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        NUDT15 基因多態(tài)性與云南省彝族兒童急性淋巴細(xì)胞白血病相關(guān)性研究

        2020-03-21 12:12:44楊春會(huì)段紹琴崔婷婷林云碧宋春艷雷慶齡桑寶華呂瑜馮俊田新
        安徽醫(yī)藥 2020年3期
        關(guān)鍵詞:彝族骨髓基因型

        楊春會(huì),段紹琴,崔婷婷,林云碧,宋春艷,雷慶齡,桑寶華,呂瑜,馮俊,田新

        急性淋巴細(xì)胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)是B系或T系淋巴細(xì)胞在骨髓內(nèi)異常增生的惡性腫瘤性疾病。在第八版兒科學(xué)中指出,ALL在我國(guó)小兒惡性腫瘤中是最常見(jiàn)的,不到10歲的小兒白血病的發(fā)生率為3/10 萬(wàn)~4/10 萬(wàn),發(fā)病高峰期是2~5 歲,且男性發(fā)病率高于女性[1]。ALL 兒童在出生時(shí)的免疫功能是不同的,對(duì)感染的反應(yīng)也是異常的[2]。ALL 的治愈率越來(lái)越高,但是大約有15%~25%的病人痊愈后會(huì)復(fù)發(fā)[3],這也是復(fù)發(fā)兒童死亡的原因之一。另外,由于化療或藥物耐藥性,部分ALL病人在治療的過(guò)程中出現(xiàn)毒性反應(yīng),導(dǎo)致不良后果[4]。

        ALL 維持治療階段,運(yùn)用最多的核酸酶類(lèi)似物藥物為巰基嘌呤(6-MP)[5]。6-MP已被用于治療多種兒童自身免疫性疾病,如炎癥性腸?。?]和某些白血?。?]。中斷6-MP 的維持治療會(huì)導(dǎo)致復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的增加[8],適當(dāng)劑量的6-MP可顯著提高ALL病人的生存率,但是劑量大的6-MP會(huì)引發(fā)骨髓抑制現(xiàn)象[9]。因此,臨床上合理的調(diào)整6-MP用藥劑量很重要。有人提出運(yùn)用磁性分子印跡納米顆粒聚合物來(lái)提取和測(cè)定人血漿中6-MP及其活性代謝產(chǎn)物的濃度,這對(duì)6-MP治療ALL的臨床使用劑量有很好的指導(dǎo)作用[10]。

        NUDT15等位基因的變異與ALL的發(fā)生發(fā)展有密切的關(guān)系。NUDT15基因的遺傳變異影響藥物的水解作用,因此增加了對(duì)藥物毒性的敏感性[11]。在日本7歲以下具有NUDT15等位基因變異的ALL病人中,6-MP的平均給藥劑量低于野生型純合等位基因的病人。Cheng等[12]提出,低劑量的6-MP維持治療可引起NUDT15純合突變體(TT基因型)ALL病人的造血毒性。NUDT15 rs116855232(c.415C>T)變異是白細(xì)胞減少癥的預(yù)測(cè)因子,也是中國(guó)ALL兒童6-MP耐受的最佳預(yù)測(cè)因子[9]。但是,NUDT15變異與云南省彝族ALL兒童是否有關(guān)聯(lián)仍是未知,因此,本研究的主要目的是確定云南省彝族ALL 兒童病人中NUDT15變異的頻率,并確認(rèn)其關(guān)聯(lián)性。此外,確定NUDT15變異與6-MP敏感性和毒性的關(guān)聯(lián)性。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 主要試劑 TIANquick Midi Purification KiT(北京TIANGEN 生產(chǎn),貨號(hào):DP204-02),DNeasy Blood&Tissue KiT(德國(guó)QIAGEN生產(chǎn),貨號(hào):69504),2×Taq PCR MasterMix 2%(北京TIANGEN 生產(chǎn),貨號(hào):MT201-01),5×TBE Buffer(北京TIANGEN生產(chǎn),貨號(hào):RT205),電泳相關(guān)試劑(北京TIANGEN生產(chǎn))。

        1.1.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器 主要的實(shí)驗(yàn)儀器有PCR 擴(kuò)增儀(美國(guó)BIO-RAD公司,型號(hào):T100),基因測(cè)序儀(美國(guó)ABI 公司,型號(hào):ABI-3130xl),凝膠成像系統(tǒng)EC3(美國(guó)UVP 公司,型號(hào):EC3 Imaging System),紫外分光光度計(jì)(美國(guó)Beckman公司)。

        1.2 樣本采集及儲(chǔ)存 本研究符合《世界醫(yī)學(xué)協(xié)會(huì)赫爾辛基宣言》相關(guān)要求。選取標(biāo)準(zhǔn):(1)參照中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)分會(huì)血液學(xué)組制定的兒童ALL 診療建議確診[13];(2)監(jiān)護(hù)人自愿參與此次研究。健康兒童以3代以上無(wú)血緣關(guān)系的在昆明醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院體檢健康兒童作為研究對(duì)象,ALL 病兒來(lái)自昆明醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院200例病兒。所有參與此次研究的健康體檢者及200 例病兒均于2017年1月至2018年9月期間收錄在昆明醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院,并記錄了研究對(duì)象的性別、年齡,民族、身份證信息。此次研究從健康體檢者組及病兒組各按抽簽法隨機(jī)選取50例漢族健康兒童、彝族健康兒童和彝族初發(fā)的ALL 病兒(1~16 歲)的外周靜脈全血樣本。每個(gè)研究對(duì)象抽取3 mL外周血,然后輕輕搖動(dòng)真空采血管,使血樣本與管內(nèi)的抗凝劑充分混勻,編號(hào)后置于-80 ℃超低溫冰箱里儲(chǔ)存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3 DNA 提取 提取過(guò)程按照DNeasy? Blood&Tissue KiT使用說(shuō)明書(shū)操作,然后將提取得到的基因組DNA收集于離心管中,置于-20 ℃凍存?zhèn)溆谩?/p>

        1.4 DNA樣本的檢測(cè) 取出凍存的DNA樣本于碎冰中解凍,然后通過(guò)紫外分光光度計(jì)檢測(cè)DNA樣本純度,DNA 純度=OD260/OD280(OD 為被檢測(cè)物吸收掉的光密度,即吸光度;OD260/OD280比值指260 nm和280 nm下吸光度比值),當(dāng)OD260/OD280結(jié)果顯示大于2.0,表示樣本中可能有DNA降解為RNA;當(dāng)OD260/OD280 結(jié)果顯示小于1.8 時(shí),表示樣本中蛋白質(zhì)含量較高;當(dāng)OD260/OD280結(jié)果顯示介于1.8~2.0,表示DNA較純,其純度合格,可用于測(cè)序。

        1.5 NUDT15 基因1-3 號(hào)外顯子進(jìn)行PCR 擴(kuò)增運(yùn)用Primer5 在線軟件設(shè)計(jì)PCR 擴(kuò)增引物,NUDT15外顯子(Exon)1 的引物序列:正向?yàn)?′-CAAAGCACAACTGTAAGCGACT -3′,反向?yàn)?5′ -GAAAGACCCAGCTAGCAAAGAC-3’;Exon3 的引物序列:正向?yàn)?′-AAGCAAATGCAAAGCATCAC-3′,反 向 為5′ -GGCTGAAAGAGTGGGGGATA -3′ 。NUDT15 Exon1 PCR 反應(yīng)體系為25 μL,包含2×GC Buffer 12.5 μL,dNTP Mixture 4 μL,LA Taq 酶0.25 μL,正向引物(20 μmol/L)0.5 μL,反向引物(20 μmol/L)0.5 μL,DEPC水6.25 μL,DNA模板1 μL(約100 ng),擴(kuò)增條件是94 ℃3 min;94 ℃30 s,64 ℃30 s,72 ℃1 min,循環(huán)36次;再延伸72 ℃5 min。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后送往上海生工生物公司進(jìn)行測(cè)序。NUDT15 Exon3 PCR 反應(yīng)體系為25 μL,包含10×Buffer 12.5 μL,dNTP Mixture 2 μL,rTaq 酶0.125 μL,正向引物(20 μmol/L)0.5 μL,反向引物(20 μmol/L)0.5 μL,DEPC 水18.375 μL,DNA 模板1 μL(約100 ng),擴(kuò)增條件是98 ℃1 min;98 ℃10 s,55 ℃30 s,72 ℃1 min,循環(huán)36次;再延伸72 ℃5 min。

        1.6 PCR 產(chǎn)物提純 取5 μL PCR 產(chǎn)物于八連管中,加入1 U 蝦堿酶(SAP)及6 U 核酸外切酶I(Exo I),混勻;37 ℃孵化15 min;80 ℃孵化15 min;置于25 ℃(室溫);吸取10 μL PCR 產(chǎn)物,加入2 μL 的溴酚藍(lán),徹底混合后添加1.2%的瓊脂糖凝膠至加樣孔中,進(jìn)行電泳,電泳時(shí)間為40~50 min,電壓為恒壓100 V,電泳結(jié)束后取出膠板,運(yùn)用凝膠成像系統(tǒng)進(jìn)行結(jié)果的觀察。

        1.7 DNA測(cè)序 測(cè)序引物序列[14]:Exon1的引物序列為5′-CAAAGCACAACTGTAAGCGACT-3′,Exon3的引物序列為5′-AAGCAAATGCAAAGCATCAC-3′?;旌戏磻?yīng)液:2 μL Big Dye3.1混合物,2 μL 0.4 μM的測(cè)序引物,1~2 μL純化的PCR產(chǎn)物。反應(yīng)條件:96 ℃1 min;96 ℃10 s,50 ℃5 s,循環(huán)28次;60 ℃4 min。

        1.8 臨床記錄 初發(fā)ALL 病人,采用CCLG-ALL 2008方案(China Children Leukemia Group ALL 2008方案)或CCCG-ALL 2015 方案(China Children Cancer Group ALL 2015 方案),在早期強(qiáng)化、鞏固、延遲強(qiáng)化、維持治療過(guò)程中,均需應(yīng)用6-MP 進(jìn)行治療。在治療的過(guò)程中出現(xiàn)的發(fā)熱、中性粒細(xì)胞減少、白細(xì)胞降低、血小板減少、感染性休克等判斷骨髓抑制,記錄發(fā)生的時(shí)間及程度。

        1.9 數(shù)據(jù)整理與分析 記錄漢族健康兒童、彝族健康兒童及彝族ALL病人的基因測(cè)序結(jié)果,然后在基因測(cè)序儀上對(duì)結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,并運(yùn)用Polyphred軟件進(jìn)行SNP(單核苷酸的多態(tài)性)和突變分析。

        2 結(jié)果

        2.1 150例研究對(duì)象的NUDT15基因1-3號(hào)外顯子基因的Exon2 均未檢測(cè)到 我們對(duì)病人計(jì)劃進(jìn)行每天50 mg/m2的6-MP 治療:當(dāng)白細(xì)胞1.5×109/L~3.0×109/L,中性粒細(xì)胞1.0×109/L~1.5×109/L時(shí),按正常劑量;當(dāng)白細(xì)胞1.0×109/L~1.5×109/L,中性粒細(xì)胞0.5×109/L~1.0×109/L時(shí),6-MP的劑量減半;當(dāng)白細(xì)胞<1×109/L,中性粒細(xì)胞<0.5×109/L,血小板<50×109/L 時(shí),停止6-MP 的治療。我們對(duì)病人采集的外周血進(jìn)行NUDT15基因1-3號(hào)外顯子基因的測(cè)序,結(jié)果發(fā)現(xiàn)這150 例研究對(duì)象的NUDT15 基因1-3 號(hào)外顯子基因的Exon2均未檢測(cè)到。

        2.2 150 例兒童的NUDT15 Exon1 均有2 種變異體 入選的150例來(lái)自云南省兒童年齡均介于1~16歲,對(duì)NUDT15 Exon1 進(jìn)行測(cè)序后發(fā)現(xiàn)所有兒童都有2 種變異體,分別為rs186364861(c.416G>A,編碼p.Arg139His),rs554405994(c.36_37insGGAGTC編碼p.Val18_Val19insGlyVal)(見(jiàn)表1)。其中云南省彝族的健康兒童:男孩有32 例,女孩有18 例,rs186364861 有1 例(男孩),占2%,rs554405994 有11例(7例男孩,4例女孩),占22%,正常無(wú)突變的野生型有38 例,占76.0%。云南省漢族的健康兒童:男孩33 例,女孩17 例,rs186364861 有1 例(男孩),占2%,rs554405994 有6 例(4 例男孩,2 例女孩),占12%,正常無(wú)突變的野生型有43 例,占86%。云南省彝族ALL兒童:rs554405994有8例(3例男孩,5例女孩),占16%,rs186364861 有1 例(女孩),占2%,正常無(wú)突變的野生型有41例,占82%。

        表1 云南省兒童150例NUDT15 Exon1測(cè)序結(jié)果/例

        2.3 NUDT15 各基因型所占比例差異性大 入選的150例兒童的NUDT15 rs116855232等位基因?yàn)門(mén)/C,各基因型所占比例CC>TC>TT,具體的病人數(shù)見(jiàn)表2。云南彝族健康兒童的純合子突變TT 基因型只有1例男孩,其占2%;雜合子突變TC基因型一共有7 例,其中女孩是3 例,男孩4 例,占14%;野生型CC 基因型共有42 例,占84%。云南漢族健康兒童的純合子突變TT基因型共0例,占0%,雜合子突變TC基因型共11(女孩4例,男孩7例)例,占22%,野生型CC 基因型39 例,占78%。云南彝族ALL 兒童的純合子突變TT基因型的是1例女孩,占2%;雜合子突變TC 基因型共有9 例:女孩3 例,男孩6 例,占18%;野生型CC基因型共有40例,占80%。

        表2 云南省兒童150例NUDT15 rs116855232等位基因突變率/例

        2.4 ALL病人在6-MP治療階段,出現(xiàn)不同程度的不良反應(yīng) 不良反應(yīng)有發(fā)熱、白細(xì)胞降低、中性粒細(xì)胞減少、血小板減少、感染性休克等骨髓抑制現(xiàn)象。結(jié)合臨床癥狀,我們發(fā)現(xiàn):ALL 病人在接受6-MP 常規(guī)劑量治療后,存在NUDT15 基因純合突變TT 病人的骨髓抑制現(xiàn)象是最嚴(yán)重的,雜合突變CT病人有中度至重度的骨髓抑制現(xiàn)象,而NUDT15 基因野生型CC病人的骨髓抑制現(xiàn)象是最輕的。

        3 討論

        NUDT15編碼一種Nudix水解酶超家族的酶,是硫嘌呤活化和毒性的負(fù)調(diào)控因子。NUDT15突變會(huì)影響嘌呤類(lèi)似藥物的反應(yīng)[15],導(dǎo)致硫嘌呤代謝不良,并與硫嘌呤誘導(dǎo)的早期白細(xì)胞減少有關(guān)。6-MP與甲氨蝶呤(MTX)的結(jié)合是兒童ALL 維持治療的重要組成部分[16]。但是,治療劑量不合適時(shí)會(huì)引起不良反應(yīng),如骨髓抑制、肝毒性、嘔吐和食欲不振,也會(huì)增加患白血病的風(fēng)險(xiǎn)[17]。在本研究中,病人出現(xiàn)的不良反應(yīng),主要有發(fā)熱、白細(xì)胞降低、中性粒細(xì)胞減少、血小板減少、感染性休克等骨髓抑制現(xiàn)象。為了減少6-MP的不良反應(yīng),對(duì)不同等位基因型的病兒進(jìn)行了劑量的調(diào)整。

        6-MP的毒性與NUDT15遺傳多態(tài)性有關(guān)[17],具有特定等位基因突變的病人需調(diào)整劑量,特別是純合突變基因型的病人。在ALL 治療中,NUDT15 與6-MP聯(lián)合使用會(huì)避免6-MP誘導(dǎo)的白細(xì)胞減少有關(guān)的炎癥性腸病的發(fā)生,這與NUDT15種系變異(如錯(cuò)義SNP:rs116855232,誘導(dǎo)R139C)有關(guān)。這些變異表現(xiàn)出種族特異性,例如,rs116855232 的變異等位基因在東亞和西班牙人中較高,但在高加索和非洲人中較低[18],因此,可通過(guò)整個(gè)基因篩選來(lái)確定硫嘌呤的初始劑量。在本研究中,我們觀察了6-MP的毒性并評(píng)估了云南省彝族兒童6-MP 耐受性與NUDT15 變異之間的依賴關(guān)系。研究對(duì)象均根據(jù)CCLG-ALL 2008 方案或CCCG-ALL 2015 方案進(jìn)行治療。在維持期間,根據(jù)血象調(diào)整6-MP劑量。維持治療階段,6-MP 計(jì)劃每天50 mg/m2,白細(xì)胞為1.5×109/L~3.0×109/L,中性粒細(xì)胞為0.5×109/L~1.5×109/L。服用6-MP 后白細(xì)胞減少,6-MP 劑量調(diào)整:CC(野生型)下調(diào)65%~95%;TC(雜合型)下調(diào)60%~80%;TT(純合型)下調(diào)25%~40%,以維持白細(xì)胞數(shù)為1.5×109/L~3.0×109/L,中性粒細(xì)胞數(shù)為0.5×109/L~1.5×109/L左右。

        NUDT15 是亞洲人群中潛在的6-MP 敏感性的主要因素之一,NUDT15 rs116855232純合突變會(huì)增加早期病人白細(xì)胞嚴(yán)重減少的發(fā)生率[19-20]。本研究中,我們發(fā)現(xiàn)50例ALL病兒中,有1例是純合的,9例是TC 雜合子突變。有人提出基因NUDT15 突變是ALL兒童中6-MP骨髓毒性的重要影響因素[21],進(jìn)行NUDT15基因檢測(cè)對(duì)ALL個(gè)性化治療具有重要的臨床意義,結(jié)合本研究結(jié)果,我們發(fā)現(xiàn)接受6-MP常規(guī)劑量治療的ALL病人中存在NUDT15基因純合突變TT 的病人,其骨髓抑制現(xiàn)象是最嚴(yán)重的,雜合突變CT 病人則出現(xiàn)中度至重度骨髓抑制現(xiàn)象,而NUDT15基因野生型CC的病人出現(xiàn)的骨髓抑制現(xiàn)象最輕。但是,在50例云南省彝族兒童ALL病人中,純合子突變TT基因型僅1例(女孩),占2%,雜合子突變TC基因型共9(女孩3例,男孩6例)例,占18.0%,而在彝族健康兒童中,純合子突變TT基因型1例(男孩),占2%,雜合子突變TC基因型共有7例,分別是女孩3例和男孩4例,占14.0%,二者差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,因此,在云南省彝族兒童ALL病人中NUDT15基因突變的敏感性低,NUDT15基因不適合云南省彝族兒童作為6-MP不良反應(yīng)的相關(guān)檢測(cè)基因。

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