楊敏 黎樂群
摘要:目的:分析肝癌患者視黃醇結(jié)合蛋白7(RBP7)基因表達情況與預后的關(guān)系。方法:于TCGA、ICGC數(shù)據(jù)庫分別下載421例、232例肝癌及癌旁組織RNA測序的數(shù)據(jù)以及相關(guān)的臨床數(shù)據(jù),分析肝癌組織及癌旁組織RBP7基因表達情況以及RBP7基因表達情況與預后的關(guān)系。TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)作為訓練組,ICGC數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)作為驗證組。結(jié)果:總共653例樣本納入本次研究,在訓練組中,與癌旁組織相比,RBP7基因在肝癌組織中的表達明顯升高,有明顯的差異性(P<0.001),具有顯著的統(tǒng)計學意義。RBP7在驗證組中同樣表現(xiàn)出明顯的差異性(P<0.001)。通過KM生存曲線分析發(fā)現(xiàn),肝細胞肝癌患者RBP7基因表達越低,生存率越低,預后越差。結(jié)論:RBP7基因可以作為肝癌預后生物標志物,其表達水平能夠用于提示患者的生存率,對判斷患者預后具有參考價值。
關(guān)鍵詞:肝細胞;肝癌;視黃醇結(jié)合蛋白7(RBP7);預后
【中圖分類號】R73???? ?????? ?????? ?????? 【文獻標識碼】A ?????? ?????? 【文章編號】2107-2306(2020)01-157-02
肝癌全球發(fā)病率處于第6位,是第4大全球腫瘤患者主要死亡原因之一。由于早期診斷困難,缺乏有效的治療措施,異質(zhì)性大,發(fā)生發(fā)展機制較為復雜,肝癌患者預后較差,肝癌5年生存率不足5%。近年來的研究指出某些癌基因的激活(ras基因及c-myc基因)及抑癌基因(P_53基因)的失活在肝癌的產(chǎn)生過程中起重要作用[1]。RBP7在腎細胞脂肪組織,乳腺中差異表達中差異表達,且在肝癌增殖和轉(zhuǎn)移方面起著重要的作用??赡芘c肝癌患者的預后相關(guān)。最近的研究表明一些CRBP成員和視黃醇信號可能是與結(jié)腸癌進展和癌癥干細胞性狀相關(guān)[2]。然而,RBP7基因在肝癌中的表達與預后情況尚不清楚。
1材料與方法
1.1數(shù)據(jù)庫資料收集
從TCGA數(shù)據(jù)庫及ICGC數(shù)據(jù)庫分別下載421例、232例肝癌與癌旁組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及其臨床性狀。觀察在訓練組和驗證組中肝癌組織和癌旁組織RBP7基因的表達情況。對TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進行生存分析,分析癌旁組織與肝癌組織中RBP7基因表達情況與預后關(guān)系。
1.2統(tǒng)計學方法
所有數(shù)據(jù)采用R語言軟件進行統(tǒng)計學分析,RBP7基因表達與肝癌預后的關(guān)系采用K-M生存曲線分析。P<0.05表示研究有統(tǒng)計學意義。
2結(jié)果
2.1 RBP7基因在數(shù)據(jù)庫中表達情況
綜合分析TCGA數(shù)據(jù)庫(圖1),可發(fā)現(xiàn)RBP7基因在肝癌組織及癌旁組織中差異表達(如圖1)對比肝癌組織和癌旁組織,RBP7基因表達在肝癌組織中明顯高于癌旁組織。同時對ICGC數(shù)據(jù)庫中包含232例樣本的數(shù)據(jù)組作為驗證組,結(jié)果表明RBP7基因在癌旁和癌組織中差異表達(P<0.001)。
2.2 RBP7基因表達情況與肝癌患者預后的關(guān)系
在TCGA數(shù)據(jù)庫中,對432例肝癌患者進行K-M曲線生存預后分析,結(jié)果表明,RBP7基因表達水平與肝癌患者的生存率有明顯相關(guān)性(如表1),其表達水平對預后存在顯著影響(P<0.05),RBP7基因低表達組患者生存率更低。
3討論
乙肝病毒感染是是我國發(fā)生肝癌的首要高危因素,80%以上的肝癌發(fā)生與HBV感染相關(guān)。此外,肝硬化、黃曲霉毒素暴露、吸煙、飲酒、肥胖、肝硬化等也可誘發(fā)該病。而肝癌的發(fā)生發(fā)展受多種基因的調(diào)節(jié),是多種因素在多個階段共同作用的結(jié)果,其中癌基因與抑癌基因的突變、失活、缺失、上調(diào)、下調(diào)等是最重要的原因之一[3]。通過數(shù)據(jù)庫檢索,可以發(fā)現(xiàn)肝癌組織及癌旁組織的差異性基因為視黃醇結(jié)合蛋白7(RBP7),可以作為一個預測指標,為臨床轉(zhuǎn)化奠定相應的分子基礎(chǔ)。
視黃醇結(jié)合蛋白是肝臟分泌的低分子蛋白,視黃醇結(jié)合蛋白和前白蛋白在肝臟結(jié)合成視黃醇-視黃醇結(jié)合蛋白-前白蛋白復合物-將肝臟內(nèi)視黃醇從肝臟轉(zhuǎn)運到外周組織的轉(zhuǎn)載蛋白。有研究表明視黃醇結(jié)合蛋白水平能用于判斷急性肝炎、重癥肝炎和肝硬化疾病的預后。視黃醇結(jié)合蛋白7 (RBP7)含134個氨基酸,由RBP7基因編碼,位于人類染色體1p36.22上[4]。細胞視黃醇結(jié)合蛋白(CRBP)家族被用于維持維生素A的的穩(wěn)定性和代謝水平。維生素A(視黃醇)及其代謝產(chǎn)品涉及許多生物過程,包括上皮細胞增殖、分化、和細胞凋亡[5-6]。因此,RBP7或許與肝癌的轉(zhuǎn)移和增殖有關(guān)。本研究通過挖掘并分析公共數(shù)據(jù)庫與RBP7基因相關(guān)臨床數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)RBP7基因在肝癌腫瘤中的表達量明顯高于癌旁組織,表達有明顯的差異性(P<0.001)。生存分析提示,RBP7基因高表達組患者生存率增高。
綜上所述,肝癌患者預后受RBP7基因表達的影響,RBP7基因高表達肝癌患者預后更好。本研究局限于多數(shù)據(jù)庫聯(lián)合驗證RBP7基因在肝癌中高表達,及RBP7基因在對肝癌患者預后的影響。仍需大量臨床標本與動物體內(nèi)體外實驗進一步驗證和深入研究RBP7基因的作用機制。
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