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        IL17A在卵巢癌中的表達(dá)水平及潛在機(jī)制的生物信息學(xué)分析

        2020-02-06 06:20:36劉傳麗陳艷思王振國孔祥玲
        東南國防醫(yī)藥 2020年1期
        關(guān)鍵詞:分析

        陳 娟,劉傳麗,陳艷思,王振國,孔祥玲

        0 引 言

        卵巢惡性腫瘤是女性常見的腫瘤之一,其中以上皮癌最多見,卵巢上皮癌死亡率居于各婦科腫瘤之首[1]。由于卵巢體積小,且發(fā)病時缺乏典型癥狀,難以早期發(fā)現(xiàn),這使得挖掘可以提示腫瘤發(fā)生及預(yù)后的標(biāo)志物,并探索其分子調(diào)控機(jī)制成為卵巢癌防治的關(guān)鍵[2-3]。越來越多的研究證明[4-5],炎性微環(huán)境對于惡性腫瘤的發(fā)生及進(jìn)展具有重要作用,白細(xì)胞介素-17(interleukin-17,IL-17)家族是銜接腫瘤與炎癥的關(guān)鍵炎癥因子之一,其中IL-17A 是該家族中最具代表性的成員[6]。既往研究多著重于比較外周血中IL-17A 表達(dá)水平高低與臨床指標(biāo)的相關(guān)性,欠缺長期隨訪數(shù)據(jù)以及相關(guān)分子機(jī)制的深入探討[7-8]。為此本研究首先從臨床樣本出發(fā),驗證卵巢癌患者腫瘤組織與癌旁組織IL-17A 表達(dá)變化差異,隨后借助公開臨床數(shù)據(jù)庫-腫瘤基因組圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)及生物信息學(xué)手段分析IL-17A與患者生存率的相關(guān)性,以及IL-17A 調(diào)控腫瘤的潛在分子機(jī)制,為卵巢癌的防控提供新的線索。

        1 資料與方法

        1.1 研究對象選取我中心婦科2018年1月至11月間收治的原發(fā)性卵巢漿液性囊腺癌患者20例,年齡39~72歲,臨床分期為Ⅰ期4例、Ⅱ期8例、Ⅲ期8例。納入標(biāo)準(zhǔn):①病理證實為卵巢漿液性囊腺癌;②均為首次進(jìn)行手術(shù),手術(shù)范圍包括子宮全切+雙附件切除+大網(wǎng)膜及盆腔淋巴結(jié)清掃;③無遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移;④術(shù)前均未接受化療或放療。排除標(biāo)準(zhǔn):①存在心、肝、腎等重要臟器疾患;②有自身免疫性疾病,或近期存在感染。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn)(批準(zhǔn)號:WJ201712024),患者均簽署知情同意書。

        1.2 標(biāo)本采集及檢測根據(jù)術(shù)中快速冰凍病理結(jié)果,分別提取腫瘤組織及癌旁正常組織,-80℃保存。待所有樣本收集完畢后,采用ELISA 法檢測IL-17A 水平。人IL-17A 試劑盒購自美國R&D Systems公司,酶標(biāo)儀購自美國Thermo Scientific 公司,檢測過程嚴(yán)格按照說明書進(jìn)行。

        1.3 生物信息學(xué)分析

        1.3.1 數(shù)據(jù)來源及生存曲線分析從Omisc 軟件(http://www.linkedomics.org)下載卵巢漿液性囊腺癌患者mRNA 數(shù)據(jù)集,篩選出同時包含IL-17A 表達(dá)水平測定和完整臨床數(shù)據(jù)的病例共549例,按照IL-17A 表達(dá)水平由高到低排序,將排在前50%的患者設(shè)為高表達(dá)組(n=275),剩余患者設(shè)為低表達(dá)組(n=274),應(yīng)用GraphPad Prism繪制2組患者生存曲線。

        1.3.2 IL-17A 相關(guān)基因篩選選取包含IL-17A 表達(dá)水平測定的RNA 基因芯片數(shù)據(jù)共549例,共檢測基因5309個,利用在線分析工具(http://www.linkedomics.org/admin.php)將各基因表達(dá)水平逐一與IL-17A 表達(dá)水平進(jìn)行Pearson 相關(guān)性檢測,選取與IL-17A 表達(dá)呈正相關(guān)且相關(guān)系數(shù)最高50個基因,以及與IL-17A表達(dá)呈負(fù)相關(guān)且相關(guān)系數(shù)最高50個基因,分別繪制基因熱圖[9]。

        1.3.3 富集分析選取P<0.05 且相關(guān)系數(shù)絕對值排在前100 的基因,使用DAVID 在線生物信息學(xué)分析工具(https://david.ncifcrf.gov/)進(jìn)行生物學(xué)注釋和分類,即完成基因本體(gene ontology,GO)富集分析和京都基因與基因組百科全書通路(the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway,KEGG 通路)富集分析。GO 富集分析又分為生物學(xué)過程、細(xì)胞組分和分子功能三個類型。

        1.4 統(tǒng)計學(xué)分析使用SPSS 17.0 軟件進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析。計量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(±s)表示,采用兩獨立樣本t 檢驗,生存時間的比較使用Gehan-Breslow-Wilcoxon 分析,相關(guān)基因篩選采用Pearson 相關(guān)性分析。以P≤0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié) 果

        2.1 卵巢癌組織與癌旁組織IL-17A 水平比較癌組織IL-17A 表達(dá)水平[(7.23±2.11)ng/L]顯著高于癌旁正常組織[(4.19±1.33)ng/L],差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05)。

        2.2 IL-17A 表達(dá)水平差異對生存曲線影響IL-17A 高表達(dá)組中位生存時間高于IL-17A 低表達(dá)組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義[1451 d vs 1348 d,風(fēng)險比(HR)=0.74,95%CI為0.60~0.92,P<0.05],見圖1。

        2.3 IL-17A 相關(guān)基因篩選結(jié)果在檢測的5309個基因中,有2103個基因與IL-17A 存在相關(guān)性(P<0.05),見圖2a。與IL-17A 表達(dá)呈正相關(guān)且相關(guān)系數(shù)最高50個基因見圖2b,與IL-17A 表達(dá)呈負(fù)相關(guān)且相關(guān)系數(shù)最高50個基因見圖2c。其中鈣電壓門控通道亞單位α1(calcium voltage-gated channel subunit alpha1 S,CACNA1S)與IL-17A 表達(dá)水平相關(guān)系數(shù)最高(r=0.6928,P<0.05),見圖2d。

        圖1 IL-17A高表達(dá)組與低表達(dá)組遠(yuǎn)期生存率比較

        2.4 GO 富集分析和KEGG 通路富集分析GO 富集分析結(jié)果顯示,主要涉及的生物學(xué)過程包括生物調(diào)節(jié)、刺激反應(yīng)和多細(xì)胞生物過程,主要涉及的細(xì)胞組分為細(xì)胞膜、細(xì)胞核和囊泡,主要涉及的分子功能為蛋白質(zhì)結(jié)合、離子結(jié)合和轉(zhuǎn)運活性,見圖3。KEGG 通路富集分析顯示,主要涉及的信號通路為泛醌10 和其他萜類醌的生物合成、三磷酸腺苷(ATP)綁定蛋白轉(zhuǎn)運、類固醇生物合成、補體和凝血級聯(lián)反應(yīng)、神經(jīng)活性配體-受體相互作用和神經(jīng)突觸激活,見圖4。

        圖2 與IL-17A相關(guān)性較高的基因篩選結(jié)果

        圖3 與IL-17A呈正、負(fù)相關(guān)的前50個基因的GO富集分析

        圖4 與IL-17A 呈正、負(fù)相關(guān)的前50個基因的KEGG 通路富集分析

        3 討 論

        惡性腫瘤的發(fā)生發(fā)展與其所處微環(huán)境密切相關(guān),炎性細(xì)胞及相關(guān)炎癥因子是腫瘤微環(huán)境的重要組成部分。慢性炎癥可促進(jìn)腫瘤惡變,同時惡變的腫瘤細(xì)胞還可主動募集炎性細(xì)胞,形成適宜生長的炎性環(huán)境[10-11]。IL-17 是T 輔助細(xì)胞17(T helper cell 17,Th17)分泌的炎癥因子,其中IL-17A 作為IL-17家族的主要成員,在自身免疫性疾病和過敏性疾病中扮演重要角色[12]。近期研究發(fā)現(xiàn),其在卵巢癌的發(fā)生與發(fā)展中同樣發(fā)揮重要作用。陳獻(xiàn)等[13]發(fā)現(xiàn)卵巢癌患者癌組織中IL-17A 陽性率顯著高于卵巢交界性腫瘤和良性卵巢腫瘤患者的腫瘤組織,熊雯等[14]亦發(fā)現(xiàn)卵巢癌患者血清中IL-17 表達(dá)顯著上調(diào)。本研究通過卵巢漿液性囊腺癌患者腫瘤組織的檢測發(fā)現(xiàn),IL-17A 在癌組織中的表達(dá)顯著高于癌旁組織,這與多數(shù)研究結(jié)果一致,這可能是由于慢性炎癥的存在可削弱機(jī)體的免疫功能,促進(jìn)腫瘤血管生成及腫瘤細(xì)胞的增殖、轉(zhuǎn)移[15-17]。

        但是亦有研究發(fā)現(xiàn),IL-17在促進(jìn)腫瘤內(nèi)部的血管生成和腫瘤細(xì)胞遷移侵襲的同時,又可通過增強細(xì)胞毒性T細(xì)胞活性從而抑制肥大細(xì)胞瘤及漿細(xì)胞瘤的生長,即IL-17 在腫瘤的形成中具有雙重作用[18],這提示需要更多的臨床隨訪數(shù)據(jù)去觀察IL-17A 與惡性腫瘤患者預(yù)后的關(guān)系,以便于進(jìn)一步探討IL-17A 的作用機(jī)制并制定防治策略。TCGA 數(shù)據(jù)庫在過去的十余年里收錄了加拿大和美國地區(qū)11 000 多例腫瘤組織以及相匹配的正常組織,和約2.5 PB 的高通量基因組測序結(jié)果,TCGA 創(chuàng)建的基因組數(shù)據(jù)分析流程,可有效收集、選擇和分析組織基因組改變,并結(jié)合收錄患者的診斷和治療信息,為改進(jìn)癌癥預(yù)防、早期檢測和治療提供了強大的研究基礎(chǔ)[19]。本研究通過對TCGA 數(shù)據(jù)庫中549例卵巢漿液性囊腺癌患者的隨訪數(shù)據(jù)進(jìn)行分析后發(fā)現(xiàn),IL-17A 表達(dá)水平升高提示預(yù)后良好,這與Lan 等[20]的研究結(jié)果類似,其通過對104例卵巢癌患者的隨訪發(fā)現(xiàn),IL-17高表達(dá)與晚期卵巢癌中無進(jìn)展生存期的改善相關(guān)。這可能由于腫瘤細(xì)胞在募集炎癥因子的同時,炎癥因子本身也可作為一種第二信使,刺激腫瘤細(xì)胞微環(huán)境中免疫細(xì)胞的聚集,特別是T細(xì)胞,從而增強腫瘤細(xì)胞的清除,IL-17A 介導(dǎo)的細(xì)胞殺傷作用強于慢性炎癥帶來的腫瘤血管生成作用,故呈現(xiàn)為IL-17A高表達(dá)促進(jìn)了患者遠(yuǎn)期生存率的提高。

        但是IL-17A 具體作用的靶點尚不明確,為此本研究基于TCGA 數(shù)據(jù)庫中的基因檢測結(jié)果,篩選出與IL-17A 表達(dá)密切相關(guān)的基因,并進(jìn)行富集分析,以求挖掘出潛在機(jī)制。結(jié)果可見,CACNA1S 與IL-17A 表達(dá)水平相關(guān)性最為明顯。CACNA1S 基因位于染色體1q31-32 上,編碼L-型鈣通道的主要功能單位α1 亞基。al 亞基包含4個同源的結(jié)構(gòu)域,它們排列對稱,圍成中間的親水通道,隨膜電位發(fā)生變化而形成構(gòu)象變化,調(diào)節(jié)通道的開閉[21-22]。研究結(jié)果提示卵巢漿液性囊腺癌的發(fā)展與電壓門控通道的改變存在相關(guān)性,這可能是由于前列腺素、趨化因子、炎性細(xì)胞因子等可間接或直接作用于細(xì)胞表面受體,影響胞內(nèi)外的電化學(xué)梯度,使胞內(nèi)Ca2+濃度發(fā)生改變,影響腫瘤細(xì)胞的增殖與腫瘤血管形成。

        GO 富集分析結(jié)果提示,多數(shù)相關(guān)基因與蛋白質(zhì)結(jié)合和生物調(diào)節(jié)相關(guān),編碼蛋白主要定位于細(xì)胞膜,這也與篩選出的CACNA1S 基因功能高度一致。KEGG 通路富集分析顯示,相關(guān)基因主要集中于泛醌10 和其他萜類醌的生物合成通路。泛醌10 又稱輔酶Q10,與多數(shù)類固醇、類萜等生物分子類似,主要由乙酰輔酶A 經(jīng)甲羥戊酸途徑合成[23],作為線粒體氧化呼吸鏈中的內(nèi)源性抗氧化劑和電子載體,其在腫瘤細(xì)胞中可參與鐵死亡過程。鐵是人體生理活動中不可缺少的元素之一,近年來研究表明鐵元素可參與線粒體氧化磷酸化,并可促使細(xì)胞產(chǎn)生過量活性氧,進(jìn)而損害核酸、蛋白質(zhì)和脂質(zhì)等大分子物質(zhì),導(dǎo)致細(xì)胞死亡,這種新的細(xì)胞死亡形式被稱為鐵死亡[24]。在卵巢惡性腫瘤組織,以及卵巢癌起始細(xì)胞模型中膜鐵轉(zhuǎn)運蛋白含量可顯著減少[25],也提示鐵代謝異常可促進(jìn)卵巢癌細(xì)胞的增殖。

        綜上所述,本研究通過臨床標(biāo)本驗證了IL-17A在卵巢癌中的表達(dá)差異,及其與預(yù)后的相關(guān)性,并進(jìn)一步基于IL-17A從數(shù)據(jù)庫挖掘卵巢癌的潛在作用機(jī)制,發(fā)現(xiàn)IL-17A 相關(guān)基因的功能特征主要富集在細(xì)胞膜表面的電壓門控通道的調(diào)控及細(xì)胞凋亡過程,為IL-17A的臨床價值提供了生物信息學(xué)證據(jù)支持。

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