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        河南辛夷SRAP分子標(biāo)記的引物篩選

        2020-01-14 03:31:32李靖靖
        中州大學(xué)學(xué)報 2019年6期
        關(guān)鍵詞:南召縣辛夷初篩

        王 嵐,張 宏,李靖靖*

        (1.鄭州工程技術(shù)學(xué)院 化工食品學(xué)院,河南 鄭州 450044;2.南陽市南召縣辛夷產(chǎn)業(yè)辦公室,河南 南陽 474650)

        辛夷是我國傳統(tǒng)的名貴中藥材之一,其性溫、味辛,具有祛風(fēng)散寒、開穴通竅之功能,在我國已有兩千多年的臨床應(yīng)用歷史[1]。辛夷的采集主要集中在花蕾部位,對其有性繁殖產(chǎn)生較大影響。目前國內(nèi)外對辛夷的需求增加,市場前景十分廣闊,但缺乏利用分子標(biāo)記進行遺傳多樣性的研究,種質(zhì)資源的多樣性受到嚴(yán)峻考驗,如何保證辛夷的可持續(xù)發(fā)展是未來面臨的一個重要問題[2]。隨著DNA分子標(biāo)記技術(shù)的不斷發(fā)展和檢測技術(shù)的日益完善,從DNA水平上對品種的遺傳特異性進行快速、準(zhǔn)確、不受季節(jié)或外環(huán)境影響的鑒定成為可能,可為道地品種保護提供理論基礎(chǔ)和法律依據(jù)。本研究旨在篩選出辛夷序列相關(guān)擴增多態(tài)性(Sequence-Related Amplified Polymorphism,SRAP)分子標(biāo)記的引物,為河南辛夷的道地性品牌提供分子學(xué)基礎(chǔ)。

        1 文獻(xiàn)綜述

        辛夷始載于《神農(nóng)本草經(jīng)》[3],是我國民間常用的中藥材,具有抗炎、抗過敏作用[4]。辛夷在我國已有兩千多年的臨床應(yīng)用歷史,其性溫、味辛,具有祛風(fēng)散寒、開穴通竅之功能,臨床上主要用于抗炎、抗病毒治療。辛夷多為栽培,少有野生,藥用原植物較多,種類多樣。辛夷富含芳香類物質(zhì),其中揮發(fā)油含量高達(dá)3%~4%,主要成分為松油二環(huán)烯、桉精油等,是輕化行業(yè)和食品行業(yè)重要的添加劑。此外,辛夷樹種根系發(fā)達(dá),耐干耐寒,生長迅速、樹形及樹冠美觀,花色鮮艷,也是重要的速生和綠化樹種。辛夷是我國傳統(tǒng)的出口商品,近些年,國內(nèi)外對辛夷的需求量日益增加,辛夷價格不斷攀升,市場開發(fā)前景十分廣闊。作為辛夷的原產(chǎn)國,其植株主要分布于河南、湖北、陜西及四川等省。河南省南召縣位于伏牛山東段南麓,長江流域漢水上游,是河南省山區(qū)林業(yè)重點縣之一。南召辛夷具有綠色、無污染、道地性好,藥用價值高,用途范圍廣等優(yōu)點。南召栽培辛夷的歷史悠久,《本草綱目》上對南召辛夷曾有詳細(xì)記載,把南召辛夷列為“本經(jīng)上品”;《河南省志》第五十八卷記載,辛夷花應(yīng)用始于元末明初,以南召所產(chǎn)之地最佳;1977 年南召辛夷被《中華人民共和國藥典》列為正品,在國際市場上素有“南召辛夷不驗貨”的嘉譽。2001年3月,原國家林業(yè)局和中國經(jīng)濟林協(xié)會將南召縣作為首批命名的全國唯一“中國辛夷之鄉(xiāng)”;2003 年,南召辛夷及其制品獲得原國家質(zhì)檢總局原產(chǎn)地保護注冊認(rèn)證。南召縣栽培辛夷的歷史悠久,為歷史上辛夷的原產(chǎn)地,但目前市場品系混亂,真?zhèn)坞y辨,嚴(yán)重影響辛夷藥品質(zhì)量及道地藥材的品牌效應(yīng)[2]。目前,國內(nèi)外有關(guān)以辛夷種質(zhì)資源為研究對象的報道不多,且辛夷的研究主要集中于化學(xué)成分分析、臨床應(yīng)用、栽培技術(shù)、品種選育、種屬分類等方面[2,5-6],利用分子標(biāo)記進行遺傳多樣性研究的報道甚少,僅見郭樂等[7]利用ISSR 標(biāo)記對野生望春玉蘭種質(zhì)資源遺傳多樣性進行過比較分析,這對于人工栽培的辛夷種質(zhì)資源多樣性研究和種質(zhì)鑒定而言,提供的分子水平的理論依據(jù)不夠充分,也無法為“河南辛夷”道地性品牌的保護提供有力的支撐。

        利用DNA 分子標(biāo)記能科學(xué)準(zhǔn)確地鑒定植物品種以及種質(zhì)資源材料的遺傳特性,對遺傳資源保護和利用、遺傳資源評價、種子質(zhì)量鑒定和道地性品牌權(quán)益保護具有重要意義[8]。目前已經(jīng)建立的DNA分子標(biāo)記技術(shù)有十多種, 但每種方法的復(fù)雜性、可靠性均不相同。SRAP分子標(biāo)記是分析植物材料遺傳背景的有力工具,它通過獨特的雙引物設(shè)計對基因的開放式閱讀框特定區(qū)域進行擴增,因不同個體以及物種的內(nèi)含子、啟動子與間隔區(qū)長度不同而產(chǎn)生多態(tài)性。趙秀娟等[9]利用SRAP篩選標(biāo)記研究43份苦瓜的遺傳多樣性表明:平均每對引物擴增可得到14.15條多態(tài)性譜帶,多態(tài)性位點42.11%。SRAP分子標(biāo)記具有簡便、產(chǎn)率高、可顯示大量的共顯性標(biāo)記、易從序列中得到分離的條帶等優(yōu)點,在遺傳學(xué)和育種學(xué)領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用前景,目前已在國內(nèi)外廣泛應(yīng)用于各類農(nóng)作物、中藥材等的種質(zhì)資源多樣性研究領(lǐng)域[10]。

        2 材料與方法

        2.1 實驗材料

        采取河南省南召縣辛夷樹種盛花期的花蕾,共34個個體,由河南省南陽市南召縣辛夷產(chǎn)業(yè)辦公室張宏提供 (見表1),采摘后用自封袋封裝,-70℃冰箱凍存。

        2.2 實驗儀器

        DP305植物基因組DNA提取試劑盒:天根生化科技(北京)有限公司;NanoDrop 2000C 微量分光光度計:美國NanoDrop 公司;Tanon1600凝膠圖像處理系統(tǒng):上海天能科技有限公司。

        表1 河南辛夷編號及品種名稱

        2.3 實驗方法

        2.3.1 DNA提取及檢測

        每個品種稱取70~100mg移入研缽,加入少量石英砂,研磨成細(xì)粉末狀。將粉末加入2.0mL離心管中,應(yīng)用植物基因組DNA提取試劑盒(北京天根,DP305),嚴(yán)格按照說明書步驟提取DNA。用微量分光光度計(美國NanoDrop 2000C)測定DNA的OD值及A260/280值,分光光度計測定DNA濃度,-70℃冰箱凍存?zhèn)錅y。

        2.3.2 SRAP-PCR反應(yīng)體系及檢測

        參考2001年由LI和QUIROS[11]創(chuàng)建的SRAP方法,并對擴增體系和程序進行優(yōu)化。正反向引物由上海捷瑞生物工程有限公司合成(見表2)。通過正反向引物正交實驗,組成36對SRAP引物組合,對34個辛夷品種進行初篩。 PCR擴增采用25μL反應(yīng)體系,其中2.5μL 10×PCR buffer(含MgCl2),1μL 2.5 mmol·L-1dNTPs,正反向引物各1 μL,模板DNA 30ng,Taq DNA 聚合酶 0.2 μL,余雙蒸水補齊。擴增程序:94℃ 預(yù)變性3 min;94℃ 變性1 min,35℃退火1min,72℃延伸1 min,5個循環(huán);94℃ 變性1 min,50℃退火1 min,72℃延伸5min,35個循環(huán);4℃保存。在含有核酸染料的1.8%瓊脂糖凝膠,電極緩沖液為0.5×TBE,110 V電壓下對PCR產(chǎn)物進行電泳分離,電泳后用 Tanon1600(上海天能)凝膠圖像處理系統(tǒng)對凝膠進行拍照。

        表2 SRAP所用引物序列(5’- 3’)

        2.3.3 優(yōu)化體系的驗證

        利用優(yōu)化好的SRAP反應(yīng)體系,對34個河南辛夷品種進行PCR擴增,分析多態(tài)性。

        3 結(jié)果

        3.1 河南辛夷基因組DNA的檢測結(jié)果

        經(jīng)分光光度計測定,所有樣品的DNA A260/280值在1.7~1.9,材料的基因組DNA質(zhì)量和濃度都較高,滿足本試驗的要求。

        3.2 引物的篩選

        3.2.1 初篩

        將34個河南辛夷品種的DNA各取1ul,作為混合DNA,對所有的引物組合進行初篩 (圖1A),初步篩選出10對引物組合。

        3.2.2 復(fù)篩

        在初篩的基礎(chǔ)上,對選出來的10對引物組合用34個辛夷品種進行復(fù)篩(圖1B),共篩選出8對引物組合 (見表3),滿足背景干凈、條帶清晰、擴增條帶豐富的條件,可用于深入的研究。

        圖1 SARP部分引物的初篩和復(fù)篩

        3.3 河南辛夷多態(tài)性分析

        應(yīng)用篩選出的8對引物對34個河南辛夷品種進行PCR擴增,共擴增出107條譜帶,83條多態(tài)性譜帶,其中多態(tài)性比例為77.57%。每個引物組合的擴增條帶為11~17(表3),DNA擴增產(chǎn)物的大小在100~2000bp。

        表3 復(fù)篩的SRAP引物組合序列(5’- 3’)及擴增結(jié)果

        4 結(jié)論

        本研究運用SRAP分子標(biāo)記對河南省南召縣的34個辛夷品種進行了研究,經(jīng)過初篩和復(fù)篩,最終選出8對背景干凈、條帶清晰、擴增條帶豐富的引物組合,并進行辛夷多態(tài)性分析,共擴增出107條譜帶,83條多態(tài)性譜帶,其中多態(tài)性比例為77.57%,為今后河南辛夷在SRAP分子標(biāo)記方面的研究提供依據(jù),且能滿足對辛夷的多態(tài)性分析、聚類分析等。為辛夷品種分類鑒別、種群進化潛力、優(yōu)質(zhì)種質(zhì)資源的保護和選育提供可靠的分子學(xué)證據(jù),對從源頭保障“河南辛夷” 藥材道地性具有重要現(xiàn)實意義,為進一步研究打下基礎(chǔ)。

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