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        茶樹己糖激酶基因CsHXK1的克隆與表達(dá)分析

        2020-02-07 11:37:46陳江飛楊建坤黃慧宇余有本王偉東
        西北農(nóng)業(yè)學(xué)報 2020年1期
        關(guān)鍵詞:植物分析

        陳江飛,楊建坤,黃慧宇,余有本,王偉東

        (西北農(nóng)林科技大學(xué) 園藝學(xué)院,陜西楊凌 712100)

        茶樹[Camelliasinensis(L.)O.Kuntze]作為一種葉用經(jīng)濟(jì)作物,在中國乃至世界范圍具有廣泛的栽培種植。然而,茶樹在其生長發(fā)育過程中經(jīng)常面臨著各種環(huán)境脅迫的影響,如冬季和早春的低溫脅迫、夏季的高溫和干旱脅迫,以及土壤鹽漬化引起的高鹽脅迫等。因此,明確茶樹脅迫響應(yīng)機(jī)制,篩選和鑒定抗性基因?qū)ε嘤剐圆铇鋬?yōu)良品種具有重要意義。

        眾所周知,己糖(六碳糖,如葡萄糖和果糖)是植物中大多數(shù)代謝途徑和有機(jī)物質(zhì)合成的原始底物,其在參與糖酵解、呼吸作用、物質(zhì)合成和分解代謝前需進(jìn)行磷酸化,而己糖激酶(Hexokinase,HXK)是催化己糖磷酸化的關(guān)鍵酶之一[1]。目前,越來越多的研究證實HKX不僅具有催化己糖磷酸化的作用,其還參與植物糖感受和糖信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程[2]。例如,擬南芥AtHXK1和AtHXK2反義轉(zhuǎn)基因植株對外源葡萄糖的敏感性顯著降低,而過表達(dá)轉(zhuǎn)基因植株對外源葡萄糖高度敏感[3];進(jìn)一步的研究表明,擬南芥AtHXK1通過感知葡萄糖水平,從而參與細(xì)胞增殖、根和花序生長、葉片膨脹和衰老以及葉片蒸騰等植物生長發(fā)育過程[4-6]。另外,植物HXK可以把葉綠體生成的糖信號傳導(dǎo)到細(xì)胞核中,調(diào)節(jié)光合作用有關(guān)基因的表達(dá),進(jìn)而調(diào)控植物的光合作用,同時己糖激酶在質(zhì)體-細(xì)胞核的信號傳導(dǎo)中也有著至關(guān)重要的用途[7]。此外,許多研究證實HXK參與了植物對各種生物和非生物脅迫的響應(yīng)過程。例如,NbHXK1、 AtHXK1和AtHXK2參與了甲基紫精和病原體感染誘導(dǎo)的氧化應(yīng)激[8];低溫、滲透和鹽脅迫能夠顯著誘導(dǎo)擬南芥AtHXK2的表達(dá),而抑制情況AtHXK3的表達(dá)[9-10];過表達(dá)的水稻OsHXK5或OsHXK6能夠顯著抑制植株生長,其可能依賴于對光合基因RBCS的抑制作用[11];類似地,AtHXK1在保衛(wèi)細(xì)胞中的過表達(dá)促進(jìn)了氣孔的關(guān)閉,進(jìn)而降低了糖處理下植株的蒸騰作用[6];HXK1通過氧化磷酸化調(diào)控水稻OsCIPK15基因的表達(dá)參與缺氧信號途徑[12]。然而,茶樹中有關(guān)NXK的研究相對滯后,其參與茶樹脅迫響應(yīng)的功能機(jī)制尚不清楚。

        本試驗從茶樹中克隆獲得了CsHXK1基因cDNA序列,利用生物信息學(xué)技術(shù)分析了該基因及其編碼蛋白的結(jié)構(gòu)特征,并利用實時熒光定量 PCR(qRT-PCR)分析了CsHXK1在高溫、干旱、低溫及鹽脅迫下的表達(dá)模式,以期為探討該基因逆境脅迫下的生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ),為茶樹抗逆分子遺傳育種提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 植物材料及處理

        以長勢一致的‘龍井長葉’品種茶樹穴盤扦插苗為試驗材料,于人工氣候箱中進(jìn)行預(yù)培養(yǎng)。2周后,分別對茶苗進(jìn)行高溫(40 ℃)、低溫(4 ℃)、鹽脅迫(200 mmol/L NaCl)和干旱脅迫(20% PEG 6000)處理,其他條件保持不變。每個處理設(shè)置3次重復(fù),并于處理后0、2、6、12、24和48 h分別取0.1 g嫩葉;此外,取未處理茶苗的根、嫩莖、嫩葉以及花器官用于組織表達(dá)分析,所有樣品用液氮速凍并置于-80 ℃保存,備用。

        1.2 茶樹總RNA提取和cDNA合成

        茶樹葉片材料的總RNA采用CTAB法進(jìn)行提取,用NanoDrop 2000c(Thermo Scientific,美國)對RNA的濃度和質(zhì)量進(jìn)行檢測,再經(jīng)質(zhì)量分?jǐn)?shù)為1%變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的完整性。利用反轉(zhuǎn)錄試劑盒(ABM,加拿大)合成cDNA用于基因的克隆及熒光定量PCR反應(yīng)。

        1.3 茶樹 CsHXK1基因的克隆

        根據(jù)茶樹基因組[13]中CsHXK1基因序列設(shè)計特異性全長引物(F:GAATCGATCTCTGAGCCTGTGATGG,R:CTGAATACTTGGCCTTTGACCAT),以‘龍井長葉’品種茶樹cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR反應(yīng)程序為:94 ℃ 預(yù)變性5 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 2 min,32 個循環(huán);72 ℃ 延伸10 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)質(zhì)量分?jǐn)?shù)為1.25%瓊脂糖凝膠電泳檢測并回收目的條帶,回收產(chǎn)物連接至pMD19-T 載體(TaKaRa,大連)進(jìn)行測序。

        1.4 生物信息學(xué)分析

        利用ProtParam tool在線軟件(https://web.expasy.org/protparam/)預(yù)測蛋白理化性質(zhì);ProtScale(http://web.expasy.org/cgi-bin/protscale/protscale.pl)進(jìn)行親/疏水性分析;Netphos 3.0 Serve(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos)預(yù)測蛋白質(zhì)磷酸化位點;用軟件DNAMAN8 進(jìn)行多序列比對,用MEGA 6.0構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹;用在線軟件WoLF PSORT(https://wolfpsort.hgc.jp/)預(yù)測蛋白亞細(xì)胞定位,采用SignaIP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)在線軟件進(jìn)行信號肽預(yù)測。

        1.5 實時熒光定量PCR(qRT-PCR)分析

        根據(jù)基因序列設(shè)計定量引物(F:CAGAATATGATCAAGCATTGGAT,R:TATGAGGGGTCCTTAAAATAAATGG),以茶樹CsPTB基因為內(nèi)參基因(F:TGACCAAGCACACTCCACACTATCG,R:TGCCCCCTTATCATCATCCACAA),參照SYBR○RPremix ExTaqⅡ(TaKaRa,大連)試劑盒說明進(jìn)行qRT-PCR分析,反應(yīng)程序為:95 ℃ 3 min;95 ℃ 30 s,60 ℃ 1 min 30 s,循環(huán) 40次;60 ℃ 30 s,71 個循環(huán),每次上升0.5 ℃。每個樣品設(shè)3次技術(shù)重復(fù),數(shù)據(jù)采用2-ΔΔCT算法分析[14]。

        1.6 數(shù)據(jù)處理

        利用Excel 2010和SPSS 22軟件對試驗數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和統(tǒng)計分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 茶樹 CsHXK1基因的克隆

        以茶樹‘龍井長葉’葉片的cDNA為模板,通過RT-PCR擴(kuò)增獲得特異性單一條帶(圖1),測序結(jié)果顯示該條帶序列全長1 534 bp,包含一個1 488 bp的開放閱讀框,編碼495個氨基酸,與茶樹基因組中序列一致為茶樹CsHXK1基因cDNA序列。此外,基因結(jié)構(gòu)分析結(jié)果顯示茶樹CsHXK1基因由9個外顯子和8個內(nèi)含子組成(圖2)。

        M. DL2000; 1-2:PCR產(chǎn)物 PCR amplification product

        圖1 茶樹CsHXK1基因cDNA全長序列RT-PCR擴(kuò)增
        Fig.1 RT-PCR amplification of the full-length cDNAofCsHXK1gene in tea plant

        2.2 茶樹CsHXK1蛋白多序列比對與進(jìn)化分析

        多序列比對結(jié)果顯示,茶樹CsHXK1蛋白與其他物種的HXK1蛋白具有較高的相似性,且均包含2個磷酸化作用位點:phosphate 1和phosphate 2、一個底物結(jié)合位點sugar binding和一個ATP結(jié)合位點(圖3)。進(jìn)化分析顯示,茶樹CsHXK1蛋白與擬南芥AtHXK1、蘋果MdHXK1和甘藍(lán)BoHXK1的進(jìn)化關(guān)系較近,而與單子葉植物水稻的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)(圖4)。

        圖2 茶樹 CsHXK1基因的結(jié)構(gòu)分析Fig.2 Structural analysis of CsHXK1 gene in tea plant

        2.3 茶樹CsHXK1蛋白生物信息學(xué)分析

        2.3.1 茶樹CsHXK1蛋白理化性質(zhì)分析 蛋白理化性質(zhì)預(yù)測顯示,茶樹CsHXK1蛋白分子式為C2379H3816N652O709S23,其蛋白分子質(zhì)量為53.63 ku,理論等電點為5.96,含有負(fù)電荷殘基(Asp+Glu)62個,正電荷殘基(Arg+Lys)54個。疏水性分析結(jié)果顯示CsHXK1蛋白的親水區(qū)域大于疏水區(qū)域,且GRAVY指數(shù)為-0.002,表明其屬于親水性蛋白(圖5)。

        實線框為磷酸化位點 The solid line frame is the phosphorylation site;虛線框為ATP結(jié)合位點 The dotted line frame is the ATP binding site;下劃線為底物結(jié)合位點 The underline is the substrate binding site

        圖3 茶樹與其他植物HXK1蛋白的多序列比對
        Fig.3 Multiple sequence alignment of HXK1 from tea plant and other plants

        2.3.2 茶樹CsHXK1蛋白磷酸化分析 磷酸化位點預(yù)測分析顯示,CsHXK1蛋白包含多個磷酸化位點,其中以絲氨酸位點居多,推測其可能受到磷酸化的調(diào)控作用(圖6)。亞細(xì)胞定位預(yù)測結(jié)果顯示CsHXK1蛋白主要定位與葉綠體和細(xì)胞核中;此外,SignalP軟件預(yù)測顯示在CsHXK蛋白的第54~55位氨基酸處存在信號肽。

        圖4 不同物種的HXK1蛋白進(jìn)化分析Fig.4 Phylogenetic analysis of HXK1 protein sequences from different species

        圖5 茶樹CsHXK1蛋白疏水性分析Fig.5 Hydrophobicity analysis of CsHXK1 protein

        圖6 茶樹CsHXK1蛋白磷酸化位點分析Fig.6 Analysis of phosphorylation site of CsHXK1 protein

        2.4 茶樹 CsHXK1基因啟動子順式作用元件 分析

        利用PLACE軟件對CsHXK1基因上游啟動子區(qū)域的順式作用元件進(jìn)行預(yù)測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)CsHXK1基因啟動子區(qū)域含有與逆境脅迫響應(yīng)相關(guān)的元件,如脫落酸響應(yīng)元件ABRE、機(jī)械損傷響應(yīng)元件Wun-motif、脫水響應(yīng)元件ACGTATERD1和低溫響應(yīng)元件MYBCORE等,還包含多個與激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和糖信號轉(zhuǎn)運(yùn)等相關(guān)的順式作用元件,如TGACG-motif和MYCCONSENSUSAT等 (表1)。

        2.5 茶樹 CsHXK1在不同組織中的表達(dá)分析

        如圖7所示,CsHXK1基因在各個組織中都能被檢測,且呈現(xiàn)出一定的組織表達(dá)特異性,其在茶樹的花器官中表達(dá)量最高,其次是葉片,根和莖中最低。

        2.6 非生物脅迫下茶樹 CsHXK1基因表達(dá)模式分析

        qRT-PCR結(jié)果顯示,在不同脅迫處理下茶樹CsHXK1基因均被誘導(dǎo)表達(dá),但其表達(dá)趨勢存在明顯差異(圖8)。其中,CsHXK1的表達(dá)水平在高溫處理的前12 h快速升高,且在第12 h達(dá)到峰值,約為對照的10倍左右,之后其表達(dá)量急速回落到對照水平;而20% PEG 6000模擬干旱處理下,CsHXK1基因表達(dá)水平逐步上升,在第 48 h達(dá)到對照的6~7倍,但在12 h時有輕微的降低;在低溫處理下,CsHXK1在第2 h受誘導(dǎo)上調(diào)表達(dá),并在第12 h達(dá)到表達(dá)峰值,后期逐漸回落;CsHXK1在鹽處理下一直維持較高的表達(dá)水平。

        表1 茶樹 CsHXK1基因啟動子區(qū)域重要順式作用元件分析Table 1 Analysis of important cis-acting regulatory elements in the upstream regulatory sequence of CsHXK1

        圖7 茶樹 CsHXK1基因在不同 組織中的表達(dá)分析Fig.7 Analysis of expression of CsHXK1 gene in different tissues

        3 討 論

        HXK蛋白不僅能夠催化己糖磷酸化,為植物的生命活動提供能量保證,而且在糖信號轉(zhuǎn)導(dǎo)以及逆境響應(yīng)方面也具有重要的生物學(xué)功能。目前,有關(guān)于HXK蛋白的研究已經(jīng)成為廣泛關(guān)注的熱點[15-16]。

        目前,擬南芥中鑒定有6個HXK成員,其中AtHXK1.2、AtHXK1.3、AtHXL1和AtHXL2基因包含9個外顯子和8個內(nèi)含子[2];Cho等[17]發(fā)現(xiàn)除了水稻OsHXK1之外,絕大多數(shù)的OsHXK含有相同數(shù)量的外顯子和內(nèi)含子。同時, Guo等[18]證實基因的內(nèi)含子數(shù)目與長度對基因的表達(dá)具有重要影響。本研究中筆者也發(fā)現(xiàn)茶樹CsHXK1基因由9個外顯子和8個內(nèi)含子組成,這與小立碗蘚[19]和蘋果[20]HXK的研究結(jié)果一致,表明單、雙子葉植物的HXK1基因的結(jié)構(gòu)均高度保守,推測其發(fā)揮著類似的生物學(xué)功能。另外,信號肽預(yù)測顯示茶樹CsHXK1蛋白在N端具有信號肽,這暗示CsHXK1可能是分泌性蛋白,其在信號肽的作用下,運(yùn)輸?shù)街更c地點后對其目標(biāo)底物進(jìn)行磷酸化作用[20]。前人的研究指出,植物HXK蛋白在細(xì)胞中的定位具有明顯的不同,如擬南芥AtHXL2和AtHXL3定位于線粒體膜上[2],煙草HXK蛋白則定位于葉綠體[21],還有一些單子葉植物如水稻玉米的HXK蛋白定位于細(xì)胞質(zhì)內(nèi)[21],且不同的亞細(xì)胞定位也導(dǎo)致其功能上的差異[22]。筆者預(yù)測發(fā)現(xiàn)茶樹CsHXK1蛋白主要定位于葉綠體和細(xì)胞核中,結(jié)合Cho等[11]研究認(rèn)為細(xì)胞核內(nèi)的HXK蛋白能夠與VHA-B1和RPT5B結(jié)合成復(fù)合體,并作用于葡萄糖信號調(diào)節(jié)基因的啟動子,以此調(diào)控目的基因的表達(dá);而定位于葉綠體中的HXK在功能上主要是對葉綠體中的己糖進(jìn)行磷酸化[19,23],推測茶樹CsHXK1蛋白可能在葉綠體和細(xì)胞核中也具有相類似的功能,然而這需要進(jìn)一步試驗驗證。

        圖8 茶樹 CsHXK1基因的表達(dá)模式分析Fig.8 Analysis of expression pattern of CsHXK1 gene in tea plant

        許多研究表明,HXK基因在植物不同組織間的表達(dá)水平有較大差異,對植物的生長發(fā)育起到不同的調(diào)控作用[2,17]。例如,甘薯IbHXK1在成熟的塊莖中表達(dá)較高,參與對淀粉的酵解過程[24];水稻多數(shù)HXK在水稻的未成熟的種子、莖、葉片、花中均有表達(dá),而OsHXK10僅在花中被檢測到[2];蘋果MdHXK1則主要在花中表達(dá),并與花瓣中花青素的積累密切相關(guān)[20]。本研究發(fā)現(xiàn)茶樹CsHXK1也在葉片和花中有較高的表達(dá),表明其可能在上述組織器官中發(fā)揮重要作用。此外,大量研究已證實HXK廣泛參與植物非生物脅迫響應(yīng)過程,例如過表達(dá)擬南芥AtHXK1和AtHXK2能夠明顯增強(qiáng)轉(zhuǎn)基因植株對氧化脅迫的耐受性[8];擬南芥AtHXK2受到干旱、鹽和低溫的顯著誘導(dǎo),而高溫、干旱等逆境也會提升AtHXKL3的轉(zhuǎn)錄水平[9];在水稻和向日葵中,一些HXK的同源基因也不同程度的受非生物脅迫的誘導(dǎo)[25-26]。最近,趙錦等[20]發(fā)現(xiàn)蘋果MdHXK1除了受到鹽、低溫及外源ABA的顯著誘導(dǎo),還發(fā)現(xiàn)其啟動子區(qū)域包含多個與逆境響應(yīng)的相關(guān)元件。本研究亦發(fā)現(xiàn)茶樹CsHXK1基因啟動子區(qū)域含有多個逆境響應(yīng)元件,如ABA響應(yīng)元件、脫水響應(yīng)元件及低溫響應(yīng)元件,這可能與其響應(yīng)逆境脅迫具有密切的聯(lián)系。同時,qRT-PCR結(jié)果也表明茶樹CsHXK1受到高溫、干旱、低溫及鹽脅迫的顯著誘導(dǎo),這與Li等[27]的結(jié)果高度一致,意味著CsHXK1參與到多種非生物脅迫響應(yīng)過程中。本研究為進(jìn)一步探究茶樹CsHXK1在非生物脅迫響應(yīng)過程中的功能提供了重要的前期參考。

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