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        長鏈非編碼RNA DSCAM-AS1在乳腺癌組織中的表達(dá)及臨床意義

        2020-06-08 02:06:42池華茂許文林
        醫(yī)學(xué)研究雜志 2020年4期
        關(guān)鍵詞:乳腺癌水平分析

        陳 琦 陳 慧 池華茂 許文林

        目前,乳腺癌是世界范圍內(nèi)的女性最常見的惡性腫瘤之一[1]。中國乳腺癌的發(fā)病例數(shù)和死亡例數(shù)在世界范圍內(nèi)位居前列,晚期乳腺癌的形勢更為嚴(yán)峻,5年生存率僅約20%[2,3]?;虻漠惓1磉_(dá)在乳腺癌發(fā)生、發(fā)展中起重要作用,多項研究證明長鏈非編碼RNA (long non-coding RNA, lncRNA) 在基因轉(zhuǎn)錄前、轉(zhuǎn)錄水平及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中發(fā)揮重要作用,參與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展、侵襲及轉(zhuǎn)移等過程[4,5]。越來越多的研究者通過高通量測序技術(shù)建立lncRNA表達(dá)譜和數(shù)據(jù)庫,尋找與乳腺癌進(jìn)展相關(guān)的生物學(xué)標(biāo)志物,為靶向治療乳腺癌提供研究基礎(chǔ)與理論依據(jù)。DSCAM-AS1被證實在肺腺癌組織中高表達(dá),而在乳腺癌中報道較少。本研究通過檢測DSCAM-AS1在乳腺癌患者組織中的表達(dá)情況,分析其表達(dá)水平與乳腺癌患者病理特征的關(guān)系,探討DSCAM-AS1在乳腺癌進(jìn)展中的作用,為發(fā)現(xiàn)診斷乳腺癌的新型分子標(biāo)志物提供研究依據(jù)。

        材料與方法

        1. 標(biāo)本資料:本研究所有樣本來源于2016年9月~2017年9月就診于江蘇大學(xué)附屬第四人民醫(yī)院乳腺外科的乳腺癌患者,術(shù)前采集乳腺癌組織標(biāo)本及癌旁組織60對,納入標(biāo)準(zhǔn):①所有術(shù)前未接受輔助放化療,且術(shù)后病理證實為乳腺癌;②患者臨床病理資料完整。排除標(biāo)準(zhǔn):①術(shù)前接受過輔助放化療的患者;②合并其他惡性腫瘤患者;③存在精神疾病患者;④合并有心臟、肺等臟器嚴(yán)重功能障礙的患者;⑤正在參與其他研究的患者。其中,浸潤性導(dǎo)管癌43例,導(dǎo)管內(nèi)癌12例,黏液癌5例,患者年齡41~80歲,>45歲患者45例,出現(xiàn)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移38例,ER陽性患者42例,PR陽性患者27例,HER-2陽性患者34例,T1/T2期患者44例,T3/T4期患者16例,ki-67表達(dá)水平>10% 陽性患者41例。各分子分型luminal A型12 例,luminal B型23 例,HER-2陽性15 例,以及Basal-like 10例。

        2.主要試劑:RNAiso試劑、SYBR Premix ExTaq Kit購自大連寶生物工程有限公司,lncRNA/mRNA RT-PCR Kit購自廣州銳博生物公司。

        3.標(biāo)本處理:組織標(biāo)本用PBS清洗后,剪切成適當(dāng)大小分裝于凍存管中,儲存于-80℃冰箱備用。

        4.RNA提取及qRT-PCR:樣本直接按試劑盒的提取步驟進(jìn)行總RNA提取,組織樣本在液氮中研磨成粉末后,用RNAiso進(jìn)行RNA的提取,按照lncRNA/mRNA RT-PCR Kit進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),得到的cDNA保存于-20℃?zhèn)溆谩R镉蓮V州銳博生物公司設(shè)計并合成,DSCAM-AS1 上游引物: 5′-TGATATCCGGACACATGGTGA-3′,下游引物:5′-CTGCAAAAACGTGCTGAGAAT-3′。采用SYBR Green染料進(jìn)行實時熒光定量PCR擴(kuò)增,檢測熒光信號水平,20μl反應(yīng)體系[2×SYBR Green 10μl, Primer (上游引物+下游引物)4μl,cDNA 2μl,ddH2O 4μl],反應(yīng)條件:預(yù)變性95℃ 30s,進(jìn)行40個循環(huán)95℃ 5s,60℃ 34s,進(jìn)行qPCR反應(yīng)。采用2-ΔCT值計算癌組織及癌旁組織中DSCAM-AS1的相對表達(dá)量,每組設(shè)3個重復(fù),實驗重復(fù)3次。

        5.生存曲線分析:采用Kaplan-MeierPlotter (http://kmplot.com/analysis/index. php?p=service & cancer=breast) 網(wǎng)站在線信息學(xué)分析數(shù)據(jù)庫中的616例乳腺癌患者DSCAM-AS1的差異表達(dá)對其總體生存率的影響[6]。

        結(jié) 果

        1.DSCAM-AS1在乳腺癌及各分子分型組織中表達(dá):乳腺癌組織中DSCAM-AS1的表達(dá)水平為0.473±0.073,高于癌旁組織 (0.057±0.008),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(t=5.667,P=0.000),詳見圖1。乳腺癌各分子分型之間DSCAM-AS1的表達(dá)存在差異 (F=7.053,P=0.000),經(jīng)兩兩比較,lumial A型、luminal B型以及Basal-like表型的組織中DSCAM-AS1的表達(dá)高于癌旁組織 (P=0.000),而HER-2陽性表型的組織與癌旁組織比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),詳見圖2。

        圖1 乳腺癌組織中DSCAM-AS1的表達(dá)情況

        圖2 乳腺癌組織各分子分型中DSCAM-AS1的表達(dá)水平與癌旁組織比較,*P=0.000

        2.乳腺癌組織標(biāo)本中DSCAM-AS1與臨床特征的相關(guān)性分析:通過60例患者的病理參數(shù)進(jìn)行分析,組織中DSCAM-AS1與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(χ2=5.275,P=0.022),ER (χ2=4.775,P=0.029)、HER-2 (χ2=5.984,P=0.014),TNM分期 (χ2=4.105,P=0.043)及ki-67 (χ2=6.213,P=0.013)的表達(dá)水平相關(guān),ER陽性,HER-2陽性及ki-67陽性表達(dá)的組織中DSCAM-AS1的表達(dá)水平顯著高于對應(yīng)組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義 (P<0.05),詳見表1。

        表1 組織中DSCAM-AS1的表達(dá)與臨床病理特征的相關(guān)性

        3.組織標(biāo)本DSCAM-AS1表達(dá)水平的ROC曲線分析:組織中DSCAM-AS1的敏感度為56.7%,特異性為98.33%,曲線下面積為0.7517 (P=0.000),詳見圖3。

        圖3 乳腺癌組織DSCAM-AS1的表達(dá)水平ROC曲線分析

        4.DSCAM-AS1影響乳腺癌患者的總生存率:根據(jù)KM-plotter數(shù)據(jù)庫分析結(jié)果,在大樣本數(shù)據(jù)庫中的616例乳腺癌中,高表達(dá)DSCAM-AS1 患者的總生存率降低 (P=0.18, HR=1.30)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),在乳腺癌樣本中的109例ER陽性的患者中,高表達(dá)的DSCAM-AS1的患者的總體生存率顯著下調(diào) (P=0.007, HR=2.88),而在79例ER陰性的患者中,與低表達(dá)組比較,高表達(dá)DSCAM-AS1患者的總體生存率也出現(xiàn)下降 (P=0.12, HR=1.80),詳見圖4。

        討 論

        長鏈非編碼RNA與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展及預(yù)后密切相關(guān)[7~10]。有研究者在綜合數(shù)據(jù)庫Gene Expression Omnibus (GEO) 和 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 中篩選出龐大數(shù)量的lncRNA,通過生物信息學(xué)和基因組數(shù)據(jù)分析研究這些lncRNAs的潛在生物學(xué)功能和表達(dá)調(diào)控,發(fā)現(xiàn)在乳腺癌中敲低lncRNA TINCR和HOTAIR,能夠抑制腫瘤細(xì)胞的增殖,為乳腺癌中致癌lncRNA的研究提供了理論基礎(chǔ)[11]。本研究前期通過基因芯片分析發(fā)現(xiàn),DSCAM-AS1在乳腺癌敏感和耐藥細(xì)胞株中出現(xiàn)差異表達(dá),且在乳腺癌耐藥細(xì)胞中表達(dá)顯著下降。本研究發(fā)現(xiàn),乳腺癌組織中DSCAM-AS1表達(dá)水平顯著高于癌旁組織,且luminal A、luminal B,Basal-like表型的組織中DSCAM-AS1的表達(dá)高于癌旁組織,而HER-2陽性表型的組織與癌旁組織比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義,推測DSCAM-AS1在乳腺癌發(fā)生、發(fā)展中起重要作用。

        圖4 生物信息學(xué)分析DSCAM-AS1在乳腺癌組織中的生存曲線A.乳腺癌患者中DSCAM-AS1的總體生存率;B.ER陽性患者中DSCAM-AS1的總體生存率;C.ER陰性的患者中DSCAM-AS1的總體生存率

        非編碼RNA的表達(dá)水平與臨床參數(shù)之間的相關(guān)性對診斷價值分析有著重要參考意義,本研究重點(diǎn)分析了DSCAM-AS1的表達(dá)水平與乳腺癌患者的臨床病理參數(shù)之間的相關(guān)性。筆者發(fā)現(xiàn),ER陽性的患者中DSCAM-AS1的表達(dá)水平高于ER陰性的患者,表明DSCAM-AS1與ER的表達(dá)存在相關(guān)性,DSCAM-AS1可能在ER調(diào)控的乳腺癌進(jìn)展中發(fā)揮重要作用。筆者還發(fā)現(xiàn)T3/T4期乳腺癌患者中高表達(dá)DSCAM-AS1,表明DSCAM-AS1的表達(dá)水平與腫瘤的惡性程度相關(guān),并且ki-67表達(dá)陽性的患者中DSCAM-AS1也出現(xiàn)高表達(dá)。乳腺癌血漿中HOTAIR表達(dá)水平與ER和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移存在相關(guān)性,并且ROC曲線分析其敏感度和特異性均>70%,提示HOTAIR對乳腺癌有著極高的診斷價值,可以認(rèn)為是乳腺癌診治的分子標(biāo)志物[12]。非編碼RNA CCHE1在乳腺癌組織中表達(dá)高于癌旁組織,與臨床分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、HER-2表達(dá)水平有關(guān),并且高表達(dá)的CCHE1組的中位PFS和OS都低于低表達(dá)組[13]。

        DSCAM-AS1參與乳腺癌的功能調(diào)控的機(jī)制尚不清楚,馬騰等[5]研究發(fā)現(xiàn),DSCAM-AS1在肺腺癌組織中表達(dá)上調(diào),可能參與線粒體功能調(diào)控導(dǎo)致氧化磷酸化水平的改變,導(dǎo)致線粒體功能相關(guān)基因的表達(dá)增加。lncRNA 主要通過轉(zhuǎn)錄前和轉(zhuǎn)錄后水平,通過調(diào)控基因表達(dá)及重要信號通路,影響腫瘤的進(jìn)展、轉(zhuǎn)移甚至預(yù)后[14,15]。有研究發(fā)現(xiàn)DSCAM-AS1在多種雌激素受體陽性的乳腺癌細(xì)胞中高表達(dá),且雌激素誘導(dǎo)下ER可以結(jié)合在DSCAM-AS1啟動子區(qū)域,導(dǎo)致DSCAM-AS1表達(dá)升高,證明DSCAM-AS1與ER存在相關(guān)性[16]。何玉峰等[17]研究發(fā)現(xiàn),乳腺癌骨轉(zhuǎn)移患者雌激素受體、孕激素受體及人類表皮生長因子受體2的表達(dá)可應(yīng)用于預(yù)測乳腺癌骨轉(zhuǎn)移,同時單純ER陽性的乳腺癌患者,相比較其他分子表型,最容易發(fā)生單純骨轉(zhuǎn)移,提示ER表達(dá)水平在乳腺癌的進(jìn)展轉(zhuǎn)移中起重要的作用。

        有研究表明,高表達(dá)的DSCAM-AS1能夠作為一個獨(dú)立的預(yù)后不良因素,通過調(diào)控細(xì)胞周期的生長或停滯影響luminal型乳腺癌的內(nèi)分泌治療,影響患者的無病生存期[18]。它還能通過CeRNA機(jī)制促進(jìn)細(xì)胞增殖,增加乳腺癌對他莫昔芬耐藥[19]。因此,DSCAM-AS1可能在雌激素受體陽性的乳腺癌患者中,發(fā)揮著影響乳腺癌的進(jìn)展及轉(zhuǎn)移的重要作用,筆者通過生物信息學(xué)分析DSCAM-AS1的表達(dá)水平對乳腺癌患者總體生存率的影響,筆者發(fā)現(xiàn)高表達(dá)的DSCAM-AS1降低了ER陽性乳腺癌患者的生存率。本研究通過ROC曲線評價DSCAM-AS1針對乳腺癌的效能,筆者發(fā)現(xiàn)組織中DSCAM-AS1的表達(dá)水平在乳腺癌診斷中的價值較好,其曲線下面積均>0.5,且特異性較高。

        目前,DSCAM-AS1在腫瘤中的報道較少,尤其在乳腺癌中的作用還未進(jìn)行深入探討,本研究發(fā)現(xiàn)其在乳腺癌組織中呈高表達(dá),且與ER、腫瘤分期呈相關(guān)性,提示DSCAM-AS1在乳腺癌發(fā)生、發(fā)展中起重要作用,并在乳腺癌的診斷上有較高的價值。

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