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        利用免疫共沉淀聯(lián)合質(zhì)譜技術(shù)篩選鹽藻MAPK的互作蛋白

        2020-06-30 06:15:44岳金榮叢玉婷邢震宇高相楠王明芳柴曉杰
        核農(nóng)學(xué)報(bào) 2020年6期
        關(guān)鍵詞:緩沖液蛋白細(xì)胞

        岳金榮 叢玉婷 邢震宇 高相楠 王明芳 柴曉杰

        (大連海洋大學(xué)/遼寧省省級(jí)高校水生生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 遼寧 大連 116023)

        杜氏鹽藻(Dunaliella salina),簡(jiǎn)稱鹽藻,屬于綠藻門(Chlorophyta) 綠藻綱(Chlorophyceae) 團(tuán)藻目(Volvocales) 多 鞭 藻 科(Polyblepharidaceae) 鹽 藻 屬(Dunaliella),廣泛分布于海洋、鹽田及鹽湖中。 鹽藻細(xì)胞形體微小,形狀多樣,兩條等長(zhǎng)的鞭毛位于細(xì)胞前端,可自由游動(dòng),無(wú)細(xì)胞壁[1]。 鹽藻是已知最耐鹽的單細(xì)胞真核生物,能夠在0.05 ~5.00 mol·L-1NaCl 的培養(yǎng)液中生長(zhǎng)、繁殖,是研究植物抗鹽生理及其分子機(jī)制最理想的模式生物[2]。 因此,深入探討鹽藻適應(yīng)高鹽環(huán)境的分子機(jī)制具有重要的科學(xué)意義和應(yīng)用價(jià)值。研究表明,在高鹽脅迫下,鹽藻通過(guò)調(diào)節(jié)細(xì)胞體積[3]、離子轉(zhuǎn)運(yùn)[4-6]以及大量合成甘油[7-9],以適應(yīng)外界環(huán)境滲透壓的變化。 但有關(guān)其基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制尚未明確。

        大多數(shù)真核生物中都存在有絲分裂原活化蛋白激酶(MAPKs)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,它由三級(jí)激酶級(jí)聯(lián)組成[10],即絲裂原活化蛋白激酶(mitogenactivated protein kinase,MAPK)、MAPK 激酶和MAPKK 激酶,這三類激酶都屬于絲氨酸/蘇氨酸(Ser/Thr)蛋白激酶。 植物細(xì)胞受到外界刺激時(shí),先對(duì)Ser/Thr 進(jìn)行磷酸化修飾,使MAPKKK-MAPKK-MAPK 相繼激活,將上游信號(hào)進(jìn)行傳遞,最終傳遞至下游。 細(xì)胞生長(zhǎng)、發(fā)育、分裂和分化,以及細(xì)胞死亡等多個(gè)生理過(guò)程,都有MAPK 的參與,MAPK 激活后通過(guò)磷酸化轉(zhuǎn)錄因子或者多種蛋白(酶)等底物參與上述介導(dǎo)過(guò)程。 MAPK 廣泛參與植物對(duì)各種逆境脅迫的應(yīng)答過(guò)程,如干旱[11-13]、溫度[14-15]及鹽脅迫[16-18]等均有報(bào)道,但在水生植物藻類中的研究鮮有報(bào)道。 張婷等[19]應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR 技術(shù)證實(shí),DsMAPK的表達(dá)受鹽脅迫誘導(dǎo),當(dāng)3 mol·L-1NaCl 脅迫處理0.5 h 時(shí),DsMAPK的表達(dá)量顯著上調(diào)(P<0.05);脅迫處理1 h 時(shí),DsMAPK的表達(dá)量是正常對(duì)照組的5 倍,達(dá)到最大值,差異達(dá)極顯著水平(P<0.01)。 Lei 等[20]也證明杜氏鹽藻MAPK基因?qū)Ω邼B脅迫有響應(yīng)。 Zhao 等[21]認(rèn)為杜氏藻MAPK 基因(DtMAPK)調(diào)節(jié)3-磷酸甘油脫氫酶基因(GPDH)的表達(dá)及甘油的合成,說(shuō)明MAPK在杜氏藻應(yīng)答高鹽脅迫的滲透調(diào)節(jié)中發(fā)揮著重要作用。 因此,進(jìn)一步研究鹽藻MAPK基因的功能及其互作蛋白,對(duì)于闡明鹽藻耐高鹽的分子機(jī)制具有重要的科學(xué)意義。

        前期研究采用反轉(zhuǎn)錄PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技術(shù)成功從鹽藻中克隆了促有絲分裂活化蛋白激酶基因(GenBank 登錄號(hào): JQ782412), 命名為DsMAPK,并成功構(gòu)建了DsMAPK的原核表達(dá)載體[19,22]。 本研究應(yīng)用基因工程技術(shù)使鹽藻MAPK基因在大腸桿菌中成功表達(dá),表達(dá)產(chǎn)物經(jīng)His 柱純化獲得了高純度的融合蛋白,以該融合蛋白作為抗原免疫動(dòng)物,制備了多克隆抗體,然后采用免疫共沉淀技術(shù)、質(zhì)譜技術(shù) ( liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)及生物信息學(xué)的方法篩選鹽藻MAPK 互作蛋白,在蛋白質(zhì)組學(xué)的水平上研究DsMAPK的功能,以期為進(jìn)一步闡明DsMAPK在鹽藻應(yīng)答鹽脅迫信號(hào)分子途徑中的作用提供新的理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        杜氏鹽藻(Dunaliella salina)由大連海洋大學(xué)水生生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室提供,其培養(yǎng)液為甲液與乙液,比例為1 000 ∶1[23], 25℃,1 250 lx 光強(qiáng),12 h 光照12 h 黑暗交替靜置培養(yǎng)。

        菌種:E.coliBL21 (DE3) 購(gòu)自北京TIANGEN 公司。

        載體質(zhì)粒: 空載體pGS21a 質(zhì)粒、重組質(zhì)粒pGS21a-DsMAPK均由大連海洋學(xué)院/遼寧省省級(jí)高校水生生物學(xué)重點(diǎn)試驗(yàn)室保存。

        1.2 主要試劑

        異丙基硫代半乳糖苷(isopropyl thiogalactosine,IPTG)、His60 Ni SuperflowTMResin,購(gòu)自美國(guó)Clontech公司;硝酸纖維素膜(NC 膜)、Anti-His Antibody、辣根過(guò)氧化物酶標(biāo)記的羊抗鼠IgG、辣根過(guò)氧化物酶羊抗兔IgG HRP、蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)Mancer Protein Marker Mid Range,購(gòu)自生工生物工程(上海) 有限公司。 其他化學(xué)試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純。

        1.3 融合蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)、純化及復(fù)性

        將空載體pGS-21a 質(zhì)粒(對(duì)照組)和重組質(zhì)粒pGS-21a (+)-Ds MAPK(試驗(yàn)組)分別轉(zhuǎn)化E.coliBL21(DE3), 37℃培養(yǎng)過(guò)夜,挑單菌落,接種于LB 液體培養(yǎng)基[含50 mg·L-1氨芐青霉素(ampicillin,Amp)]中,37℃條件下190 r·min-1振蕩培養(yǎng)至OD600介于0.6 ~0.8 之間,加入IPTG 誘導(dǎo)6 h,收集菌體[23]。 用PBS緩沖溶液重懸菌體并在冰上進(jìn)行超聲波破碎(功率30 W,工作5 s,間歇5 s)[23]。 12 000 r·min-1離心20 min后用尿素緩沖溶液(尿素、100 mmol·L-1磷酸二氫鈉和10 mmol·L-1Tris-Cl,pH 值8.0)復(fù)溶沉淀,并將其置于4℃過(guò)夜。 2 mol·L-1尿素緩沖液沖洗沉淀之后再用8 mol·L-1尿素緩沖液重懸,過(guò)濾(0.45 μm 濾膜)后收集上清液,即為變性的重組蛋白粗品。

        用His60 Ni SuperflowTMResin 純化變性的重組蛋白粗品。 Ni-純化柱經(jīng)過(guò)平衡緩沖液(8 mol·L-1尿素緩沖液)平衡后,重組蛋白粗品上柱,用平衡液洗3 ~5次去除雜蛋白,最后由8 mol·L-1尿素緩沖液配置的洗脫液(2、30、40、50、200、500 mmol·L-1咪唑,pH 值8.0)洗脫3 次并收集。 取所有洗脫液各10 μL 分別加入等量的2×SDS 上樣緩沖液,進(jìn)行SDS-PAGE 分析。

        將純化后的融合蛋白洗脫液用尿素進(jìn)行復(fù)性。 將蛋白洗脫溶液轉(zhuǎn)移至透析袋,放置于尿素緩沖液[依次為6、4、2、0 mo1·L-1(pH 值8.0)]中,4℃保持12 h,隨后在相同條件下依次更換低度濃度尿素緩沖液,最后轉(zhuǎn)移到不含尿素的緩沖液中。

        1.4 融合蛋白Western blotting 檢測(cè)

        純化后的融合蛋白經(jīng)SDS-PAGE 電泳,電轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜(200 mA,2 h),5%牛血清白蛋白封閉,以Anti-His Antibody 為一抗(1 ∶2 000),37℃孵育1 h,PBST 洗滌3 次,每次5 min,然后加入辣根過(guò)氧化物酶標(biāo)記的羊抗鼠IgG(1 ∶200) 二抗,37℃孵育1 h,PBST洗滌,每次5 min,然后加入沉淀型單組分3,3,5,5-四甲基聯(lián)苯胺(TMB)底物溶液顯色。

        1.5 多克隆抗體的制備及純化

        將純化后的DsMAPK 樣品與等體積的弗氏完全佐劑混合均勻,皮下注射免疫4 月齡健康雌性新西蘭大白兔,初次免疫20 d,然后使用DsMAPK 與弗氏不完全佐劑混合物進(jìn)行第2 次免疫,二次免疫14 d 后進(jìn)行第3 次免疫,三免7 d 后進(jìn)行耳靜脈采血1 mL,間接ELISA 檢測(cè)抗血清效價(jià),未達(dá)到要求的進(jìn)行第4 次免疫,四免8 d 后間接ELISA 檢測(cè)抗血清效價(jià)達(dá)到要求,頸動(dòng)脈采全血。 初免劑量為0.4 mg/只,二、三、四次免疫劑量為0.2 mg/只。

        采用純化介質(zhì)Protein A SepharoseTMCL-4B 純化抗血清,將純化后的抗血清稀釋至1 mg·mL-1后置于-80℃保存。

        1.6 鹽藻總蛋白的提取及Western blot 檢測(cè)

        取處于對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的 NaCl 鹽藻(含 1.0 mol·L-1), 加入NaCl 使其終濃度達(dá)到3 mol·L-1,置于恒溫光照培養(yǎng)箱培養(yǎng)(25℃、光強(qiáng)1 250 lx),分別于培養(yǎng)1、3、6、12、24 h 取培養(yǎng)液。 培養(yǎng)液經(jīng)8 000×g離心5 min 收集鹽藻細(xì)胞。 用Sangon Biotech RIPA 裂解液Ⅳ提取總蛋白。 取10 μL 少量蛋白進(jìn)行電泳檢測(cè),其余保存?zhèn)溆谩?/p>

        取20 μg 鹽藻上清蛋白質(zhì),加入上樣緩沖液后進(jìn)行SDS-PAGE 電泳,電轉(zhuǎn)至NC 膜,封閉后與多克隆抗體共孵育(1 ∶1 000 稀釋),二抗采用HRP 標(biāo)記的羊抗兔IgG(1 ∶2 000 稀釋),進(jìn)行TMB 底物溶液顯色,拍照記錄。

        1.7 免疫共沉淀聯(lián)合質(zhì)譜技術(shù)篩選相互作用蛋白

        取5.978 mg 對(duì)照組鹽藻總蛋白,加入60 μg 普通兔的IgG;取5.978 mg 試驗(yàn)組鹽藻總蛋白,加入60 μg DsMAPK 多克隆抗體,各自混合均勻,4℃孵育過(guò)夜。向鹽藻總蛋白與抗體混合物中加入1/20 體積的蛋白A/G 瓊脂糖珠并充分混勻,4℃孵育2 ~4 h。 1 000×g離心2 min,保留沉淀。 沉淀中加入1 mL PBS,1 000×g離心洗滌3 min。 重復(fù)上述離心操作3 次,然后向沉淀中加入50 μL 2×loading buffer,靜置1 h 后沸水浴10 min,再經(jīng)8 000×g離心5 min,保留上清液。 吸取20 μL 上清液進(jìn)行SDS-PAGE 電泳分析。

        1.8 LC-MS/MS 質(zhì)譜分析

        對(duì)1.7 中獲得的上清液進(jìn)行超濾、還原烷基化、酶解處理。 將凍干的肽段重溶于0.1%甲酸(formic acid, FA)中,進(jìn)行在線液質(zhì)聯(lián)用分析。 色譜系統(tǒng)為nano ACQUITY UPLC(Waters Corporation,英國(guó)),與色譜相連的質(zhì)譜為Q Exactive hybrid quadrupole-Orbitrap mass spectrometer (Thermo Fisher Scientific,美國(guó))。 樣品先以10 μL·min-1的流速將其結(jié)合在trap 柱上(Thermo Scientific Acclaim PepMap C18 column,100 μm×2 cm, 3 μm particle size),然后再于分析柱(Acclaim PepMap C18,75 μm×15 cm) 上進(jìn)行分離。梯度分離條件:在40 min 內(nèi)將乙腈濃度由5%升至45%。 質(zhì)譜條件:納升級(jí)電噴霧電離方式(nano-ESI),正離子模式掃描,掃描范圍m/z 350 ~1 500。 采用PEAKS STUDIO 軟件(Bioinfor Inc,美國(guó)) 進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,數(shù)據(jù)庫(kù)為大連海洋學(xué)院/遼寧省省級(jí)高校水生生物學(xué)重點(diǎn)試驗(yàn)室提供的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 融合蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)、純化及Western blotting檢測(cè)

        由圖1-A 可知,對(duì)照組表達(dá)菌(含空載體pGS-21a)經(jīng)誘導(dǎo)表達(dá)后在35 kDa 左右有一條表達(dá)增強(qiáng)的標(biāo)簽蛋白條帶;2、3 號(hào)泳道為試驗(yàn)組表達(dá)菌(含重組質(zhì)粒pGS-21a-Ds MAPK),經(jīng)IPTG 誘導(dǎo)表達(dá)后的重組菌體經(jīng)超聲波破碎得到的上清液和沉淀,2 號(hào)泳道未見(jiàn)清晰的目的條帶,3 號(hào)泳道在87 kDa 左右有一條表達(dá)增強(qiáng)的目的蛋白條帶,此條帶在對(duì)照組未出現(xiàn),與預(yù)期結(jié)果相符,即融合蛋白包括預(yù)計(jì)分子量為52 kDa 的DsMAPK 融合蛋白和35 kDa 的His 標(biāo)簽蛋白。 此外,上清液中未見(jiàn)清晰的目的蛋白條帶,表明目的蛋白主要是以包涵體的形式表達(dá)。

        圖1 融合蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)、純化及Western blotting 檢測(cè)Fig.1 Expression, purfication and Western bloting analysis of induced recombinant protein

        對(duì)融合蛋白進(jìn)行純化,純化產(chǎn)物經(jīng)SDS-PAGE電泳檢測(cè),純化產(chǎn)物在87 kDa 左右有一條蛋白帶,大小與預(yù)期相符(圖1-B、C)。 將其中純化條帶單一的蛋白樣品收集。 為了進(jìn)一步確定純化蛋白是否為目的蛋白,對(duì)其進(jìn)行了Western blotting 檢測(cè)(圖1-D),可見(jiàn)1 號(hào)泳道在87 kDa 左右有一清晰的雜交信號(hào)帶,初步證明純化的蛋白就是帶有His 標(biāo)簽的DsMAPK 融合蛋白。

        2.2 鹽藻總蛋白的提取及Western blotting 檢測(cè)

        由圖2-A 可知,各處理組均出現(xiàn)多個(gè)清晰的條帶,表明鹽藻總蛋白的提取效果良好。 Western blotting 檢測(cè)結(jié)果表明(圖2-B),對(duì)照組和鹽脅迫試驗(yàn)組均在50 kDa 左右出現(xiàn)單一條帶,與DsMAPK 蛋白大小相符,初步判定DsMAPK 抗體特異性良好且在鹽脅迫3 h 和6 h 時(shí)鹽藻總蛋白的表達(dá)量較高。

        圖2 鹽藻總蛋白提取及Western blotting 檢測(cè)Fig.2 Extraction of total protein of Dunaliella salina and detection by Western blotting

        2.3 免疫共沉淀篩選DsMAPK 的相互作用蛋白

        由3-A 可知,1、2 號(hào)泳道均為多個(gè)且清晰的條帶,表明鹽藻總蛋白的提取效果良好。 免疫共沉淀產(chǎn)物的SDS-PAGE 分析結(jié)果顯示,2 號(hào)泳道在約28 kDa 處有明顯的差異條帶,說(shuō)明用免疫共沉淀方法成功篩選出DsMAPK 相互作用蛋白。

        2.4 LC-MS/MS 及生物信息學(xué)分析

        鹽藻總蛋白免疫共沉淀后經(jīng)脫色、還原、烷基化、酶解、萃取等處理,將制備好的樣品用Q Exactive hybrid quadrupole-Orbitrap 質(zhì)譜儀進(jìn)行質(zhì)譜分析,然后將質(zhì)譜鑒定結(jié)果導(dǎo)入PEAKS STUDIO 軟件(Bioinfor Inc.,美國(guó)) 搜索鹽藻轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)。 篩選肽段可信度高(peptide confidence-high) 的肽段,并由軟件根據(jù)同一特異肽段(unique peptide)在各樣本中的報(bào)告離子峰的面積比值計(jì)算蛋白質(zhì)的表達(dá)量。 如果某個(gè)蛋白的差異倍數(shù)(fold change)>2.0,同時(shí)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)P<0.05,便可認(rèn)為是差異蛋白。 由圖4 可知,試驗(yàn)組鑒定出的特有蛋白165 種。 為了更深入地了解高鹽脅迫下DsMAPK 的生物學(xué)功能,對(duì)篩選的165 差異蛋白進(jìn)行基因本體GO 功能富集分析和KEGG Pathway 分析。

        圖3 鹽藻總蛋白提取及免疫共沉淀結(jié)果Fig.3 Total protein of Dunaliella salina and co-immunoprecipitation products identify by SDS-PAGE electrophoresis

        圖4 鹽脅迫下鹽藻差異表達(dá)蛋白的分布Fig.4 The distribution of differentially expressed proteins of Dunaliella salina under salt stress

        GO 注釋主要是對(duì)蛋白質(zhì)的分子功能(molecular function)、細(xì)胞組分(cellular component)、生物進(jìn)程(biological process) 進(jìn)行分析。 圖5 是一個(gè)GO 富集分析匯總柱狀圖,展示了MF、CC 和BP 3 種類別富集分析顯著性(P<0.05)排名前10 的條目。 生物進(jìn)程分析表明,差異蛋白主要參與細(xì)胞凋亡、小分子生物合成過(guò)程以及細(xì)胞形態(tài)結(jié)構(gòu)的調(diào)節(jié);細(xì)胞組分分析表明,差異蛋白主要位于細(xì)胞質(zhì)、核糖體;分子功能顯示,差異蛋白主要參與了生物小分子、核苷酸、ATP 的結(jié)合??梢?jiàn),鹽藻響應(yīng)鹽脅迫的差異表達(dá)蛋白具有多種分子功能,并參與多個(gè)生物學(xué)過(guò)程,表明鹽藻鹽脅迫響應(yīng)是一個(gè)復(fù)雜的生理生化過(guò)程。

        KEGG 是一個(gè)利用圖形介紹眾多的代謝途徑及各途徑之間關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)。 圖6 根據(jù)KEGG 富集匯總表中選擇的調(diào)控通路,展示了顯著性排名前10 的條目,條柱均高于藍(lán)線或紅線,其所代表的調(diào)控通路具有顯著性。 KEGG 代謝通路分析表明,鹽藻差異蛋白主要參與了新陳代謝、遺傳信息的傳遞,外界環(huán)境信息的應(yīng)答,細(xì)胞周期調(diào)控,以及其他未知的途徑等,表明信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)蛋白、脅迫相關(guān)蛋白以及代謝相關(guān)蛋白在鹽藻應(yīng)答高濃度鹽脅迫過(guò)程中發(fā)揮了重要作用,為全面了解鹽藻的抗鹽機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。

        圖5 鹽藻差異表達(dá)蛋白的GO 功能及富集分析結(jié)果Fig.5 GO function and enrichment analysis results of differentially expressed proteins of Dunaliella salina

        基于string 數(shù)據(jù)庫(kù)和cytoscape 軟件,制作了蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(圖7),表示了KEGG 富集結(jié)果中顯著性較高的前10 個(gè)通路以及與之互作蛋白之間的互作網(wǎng)絡(luò),該網(wǎng)絡(luò)圖中有32 種蛋白。 互作圖是以圓點(diǎn)(基因或蛋白)、多邊形(代謝產(chǎn)物)、三角形(miRNA)、五角形(轉(zhuǎn)錄因子)與圓角矩形(生物過(guò)程、細(xì)胞定位、分子功能或信號(hào)通路)以不同直線(互作關(guān)系虛線為未經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證,實(shí)線為已有相關(guān)驗(yàn)證報(bào)道)進(jìn)行連接展示的分子相互作用機(jī)制與網(wǎng)絡(luò)模型圖。 由圖7 可知,PGK1(3-磷酸甘油酸激酶)、LAS17(肌動(dòng)蛋白結(jié)合蛋白)、BCK1(絲裂原活化蛋白激酶激酶激酶,即為MAKKK)與DsMAPK 互作蛋白得分均在840 以上,URA2 與DsMAPK 互作得分為626,互作的可能性較高。 但PGK1、LAS17、BCK1、URA2 與DsMAPK 是否互作,尚未驗(yàn)證,后續(xù)將通過(guò)酵母雙雜交的方法鑒定以上蛋白質(zhì)之間是否存在互作關(guān)系。

        圖6 鹽藻差異蛋白的KEGG 分析Fig.6 KEGG pathway analysis of differentially expressed proteins of Dunaliella salina

        圖7 蛋白質(zhì)相互作用的網(wǎng)絡(luò)圖Fig.7 Network diagram of protein interactions

        3 討論

        鹽脅迫反應(yīng)和應(yīng)答是一個(gè)極其復(fù)雜的過(guò)程,細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)會(huì)組成一個(gè)復(fù)雜的相互作用網(wǎng)絡(luò),構(gòu)成各項(xiàng)生理活動(dòng)的基礎(chǔ)。 因此,研究蛋白質(zhì)之間的相互作用關(guān)系,對(duì)于闡明細(xì)胞高度復(fù)雜的分子機(jī)制具有重要的科學(xué)意義。 免疫共沉淀是研究蛋白質(zhì)相互作用的有效方法,技術(shù)成熟,可信度高。 該技術(shù)是利用抗原和抗體特異性結(jié)合以及免疫蛋白Fc 片段與蛋白A/G 瓊脂糖珠的結(jié)合,形成“結(jié)合蛋白-靶蛋白-靶蛋白抗體-蛋白A/G 瓊脂糖珠”復(fù)合物,從而獲得與誘餌蛋白相互作用的目的蛋白[24]。 本研究采用免疫共沉淀方法篩選出與DsMAPK 相互作用的蛋白質(zhì),并結(jié)合質(zhì)譜技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法,共檢測(cè)到165 種特有差異蛋白。 通過(guò)GO 和KEGG 分析發(fā)現(xiàn),這些差異蛋白主要參與了新陳代謝、遺傳信息的傳遞以及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)調(diào)控過(guò)程。

        甘油是鹽藻響應(yīng)鹽脅迫最主要的滲透調(diào)節(jié)物質(zhì),鹽藻通過(guò)大量合成甘油,以適應(yīng)外界環(huán)境滲透壓的變化[2,7]。 研究表明,在高鹽脅迫初期,光合作用受到抑制,合成甘油所需的磷酸二羥丙酮(dihydroxyacetone phosphate,DHAP)主要來(lái)源于淀粉代謝,而非光合作用[25-26]。 隨著鹽脅迫時(shí)間的延長(zhǎng),細(xì)胞內(nèi)儲(chǔ)存的淀粉被消耗,鹽藻細(xì)胞的調(diào)控機(jī)制逐漸恢復(fù),光合作用逐漸增強(qiáng)[27]。 本研究鑒定到多種參與光合作用的蛋白質(zhì),分別是光系統(tǒng)Ⅰ反應(yīng)中心亞基Ⅱ、鐵氧還蛋白、1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(RuBisCO)、磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、3-磷酸酸甘油酸激酶(PGK1)及3-磷酸甘油醛脫氫酶。 光系統(tǒng)Ⅰ反應(yīng)中心亞基Ⅱ和鐵氧還蛋白是光合電子傳遞鏈的組分,參與氧化還原反應(yīng);RuBisCO 是光合作用中的關(guān)鍵酶,催化羧化反應(yīng)和氧合反應(yīng),小亞基rbcS 具有調(diào)控RuBisCO 活性的功能,在轉(zhuǎn)基因研究中,RuBisCO 小亞基rbcS 基因的啟動(dòng)子經(jīng)常作為高效表達(dá)的調(diào)控元件[28];磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶催化磷酸烯醇式丙酮酸不可逆反應(yīng)生成磷酸和草酰乙酸,是光合作用的關(guān)鍵酶,存在于所有光合生物中,同時(shí)還參與氨基酸代謝中碳骨架回補(bǔ)作用[29];磷酸甘油酸激酶催化3-磷酸甘油酸轉(zhuǎn)變成1,3-二磷酸甘油酸,后者在脫氫酶作用下還原為3-磷酸甘油醛,3-磷酸甘油醛可以轉(zhuǎn)變成DHAP。 DHAP 通過(guò)3-磷酸甘油脫氫酶轉(zhuǎn)化為3-磷酸甘油,再通過(guò)磷酸酶去磷酸化而合成甘油[2,7]。 因此,推測(cè)DsMAPK 調(diào)控了鹽藻在高鹽脅迫下的光合作用及甘油合成等生物學(xué)過(guò)程。

        前期研究發(fā)現(xiàn),高鹽脅迫下,鹽藻會(huì)發(fā)生鞭毛脫落的現(xiàn)象[30],但其恢復(fù)機(jī)制未見(jiàn)報(bào)道,本研究發(fā)現(xiàn)DsMAPK 與S-腺苷高半胱氨酸水解酶存在互作關(guān)系。鹽藻S-腺苷高半胱氨酸水解酶參與真核生物最主要的甲基化反應(yīng),參與鹽藻鞭毛的再生,說(shuō)明DsMAPK可能在鹽藻細(xì)胞鞭毛的再生中起到重要的調(diào)控作用。此外,還發(fā)現(xiàn)了細(xì)胞分裂調(diào)控蛋白48、蛋白激酶C 及肌動(dòng)蛋白。 Ravanti 等[31]認(rèn)為MAPK 通過(guò)上調(diào)某些轉(zhuǎn)錄因子基因的表達(dá)和生物活性,影響細(xì)胞的增殖、分化和細(xì)胞因子的合成。 高鹽脅迫下,鹽藻細(xì)胞快速失水變小,平衡胞內(nèi)外的滲透壓,以適應(yīng)外界的高滲環(huán)境[32]。 肌動(dòng)蛋白組成微絲,普遍存在于真核細(xì)胞中,構(gòu)成細(xì)胞的支架,維持細(xì)胞的形態(tài)。 因此,推斷DsMAPK 可能參與了鹽藻細(xì)胞鞭毛的再生、藻細(xì)胞的增殖及細(xì)胞形態(tài)的恢復(fù)。

        本研究結(jié)果還有待于進(jìn)一步驗(yàn)證,但這些重要蛋白質(zhì)的發(fā)現(xiàn)豐富和發(fā)展了現(xiàn)有理論,為下一步的研究提供了新思路。 后續(xù)工作將通過(guò)酵母雙雜交的方法進(jìn)一步驗(yàn)定這些蛋白質(zhì)的功能。

        4 結(jié)論

        本研究通過(guò)原核表達(dá)純化的DsMAPK 蛋白成功制備出多克隆抗體且特異性良好,經(jīng)過(guò)免疫共沉淀聯(lián)合質(zhì)譜技術(shù)以及生物信息學(xué)的方法篩選出165 種特有的差異蛋白。 通過(guò)GO 和KEGG 分析發(fā)現(xiàn),這些差異蛋白主要參與了新陳代謝、遺傳信息的傳遞以及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)調(diào)控過(guò)程。 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn),直接與MAPK 相互作用的蛋白有4 種。 本研究結(jié)果為進(jìn)一步研究杜氏鹽藻響應(yīng)鹽脅迫的分子機(jī)制提供了材料。

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