，難以支撐種群遺傳學(xué)深入研究。筆者通過基因組Survey測序構(gòu)建的金錢魚基因組文庫尋找金錢魚基因組中SSR位點(diǎn)，開發(fā)類型豐富且多態(tài)性高的SSR標(biāo)記，為金錢魚群體遺傳學(xué)研究提供多樣化和高分辨率分子標(biāo)記，對金錢魚種質(zhì)資源保護(hù)和利用有重要意義。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)魚

實(shí)驗(yàn)用金錢魚于2018年10月采自廣東省湛江市。經(jīng)質(zhì)量濃度為100 mg/L的MS-222麻醉后，取背部肌肉置于體積分?jǐn)?shù)95%乙醇中保存。根據(jù)相關(guān)指導(dǎo)原則進(jìn)行動物實(shí)驗(yàn)并獲得廣東海洋大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院動物研究與倫理委員會批準(zhǔn)（201903004）。

1.2 金錢魚基因組

本課題組聯(lián)合諾禾致源公司完成金錢魚基因組Survey測序，基因組大小為598.73 Mb，原始數(shù)據(jù)上傳至SRA（Short Read Archive）數(shù)據(jù)庫(http://www. ncbi.nlm.nih.gov/sra/)，登錄號PRJNA559409?；蚪M提取及文庫構(gòu)建參考Huang等[22]的方法。

1.3 金錢魚基因組微衛(wèi)星標(biāo)記分布特征

使用MIcroSAtellite（MISA）軟件從scaffolds序列中開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記序列。查找要求為單核苷酸（Mono-）、二（Di-）、三（Tri-）、四（Tetr-）、五（Penta-）、六核苷酸（Hexa-nucleotides）重復(fù)序列的最小重復(fù)次數(shù)分別為10、6、5、5、5和5次[23]。分析微衛(wèi)星序列的種類及所占比例。用primer 3軟件批量設(shè)計(jì)SSR引物，所有引物均由生工生物工程（上海）股份有限公司合成。

1.4 SSR標(biāo)記的開發(fā)

選擇10個(gè)金錢魚基因組DNA為模板，對隨機(jī)選擇50對SSR標(biāo)記進(jìn)行多態(tài)性檢驗(yàn)，PCR反應(yīng)體系為：12.5 μL 2×PCR Mix，0.5 μL 正反引物（10 μmol/L），1 μL DNA 模板（10 ~ 50 ng）和10.5 μL 雙蒸水。反應(yīng)條件：95 ℃ 5 min；95 ℃ 30 s，52 ~ 62 ℃ 30 s（根據(jù)引物對應(yīng)的TM值），72 ℃ 30 s，共25個(gè)循環(huán)；72 ℃ 5 min。PCR產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳檢測樣品擴(kuò)增成功率，聚丙烯凝膠電泳統(tǒng)計(jì)多態(tài)性。選擇出現(xiàn)3條或以上特異性條帶位點(diǎn)。在篩選的標(biāo)記中隨機(jī)選擇7對標(biāo)記添加熒光接頭，在30個(gè)基因組樣本中擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物送至上海翼禾生物公司經(jīng)毛細(xì)管電泳分型后用于后續(xù)分析。

1.5 數(shù)據(jù)分析

用Micro-Checker V.2.2.3軟件檢測無效等位基因（Null allele）。用Cervus 3.0.7分別計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)（Number of allels，NA）、觀測雜合度（Observed homozygosity，o）、期望則合度（Expected homozygosity，e）、多態(tài)信息含量（PIC），用Genepop 4.3軟件檢驗(yàn)位點(diǎn)間的連鎖不平衡及群體的哈德溫伯格（Hard-Weinberg，HWE）平衡。所有統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)的顯著性水平（= 0.05）均用Bonferroni法校正。

2 結(jié)果及分析

2.1 金錢魚各重復(fù)類型微衛(wèi)星總體分布特征

金錢魚基因組共335 162條scaffold，有93 195條含有SSR位點(diǎn)，其中46 043條含有一個(gè)以上SSR位點(diǎn)。金錢魚基因組共挖掘390 967個(gè)SSR位點(diǎn)。不同重復(fù)類型中，二堿基重復(fù)類型最多，共205 789個(gè)，占比最高（52.64%），其次是單堿基（141 065個(gè)，36.08%）、三堿基（31 228個(gè)，7.99%）、四堿基（10 370個(gè)，2.65%）、五堿基（2 089個(gè)，0.53%），六堿基重復(fù)類型占比較少（426個(gè)，0.11%）。

2.2 不同微衛(wèi)星堿基類型核心序列重復(fù)數(shù)分布

金錢魚基因組中不同類型的微衛(wèi)星標(biāo)記核心區(qū)重復(fù)數(shù)變化范圍從5 ~ 82拷貝不等，主要集中在5 ~ 24拷貝，占全部重復(fù)數(shù)范圍的98.84%。10拷貝的SSR數(shù)目最多，其次為6拷貝（圖1）。

單堿基SSR核心區(qū)重復(fù)數(shù)為10 ~ 82拷貝，主要集中在10 ~ 21拷貝，占單堿基SSR標(biāo)記的96.27%，10拷貝的標(biāo)記數(shù)目最多，共51 240個(gè)；二堿基微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)6 ~68拷貝，集中在6 ~ 20拷貝，占二堿基微衛(wèi)星標(biāo)記的97.94%，6拷貝的標(biāo)記數(shù)目最多，共46 343個(gè)；三堿基微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)為5 ~ 28，集中在5 ~ 12拷貝，占三堿基微衛(wèi)星標(biāo)記的99.17%，5拷貝的標(biāo)記數(shù)目最多，共14 700個(gè)；四堿基微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)為5 ~ 25拷貝，集中在5 ~ 10拷貝，占四堿基微衛(wèi)星標(biāo)記的98.24%，5拷貝的標(biāo)記數(shù)目最多，共6 041個(gè)；五堿基微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)為5 ~ 24拷貝，集中在5 ~ 8拷貝，占五堿基微衛(wèi)星標(biāo)記的95.02%，5拷貝的標(biāo)記數(shù)目最多，共1 176個(gè)；六堿基微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)為5 ~ 12拷貝，集中在5 ~ 7拷貝，占六堿基微衛(wèi)星標(biāo)記的97.65%，5拷貝的標(biāo)記數(shù)目最多，共302個(gè)（圖2）。

圖1 金錢魚基因組中微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)分布

A-B, 單堿基重復(fù)類型；C, 二堿基重復(fù)類型；D, 三堿基重復(fù)類型；E, 四堿基重復(fù)類型；F, 五堿基重復(fù)類型；G, 六堿基重復(fù)類型

A-B , Mononucleotide; C, Dinucleotide; D, Trinucleotide; E, Tetranucleotide; F, Pentanucleotide; G, Hexanucleotide

圖2 金錢魚基因組中各類型微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)分布

Fig. 2 Distribution of different copy numbers of various types of microsatellites ingenome

2.3 金錢魚重復(fù)堿基類型特征

金錢魚基因組中微衛(wèi)星標(biāo)記最多的重復(fù)類別是AC/GT，共155 982個(gè)，其次是A/T，共125 988個(gè)（圖3）。

圖3 金錢魚基因組中出現(xiàn)最多的10種SSR重復(fù)類別

單堿基重復(fù)類型中，A/T類別占絕對優(yōu)勢。A/T堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)共125 988個(gè)，占單堿基總數(shù)的89.31%；C/G堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)共150 77個(gè)，占單堿基總數(shù)的10.69%；二堿基重復(fù)類型中，AC/GT堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)最多，為155 982個(gè)，占二堿基總數(shù)目的75.80%，其次是AG/CT（17.86%）和AT/AT（6.27%）；三堿重復(fù)類型中，AGG/CCT堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)最多，為8 104個(gè)，占三堿基總數(shù)的25.95%，其次是AAT/ATT（22.78%）和AAG/CTT（13.79%）；四堿基重復(fù)類型中，AGAT/ATCT堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)最多，為2 112個(gè)，占四堿基總數(shù)的20.37%，其次是AAAT/ATTT（13.96%）和ACAG/CTGT（12.66%）；五堿基重復(fù)類型中，AGAGG/CCTCT堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)最多，為317個(gè)，占五堿基總數(shù)的15.17%，其次是AAAAC/GTTTT（9.67%）和AAGAG/CTCTT（8.90%）；六堿基重復(fù)類型中，AATCAG/ATTCTG堿基微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)最多，為161個(gè)，占六堿基總數(shù)的37.79%，其次是AACCCT/AGGGTT（8.22%）和AAGAGG/CCTCTT（2.35%）（表1）。

表1 金錢魚基因組SSR中重復(fù)堿基優(yōu)勢類別

2.4 金錢魚多態(tài)性標(biāo)記的開發(fā)

隨機(jī)選擇50個(gè)SSR位點(diǎn)利用10份金錢魚基因組DNA擴(kuò)增檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，41個(gè)位點(diǎn)有清晰的擴(kuò)增產(chǎn)物，其中23個(gè)位點(diǎn)擴(kuò)增產(chǎn)物有多態(tài)性，GenBank登錄號為MT110197 – MT110219（表2）。

表2 金錢魚23個(gè)多態(tài)SSR標(biāo)記信息

表2續(xù)（Continued）

表3可見，7對標(biāo)記SSR位點(diǎn)在30個(gè)金錢魚樣品中共檢測到58個(gè)等位基因，平均等位基因數(shù)為8.28，其中SA-SV-2位點(diǎn)的等位基因數(shù)最少（a= 4），SA-SV-1位點(diǎn)的等位基因數(shù)最多（a= 11）。期望雜合度為0.431 ~ 0.859，平均0.722；觀測雜合度為0.417 ~ 0.861，平均0.662。多態(tài)性含量為0.389 ~ 0.830，平均0.679。經(jīng)Bonferroni校正后，SA-SV-3和SA-SV-5位點(diǎn)仍偏離哈德-溫伯格平衡，它們無效等位基因頻率（0.298 1、0.072 1）和近交系數(shù)（0.498 0、0.156 6）均較高。連鎖不平衡檢測表明，各位點(diǎn)間不存在連鎖不平衡現(xiàn)象。

表3 金錢魚7個(gè)多態(tài)SSR位點(diǎn)的遺傳學(xué)特征

注：*，經(jīng)Bonferroni校正后顯著偏離哈德-溫伯格平衡（= 0.05）。

Note:*, Significant departure from Harder-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction (= 0.05).

3 討論

3.1 金錢魚基因組微衛(wèi)星分布特征

本研究共檢測到390 967個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記。在金錢魚6種完整的微衛(wèi)星類型中，二堿基重復(fù)類型最多，占微衛(wèi)星總數(shù)的52.64%，其次是單堿基重復(fù)類型，占總數(shù)的36.08%，其余4種重復(fù)類型占比較低，與紅鰭東方鲀()[24]、大菱鲆 ()[25]和日本囊對蝦（）[26]相似，而與美麗硬仆骨舌魚（）[27]及部分鲀類[23]的單堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星數(shù)占優(yōu)勢的結(jié)果不同。

在單堿基重復(fù)類型中，A堿基在金錢魚微衛(wèi)星堿基組成中占絕對優(yōu)勢。在二堿基重復(fù)類型中，AC、AG、AT是二堿基重復(fù)類型中含量最高的三個(gè)類別，與紅鰭東方鲀[24]及人類（）[28]二堿基重復(fù)類型中排序一致。在三堿基重復(fù)類型中，AGG、AAT、AAG比例較高，其中AGG在三堿基重復(fù)類型中出現(xiàn)頻率最高，與紅鰭東方鲀、菊黃東方鲀（）、雙斑東方鲀（）和黑青斑河鲀（）相一致[23]。在脊椎動物中有類似報(bào)道[29-30]，但在魚類中這種分布特征并不常見。AGG是參與生物早期生長和發(fā)育轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)[31-32]。因此，AGG的高頻率分布可能在金錢魚早期生長調(diào)控、性別決定與分化中發(fā)揮重要作用。值得注意的是，在五堿基重復(fù)類型中，AGAGG是占比最高的類別。這與紅鰭東方鲀基因組微衛(wèi)星統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果一致，與其他魚類有較大差異。推測AGAGG類別可能在金錢魚進(jìn)化及環(huán)境適應(yīng)中有一定作用，重復(fù)類別與多種鲀類相似也預(yù)示金錢魚可能與紅鰭東方鲀親緣關(guān)系較近。微衛(wèi)星標(biāo)記中的優(yōu)勢堿基表明，金錢魚基因組微衛(wèi)星標(biāo)記偏向A+T堿基組合，這一結(jié)果與諸多水生生物相同[33-36]。研究表明，物種基因組中微衛(wèi)星標(biāo)記數(shù)越多，A和T堿基所占比例越高。對于這一現(xiàn)象，Schl?tterer等[39]認(rèn)為，基因組DNA由于甲基化的發(fā)生，胞嘧啶C容易脫氨基轉(zhuǎn)變成胸腺嘧啶T。基因組內(nèi)GC含量少也是維持DNA熱力學(xué)穩(wěn)定性的必要條件之一[40]。

金錢魚基因組微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)為5 ~ 82拷貝，主要集中在5 ~ 24拷貝，并且隨著重復(fù)數(shù)的增加，各類別微衛(wèi)星數(shù)目逐漸減少。這種現(xiàn)象普遍存在于多種生物的基因組微衛(wèi)星中。究其原因，可能一方面由于微衛(wèi)星長度增加，其穩(wěn)定性降低；另一方面，微衛(wèi)星重復(fù)數(shù)越高，突變率越高[41]。

3.2 金錢魚基因組微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)

金錢魚基因組中共獲得237 017個(gè)（95.01%）短堿基SSR（二堿基和三堿基），12 459個(gè)(4.99%) 長堿基SSR（四至六堿基）。Liu等[42]利用金錢魚轉(zhuǎn)錄組文庫篩選到5 676個(gè)短堿基SSR標(biāo)記及258個(gè)長堿基SSR標(biāo)記，梁鎮(zhèn)邦等[14]利用SLAF-Seq（Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing）技術(shù)，在竹?魚基因組中共獲得39 080個(gè)短堿基SSR及4 184個(gè)長堿基SSR，向玲通[43]過磁珠富集法從金錢魚基因組中得到65條微衛(wèi)星序列。由此可見，通過基因組survey測序篩選的SSR標(biāo)記數(shù)量和類型更加豐富，表明基于高通量測序的基因組survey測序是更為快捷、高效的SSR標(biāo)記分離方法。

本研究挑選的50個(gè)SSR位點(diǎn)中，有41個(gè)（82%）位點(diǎn)可擴(kuò)增出1條以上的特異性條帶，有23個(gè)（56%）位點(diǎn)可擴(kuò)增出3條或以上特異性條帶，表明金錢魚SSR標(biāo)記開發(fā)成功率較高，本研究所獲取的249 902個(gè)二至六堿基重復(fù)的SSR標(biāo)記有較高開發(fā)潛力，為金錢魚高多態(tài)性SSR標(biāo)記的開發(fā)提供豐富的遺傳物質(zhì)資源。

3.3 SSR標(biāo)記的多態(tài)性及其遺傳學(xué)特征

本研究所選取的7個(gè)SSR標(biāo)記位點(diǎn)在30個(gè)金錢魚樣品中共檢測到58個(gè)等位基因，平均等位基因數(shù)為8.28，高于Liu等[42]報(bào)道的金錢魚SSR標(biāo)記平均等位基因數(shù)（4.17）。Botstein等[44]認(rèn)為，多態(tài)信息含量高于0.5的標(biāo)記為高多態(tài)性標(biāo)記；小于0.5但高于0.25的為中度多態(tài)性標(biāo)記；小于0.25的標(biāo)記為低度多態(tài)性標(biāo)記。本研究選取的7個(gè)標(biāo)記中，僅有SA-SV-2為中度多態(tài)性標(biāo)記，其余6個(gè)標(biāo)記均為高度多態(tài)性標(biāo)記?？梢姡狙芯窟x取的微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性高，蘊(yùn)含豐富的遺傳信息，可在金錢魚群體遺傳研究中為種質(zhì)評估及種群遺傳多樣性水平鑒定提供良好的評價(jià)工具。

基因多樣性是評價(jià)群體遺傳變異的最適參數(shù)[45]。本研究群體的期望雜合度o為0.431 ~ 0.859，平均0.722；觀測雜合度e為0.417 ~ 0.861，平均0.662。分別高于Liu等[42]統(tǒng)計(jì)的金錢魚群體平均o（0.387）、e（0.398）以及DeWoody等[46]統(tǒng)計(jì)的32種魚類微衛(wèi)星標(biāo)記的平均o（0.63），表明本研究所選的金錢魚群體遺傳變異較高。經(jīng)Bonferroni校正后，SA-SV-3和SA-SV-5位點(diǎn)仍偏離哈德-溫伯格平衡，顯示出雜合子缺失的現(xiàn)象。而這兩個(gè)位點(diǎn)近交系數(shù)(分別為0.498 0和0.156 6) 和無效等位基因頻率(分別為0.298 1和0.072 1) 較高，表明群體中存在的近交和無效等位基因是導(dǎo)致這兩個(gè)位點(diǎn)偏離哈溫平衡的主要原因。根據(jù)Chapuis等[47]提出的參照無效等位基因頻率劃分的微衛(wèi)星標(biāo)記三類標(biāo)準(zhǔn)，SA-SV-5標(biāo)記（0.05≤ua＜0.20）屬于中頻無效等位基因位點(diǎn)，該類型位點(diǎn)可能使受測群體遺傳多樣性降低，并導(dǎo)致群體間遺傳距離和遺傳分化指數(shù)過高。因此，SA-SV-5位點(diǎn)在后續(xù)的金錢魚群體遺傳分析中應(yīng)謹(jǐn)慎使用。而SA-SV-3標(biāo)記（ua≥0.2）屬于高頻無效等位基因的位點(diǎn)，且顯著偏離哈德-溫伯格平衡，表明此位點(diǎn)不適于金錢魚后續(xù)遺傳分析。而其余5個(gè)具有高多態(tài)性、高雜合度、低頻無效等位基因的微衛(wèi)星位點(diǎn)可作為金錢魚遺傳資源研究的可靠分子標(biāo)記及優(yōu)先選用標(biāo)記。

4 結(jié)語

從基因組survey測序的結(jié)果來看，金錢魚基因組微衛(wèi)星以二堿基重復(fù)類型及A+T堿基類別為主，微衛(wèi)星核心區(qū)重復(fù)數(shù)主要集中于5 ~ 24拷貝，其中10拷貝最多。基于基因組survey測序，共檢測到249 902個(gè)二至六堿基重讀的SSR位點(diǎn)，為金錢魚高多態(tài)性SSR標(biāo)記的開發(fā)提供豐富的遺傳物質(zhì)資源。從50個(gè)SSR標(biāo)記中成功開發(fā)出23個(gè)金錢魚多態(tài)性位點(diǎn)，7對隨機(jī)選擇的標(biāo)記中，有5對符合哈溫平衡且遺傳信息含量高，可為金錢魚種質(zhì)資源評估、群體遺傳多樣性分析及群體遺傳結(jié)構(gòu)劃分提供有力的評價(jià)工具。

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Distribution Patterns of Microsatellites and Development of Polymorphic Markers fromGenome

WANG Yao-rong1, YANG Wei1,2, REN Xi-lin1, JIANG Dong-neng1, DENG Si-ping1, CHEN Hua-pu1, ZHU Chun-hua1, LI Guang-li1

（1.//,524088,; 2.,529566,）

【Objective】To develop highly polymorphic SSR markers and analyze the whole genome microsatellite distribution patterns in.【Methods】The MIcroSAtellite (MISA) identification software was employed in data mining and isolate the microsatellites loci in. Microsatellite polymorphism was explored by capillary electrophoresis and polyacrylamide gel electrophoresis.【Result and Conclusion】A total of 390967 microsatellites loci were identified in the genome of, with a relative abundance of 653 per Mb. Among the 1 to 6 different base repeat types of microsatellites, the number of two base repeats was the highest, and the A+T were the most frequent microsatellite classes. A total of 23 pairs of polymorphic markers were identified from the screening, and capillary electrophoresis was performed on 7 of them. The number of alleles per locus ranged from 4 to 11. The expected and observed heterozygosity ranged from 0.431 to 0.859 and from 0.417 to 0.861, respectively. The polymorphism information content ranged from 0.389 to 0.830. After Bonferroni correction, five loci were consistent with the Hardy-Weinberg equilibrium and showed no linkage disequilibrium.

; genome survey sequencing; microsatellite; SSR mining

Q78；Q959.483

A

1673-9159（2020）04-0007-08

10.3969/j.issn.1673-9159.2020.04.002

2020-02-28

國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“藍(lán)色糧倉科技創(chuàng)新”重點(diǎn)專項(xiàng)（2018YFD0901203）；廣東省自然科學(xué)基金（2019A1515010958、2019A1515012042）；廣東省科技廳科技創(chuàng)新戰(zhàn)略專項(xiàng)重點(diǎn)項(xiàng)目（2018B030311050）；廣東省普通高校青年創(chuàng)新人才項(xiàng)目（2017GKQNCX092）

王耀嶸（1995―），男，碩士研究生，研究方向?yàn)轸~類群體遺傳學(xué)。yaorongwang217@126.com

李廣麗（1967―），女，教授，博士，研究方向?yàn)轸~類生理與繁殖。guangligdou@163.com

王耀嶸，楊尉，任席林，等. 金錢魚基因組微衛(wèi)星分布特征分析及多態(tài)性標(biāo)記開發(fā)[J]. 廣東海洋大學(xué)學(xué)報(bào)，2020，40(4): 7-14.

（責(zé)任編輯：劉慶穎）