金海英,王康,嚴(yán)珂爾
(1.復(fù)旦大學(xué),上海 200433;2.寧波海爾施基因科技有限公司,浙江寧波 315040)
Y染色體短串聯(lián)重復(fù)序列(Y-chromosome short tandem repeats,Y-STR)有穩(wěn)定的單倍型父系遺傳,具有顯著的人群及地域分布特征[1]。本文選用SureID?PathFinder Plus擴(kuò)增熒光檢測試劑盒包含的41個(gè)Y-STR基因座,分析廣西壯族群體遺傳多態(tài)性數(shù)據(jù),旨在為法醫(yī)學(xué)應(yīng)用提供基礎(chǔ)群體數(shù)據(jù)。
根據(jù)知情同意原則,本實(shí)驗(yàn)所用的258份血液樣本均采集自廣西地區(qū)壯族男性個(gè)體,以血卡形式保存。SureID?PathFinder Plus擴(kuò)增熒光檢測試劑盒由寧波海爾施基因科技有限公司提供。
9700型PCR、AB 3500基因分析儀、Genemapper ID-X、等位基因頻率調(diào)查數(shù)據(jù)分析軟件由寧波海爾施基因科技有限公司提供。
模板選擇:血卡打孔1 mm孔徑,作為免提取直接擴(kuò)增模板。
PCR擴(kuò)增:參照試劑盒說明書,采用10 μL反應(yīng)體系進(jìn)行擴(kuò)增。
分型檢測:使用AB 3500基因分析儀(美國AB公司)進(jìn)行檢測,將檢測結(jié)果于Genemapper ID-X軟件進(jìn)行分型結(jié)果分析。
數(shù)據(jù)分析:使用等位基因頻率調(diào)查數(shù)據(jù)分析軟件計(jì)算各個(gè)基因座的等位基因頻率,使用直接計(jì)數(shù)法[2],分別按公式1~3計(jì)算基因座基因多樣性(Gene diversity,GD)、單倍型多樣性(Haplotype diversity,HD)和單倍型識(shí)別率(Discriminative capacity,DC)。
式中,N樣本數(shù),Pi為各等位基因頻率。
式中,N為樣本數(shù),Pi為各單倍型頻率。
式中,N為樣本數(shù),Ndiff為單倍型種類數(shù)目。
本實(shí)驗(yàn)對258例廣西地區(qū)壯族男性個(gè)體的41個(gè)Y-STR基因座進(jìn)行了遺傳學(xué)調(diào)查,參考文獻(xiàn)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析[3-7],結(jié)果記錄如下。
(1)41個(gè)Y-STR基因座的等位基因頻率見表1。41個(gè)Y-STR基因座的基因多樣性(GD)見表2,其中GD值最低的為DYS645(0.0384),最高的為DYS527(0.9545)。
(2)41個(gè)Y-STR基因座共同構(gòu)成253種單倍型,其中250種單倍型只出現(xiàn)一次,1種出現(xiàn)四次,2種分別出現(xiàn)兩次,樣本單倍型多樣性值(HD)為0.9989,單倍型識(shí)別率(DC)為0.9806,較高的HD值和DC值意味著更容易區(qū)分隨機(jī)個(gè)體。
表1 41個(gè)Y-STR基因座的等位基因頻率(n=258)
續(xù)表1
續(xù)表1
表2 41個(gè)Y-STR基因座的GD值(n=258)
根據(jù)2010年的人口統(tǒng)計(jì)可得知,全國壯族人口85%以上集中在廣西,選擇廣西壯族人群樣本進(jìn)行Y-STR基因座遺傳多態(tài)性研究具有很好的民族代表性,根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本實(shí)驗(yàn)選擇的41個(gè)Y-STR基因座在廣西壯族人群中有較高的遺傳多態(tài)性,運(yùn)用本實(shí)驗(yàn)中的41個(gè)Y-STR基因座所組成的單倍型進(jìn)行分析,可以對廣西壯族的絕大多數(shù)樣本進(jìn)行區(qū)分,對在廣西壯族地區(qū)運(yùn)用Y染色體進(jìn)行親權(quán)鑒定提供了有力的計(jì)算依據(jù),對法醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)具有重要的應(yīng)用價(jià)值。