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        分子對接技術(shù)結(jié)合LC-MS/MS篩選半夏厚樸湯抗PDE4有效成分

        2020-06-24 14:04:40劉作龍咸瑞卿生立嵩
        食品與藥品 2020年3期
        關(guān)鍵詞:結(jié)合能黃芩生姜

        劉作龍,咸瑞卿,付 杰,生立嵩

        (1. 山東豐金生物醫(yī)藥有限公司 ,山東 煙臺 264100;2. 山東省食品藥品檢驗(yàn)研究院,山東 濟(jì)南 250000;3.華熙生物科技股份有限公司,山東 濟(jì)南 250101;4. 山東省中醫(yī)藥研究院,山東 濟(jì)南 250014)

        半夏厚樸方來源于漢代張仲景《金匱要略》,主要由半夏、厚樸、茯苓、生姜、蘇葉組成。半夏厚樸湯有行氣散結(jié),降逆化痰之功效。主治梅核氣,臨床常用于治療癔病、胃神經(jīng)官能癥、慢性咽炎、慢性支氣管炎、食道痙攣等屬氣滯痰阻者。當(dāng)代研究以治療梅核氣[1],反流性食管炎[2],慢性咽喉炎等為主,有臨床研究將半夏厚樸湯用于治療慢性阻塞性肺?。–OPD)[3]。近年,較多研究指出半夏厚樸湯可能對抑郁癥有效[4-5]。磷酸二酯酶4(PDE4)靶點(diǎn)是抗抑郁治療的重要靶點(diǎn)[6],PDE4抑制劑羅氟司特通過抗炎作用治療COPD[7],目前也有研究發(fā)現(xiàn)該藥有較好的抗抑郁作用[8-9]。這與半夏厚樸湯治療梅核氣兼有抗抑郁效果的作用極為相似,提示我們半夏厚樸湯可能存在抗PDE4的成分(組)。因此,本研究選擇PDE4靶點(diǎn)蛋白晶體結(jié)構(gòu),采用國家藥學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)中心天然小分子藥物數(shù)據(jù)庫[10],中藥系統(tǒng)藥理數(shù)據(jù)庫和分析平臺(TCMSP)[11],及文獻(xiàn)報(bào)道的半夏等6味藥物中提取的化合物,使用Autodock分子對接軟件,篩選對接結(jié)果理想的化合物分子。對不同方法提取的半夏厚樸湯樣品進(jìn)行高分辨質(zhì)譜掃描,對上述對接結(jié)果表現(xiàn)較好的化合物進(jìn)行比對,并比較潛在有效化合物在不同提取方法下的含量差異。

        1 儀器與試藥

        1.1 儀器

        DNA503型電子分析天平(南京伯尼塔電子科技);KDM型控溫電熱套(鄄城華魯電熱儀器);Q Exactive Plus 高效液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀(美國賽默飛公司)。

        1.2 試藥

        半夏、厚樸、茯苓、生姜、紫蘇葉(購自濟(jì)南建聯(lián)中藥店),乙醇(分析純,國藥集團(tuán));乙腈為色譜純,水為超純水。

        1.3 軟件及數(shù)據(jù)庫

        國家藥學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)中心天然小分子藥物數(shù)據(jù)庫,中國知網(wǎng)醫(yī)藥衛(wèi)生數(shù)據(jù)庫,TCMSP,Autodock1.5.6分子對接軟件,Autodock Vina 虛擬篩選軟件,Discovery Studio2016版(單機(jī)版)。

        2 方法與結(jié)果

        2.1 虛擬篩選

        2.1.1 化合物的收集與處理 查詢TCMSP[10],中國知網(wǎng)醫(yī)藥衛(wèi)生數(shù)據(jù)庫等,收集上述5味中藥材公開報(bào)道的化合物,共得到1028個小分子化合物,采用Autodock中的raccoon模塊處理小分子,優(yōu)化構(gòu)象,生成pdbqt文件,作為小分子化合物庫。

        2.1.2 分子對接與虛擬篩選 利用文獻(xiàn)[12]報(bào)道的PDE4蛋白晶體結(jié)構(gòu)(PDB ID:3W5E),按文獻(xiàn)[13]報(bào)道方法,在Autodock1.5.6軟件中處理蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu),去水加氫加電荷后保存為pdbqt文件。利用蛋白質(zhì)晶體中自帶的抑制劑作為結(jié)合位置,設(shè)置grid box center x=19.999,y=15.795,z=-7.07;grid box size x=24, y=26,z=24。Docking算法采用local search以提高計(jì)算速度。將小分子化合物庫與PDE4蛋白在Autodock vina中進(jìn)行分子對接,每味藥材所收集的小分子中,取計(jì)算結(jié)合能最低的2 %作為潛在有效化合物。

        2.2 樣品提取

        按藥材粉碎程度和提取溶劑不同設(shè)計(jì)提取方案,將藥材分別粉碎為40目細(xì)粉和簡單破碎,分別采用95 %乙醇,50 %乙醇及水3種溶劑提取,藥材溶劑比為1:10(w:v),回流提取2次,每次2 h。合并提取液,混合均勻后取適量,加甲醇稀釋10倍,作為供試品。具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)見表1。

        表1 樣品提取方法

        2.3 超高效液相色譜-串聯(lián)四級桿飛行時間質(zhì)譜儀聯(lián)用(UPLC-Q-TOF-MS/MS)檢測

        色譜條件為:色譜柱:Thermo Scientific Hypersil GOLD(100 mm×2.1 mm);流動相為0.5 %甲酸溶液(A)-甲醇(B);梯度洗脫,條件見表2,流速0.3 ml/min;質(zhì)譜條件:掃描范圍:80~1200m/z;In-source CID:0.0 ev;分辨率:70 000;AGC Target:1e6;Maximum IT:100 ms; 流速0.3 ml/min;柱溫30 ℃;正離子檢測,進(jìn)樣量3 μl。

        表2 梯度洗脫程序

        2.4 分子對接與虛擬篩選結(jié)果

        對蛋白質(zhì)晶體中自帶的抑制劑分子進(jìn)行分子對接計(jì)算,結(jié)合能為-10.9 kcal/mol,說明對接方法可靠,可用于虛擬篩選。經(jīng)分子對接計(jì)算,共篩選得到25個優(yōu)選化合物,結(jié)合能與結(jié)構(gòu)式見表3。結(jié)合能最低的化合物前3名用Discovery Studio單機(jī)版計(jì)算與蛋白質(zhì)作用力(2D),示意圖見圖1~3。

        表3 優(yōu)選化合物(結(jié)合能最低的前2 %)

        半夏 -9.4 b a i c a l a i n半夏 -9.2 c a m p e s t e r o l半夏 -9.2 c o n i f e r i n半夏 -9.1 c y c l o(L-t y r o s y l-L-p h e n y l a l a n y l)生姜 -8.8 g i n g e r e n o n e-C生姜 -8.8 h e p t a p h y l l i n e生姜 -8.7 g i n g e r e n o n e-a生姜 -9.3 m u u r o l e n e生姜 -9.3 α-b u l n e s e n e生姜 -8.9 c l i o n a s t e r o l生姜 -8.9 γ-c a d i n e n e生姜 -8.9 (-)-c a l a m e n e n e茯苓 -8.5 h e d e r a g e n i n

        圖1 Cavidine與蛋白的作用力模式圖

        圖2 Cosmetin與蛋白的作用力模式圖

        圖3 Isoequilenin與蛋白的作用力模式圖

        2.5 UPLC-Q-TOF-MS/MS檢測結(jié)果

        對照質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫NIST及文獻(xiàn),本實(shí)驗(yàn)共比對5個化合物,分別是黃芩素(baicalein),野黃芩素(scutellarein),四羥基異黃酮(orobol),木犀草素(luteolin),芹菜素(apigenin) ,主要成分UPLC-Q-TOF-MS/MS分析結(jié)果見表4。峰面積結(jié)果見表5。由表5可見,黃芩素、野黃芩素、木犀草素、四羥基異黃酮4種成分以50 %乙醇提取含量最高,芹菜素以95 %乙醇提取含量最高。粉碎樣品成分含量普遍較破碎樣品為高,但成分含量主要受提取溶劑影響。

        表4 主要成分的UPLC-Q-TOF-MS/MS分析結(jié)果

        表5 主要成分峰面積

        3 討論

        篩選半夏厚樸湯方中各藥材中25種化合物,結(jié)合能大部分低于-9.0 kcal/mol,結(jié)合能最低的化合物cavidine(-10.7 kcal/mol)與蛋白質(zhì)晶體自帶抑制劑的結(jié)合能(-10.9 kcal/mol)接近,表明這些化合物可能與PDE4酶有較好的結(jié)合作用。提示半夏厚樸湯可能通過抑制PDE4作用發(fā)揮抗抑郁癥作用。

        通過LC-MS聯(lián)用檢測,從不同方法提取的半夏厚樸湯中檢測到5個潛在有效成分。這5個成分均為黃酮類成分,其他類成分未檢出,提示所用的LC-MS檢測條件還有待進(jìn)一步優(yōu)化。在篩選的有效成分中,部分成分為揮發(fā)性成分,因而采用LC-MS未能檢測到;也有部分化合物可能在提取過程中損耗,也提示半夏厚樸湯方可能需在特定的提取條件下才能更好地發(fā)揮抗PDE4作用。

        在不同提取方法下,這5種成分含量差異較大,黃芩素、野黃芩素、木犀草素、四羥基異黃酮4種成分以50 %乙醇提取含量最高,芹菜素以95 %乙醇提取含量最高,成分含量受溶劑的作用影響較大,而藥材粉碎程度影響不大。表明不同提取方法可能對半夏厚樸湯治療抑郁癥作用有較大影響。后續(xù)還需在綜合有效成分含量的基礎(chǔ)上,對半夏厚樸湯的提取制劑工藝進(jìn)行進(jìn)一步優(yōu)化驗(yàn)證。

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