胡媛媛,姚 波
重慶科技學(xué)院化學(xué)化工學(xué)院;工業(yè)發(fā)酵微生物重慶市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(重慶科技學(xué)院),重慶 401331
近年來(lái),由于醫(yī)藥、食品和農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域中抗生素的過(guò)度使用和誤用,致使細(xì)菌耐藥性和食品藥物殘留等問(wèn)題日益突出。據(jù)統(tǒng)計(jì),若2014 到2050年間不采取任何措施來(lái)解決抗生素濫用和細(xì)菌耐藥性發(fā)展的趨勢(shì),估計(jì)有3 億人會(huì)因抗藥性而過(guò)早死亡,導(dǎo)致60~100 萬(wàn)億美元的經(jīng)濟(jì)損失[1]。由于耐藥病原體的數(shù)量逐漸增多,迫切需要新的抗菌藥代替現(xiàn)有抗生素??咕模╝ntimicrobial peptides,AMPs)作為防御微生物的有效武器,因其廣譜的抗菌活性、獨(dú)特的作用機(jī)制和罕見(jiàn)的抗生素抗性變體(antibiotic-resistant variants)特性而備受關(guān)注(見(jiàn)圖1)。AMPs 是細(xì)菌、昆蟲(chóng)、植物和脊椎動(dòng)物等幾乎所有生物體先天免疫的一部分,除了抗炎和免疫調(diào)節(jié)特性外,對(duì)細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)、原蟲(chóng)和病毒等具有廣譜抗菌活性,且對(duì)癌細(xì)胞具有細(xì)胞毒性。近些年,AMPs 在治療皮膚感染、血管生成、炎癥反應(yīng)、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、創(chuàng)面愈合、局部和全身適應(yīng)癥方面的研究取得了實(shí)質(zhì)性進(jìn)展[2-4]。
AMPs 最先發(fā)現(xiàn)于1939 年,研究人員從芽孢桿菌(Bacillus brevis)中提取了克拉霉素(短桿菌肽Gramcidin),然后在1981 年分離出天蠶素(Cecropin)和Magainin[2]。脊椎動(dòng)物抗菌肽最早于20 世紀(jì)80 年代中期在兩棲動(dòng)物、人和家兔中發(fā)現(xiàn),魚(yú)類AMPs 雖在同一時(shí)期被發(fā)現(xiàn),但卻直到1996 年才首次檢測(cè)到其具有抗菌活性[5]。
AMPs 通常被認(rèn)為是先天免疫的重要組成部分,是抵御多種病原體的第一道防線。AMPs 的二級(jí)結(jié)構(gòu)是它攻擊病原菌的關(guān)鍵因素,其二級(jí)結(jié)構(gòu)可大致分為4 類,其中有α-螺旋,含2 個(gè)或多個(gè)二硫鍵的β-直鏈,存在單個(gè)二硫鍵和或肽鏈環(huán)化β-折疊,伸展的肽鏈。AMPs 都是陽(yáng)離子型或兩親性的,大多數(shù)AMPs 都能破壞細(xì)菌細(xì)胞膜,使內(nèi)容物泄漏,出現(xiàn)空泡化。AMPs 通過(guò)破壞細(xì)胞膜迅速殺死入侵的病原體,使病原體很難產(chǎn)生耐藥性。AMPs 能夠與細(xì)菌DNA、RNA 結(jié)合來(lái)抑制蛋白質(zhì)合成,并導(dǎo)致細(xì)菌死亡。某些AMPs 可以通過(guò)抑制細(xì)胞的呼吸作用和與細(xì)菌的熱休克蛋白結(jié)合發(fā)揮抗菌活性[3]。
魚(yú)類經(jīng)常受到各種病原體的挑戰(zhàn),這些病原體不僅對(duì)魚(yú)類的健康有害,且增加了它們對(duì)傳統(tǒng)抗生素產(chǎn)生耐藥性的風(fēng)險(xiǎn)。由于魚(yú)類更依賴先天免疫,所以魚(yú)類AMPs 可以作為潛在的防御武器對(duì)抗新出現(xiàn)的毀滅性感染性疾?。?]。本文對(duì)魚(yú)類AMPs 的分類、結(jié)構(gòu)特征、抗菌譜及作用機(jī)制、分子設(shè)計(jì)等研究進(jìn)展進(jìn)行綜述,以期為更好地將其用于漁業(yè)生產(chǎn)和防病治病,開(kāi)發(fā)綠色環(huán)保養(yǎng)殖技術(shù),促進(jìn)養(yǎng)殖漁業(yè)健康可持續(xù)發(fā)展。
AMPs 是一大類具有獨(dú)特結(jié)構(gòu)的生物分子,通常含有12 到50 個(gè)氨基酸殘基,由于分子中包含2個(gè)或者更多的帶正電的氨基酸殘基,如精氨酸、賴氨酸,或者在酸性環(huán)境中的組氨酸,且疏水結(jié)構(gòu)域一般超過(guò)50%,可以基于其氨基酸組成和結(jié)構(gòu)進(jìn)行分類[7],根據(jù)已知魚(yú)類AMPs 的分類、結(jié)構(gòu)特征、表達(dá)部位等信息見(jiàn)表1,按照不同類型AMPs 抗菌譜整理成表2。
Piscidin 含18~26 個(gè)氨基酸,呈α-螺旋,具有高度保守的氨基末端,富含組氨酸和苯丙氨酸。首次于雜交條紋鱸魚(yú)[hybrid striped bass(Morone saxatilis×M.chrysops)]的肥大細(xì)胞中分離得到,Piscidin 具抗真菌、抗寄生蟲(chóng)和抗病毒活性[8-9]。此外,在同一物種中還發(fā)現(xiàn)了多種Piscidin 亞型,主要在鰓、皮膚和腸中表達(dá),也在頭、腎和脾中表達(dá)[5,10]。
Defensin 由18~45 個(gè)氨基酸組成,含6~8 個(gè)保守的半胱氨酸,對(duì)細(xì)菌、真菌和許多包膜病毒和非包膜病毒都有一定的抗菌活性,根據(jù)半胱氨酸形成二硫鍵的配對(duì)和定位不同將其分為α-,β-,θ-Defensin 3 類[11]。目前已發(fā)現(xiàn)該抗菌肽的4 個(gè)基因和5 個(gè)亞型,主要在頭、肝、眼、性腺、肌肉和皮膚等部位表達(dá)[5,12]。
圖1 抗菌肽作用機(jī)制模式圖[3]Fig.1 Action mechanism diagram of antimicrobial peptides[3]
Hepcidin 的前肽含有85 個(gè)氨基酸殘基,由3 個(gè)部分組成:信號(hào)肽(24 個(gè)氨基酸)、前肽(40 個(gè)氨基酸)和成熟肽(21 個(gè)氨基酸),該基因有2 個(gè)內(nèi)含子和3 個(gè)外顯子[13],主要在肝臟中表達(dá)。Hepcidin 作用廣泛,對(duì)革蘭氏陰性細(xì)菌和革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌均有活性,具有抗病毒、抗寄生蟲(chóng)、免疫調(diào)節(jié)、抑制真菌和酵母生長(zhǎng)等作用[13-14]。同時(shí),Hepcidin 作為鐵調(diào)節(jié)激素,還控制巨噬細(xì)胞和肝細(xì)胞的鐵釋放,限制鐵釋放到血漿中的量[15]。
Cathelicidin 含12~80 個(gè)氨基酸不等,其中由23~37 個(gè)氨基酸組成的肽呈線性肽鏈,折疊形成兩親性的α-螺旋;12~18 個(gè)氨基酸的肽鏈形成具有二硫鍵的β-發(fā)夾結(jié)構(gòu);39~80 個(gè)氨基酸組成的肽鏈顯示重復(fù)的脯氨酸基序,形成擴(kuò)展的多脯氨酸型結(jié)構(gòu)[16]。Cathelicidin 對(duì)細(xì)菌、原生動(dòng)物、真菌和病毒都有一定的抑制作用,在鰓、頭腎、腸道、皮膚和脾等部位表達(dá)[16-18]。
Cathelicidin 首次在脊椎動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)是從大西洋海鰻(Myxine glutinosa)的腸道中分離出了3 種有效抗菌肽(HFIAP-1,-2 和-3),然后在被細(xì)菌感染的虹鱒(Oncorhynchus mykiss)中也發(fā)現(xiàn)了Cathelicidin 的表達(dá)[18]。
Pardaxin 含33 個(gè)氨基酸殘基,是從紅海比目魚(yú)(Pardachirus marmoratus)的毒液中分離出來(lái)的多肽神經(jīng)毒素,具有螺旋-鉸鏈-螺旋結(jié)構(gòu)??赏ㄟ^(guò)裂解細(xì)菌壁來(lái)抑制細(xì)菌生長(zhǎng),此外,還能抑制腫瘤細(xì)胞系的增殖,誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡[19-20]。
表1 已知來(lái)源于魚(yú)類的抗菌肽Tab.1 List of known antimicrobial peptides from fish
續(xù)表1
表2 抗菌肽的抗菌譜Tab.2 Antibacterial spectra of AMPs
AMPs 的陽(yáng)離子性質(zhì)使其能夠通過(guò)靜電吸引與微生物相結(jié)合,或者在吞噬細(xì)胞攝取微生物后增強(qiáng)其殺滅作用。當(dāng)AMPs 在微生物表面積累達(dá)到臨界濃度時(shí),其疏水面在微生物細(xì)胞質(zhì)膜內(nèi)滲透和組裝形成離子通道或水孔,導(dǎo)致微生物低滲透裂解死亡[36]。
Lee 等[37]測(cè)試AMPs 抗菌活性的實(shí)驗(yàn)中,天蠶素樣肽C 端含有疏水性螺旋,對(duì)革蘭氏陰性菌有很高的抗菌活性。Papiliocin 對(duì)革蘭氏陰性菌的抗菌活性與天蠶素A 相似。然而,Papiliocin 在N-端螺旋中的凈電荷為+6,而天蠶素A 為+5。因此,作者推測(cè)Papiliocin 含陽(yáng)離子度更高是Papiliocin 對(duì)革蘭氏陽(yáng)性菌的抗菌活性高于天蠶素A 的潛在原因。魏曉曉等[38]設(shè)計(jì)將牛血紅蛋白源AMPs 的第1、2 位的Val和Asp 都替換為Arg 后合成多肽,發(fā)現(xiàn)合成肽的靜電荷比原AMPs 凈電荷數(shù)多2,其抑菌活性比原AMPs 的高,對(duì)紅細(xì)胞的滲透脆性影響很小,有較高的安全性。
適當(dāng)?shù)氖杷钥墒闺膶?duì)帶電膜和中性膜的親和力增加[39]。Chen 等[40]通過(guò)用疏水性較弱的丙氨酸取代亮氨基或用亮氨酸殘基取代丙氨酸殘基,系統(tǒng)性地降低或增加疏水性,發(fā)現(xiàn)處于疏水性臨界值時(shí)抗菌活性最強(qiáng)。在臨界值的一定范圍內(nèi)增強(qiáng)疏水性可提高抗菌能力,但超過(guò)或者低于該范圍都會(huì)使抗菌活性顯著降低。郝剛[41]在BF2-A 第10 位精氨酸上接入序列RLLR 并用亮氨酸取代第8 位上的纈氨酸,設(shè)計(jì)合成了一個(gè)新肽BF2-X。與BF2-A 相比,BF2-X 的螺旋度與正電荷增加,疏水性比例提高,C-端兩親性增強(qiáng)。在抗菌活性測(cè)試中,BF2-X 對(duì)大腸桿菌和金葡菌的抗菌活性是BF2-A 的兩倍,且殺菌比BF2-A 更為快速。
AMPs 具有豐富的二級(jí)結(jié)構(gòu),包括由2~3 個(gè)二硫鍵形成穩(wěn)定的β-折疊、兩親性α-螺旋結(jié)構(gòu)、環(huán)化肽和帶有1~2 個(gè)氨基酸殘基的延伸肽鏈,通過(guò)調(diào)整肽的結(jié)構(gòu)可適當(dāng)?shù)靥岣呖咕钚裕?](見(jiàn)圖2)。Wang 等[42]為研究AMPs polybia-MPI 結(jié)構(gòu)與活性的關(guān)系,設(shè)計(jì)并合成了由L-Pro 分別取代Leu7,Ala8和Asp9的三種類似物。Leu7和Asp9的L-Pro 取代物α-螺旋構(gòu)象的含量降低,Ala8 的L-Pro 取代物徹底破壞了α-螺旋構(gòu)象。L-Pro 取代物抗腫瘤活性顯著降低,表明polybia-MPI 的α-螺旋構(gòu)象對(duì)抗腫瘤活性十分重要。
圖2 抗菌肽二級(jí)結(jié)構(gòu)破壞細(xì)菌模式圖Fig.2 Schematic diagrams of disruption of secondary structure of AMPs to bacteria
二硫鍵是比較穩(wěn)定的共價(jià)鍵,其形成和還原是局部的、兩態(tài)的,在結(jié)構(gòu)上有明顯變化。二硫化物是穩(wěn)定的共價(jià)中間體,其結(jié)構(gòu)可以表征和分離[43]。Bai 等[44]對(duì)防御素活性與結(jié)構(gòu)研究中發(fā)現(xiàn),天然二硫鍵在進(jìn)化中是保守的,雖然對(duì)防御素抗菌作用影響不大,但是有助于肽結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性和趨化活性。同時(shí),在其他抗微生物肽中也有類似發(fā)現(xiàn),如Tachyplesin 和polyphemusins 等。Lee 等[45]采用酶解和質(zhì)譜分析相結(jié)合的方法確定了Coprisin的二硫鍵對(duì),發(fā)現(xiàn)消除Coprisin 中任何一對(duì)二硫鍵,其抗菌活性都將消失,但抗真菌活性存在。通過(guò)圓二色譜(CD)分析表明,Coprisin 的2 個(gè)二硫鍵Cys20-Cys39 和Cys24-Cys41 穩(wěn)定Coprisin 的α-螺旋區(qū),從而影響其抗菌活性和穩(wěn)定性。
在擴(kuò)大AMPs 抗菌譜的研究中,構(gòu)建雜合AMPs 是目前應(yīng)用比較廣泛的技術(shù)(見(jiàn)圖3)。Wang 等[46]利用基因拼接技術(shù)將Attacin 和Thanatin構(gòu)建成雜合肽Attacin-Thanatin,插入質(zhì)粒pET-32a(+)中,并在大腸桿菌Rosetta 中誘導(dǎo)表達(dá)。生物活性檢測(cè)表明,該肽能有效抑制大腸桿菌、沙門(mén)氏菌和金黃色葡萄球菌等的生長(zhǎng),且雜合肽對(duì)測(cè)試細(xì)菌的抗菌活性略高于單一的AttacinAMPs,對(duì)豬紅細(xì)胞幾乎沒(méi)有毒性。張宏剛等[47]采用重疊延伸技術(shù)合成抗菌肽Melitti 和Mytilin-B 的功能序列,得到雜合AMPs Mel-MytB(MEM)。對(duì)其表達(dá)產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)定,雜合肽具有廣譜抗菌活性,對(duì)革蘭氏陰性菌和陽(yáng)性菌都有較強(qiáng)的抑菌活性,同時(shí)具有熱穩(wěn)定性和酸穩(wěn)定性的特點(diǎn)。
圖3 AMPs 雜合擴(kuò)大抗菌譜模式圖Fig.3 Schematic diagrams of broadening of antimicrobial spectra of AMPs by hybrid
AMPs 數(shù)據(jù)庫(kù)篩選與計(jì)算機(jī)分子設(shè)計(jì)為擴(kuò)大AMPs 的抗菌譜提供了新的思路。中東呼吸綜合征(MERS-CoV)在目前尚無(wú)有效的治療手段,Mustafa 等[48]通過(guò)對(duì)MERS-CoV 的刺突蛋白進(jìn)行計(jì)算機(jī)對(duì)接研究,根據(jù)特定的理化性質(zhì)從AMPs 數(shù)據(jù)庫(kù)(APD3)中檢索篩選出合適的AMPs;利用Piper 技術(shù),通過(guò)蛋白質(zhì)-肽對(duì)接過(guò)程中形成的簇?cái)?shù)來(lái)測(cè)量肽的結(jié)合模式。從而得到可能與MERS-CoV 的刺突蛋白結(jié)合的AMPs 分子,這些AMPs 可能在發(fā)揮抑制作用方面至關(guān)重要。通過(guò)對(duì)208 個(gè)聚類大小的分析,得到7 個(gè)具有良好結(jié)合分?jǐn)?shù)的假定肽。
在分離、純化等過(guò)程中,分子量小且表達(dá)產(chǎn)物穩(wěn)定性不高的AMPs 易受蛋白酶的影響而降解,多肽固有的代謝降解不穩(wěn)定性是將肽類藥物推向市場(chǎng)的一大難題[49]。殘基取代這一改造方法可顯著地提高AMPs 的穩(wěn)定性。在Adam 等[50]的研究中,EFK17 是取自LL-37 具有抑菌活性的肽段。在其蛋白酶切割位點(diǎn)用d-對(duì)映體或色氨酸取代,且在末端酰胺化和乙?;玫紼FK17 的變體。在酶反應(yīng)條件下,LL-7 及EFK17 只有不到20%的肽段未被消化,而被d-對(duì)映體取代的EFK17 同源物未顯示任何明顯的蛋白水解跡象。截?cái)嘁彩翘岣叨嚯乃夥€(wěn)定性的一種途徑。
AMPs 的抗菌活性與其抑制或殺滅病原微生物的能力緊密相關(guān),宋雪瑩等[51]截取Lactoferricin B AMPs 前15 個(gè)氨基酸,截取多肽與Lactoferricin B有相同的抗菌活性,經(jīng)一系列設(shè)計(jì)連接,合成牛乳鐵蛋白素-天蠶素(Lactoferricin B-Cecropin)。抑菌活性試驗(yàn)表明設(shè)計(jì)的雜合肽Lactoferricin B-Cecropin 具有更明顯的抗菌活性,且在抑菌濃度范圍內(nèi)幾乎無(wú)溶血作用。Kim 等[52]合成的雜合AMPs HP-ma 的抑菌活性是HP 和Magainin 的2-32 倍,HP-MA 對(duì)囊泡裂解比HP 和Magainin 更有效。熒光各向異性法檢測(cè)結(jié)果表明HP-MA 比Magainin 具有更大的膜裂解活性。
AMPs 在細(xì)菌感染等潛在臨床治療中仍存在許多缺點(diǎn),將其與商業(yè)抗生素結(jié)合使用或許是有效的解決途徑之一。Arenas 等[53]采用化學(xué)合成了4 種AMPs,分別為Pin2[G]、Pin2、P18K 和FA1。4種AMPs 對(duì)單一的微生物具有很好的抑制效果,肽FA1 對(duì)銅綠假單胞菌抑菌效力最大,Pin2[G]抗金黃色葡萄球菌活性最好。為得到抗菌效果最佳的AMPs,將AMPs 與8 種商用抗生素(阿莫西林、阿奇霉素、頭孢曲松、慶大霉素、左氧氟沙星、磺胺甲惡唑、甲氧芐啶和萬(wàn)古霉素)組合。根據(jù)分級(jí)抑菌濃度指數(shù),F(xiàn)A1 與左氧氟沙星和磺胺甲惡唑的組合具有最佳的抗菌效果;FA1 或Pin2[G]與其他抗生素的組合表明,這些組合的總抑制作用大于AMPs或抗生素單獨(dú)作用的總和。
在開(kāi)發(fā)AMPs 類藥物過(guò)程中,AMPs 具備天然的優(yōu)良特性,但也存在一定的缺點(diǎn),除了抗菌活性低外,部分AMPs 對(duì)細(xì)胞還有毒性的影響。Van Dijk 等[54]研究了Cathelicidin 類AMPs 鉸鏈區(qū)的氨基酸被取代后對(duì)細(xì)胞毒性的影響,發(fā)現(xiàn)雞紅細(xì)胞在含40 μmol/L 的CATH-2 條件下有26%的細(xì)胞被裂解。在相同濃度下,甘氨酸取代脯氨酸后的肽引起的溶血減少至10%,而被亮氨酸取代的肽沒(méi)有導(dǎo)致溶血現(xiàn)象。
Nagarajan 等[55]使用最大共同子圖法(maximum common subgraph approach)設(shè)計(jì)了AMPs,通過(guò)優(yōu)化現(xiàn)有子圖形的疊加來(lái)生成新的圖形,以便在新設(shè)計(jì)中表示最多的數(shù)據(jù)庫(kù)子圖形。設(shè)計(jì)得到的最優(yōu)肽為Ω76,重復(fù)使用亞致死劑量Ω76 處理的小鼠未顯示出慢性毒性的跡象;且在小鼠中對(duì)碳青霉烯(Carbapenem)和替加環(huán)素耐藥的鮑曼不動(dòng)桿菌(tigecycline-resistant Acinetobacter baumannii)表現(xiàn)出較高效力;與亞致死粘菌素劑量同時(shí)使用的亞致死W76 劑量,無(wú)附加毒性。這些結(jié)果表明Ω76 具有潛在的補(bǔ)充或替代粘菌素的作用,特別是在腎毒性方面。
AMPs 是非常具有潛力的能代替抗生素的蛋白類物質(zhì),但在作為臨床藥物的開(kāi)發(fā)過(guò)程中存在許多問(wèn)題亟需解決,首先AMPs 類藥物產(chǎn)量低,生產(chǎn)成本高;其次是分子機(jī)制和作用機(jī)理尚不明確,限制了其作為藥物在臨床的安全使用;第三,兼具高抗菌活性、廣抗菌譜和低毒性等優(yōu)點(diǎn)的新型AMPs 還有待進(jìn)一步研究。未來(lái)在以下方面著力有望加速AMPs 在生產(chǎn)實(shí)踐中的應(yīng)用。
研究表明[56],固定化抗體技術(shù)通過(guò)以一種正確的空間取向?qū)⒖贵w固定到固相表面,在完全保留抗體構(gòu)象和活性的同時(shí)最大化抗體的結(jié)合能力,展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。AMPs 具有廣譜活性、快速殺菌、生物相容性好和耐藥能力強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),是一種極具應(yīng)用前景的固定化材料。開(kāi)展AMPs 表面固定化技術(shù)研究,將其固定在生物膜表面,可以較傳統(tǒng)技術(shù)延長(zhǎng)其作用時(shí)間和維持有效的作用濃度,也有利于可聚合陽(yáng)離子(Abominable polycation)的生物相容性問(wèn)題。同時(shí),固定化肽可以以多種方式影響細(xì)菌細(xì)胞,從基因組重編程(genome reprogramming)到細(xì)菌死亡。提高對(duì)固定化AMPs 抗菌效果及作用機(jī)制的研究,對(duì)優(yōu)化固定化AMP 具有指導(dǎo)意義,并為AMPs 抗耐藥性的發(fā)展提供新的思路。
緩釋制劑能在長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)持續(xù)放藥達(dá)到長(zhǎng)效作用,控釋制劑能在預(yù)定的時(shí)間內(nèi)使藥物按照預(yù)定的速度釋放,血藥濃度可長(zhǎng)時(shí)間維持在有效濃度范圍之內(nèi)。目前,AMPs 類藥物存在用藥穩(wěn)定性的問(wèn)題,因而無(wú)法掌握藥物劑量的使用。將AMPs 藥物與緩控釋技術(shù)相結(jié)合,可使抗菌藥物持續(xù)釋放,以此調(diào)節(jié)宿主的免疫反應(yīng),并大大降低手術(shù)和受傷后獲得性感染的發(fā)生率。同時(shí),這種方法可能潛在地減少對(duì)抗生素耐藥性的發(fā)展。近年來(lái),使用納米包封技術(shù)治療性抗感染創(chuàng)面敷料的研究體系逐漸形成,研究人員基于誘導(dǎo)AMPs 基因表達(dá)和納米纖維包封技術(shù)的研究,提高了宿主免疫反應(yīng),可從許多方面攻擊病原體而不是像傳統(tǒng)抗生素那樣的單一,從而限制了抗性細(xì)菌的選擇。
但是迄今為止,很少有研究考察由納米材料形成的免疫調(diào)節(jié)化合物的包封性在誘導(dǎo)AMPs 生產(chǎn)中的作用。展望未來(lái),需要多學(xué)科團(tuán)隊(duì)利用體外和體內(nèi)模型進(jìn)行臨床前研究,研究多種免疫調(diào)節(jié)劑聯(lián)合應(yīng)用于抗菌藥物生產(chǎn),重要的是還需要進(jìn)一步的研究來(lái)優(yōu)化化合物的包封和釋放。
隨著計(jì)算機(jī)和大數(shù)據(jù)科學(xué)的發(fā)展,以機(jī)器學(xué)習(xí)為代表的人工智能技術(shù)在分子設(shè)計(jì)和分子改造中的應(yīng)用越來(lái)越廣泛,并日益突出其相對(duì)于傳統(tǒng)分子設(shè)計(jì)方法的準(zhǔn)確高效的優(yōu)勢(shì)。機(jī)器學(xué)習(xí)的核心在于系統(tǒng)計(jì)算法,用計(jì)算的方法來(lái)模擬人類的學(xué)習(xí)行為——從歷史經(jīng)驗(yàn)中獲取規(guī)律(或模型),并將其應(yīng)用到新的類似場(chǎng)景中,其優(yōu)點(diǎn)可以概括為大數(shù)據(jù)、大模型、大計(jì)算。在大數(shù)據(jù)方面,運(yùn)用基因組、宏基因組、蛋白質(zhì)組、代謝組學(xué)和抗菌譜研究數(shù)據(jù),開(kāi)展AMPs 基因、蛋白質(zhì)分子與抗菌譜關(guān)聯(lián)分析,從海量數(shù)據(jù)中獲取候選分子關(guān)鍵信息;在大模型方面,基于細(xì)菌、病毒和腫瘤細(xì)胞生物膜的結(jié)構(gòu)特征,建立膜-AMPs,AMPs-受體蛋白互作模型,開(kāi)展分子動(dòng)力學(xué)研究;在大計(jì)算方面,可以綜合考慮多物種的AMPs、受體分子和生理環(huán)境(pH 值、滲透壓、離子強(qiáng)度等)因素,模擬在體作用機(jī)制。
可以預(yù)見(jiàn),隨著大規(guī)模分子篩選、人工智能及合成生物學(xué)等新技術(shù)的不斷進(jìn)步,AMPs 應(yīng)用于臨床,在更大范圍和更深廣度上代替抗生素的時(shí)間不會(huì)遙遠(yuǎn),人類也會(huì)得到更安全更環(huán)保的優(yōu)質(zhì)水產(chǎn)品。