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        小世界效應(yīng)加速生物地理學(xué)優(yōu)化的社團識別算法

        2020-03-06 06:04:30程維政
        關(guān)鍵詞:物種

        楊 波, 程維政, 朱 超

        (武漢理工大學(xué) 自動化學(xué)院, 武漢 430070)

        現(xiàn)實世界中許多的復(fù)雜系統(tǒng)都可以抽象為網(wǎng)絡(luò)模型,例如在社交網(wǎng)絡(luò)[1]中,每個人都是節(jié)點,人與人之間的關(guān)系是網(wǎng)絡(luò)中的邊;在交通網(wǎng)絡(luò)[2]中,每個交通樞紐是節(jié)點,交通路線是邊;在傳感器網(wǎng)絡(luò)[3]中,傳感器是節(jié)點,它們之間的通訊關(guān)系是邊;在電力網(wǎng)絡(luò)[4]中,電力器件是節(jié)點,器件的作用關(guān)系是邊等.

        傳統(tǒng)數(shù)理方法很難分析這種研究對象眾多、作用關(guān)系復(fù)雜的問題,于是復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論逐漸興起,并成為人們分析與研究復(fù)雜系統(tǒng)的工具. 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中有一類中觀結(jié)構(gòu),如社團結(jié)構(gòu)[5-6]、核心外圍結(jié)構(gòu)[7]等,研究這些中觀結(jié)構(gòu)有助于理解復(fù)雜系統(tǒng)本身的性質(zhì)和特點. 其中,社團結(jié)構(gòu)的識別是復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論研究中的一項重要內(nèi)容. 社團是指在網(wǎng)絡(luò)中具有相似特征一類節(jié)點;或是在內(nèi)部連接比較緊密,與其他節(jié)點連接稀疏的一組節(jié)點[8].

        網(wǎng)絡(luò)在社團結(jié)構(gòu)這一中觀尺度上所表現(xiàn)出來的動力學(xué)特性、結(jié)構(gòu)特性等和其在整體上所表現(xiàn)出來的特性相比差異很大,識別社團結(jié)構(gòu)可以幫助挖掘那些網(wǎng)絡(luò)中無法先驗得知的功能模塊,更好地分析復(fù)雜系統(tǒng). 例如尋找信息網(wǎng)絡(luò)屬于同一話題的信息、預(yù)測新陳代謝網(wǎng)絡(luò)中未知蛋白質(zhì)的功能、投放社交網(wǎng)站中的廣告、挖掘Web社區(qū)中的數(shù)據(jù)、調(diào)度并行計算中的子程序[9-10]等都可以歸為社團識別問題;社團結(jié)構(gòu)揭示了網(wǎng)絡(luò)的拓撲特點,能夠幫助解析復(fù)雜系統(tǒng)內(nèi)在的功能,分析復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的動力學(xué)特性. 故此,社團識別的研究具有重要的意義.

        典型的社團識別算法整體上可作如下分類:基于網(wǎng)絡(luò)拓撲的識別算法,這類算法又可以分為分裂式算法和聚類式算法兩種,前者有譜劃分算法等,后者有CNM算法[10]、利用相似性測度的層次聚類算法等;基于信息論的社團識別算法,將社團識別轉(zhuǎn)化為信息論中的拓撲壓縮問題[11],如基于隨機游走的識別算法;基于網(wǎng)絡(luò)動力學(xué)特性的識別算法,如基于一致性動力學(xué)的算法[12-15];基于統(tǒng)計學(xué)的識別算法,如隨機塊模型[16];基于優(yōu)化方法的直接尋優(yōu)識別算法,如基于遺傳算法[17]、貪婪算法、粒子群算法的識別算法[6]等.

        生物地理學(xué)優(yōu)化(biogeography-based optimization, BBO)作為一種新穎的群體智能優(yōu)化方法,盡管相關(guān)研究尚處于起步階段,但由于其較好的全局搜索能力,使得其在高維問題上的表現(xiàn)超過了傳統(tǒng)優(yōu)化方法[18]. 另一方面,生物地理學(xué)優(yōu)化方法仍受限于進化優(yōu)化方法框架,普遍效率較低.

        小世界效應(yīng)是現(xiàn)實網(wǎng)絡(luò)普遍具有的一種網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)特征,典型的小世界網(wǎng)絡(luò)模型由于少數(shù)長程連邊的存在,使得網(wǎng)絡(luò)整體平均連通路徑長度顯著降低,從而具有超快的信息傳播能力[19-21]. 文獻[19]通過矩陣特征值方法發(fā)現(xiàn)在小世界網(wǎng)絡(luò)能夠?qū)崿F(xiàn)超快一致性動力學(xué)過程(ultrafast consensus dynamics). 而另一方面,群體智能進化算法普遍基于不同個體(例如遺傳算法中的染色體,蟻群算法中的螞蟻)之間的信息交換與信息共享,從而完成對解空間的搜索與尋優(yōu)過程[17]. 上述過程與網(wǎng)絡(luò)中的信息傳播過程[19-21]類似. 由于提出的群體智能算法需要在多個棲息地之間傳遞與搜索網(wǎng)絡(luò)社團結(jié)構(gòu)信息,受此兩者之間重要內(nèi)在關(guān)聯(lián)的啟發(fā),提出了利用小世界效應(yīng)加速生物地理學(xué)優(yōu)化過程的網(wǎng)絡(luò)社團識別算法(biogeography-based optimization with small-world effects, BBOSW). 建立了網(wǎng)絡(luò)社團結(jié)構(gòu)識別問題的BBOSW方法與框架. 特別地,在棲息地之間的遷移操作建模中,利用具有小世界效應(yīng)的典型網(wǎng)絡(luò)模型來進行快速信息交換,從而建立了新穎的生物地理學(xué)優(yōu)化棲息地遷移過程的更新策略,大幅度提升了算法的社團結(jié)構(gòu)識別效率.

        1 BBOSW

        1.1 算法初始化

        生物地理學(xué)方法的核心思想是通過模擬物種的產(chǎn)生、滅絕與遷移來實現(xiàn)數(shù)學(xué)問題的優(yōu)化[18]. BBO方法的生物模型為一組孤立的島嶼(棲息地),物種在棲息地之間遷移尋找更好的生存環(huán)境. 用適宜度指數(shù)向量來描述棲息地的特征,向量中的每個值為棲息地的一個適宜度指數(shù)特征值(suitability index variable, SIV),可以是降雨量、氣候、光照、地理環(huán)境等和生存相關(guān)的環(huán)境參數(shù). 棲息地適宜度指數(shù)向量SIVs組合在一起就構(gòu)成了區(qū)域矩陣X,其中矩陣每個棲息地的SIVs作為矩陣的行向量. 為了衡量棲息地適合物種生存的程度,引入與棲息地的物種多樣性程度相關(guān)聯(lián)的棲息地適應(yīng)度指數(shù)(habitat suitability index, HSI). 一般地,物種豐富的棲息地HSI值較大,但與此同時物種的生存壓力也較大,物種更傾向于遷入HSI值較低的棲息地去,使遷入后的棲息地物種多樣性增加,HSI值提高;如果遷入物種無法增加棲息地HSI值,則遷入的物種會趨于滅絕或是遷移到別的棲息地.

        給定一個網(wǎng)絡(luò)G=(V,E),V為網(wǎng)絡(luò)G節(jié)點集,E為網(wǎng)絡(luò)G邊集,節(jié)點數(shù)n=|V|,邊數(shù)m=|E|. 使用矩陣XH×n表示一組棲息地(解空間),即

        (1)

        式中棲息地的數(shù)目為H. 矩陣X的行向量Xi表示一個棲息地,每個節(jié)點所屬的社團編號xij為棲息地SIV值,xij的值滿足1≤xij≤k(k為社團數(shù),滿足1≤k?n).

        圖1為一個簡單的初始化示例,網(wǎng)絡(luò)共有7個節(jié)點,在棲息地i最初的分配中,節(jié)點[1,3,7]被分配到社團1,剩下的節(jié)點被分配到社團2中. 棲息地i的初始化向量見圖1.

        圖1 棲息地向量初始化

        1.2 HSI函數(shù)選擇

        適應(yīng)度函數(shù)的選擇關(guān)系到潛在解的進化方向,不同的適應(yīng)度函數(shù)對應(yīng)不同的優(yōu)化問題. 模塊度是最常用的衡量社團劃分結(jié)果好壞的標(biāo)準(zhǔn),因此選擇的適應(yīng)度函數(shù)為模塊度函數(shù). 一般地,模塊度的值越高,表明社團劃分的結(jié)果越好. 模塊度Q的計算公式[22]為

        (2)

        式中:c為社團個數(shù),M為網(wǎng)絡(luò)中總邊數(shù),ls為社團s內(nèi)部總邊數(shù),ds為社團s內(nèi)部所有節(jié)點的節(jié)點度之和.

        1.3 應(yīng)用小世界效應(yīng)的遷移策略

        BBO方法利用遷移規(guī)則來更新潛在解,保持解的多樣性,棲息地物種線性遷移模型見圖2.

        圖2 棲息地物種線性遷移模型

        從圖2中可以看到物種遷移行為分為遷入和遷出,Imax和Emax分別為最大遷入概率和最大遷出概率,在一個棲息地內(nèi),隨著物種數(shù)的增加,遷出率逐漸升高,隨著棲息地物種數(shù)目達到最高Smax,遷出率也達到最高遷出率Emax. 遷入率變化與之相反,遷入率λ和遷出率μ的計算公式分別為

        (3)

        (4)

        式中S為物種數(shù). 通常情況下,物種數(shù)量會在圖2中動態(tài)平衡點S0附近波動,物種數(shù)目一般處于[S1,S2].

        遷移操作模型見圖3,圖中棲息地i發(fā)生遷移,遷移對象為棲息地j. 物種遷移后,棲息地的物種數(shù)目發(fā)生變化,棲息地i適宜度指數(shù)向量SIVs發(fā)生變化,其中適宜度指數(shù)特征SIV3的值(圖中為1)變化為遷移對象棲息地j中SIV3的值(圖中為2). 初始化時,給予每個棲息地一個初始物種數(shù)目,依據(jù)式(3)、(4)計算遷移發(fā)生的概率.

        優(yōu)化類社團識別算法一般采用隨機更新規(guī)則,來確保解的多樣性,避免陷入局部最優(yōu)解,但隨之而來的問題是潛在解更新效率的低下. 在BBO方法中,發(fā)生遷移的棲息地由遷移率決定,信息交換效率同樣不高.

        圖3 遷移操作

        棲息地之間的遷移過程類似網(wǎng)絡(luò)中的信息交換,因此建立一個網(wǎng)絡(luò)模型來刻畫區(qū)域內(nèi)的棲息地的信息交換過程,每個棲息地看作網(wǎng)絡(luò)中的一個點,若是棲息地之間可以進行信息交換,則其對應(yīng)點之間存在一條邊. 選擇合適的網(wǎng)絡(luò)生成模型,既可以保證信息交換的充分性,同時也可以有效減少信息遍布整個區(qū)域的傳播時間.

        小世界效應(yīng)是復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中普遍存在的一種現(xiàn)象. 具有該效應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)模型具有較低的平均路徑,即使網(wǎng)絡(luò)規(guī)模較大,任兩個節(jié)點之間也可以通過少數(shù)幾個中間節(jié)點連接. 與其他網(wǎng)絡(luò)模型相比,在具有小世界效應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)中信息的傳播速度很快[19]. 將這一效應(yīng)與遷移策略結(jié)合得到的新策略可以直接定向到達目的棲息地,在不影響解的多樣性的情況下,大幅度提高棲息地之間遷移操作的效率,降低算法最后收斂所需要的時間.

        小世界拓撲網(wǎng)絡(luò)是利用小世界效應(yīng)產(chǎn)生的網(wǎng)絡(luò)模型,針對現(xiàn)存的小世界拓撲網(wǎng)絡(luò)生成模型,經(jīng)過實驗和對比,選擇小世界模型為NMW小世界拓撲網(wǎng)絡(luò)模型[23],在社團識別算法初始化時,產(chǎn)生一個小世界網(wǎng)絡(luò)G0=(H,kn,p),其中H為棲息地數(shù)目,kn為最近鄰網(wǎng)絡(luò)節(jié)點度,p為小世界連接概率. 為每個棲息地分配一個小世界網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點,遷移操作僅在兩個棲息地對應(yīng)的節(jié)點有連接時發(fā)生. 圖4中小世界網(wǎng)絡(luò)模型包含20個節(jié)點,其最近鄰網(wǎng)絡(luò)節(jié)點度為2,小世界連接概率為0.2. 該網(wǎng)絡(luò)對應(yīng)的棲息地數(shù)目為20. 將網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點按順時針方向編號,在每次迭代時,棲息地1對應(yīng)小世界網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點1. 若棲息地1和3,1和6之間都滿足遷移發(fā)生的條件,按照原遷移策略,遷移操作在兩組棲息地之間會都發(fā)生;而依據(jù)改進后的遷移策略,在小世界拓撲網(wǎng)絡(luò)中,節(jié)點1和3無連接,而節(jié)點1和6有連接,遷移操作只會在棲息地1和6之間發(fā)生.

        圖4 棲息地信息交換模型

        1.4 變異策略

        除遷移操作外,變異操作也是BBO算法保持解的多樣性的重要一步,變異率和棲息地的HSI值密切相關(guān),棲息地的HSI值較低,表明該棲息地不適應(yīng)物種生存,變異就越容易發(fā)生,以此來保證物種適應(yīng)該棲息地的環(huán)境[18]. 變異率的計算和Ps(一個棲息地含有物種數(shù)量恰好為s的概率)有關(guān). 令Ps(t)表示棲息地在時刻t具有物種數(shù)量s的概率,λs與μs分別表示當(dāng)棲息地具有物種數(shù)量s時對應(yīng)的遷入率與遷出率. 當(dāng)Δt充分小時,物種數(shù)量變化超過1的概率可以忽略. 在此條件下,要使棲息地在時刻t+Δt含有物種數(shù)量s,要么棲息地在時刻t含有物種數(shù)量s且Δt時間內(nèi)無遷移發(fā)生;要么棲息地在時刻t含有物種數(shù)量s-1且Δt時間內(nèi)發(fā)生1次遷入;要么棲息地在時刻t含有物種數(shù)量s+1且Δt時間內(nèi)發(fā)生1次遷出. 記o(Δt)為Δt的高階無窮小項,則概率Ps(t+Δt)的計算公式可寫為

        Ps(t+ΔT)=Ps(t)(1-λsΔt-μsΔt)+

        Ps-1(t)λs-1Δt+Ps+1(t)μx+1Δt+

        o(Δt).

        (5)

        變異率的計算公式為

        (6)

        其中:M(Xi)為棲息地i的變異率;Mmax為最大變異率;Pmax為物種最大存在率,可以通過式(5)計算并排序得到. 當(dāng)發(fā)生物種變異時,棲息地適宜度指數(shù)向量發(fā)生變化,使用該棲息地的變異率選擇SIV. 當(dāng)滿足變異率條件時,改變該SIV值.

        1.5 精英個體保留策略

        因為變異操作和遷移操作的隨機性,在某一代進化中,棲息地也許會產(chǎn)生不可逆的變化,對應(yīng)現(xiàn)實環(huán)境中棲息地如果發(fā)生了惡劣的自然災(zāi)害,比如山洪爆發(fā)、地震、火山噴發(fā)等,環(huán)境原有的特性可能發(fā)生巨變,影響物種的遷移. 為此,算法同時提出了精英個體保留策略. 精英個體為具有高HSI的棲息地,在不影響解的多樣性的情況下,替換掉遷移和變異后較差的個體. 使用α表示解空間中精英個體的比例,則精英個體數(shù)目可表示為

        E=αH.

        (7)

        1.6 算法復(fù)雜度分析

        在該算法過程中,計算各棲息地適應(yīng)度函數(shù)值最為耗時. 因此該算法的時間復(fù)雜度為O(GeHm),其中m為網(wǎng)絡(luò)連邊數(shù),Ge為算法迭代次數(shù)參數(shù),H為算法棲息地數(shù)目參數(shù).

        BBOSW算法的空間復(fù)雜度與傳統(tǒng)BBO方法相比,增加了棲息地信息交換模型的臨時存儲空間. 該部分存儲空間與棲息地數(shù)目H和小世界網(wǎng)絡(luò)模型平均節(jié)點度ks有關(guān). 當(dāng)采用較為緊密的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)存儲時(如邊列表),空間復(fù)雜度為O(Hks),而BBO方法空間復(fù)雜度為O(Hn). 因此在ks和H均遠小于n的情況下,BBOSW算法的空間復(fù)雜度增加不顯著.

        2 實驗及分析

        實驗主要是將提出的算法同以下幾類算法進行比較:1)基于模塊度的社區(qū)劃分算法,即FN算法[24]和確定性Louvain算法[25];2)基于進化算法的社區(qū)劃分算法,即遺傳算法的社團識別算法(GA-net)[17,26];3)基于圖的拓撲的社區(qū)劃分算法,即基于最小生成樹的社團識別算法(MST)[22].

        同時使用模塊度Q和標(biāo)準(zhǔn)化互信息(normalized mutual information, NMI)[6,27-28]來衡量社團劃分結(jié)果.Q值越高意味著該劃分結(jié)果社團結(jié)構(gòu)越顯著,在拓撲連接上社團內(nèi)部更加緊密,模塊度的計算公式見式(2). NMI從信息論角度表征算法劃分結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)劃分之間的差異程度. 現(xiàn)實世界網(wǎng)絡(luò)標(biāo)準(zhǔn)劃分來源于對網(wǎng)絡(luò)中個體與連接性質(zhì)的觀察與統(tǒng)計,而合成網(wǎng)絡(luò)上的標(biāo)準(zhǔn)劃分源于網(wǎng)絡(luò)模型生成的內(nèi)部較為緊密的模塊. NMI值越高意味著兩組社團劃分間差異越小. NMI計算公式為

        (8)

        式中:A為標(biāo)準(zhǔn)社團劃分,B為算法識別到的社團劃分,CA、CB分別為兩個社團劃分中的社團個數(shù),Ni.為標(biāo)準(zhǔn)劃分中第i個社團的節(jié)點數(shù),N.j為算法識別到的第j個社團的節(jié)點數(shù),Nij為社團i和j中相同節(jié)點數(shù),log(·)為對數(shù)函數(shù).

        2.1 參數(shù)選擇

        一般而言,棲息地的數(shù)目H越高,解的多樣性越高,最終收斂的代數(shù)較低,但每次迭代需要的運行時間較長. 最大遷出率、最大遷入率以及變異率控制潛在社團劃分的更新頻率和程度,當(dāng)三者較高時,潛在解更新頻繁,且更新程度高,在搜索過程中不易陷入局部最優(yōu)值,但收斂所需要的迭代代數(shù)增加,運行時間增長.

        小世界參數(shù)的設(shè)置決定遷移過程中信息交換的充分性,節(jié)點度和連接概率越高,信息交換越充分,但隨之而來的問題是遷移效率低下. 精英個體的保留比例不宜過高,過高的精英個體比例會影響解的多樣性,使迭代過程陷于局部最優(yōu).

        根據(jù)前期實驗結(jié)果選取的典型參數(shù)如下:棲息地數(shù)目H=50,最大遷入率Imax=1,最大遷出率Emax=1,最大變異率Mmax=0.05,精英個體比例α=4%,迭代次數(shù)Ge=500,最近鄰網(wǎng)絡(luò)節(jié)點度kn=4,小世界連接概率p=0.2.

        2.2 現(xiàn)實網(wǎng)絡(luò)實驗

        用于實驗的數(shù)據(jù)集有空手道俱樂部Karate網(wǎng)絡(luò)[29],海豚社區(qū)Dolphins網(wǎng)絡(luò)[30]和美國政治書Books網(wǎng)絡(luò)[31]. 實驗結(jié)果見表1~4,其中BBO為沒有采用新策略的社團識別算法,BBOSW為采用結(jié)合了小世界效應(yīng)遷移策略的社團識別算法. 在表1~3中,針對進化算法,同時記錄評價指標(biāo)的平均值與最優(yōu)值;針對其他算法,記錄評價指標(biāo)的最優(yōu)值. avgQ、avg NMI分別為模塊度和標(biāo)準(zhǔn)化互信息的均值;bestQ、best NMI分別為模塊度和標(biāo)準(zhǔn)化互信息的最優(yōu)值. 實驗環(huán)境為MATLAB R2010a,CPU運行主頻為2.99 GHz,運行內(nèi)存為4.0 GB.

        從表1~3(算法在每個網(wǎng)絡(luò)上運行100次)中可以看到,所提出算法的識別效果與經(jīng)典算法相近. 在Karate網(wǎng)絡(luò)上,BBOSW的平均NMI和最佳NMI高于其他算法;在Dolphins網(wǎng)絡(luò)和Books網(wǎng)絡(luò)上的平均模塊度Q、平均NMI以及最佳模塊度Q都要優(yōu)于其他算法. 從表4(算法在每個現(xiàn)實網(wǎng)絡(luò)上運行30次)中可以看到,采用改進策略的BBOSW算法的平均所需收斂時間得到減少.

        表1 Karate網(wǎng)絡(luò)上的模塊度和標(biāo)準(zhǔn)化互信息比較

        Tab.1 Comparison between values ofQand NMI in the Karate club network

        算法best Qbest NMIavg Qavg NMIBBO0.4200.8370.3990.558BBOSW0.4201.0000.3960.681GA-net0.4150.7070.4000.648MST0.4160.602FN0.3810.693Louvain0.4190.859

        表2 Dolphins網(wǎng)絡(luò)上的模塊度和標(biāo)準(zhǔn)化互信息比較

        Tab.2 Comparison between values ofQand NMI in the Dolphins network

        算法best Qbest NMIavg Qavg NMIBBO0.5270.6970.5050.543BBOSW0.5270.6970.5110.546GA-net0.4910.4670.4290.401MST0.5020.514FN0.4920.621Louvain0.5190.766

        表3 Books網(wǎng)絡(luò)上的模塊度和標(biāo)準(zhǔn)化互信息比較

        Tab.3 Comparison between values ofQand NMI in the Books network

        算法best Qbest NMIavg Qavg NMIBBO0.5270.5770.5060.478BBOSW0.5270.5770.5060.479GA-net0.4770.4480.4280.406MST0.5190.584FN0.5020.531Louvain0.4990.575

        表4 算法平均收斂時間比較

        進化算法普遍采用矩陣編碼的方式進行算法的初始化,依據(jù)算法的特點不同,采用的矩陣編碼方式不同,最終算法的收斂時間不同. 一般而言,在高維問題上,BBO方法的表現(xiàn)要好于其他優(yōu)化算法[18],即未采用改進策略的BBO社團識別算法與其他進化算法性能相近或優(yōu)于其他進化算法,如遺傳算法等. 實驗結(jié)果表明,基于小世界效應(yīng)加速生物地理學(xué)優(yōu)化的網(wǎng)絡(luò)社團識別算法可以有效提高社團識別效率.

        2.3 人工合成網(wǎng)絡(luò)實驗

        使用計算機合成網(wǎng)絡(luò)(GN網(wǎng)絡(luò))來驗證算法效果[32],實驗結(jié)果見圖5. 同其他算法相比(對于每個節(jié)點社團外度Zout生成20個隨機網(wǎng)絡(luò),算法在每個網(wǎng)絡(luò)上均運行30次),當(dāng)Zout較小時,網(wǎng)絡(luò)社團結(jié)構(gòu)明顯,模塊度較高,此時各算法識別效果相差不大. 隨著Zout增加,模塊度較低,網(wǎng)絡(luò)社團結(jié)構(gòu)逐漸不明顯,各算法識別效果都下降. 當(dāng)Zout較大時,新算法的識別能力要優(yōu)于其他算法. 優(yōu)化類算法采用直接尋優(yōu)的方式尋找社團劃分,對網(wǎng)絡(luò)拓撲變化不敏感. 在社團結(jié)構(gòu)不明顯的情況下,BBOSW算法識別效果優(yōu)于或近似于測試的其他算法.

        圖5 GN網(wǎng)絡(luò)識別效果

        3 科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)上的社團結(jié)構(gòu)識別

        為了驗證BBOSW在實際網(wǎng)絡(luò)中的效果,將算法應(yīng)用到一個具有1 589個節(jié)點,2 742條邊的科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)(netscience network)上. 該網(wǎng)絡(luò)描述了復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)科學(xué)家之間的合作關(guān)系[8]. 其中,每位學(xué)者都被抽象為一個節(jié)點,若是兩位學(xué)者之間有過合作關(guān)系,則這兩個節(jié)點之間存在一條連邊.

        科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)是一個具有較大規(guī)模的非連通網(wǎng)絡(luò),其包含多個連通片及大量孤立節(jié)點,這些復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)特性為社團結(jié)構(gòu)的探測與識別提出了嚴(yán)峻的挑戰(zhàn). 將不同算法應(yīng)用于該網(wǎng)絡(luò). MST算法需要利用連通網(wǎng)絡(luò)的最小生成樹結(jié)構(gòu)分析網(wǎng)絡(luò)社團特征,而非連通網(wǎng)絡(luò)無法生成該算法所需的最小生成樹. 因此該算法應(yīng)用范圍僅局限于連通網(wǎng)絡(luò),其無法應(yīng)用于科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò). GA-net算法使用Locus-based初始化方法,然而該方法無法完成孤立節(jié)點的初始化. 因為上述局限性,GA-net算法亦無法解決科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)的社團結(jié)構(gòu)識別問題. FN算法采用局部貪婪優(yōu)化策略. 該算法在迭代過程中需要遍歷所有使模塊度上升的可能. 科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)包含的多連通片及大量孤立節(jié)點使得算法探測到的社團個數(shù)長期維持在較高水平,因此需要合并的社團數(shù)目無法快速下降,從而導(dǎo)致算法運行效率很低,在超過24 h后依然無法完成運算(CPU運行主頻2.99 GHz,運行內(nèi)存4.0 GB),因此FN算法無法有效識別復(fù)雜的包含多連通片及大量孤立節(jié)點的較大規(guī)模非連通網(wǎng)絡(luò)的社團結(jié)構(gòu). 對于社團結(jié)構(gòu)未知的較大規(guī)?,F(xiàn)實網(wǎng)絡(luò)(比如科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)),Louvain算法應(yīng)選擇初始聚合的網(wǎng)絡(luò)社團結(jié)構(gòu)作為算法的運行結(jié)果[33]. 將確定性Louvain算法應(yīng)用于科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)得到的網(wǎng)絡(luò)社團結(jié)構(gòu)對應(yīng)的模塊度為0.875. BBOSW算法是隨機算法,受隨機波動影響. 經(jīng)過10次重復(fù)實驗,BBOSW算法得到的平均模塊度為0.867,標(biāo)準(zhǔn)差為0.005,最佳模塊度為0.879. 綜上所述,盡管現(xiàn)實世界中的科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)所具有的多連通片及大量孤立節(jié)點特性使得社團結(jié)構(gòu)探測非常困難,BBOSW算法和Louvain算法仍然能夠?qū)ζ溥M行有效且高質(zhì)量的社團結(jié)構(gòu)識別,兩種算法得到的模塊度相似.

        根據(jù)隨機選取的BBOSW單次實驗結(jié)果繪制出科學(xué)家合作網(wǎng)絡(luò)拓撲及其社團劃分見圖6, 其對應(yīng)的模塊度為0.865. BBOSW算法將網(wǎng)絡(luò)劃分成44個社團. 選擇22和23號社團分析拓撲結(jié)構(gòu)(分別包含21個節(jié)點和7個節(jié)點),在查閱相關(guān)節(jié)點對應(yīng)的學(xué)者具體情況(22號社團對應(yīng)節(jié)點標(biāo)號646、1 430~1 449,MANSFIELD T等所在課題組;23號社團對應(yīng)節(jié)點標(biāo)號1515、1505~1510,SALAFF J等所在的研究小組)后,發(fā)現(xiàn)社團內(nèi)部的研究人員分別處于同一研究小組. 22號社團學(xué)者的研究方向主要是生物和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的結(jié)合(發(fā)表多項關(guān)于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)特性的研究成果),23號社團學(xué)者主要研究方向為社會網(wǎng)絡(luò),其社團內(nèi)部的學(xué)者互相之間合作緊密. 新算法識別到的社團為現(xiàn)實世界中存在的研究小組,表明新算法可以有效進行社團探測與識別.

        圖6 由網(wǎng)絡(luò)科學(xué)家構(gòu)成的合作網(wǎng)絡(luò)的劃分實驗結(jié)果

        4 結(jié) 論

        1)利用小世界效應(yīng)加速優(yōu)化算法,提出了一種新的社團識別算法. 該算法利用BBO方法具有較強全局搜索能力的特點,初始化一個隨機解空間,利用遷移和變異操作來更新個體,保證解的多樣性,直接在潛在解中尋找最大化模塊度的社團劃分.

        2)結(jié)合小世界效應(yīng),利用具有小世界效應(yīng)的拓撲網(wǎng)絡(luò)具有較快信息傳播速度的特點,建模棲息地之間遷移的過程,在保證解的多樣性的情況下,來加快算法收斂的過程.

        3)使用現(xiàn)實網(wǎng)絡(luò)以及人工合成網(wǎng)絡(luò)測試算法效果,并與主流算法進行比較. 實驗結(jié)果表明所提出的算法精度較高,尤其對于社團結(jié)構(gòu)較為模糊的網(wǎng)絡(luò),識別效果較好.

        4)將來的工作是利用小世界效應(yīng)的性質(zhì)來加速其他群體智能算法,將這種新策略擴展至其他算法中.

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