姜 姍, 王興亞, 王小奇
(沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護學(xué)院, 沈陽 110161)
灰飛虱Laodelphaxstriatellus隸屬于半翅目(Hemiptera)飛虱科(Delphacidae),是我國重要的農(nóng)業(yè)害蟲之一,可危害水稻、麥類、玉米等多種禾本科植物,??稍斐蓢?yán)重的經(jīng)濟損失(顧伯良等, 2005)。該種害蟲廣泛分布于東亞、東南亞、歐洲和北美等地區(qū),尤以東亞溫帶地區(qū)發(fā)生危害最為嚴(yán)重,在我國水稻主產(chǎn)區(qū)普遍分布(劉向東等, 2006)。20世紀(jì)60年代,該種害蟲在江蘇大面積暴發(fā),而后80年代暴發(fā)趨勢蔓延到山東。近年來,隨著免耕、稻套麥及麥套稻等輕型栽培技術(shù)以及感病高產(chǎn)品種的推廣應(yīng)用(邰德良等, 2005),同時受冬季平均氣溫的升高以及生態(tài)環(huán)境的惡化等諸多因素的影響(吳雪芬等, 2005),灰飛虱的發(fā)生量逐年增加。特別是近年來,由于長期大量使用化學(xué)殺蟲劑,使得灰飛虱對一些藥劑產(chǎn)生了嚴(yán)重抗藥性,給該種害蟲的防治帶來更大困難(孫志廣等, 2018)。
微衛(wèi)星標(biāo)記(microsatellite marker),又被稱為簡單序列重復(fù)(simple sequence repeats, SSR),是種群遺傳學(xué)和分子生態(tài)學(xué)等研究領(lǐng)域的重要研究手段,具有高多態(tài)性、自然選擇壓力小、共顯性遺傳、實驗重復(fù)性高、對DNA模板要求低以及突變速率高等優(yōu)點而廣泛應(yīng)用于遺傳圖譜構(gòu)建、克隆、農(nóng)作物育種、分子標(biāo)記篩選、分子譜系地理研究等領(lǐng)域(Jarne and Lagoda, 1996; Tangetal., 2015; Duanetal., 2017)。此外,研究物種種群遺傳結(jié)構(gòu)是害蟲綜合治理的重要內(nèi)容,有助于探討其種群間遺傳進化關(guān)系,揭示其起源、擴散路線及趨勢,進而為明確該種害蟲的發(fā)生動態(tài)與成災(zāi)適應(yīng)機制提供理論基礎(chǔ)。
近年來,隨著生物技術(shù)的進步,微衛(wèi)星的開發(fā)和分型技術(shù)越來越普遍。目前,我國對于灰飛虱的種群遺傳多樣性、種群擴散及歷史動態(tài)等方面研究已有部分報道。Hoshizaki (1997)利用同工酶技術(shù)對日本和我國臺灣地區(qū)不同地理種群的灰飛虱進行遺傳多態(tài)性分析,發(fā)現(xiàn)不同地區(qū)種群灰飛虱存在地理種群差異;萬由衷等(2001)對不同地理種群的灰飛虱進行RAPD分析,將其分為兩個簇,簇1包括北京、上海、福建、海南、遼寧、四川及云南種群;簇2包括寧夏和日本種群。并且不同地區(qū)灰飛虱種群的遺傳距離與其地理距離不呈相關(guān)性。對云南省和江蘇省中7個灰飛虱的地理種群研究表明,灰飛虱rDNA的基因間隔區(qū)(intergenic spacer, IGS)在種內(nèi)存在多態(tài)性,7個灰飛虱種群未形成明顯的地理種群分化(廖富榮, 2004)。利用642 bp的線粒體基因組片段對15個地理種群309頭灰飛虱的測序結(jié)果進行分析,共確定16種單倍型,其中,單倍型1和單倍型2是最主要的單倍型,占整體的87.7%,不同地理種群灰飛虱遺傳分化程度較小(Zhangetal., 2013)。利用線粒體基因(COI和COII)和13個SSR位點對中國22個灰飛虱地理種群進行種群遺傳結(jié)構(gòu)及種群遺傳多樣性的研究發(fā)現(xiàn),整個氣候區(qū)的微衛(wèi)星多樣性水平大致相似(Sunetal., 2015)。
本研究利用微衛(wèi)星標(biāo)記對中國東北地區(qū)灰飛虱不同地理種群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進行研究,以期分析中國東北地區(qū)灰飛虱種群間的遺傳分化和基因流,為制定灰飛虱綜合防治措施在分子生物學(xué)方面提供借鑒。
2012-2016年,實地采集我國東北13個市縣的375頭灰飛虱成蟲樣品(表1),其中包括分別在2012-2014年采集沈陽3個種群。采集時每頭灰飛虱成蟲保持3 m以上距離,避免采集到來自同一個父母本后代個體。將收集到樣品浸泡在-20℃,95%乙醇中,保存于沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護學(xué)院。
將單頭試蟲置于1.5 mL離心管中,加入蒸餾水多次洗滌后晾干,使用天根生化(北京)有限公司的血液/細胞/組織基因組DNA提取試劑盒提取灰飛虱總DNA。用NanoDrop ND-2000超微量核酸蛋白測定儀檢測提取的灰飛虱基因組DNA濃度以及吸光度值,將檢測合格的DNA樣品置于-20℃冰箱內(nèi)保存。
表1 中國東北地區(qū)灰飛虱采集信息及供試個體數(shù)量
根據(jù)孫荊濤(2012)和Sun等(2015)的16個灰飛虱微衛(wèi)星標(biāo)記進行篩選,微衛(wèi)星引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。經(jīng)過篩選,從中選取具有多態(tài)性高,易于擴增的9個微衛(wèi)星位點,引物信息列于表2。
PCR反應(yīng)體系(20 μL): ddH2O 16.3 μL, 2.5 mmol/L dNTPs 0.2 μL, 10×EasyTaq Buffer 2 μL, 上下游引物(10 μmol/L)各0.4 μL, EasyTaq DNA Plymerase 0.2 μL, DNA模板0.5 μL。反應(yīng)條件: 94℃ 4 min; 94℃ 30 s, 53~58℃ 30 s, 72℃ 30 s, 共35個循環(huán); 72℃延伸5 min, 4℃保存。PCR擴增產(chǎn)物通過1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測擴增情況后,將目標(biāo)產(chǎn)物送往上海生工生物技術(shù)有限公司進行毛細管電泳(STR)基因檢測,最后用GeneMarker軟件進行等位基因片段大小的讀取,并人工進行位點數(shù)據(jù)較對。
表2 微衛(wèi)星引物信息
本研究利用GENEPOP 4.0.9(Raymond and Rousset, 1995)進行灰飛虱各個位點和種群哈迪-溫伯格平衡檢測及連鎖不平衡檢測。利用GenAlex 6.51(Peakall and Smouse, 2006)軟件計算種群在各位點上的等位基因數(shù)(Na)、觀測雜合度(Ho)、期望雜合度(He)、非偏差期望雜合度(uHe)、Shannon信息指數(shù)(I)、F-statistics統(tǒng)計和基因流(Nm),以及位點在各種群中的等位基因數(shù)、觀測雜合度、期望雜合度以及Nei氏期望雜合度。并根據(jù)遺傳距離矩陣進行PCoA(principal coordinates analysis)分析。使用MEGA7(Kumaretal., 2016)基于Nei氏遺傳距離運用UPGMA聚類法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。使用Arlequin3.5.2.2(Excoffieretal., 2005)軟件分析種群間遺傳分化和基因流水平。 用STRUCTURE 2.3.4 (Pritchardetal., 2000)根據(jù)貝葉斯聚類的方法分析種群遺傳結(jié)構(gòu),重復(fù)10 000次。使用Evanno的ΔK方法(Evannoetal., 2005)確定最佳的K值后使用CLUMPP1.1.2軟件(Jakobsson and Rosenberg, 2007)對結(jié)果進比對和整合并使用Excel 2016作圖。使用GeneAlex 6.51軟件進行分子方差分析(AMOVA),將15個灰飛虱地理種群作為整體,按照貝葉斯聚類結(jié)果分別進行分組,然后分別在這兩種分組方式下進行AMOVA分析。
通過熒光引物優(yōu)化和篩選,確定了9對擴增效果較好且多態(tài)性高的微衛(wèi)星位點(表2)。并按理論片段大小將9對熒光標(biāo)記分為3組。使用GENEPOP 4.0.9對各位點進行哈迪-溫伯格平衡檢驗,其結(jié)果經(jīng)過Bonferroni校正,大部分位點未偏離哈迪-溫伯格平衡(P<0.00024),且偏離哈迪-溫伯格平衡的種群基本都表現(xiàn)出雜合子缺失情況(表3)。對微衛(wèi)星之間的連鎖不平衡性測驗發(fā)現(xiàn),各位點間不存在顯著連鎖現(xiàn)象(P<0.05)。
9個位點無效等位基因頻率為0.021~0.127,其中位點LS1的無效等位基因頻率最高為0.127,所有位點的無效等位基因頻率均小于0.200。由中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群在9個微衛(wèi)星位點上的遺傳多樣性參數(shù)值(表4)可知,每個位點的平均等位基因數(shù)為20,平均觀測雜合度為0.566,平均期望雜合度為0.814,平均Nei氏期望雜合度為0.813??傮w上,灰飛虱各位點等位基因數(shù)較高,雜合度水平較高且近交系數(shù)低,表明遺傳多樣性較高。此外(表5),各個灰飛虱種群平均等位基因數(shù)為5.511,平均有效等位基因數(shù)為3.253,平均觀測雜合度為0.548,平均期望雜合度為0.582。Shannon信息指數(shù)在0.614~1.679間。其中,開原(KY)種群遺傳多樣性最低,普蘭店(PLD)種群遺傳多樣性則最高。
表3 9個微衛(wèi)星位點在中國東北地區(qū)各灰飛虱種群中的哈迪-溫伯格平衡的檢測
種群代碼見表1;下同。For population code, see Table 1. The same below. 星號表示經(jīng)Bonferroni校正后與哈迪溫伯格平衡存在顯著偏差(P<0.00024)。Asterisk indicates significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction (P<0.00024).
表4 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群中9個微衛(wèi)星位點的遺傳多樣性
通過每個位點的固定指數(shù)FIS,FIT和FST檢驗種群的遺傳分化,各個位點的F-statistics分析結(jié)果如下。9個微衛(wèi)星位點在15個灰飛虱地理種群內(nèi)近交系數(shù)(FIS)在-0.223~0.367之間,群體總近交系數(shù)(FIT)范圍為0.098~0.618。種群間分化系數(shù)(FST)范圍為0.178~0.462。根據(jù)基因流的大小,位點LS8的基因交流程度相對較大(1 灰飛虱不同地理種群間遺傳分化(FST)及基因流(Nm)研究結(jié)果表明, 各地理種群間的遺傳分化指數(shù)為0.012~0.550。其中,沈陽(SY2012)和沈陽(SY2014)種群間遺傳分化最小(FST=0.012),吉林(JL)和開原(KY)種群間遺傳分化最大(FST=0.550)。各地理種群間基因流Nm為0.204~20.275。其中,沈陽(SY2012)和沈陽(SY2014)種群間基因流最大(Nm=20.075),吉林(JL)和開原(KY)種群間基因流最小(Nm=0.204)。此外,吉林(JL)種群與其他14個地理種群的基因流(Nm)均小于1,遺傳分化系數(shù)(FST)均大于0.25。因此,吉林種群與其他種群存在較大的遺傳分化,其他大部分種群間遺傳分化不明顯(表6)。 表5 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群的遺傳多樣性 表6 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群間成對固定系數(shù)FST(下三角)及基因流Nm(上三角)分析 *P<0.05(多重檢驗Multiple test). 研究結(jié)果表明,不同地理種群灰飛虱的遺傳距離在0.135~2.198之間,鳳城(FC)和大石橋(DSQ)種群間的遺傳距離最小(0.135),吉林(JL)種群和鳳城(FC)種群間遺傳距離最大(2.198)(表7)。此外,不同地理種群灰飛虱的遺傳相似度為0.111~0.874,鳳城(FC)和吉林(JL)種群間遺傳相似度最小(0.111),鳳城(FC)和大石橋(DSQ)種群遺傳相似度最大(0.874)。 表7 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群間的遺傳距離(下三角)和遺傳相似度(上三角) 利用UPGMA法對15個灰飛虱地理種群進行Nei氏聚類分析,在相似系數(shù)為0.80處,總共15個灰飛虱種群被兩支,第一支為吉林市(JL)種群,第二支為其他種群。而在相似系數(shù)為0.70處,第二支種群又被分為沈陽種群(SY2012, SY2013和SY2014)和其他種群(圖1)。 圖1 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群間基于Nei氏遺傳距離的UPGMA聚類圖 基于遺傳距離矩陣構(gòu)建的PCoA結(jié)果顯示,第1和第2坐標(biāo)軸上SSR變異貢獻率分別為43%和14%,基于貝葉斯聚類的中國東北地區(qū)灰飛虱15個地理種群也產(chǎn)生了類似的遺傳結(jié)構(gòu)(圖2),其中沈陽種群(SY2012, SY2013和SY2014)和吉林種群(JL)傾向于聚為一組,而其余種群種群聚為一組。 應(yīng)用STRUCTURE 2.3.4軟件對每個K值均運算10次,當(dāng)K=2時(圖3),為最佳分組方式。聚類結(jié)果顯示,當(dāng)K=2時,吉林種群(JL)、沈陽種群(SY2012, SY2013和SY2014)和開原種群(KY)聚為一個類群,其余種群聚為一個類群(圖4)。 本研究將中國東北地區(qū)灰飛虱種群作為整體進行分子方差分析(表8),根據(jù)ΔK值將15個地理種群分為2個組,綜合PCoA結(jié)果,第1組為沈陽種群(SY2012, SY2013和SY2014)和吉林種群(JL)組,第2組為其他種群組,進行分子方差分析(表8)。從總?cè)后w分析來看,不同種群間存在一定的遺傳分化(FST=0.131,P<0.001)。其中,87%的遺傳變異來自種群內(nèi)部。變異等級分析(hierarchical AMOVA)分析結(jié)果表明,不同組之間存在明顯分化,占全部遺傳差異的25%, 同一區(qū)域內(nèi)不同地理種群間的遺傳分化占全部遺傳變異的24%,另外51%遺傳變異來自種群內(nèi)。 圖2 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群基于FST值的遺傳距離矩陣的主坐標(biāo)分析(PCoA) 圖3 lnP(K)值變動圖和ΔK方法繪制的K值變動圖 圖4 基于9個微衛(wèi)星位點的中國東北地區(qū)灰飛虱15個地理種群的STRUCTURE聚類分析 表8 中國東北地區(qū)15個灰飛虱地理種群的AMOVA分析 如圖5所示,對15個灰飛虱地理種群間的遺傳距離與地理距離進行相關(guān)性回歸分析,回歸方程為y=0.0061x+0.1323(r=0.036,P=0.480),由此可見,15個灰飛虱地理種群的遺傳距離與地理距離無顯著相關(guān)性。 圖5 基于9個微衛(wèi)星位點的中國東北地區(qū)灰飛虱15個地理種群遺傳距離與地理距離間的相關(guān)性分析 探究物種遺傳變異有助于揭示物種起源與進化歷史(Lohmanetal., 2008)。通常認為,物種具有較高的遺傳變異,說明其可能更具有較強的適合環(huán)境變化的能力(Erikssonetal., 1993)。等位基因數(shù)和雜合度水平是群體內(nèi)遺傳變異的重要指標(biāo),同時也是微衛(wèi)星位點遺傳多樣性指標(biāo),但等位基因數(shù)目容易受到樣本量的影響(Maudetetal., 2002),樣本量的大小與等位基因數(shù)呈正相關(guān)(楊君等, 2018)。等位基因數(shù)越多,說明該位點的遺傳多樣性越高。觀測雜合度(Ho)是一個座位的雜合子數(shù)除以觀察個體總數(shù),它與期望雜合度(He)相比,更易受樣本大小等因素的影響(楊澤宇等, 2007)。Takezaki和Nei(1996)提出微衛(wèi)星計算出的期望雜合度(He)在0.300~0.800之間,則可說明群體遺傳多樣性較高。 在本研究中,15個灰飛虱地理種群375頭灰飛虱的SSR分析結(jié)果發(fā)現(xiàn),9個微衛(wèi)星多態(tài)性較高,平均每個位點對應(yīng)15個地理種群的等位基因數(shù)介于8~45個,平均為20個(表4)。說明此9對微衛(wèi)星引物在15個地理種群中所提供的多態(tài)信息含量較為豐富,遺傳多樣性分析結(jié)果可靠。15個地理種群的平均觀測雜合度和平均期望雜合度分別為0.548和0.582(表5)。各地理種群遺傳多樣性較高,說明了灰飛虱對環(huán)境的適應(yīng)能力較強(牛成偉等, 2006)。Sun等(2012)開發(fā)了9個灰飛虱的微衛(wèi)星位點,并對中國3個地理種群(江蘇、山東和浙江)進行微衛(wèi)星研究,結(jié)果顯示這些位點具有高度多態(tài)性,每個位點對應(yīng)的3個種群有13~30個等位基因。蔣欣雨(2014)開發(fā)了7個微衛(wèi)星位點對3個灰飛虱種群進行種群遺傳多樣性的分析,得出3個種群的觀察雜合度和預(yù)期雜合度分別在0.543~0.971和0.604~0.876之間。Sun等(2015)對中國24個灰飛虱地理種群進行遺傳多樣性分析的結(jié)果也與本研究得出結(jié)果相似,平均觀測雜合度HO值為0.590~0.774,uHe值為0.752~0.810??傮w上,我國東北地區(qū)不同地理種群灰飛虱具有較高的遺傳多樣性。 種群間固定指數(shù)FST反映了種群間的分化程度。FST越接近0,種群間越相似;越接近于1,分化越顯著。本研究結(jié)果表明,不同地理種群的灰飛虱具有一定的遺傳分化,各地理種群間的遺傳分化系數(shù)為0.012~0.550,各地理種群間的基因流Nm為0.204~20.275(表6),其中吉林種群(JL)與其他14個地理種群的基因流均小于1,遺傳分化系數(shù)均大于0.25,說明吉林種群(JL)較其他種群有一定的遺傳分化。孫荊濤(2012)對灰飛虱種群的FST結(jié)果顯示總體FST為0.0036,只有東北的兩個種群有較微弱的分化,這與本研究結(jié)果相似。 通過構(gòu)建UPGMA系統(tǒng)發(fā)育樹、主坐標(biāo)分析(PCoA)及STRUCTURE聚類分析進行種群遺傳結(jié)構(gòu)分析(圖1~4),結(jié)果表明,灰飛虱具有一定的譜系遺傳結(jié)構(gòu),吉林種群(JL)相對其他種群產(chǎn)生較為明顯的遺傳分化。此外,AMOVA分子方差分析表明(表8),87%遺傳變異主要發(fā)生在種群內(nèi),變異等級分析(hierarchical AMOVA)分析結(jié)果表明,不同組之間存在明顯分化,同一區(qū)域內(nèi)不同地理種群間的遺傳分化,占全部遺傳變異的24%,另外,51%遺傳變異來自種群內(nèi),表明東北地區(qū)灰飛虱已存在明顯的遺傳分化,而灰飛虱遺傳分化無一定的地域性差異,地理距離對灰飛虱遺傳分化沒有顯著的影響。蔣欣雨(2014)利用7個微衛(wèi)星位點對3個灰飛虱種群進行種群遺傳多樣性的分析,結(jié)果顯示灰飛虱種群分化較小,但東北黑龍江兩個種群與其他種群相比分化程度較高,說明東北種群發(fā)生了一定程度的遺傳分化,這可能與灰飛虱種群中存在居留型導(dǎo)致的。這一研究現(xiàn)象與本研究吻合。 東北夏秋的主要風(fēng)向是西南風(fēng)和南風(fēng),顯然不利于春季遷入的昆蟲往南回遷,有可能對遷入東北的昆蟲種群具有Pied pipe效應(yīng)(武向文, 2001)。而國內(nèi)報道灰飛虱在東北地區(qū)能夠以若蟲越冬(林志偉等, 2004)。利用線粒體基因(COI和COII)和13個SSR位點對中國22個灰飛虱地理種群進行種群遺傳結(jié)構(gòu)及種群遺傳多樣性的研究發(fā)現(xiàn),整個氣候區(qū)的微衛(wèi)星多樣性水平大致相似,由于線粒體基因組比核基因組更易受到影響,溫帶地區(qū)的線粒體多樣性水平明顯低于其他氣候區(qū)。推測可能由于東北地區(qū)的水稻種植面積擴大使得灰飛虱大量遷移導(dǎo)致的遺傳分化(Sunetal., 2015)。侯文杰(2013)比較了我國5個地理種群(鄭州、嘉興、沈陽、濟寧、南京)中不同灰飛虱種群的生態(tài)學(xué)特性差異,從雌雄比、發(fā)育歷期、有效積溫等方面發(fā)現(xiàn)沈陽地區(qū)灰飛虱種群與其他地區(qū)種群有較大不同。從19世紀(jì)末開始,東北地區(qū)水稻種植面積從東北的東部地區(qū)開始擴大,慢慢擴大到南部地區(qū)和北部地區(qū),這可能為遷飛的灰飛虱提供了一定的食物來源,因此東北地區(qū)灰飛虱的遺傳分化可能是種群中遷飛型與居留型的分化導(dǎo)致。 目前,灰飛虱廣泛分布于我國各水稻主產(chǎn)區(qū),該種害蟲的遠距離遷飛行為使得我國部分地區(qū)灰飛虱種群存在一定的基因流(Sunetal., 2015),抗性基因隨長距離遷飛而擴散,可能導(dǎo)致殺蟲劑抗性基因的迅速傳播。因此,在較大的時空范圍內(nèi)調(diào)查具有殺蟲劑抗藥性的灰飛虱種群,研究種群中抗性基因相對于遺傳結(jié)構(gòu)和基因流水平的分布,能夠確定其對殺蟲劑的抗藥性水平。本研究所使用的灰飛虱樣品均采自東北地區(qū),下一步仍需對全國地區(qū)的灰飛虱種群進行樣品采集,針對全國地區(qū)的灰飛虱種群進行遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)的研究。 除了地理和氣候以外,寄主植物的?;院蜌⑾x劑的施用也可能影響灰飛虱種群遺傳變異的分布(Brévaultetal., 2008)。因此,針對同一地區(qū)灰飛虱不同年際間的種群多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)研究將有助于揭示灰飛虱對該地區(qū)的適應(yīng)性。本文對東北地區(qū)的灰飛虱遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)進行了研究,但由于樣品采集限制,東北地區(qū)灰飛虱同一地區(qū)不同年際間的種群多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)尚未明確。此外,近年來以菌治蟲的的思路受到廣泛重視,對稻飛虱體內(nèi)微生物的多樣性的研究,能夠為將來以菌治蟲打下基礎(chǔ)(Berasateguietal., 2016)。而針對灰飛虱在我國的種群擴散路徑及種群分化歷史的深入研究,對灰飛虱的預(yù)測預(yù)報具有重要作用。因此,未來為了更好地理解灰飛虱的種群歷史和種群遺傳結(jié)構(gòu)及對其未來的擴散進行準(zhǔn)確預(yù)測預(yù)報,還需多種手段進行進一步研究。2.3 灰飛虱地理種群遺傳結(jié)構(gòu)
2.4 AMOVA分子方差分析
2.5 遺傳距離與地理距離間的相關(guān)性分析
3 討論
3.1 種群遺傳多樣性
3.2 種群遺傳分化與基因流
3.3 種群遺傳結(jié)構(gòu)
3.4 害蟲防治啟示與未來工作