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        大花無柱蘭遺傳多樣性的SRAP標記分析

        2019-12-19 08:43:54周夢瑩唐露靜黃檬檬徐佳璐魯鍇杰朱欣蔣明
        浙江大學學報(理學版) 2019年6期
        關鍵詞:居群大花多態(tài)性

        周夢瑩,唐露靜,黃檬檬,徐佳璐,魯鍇杰,朱欣,蔣明

        (臺州學院生命科學學院,浙江臺州 318000)

        大花無柱蘭(Amitostigma pinguiculum)隸屬于蘭科(Orchidaceae)無柱蘭屬,為浙江特有種,主要分布在溫州、金華、麗水和臺州等地,通常生長在海拔250~400 m的潮濕且有覆土的巖石上或溝邊草叢中,入國家Ⅱ級保護植物名錄[1-2]。大花無柱蘭為多年生草本植物,花型奇特、花色艷麗、姿態(tài)優(yōu)美,具有很高的觀賞價值,可用于盆栽、片植或點綴假山(見圖1);大花無柱蘭的塊莖、全草均可入藥,具有活血化瘀和解毒消腫等功效[1]。近年來,由于山地開發(fā)、生境破壞和過度采挖等,大花無柱蘭的植株數(shù)量急劇減少。大花無柱蘭對生存環(huán)境的要求較高,繁殖能力較弱,根據(jù)筆者多年的野外觀察和調查,該植物在部分地區(qū)已絕跡。大花無柱蘭已列入《野生動植物瀕危物種國際貿易公約》,該物種亟待研究和保護[2]。

        圖1 大花無柱蘭及其生境Fig.1 Amitostigma pinguiculum and its habitat

        近年來,分子生物學技術發(fā)展迅速,分子標記技術日新月異。限制性片段長度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)、擴增片段長度多態(tài)性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)和相關序列擴增多態(tài)性(sequence related amplified polymorphism,SRAP)等已廣泛應用于遺傳多樣性分析和種質資源鑒定等[3]。每種標記都有各自的優(yōu)缺點,其中SRAP具有操作簡便、結果穩(wěn)定和多態(tài)性豐富等特點?;蛲怙@子的G/C含量通常十分豐富,而非編碼區(qū)序列,如啟動子與內含子中A/T堿基較多,根據(jù)外顯子的特點開發(fā)特定的SRAP引物用于擴增特定的片段[4-5]。SRAP分子標記已成功應用于馬鈴薯(Solanum tuberosum)、玉米(Zea mays)、甜瓜(Cucumis melo)、芒果(Mangifera indica)、茄子(Solanum melongena)等植物的遺傳多樣性研究[6-9]。目前尚無見有關大花無柱蘭遺傳多樣性研究的報道。本研究采用SRAP分子標記技術,對10個居群的115份大花無柱蘭材料的基因組DNA進行PCR擴增,并進行遺傳多樣性分析,旨在為該物種的保護和合理利用提供依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        大花無柱蘭實驗材料分別采集自溫州雁蕩山、臺州天臺山、寧海逐步和金華方巖山等10個樣地,共有樣品115份(見表1)。采樣時遵循隨機原則,同一居群不同樣點的間隔均在10 m以上。取新鮮、健康的葉片置于自封袋中,帶回實驗室后用大量的無菌水沖洗,晾干后置于-80℃超低溫冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2 方法

        1.2.1 葉片DNA的提取

        稱取0.1 g葉片放置在預冷的無菌研缽中,加入適量液氮用研棒磨成粉末。根據(jù)北京鼎國昌盛生物技術有限責任公司的“新型植物基因組DNA快速提取試劑盒”的說明書提取DNA。

        1.2.2 SRAP引物的篩選及PCR擴增

        利用81對引物組合,對DNA樣品進行PCR擴增與分析,篩選出多態(tài)性好、重復性高的引物組合。PCR反應采用優(yōu)化后的體系(20 μL):15.3 μL ddH2O、2.0 μL 10×緩沖液 、0.5 μL dNTPs(10mmol·L-1)、上游與下游引物各0.5 μL(20 μmol·L-1)、30 ng模板 DNA和0.4 μLTaqDNA聚合酶(2 U·μL-1)。PCR程序如下:94℃預變性5 min;94℃變性 1 min,35℃退火 1 min,72℃延伸 1 min,共 5個循環(huán);然后94℃處理1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1 min,總共 35個循環(huán);72℃延伸 10 min;PCR樣品保存于4℃冰箱備用。產物全部用于電泳,電泳在1%的瓊脂糖凝膠上進行,電泳45 min(電壓125 V、電流55 mA)后在凝膠成像系統(tǒng)上拍照記錄。

        表1 大花無柱蘭10個居群的基本信息Table1 Sampling information of ten Amitostigma pinguiculum populations

        1.2.3 數(shù)據(jù)分析

        根據(jù)電泳結果統(tǒng)計條帶數(shù)目,將強帶或可分辨的弱帶賦值“1”,其余賦值“0”,構建 0/1矩陣。利用PopGen 32軟件進行數(shù)據(jù)分析,計算多態(tài)性條帶比率(percentage of polymorphic loci,PPB)、Nei's基因多樣性指數(shù)(H)、Shannon's指數(shù)(I)、遺傳距離(D)、遺傳一致性、總的居群基因多樣性(Ht)、居群間基因分化度(Gst)和基因流(Nm)。采用Ntsys 2.0軟件構建聚類分析圖,參數(shù)采用默認值。

        2 結果與分析

        2.1 SRAP引物篩選及PCR擴增結果

        引物篩選結果表明,共有9對引物可擴增出多態(tài)性豐富、重復性高、穩(wěn)定性好的條帶(見表2)。利用這9個引物組合對115份DNA樣品進行SRAPPCR擴增,共得到305條譜帶,片段大小主要在100~2 000 bp(見圖2)。這些譜帶均為多態(tài)性條帶,PPB為100%。引物組合擴增得到的條帶數(shù)在25~42,平均 33.89條;其中,ME5/em4組合擴增的條帶最多,其次為ME9/em8(40條),ME1/em5組合最少。擴增的條帶清晰且多態(tài)性豐富。

        2.2 遺傳多樣性分析

        在物種水平上,大花無柱蘭的多態(tài)性比率(PPB)為100%,Nei's基因多樣性指數(shù)(H)為0.209 8,Shannon's指數(shù)(I)為0.340 2;在居群水平上,PPB在24.59%~52.13%,平均為32.00%,其中HY的多態(tài)性最高,TT的多態(tài)性最低。H值在0.079 6~0.165 5,平均為0.100 9;I值在 0.120 9~0.252 3,平均為0.153 7。各居群H和I值的大小與PPB的高低大體一致,HY和FY 2個居群的大花無柱蘭具有較高的遺傳多樣性,而TT、XS和YD 3個居群的遺傳多樣性較低。

        表2 SRAP引物序列及擴增結果Table2 SRAP primer sequences and the results of amplification

        圖2 引物組合ME1/em5對部分大花無柱蘭樣品的SRAP擴增圖譜Fig.2 SRAP amplification profiles of some Amitostigma pinguiculum samples with primer combination ME1/em5

        2.3 不同居群的遺傳分化

        根據(jù)PopGen 32軟件的計算結果,大花無柱蘭總的居群基因多樣性(Ht)為0.210 7,居群間基因分化度(Gst)為0.520 9,基因流(Nm)為0.459 9。根據(jù)居群間基因分化度估算,52.09%的遺傳變異來自居群間,而47.91%的遺傳變異源自居群內,居群內的遺傳分化程度略低于居群間。

        2.4 聚類分析

        基于0/1矩陣,利用PopGen 32計算大花無柱蘭各居群之間的遺傳距離與遺傳一致性,結果表明,各居群的遺傳距離為0.091 9~0.198 4,平均為0.145 9;遺傳一致性為0.823 1~0.912 2,平均為0.867 5。HY和YD之間的遺傳距離最大,其次是HY與ZB,遺傳距離最小的是居群KC和LT(見表3)。遺傳一致性最低的是HY和YD,其次是HY和ZB,遺傳一致性最高的是KC和LT,遺傳距離和遺傳一致性兩者的表現(xiàn)規(guī)律一致。

        由Nei's遺傳一致性,用非加權配對類平均(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGAM)法進行聚類分析。結果表明,10個居群的大花無柱蘭可分為3組,第1組包括布袋山、方巖山、括蒼山、蘭田、藤嶺、天臺山、西山和逐步8個居群;第2組僅雁蕩山1個居群;第3組僅劃巖山1個居群。第1組又可分為4個亞組,其中第1亞組包括布袋山和方巖山,第2亞組包括括蒼山和蘭田,第3亞組僅為藤嶺,第4亞組包括天臺山和西山(見圖3)。除方巖山外,聚為同一類的居群在地理位置上較近,說明地理分布與親緣關系的相關性較為顯著。

        表3 大花無柱蘭10個居群的遺傳距離與Nei's遺傳一致性Table3 Genetic distance and Nei's genetic identity of ten Amitostigma pinguiculum populations

        圖3 基于遺傳一致性的UPGAM聚類圖Fig.3 UPGAM dendrogram of Amitostigma pinguiculum based on genetic identity

        3 討 論

        我國是一個植物資源豐富的國家,但野生植物的保護沒有引起足夠的重視,生物多樣性正面臨嚴重威脅[10-11]。前人的研究結果表明,特有種或瀕危物種的遺傳變異水平通常比廣布種低[10,12-15];但近年來有不少報道表明,部分瀕危物種或特有種具有較高的遺傳多樣性水平[12,16-17]。衡量遺傳多樣性的高低可以用PPB作為指標,其值越大,多樣性越高[18]。謝國文等[14]利用ISSR分子標記技術研究永瓣藤(Monimopetalum chinense)的遺傳多樣性,發(fā)現(xiàn)永瓣藤的PPB僅為39.2%,其遺傳多樣性水平較低;汪小全等[15]發(fā)現(xiàn)銀杉(Cathaya argyrophylla)的PPB僅為32%,認為銀杉瀕危的原因之一是低水平的遺傳多樣性。而劉丹等[17]對中國特有植物鵝掌楸(Liriodendron chinense)進行RAPD分析的結果表明,該物種的PPB高達88.98%,表明其具有較高的遺傳多樣性,推測瀕危的原因是生殖隔離。本研究利用SRAP分子標記技術對10個居群的大花無柱蘭進行分析,在物種水平上其PPB為100%,H為0.209 8,I為0.340 2,多樣性指數(shù)均處于較高水平,表明大花無柱蘭具有豐富的遺傳多樣性。

        大花無柱蘭居群間的基因分化度(Gst)為0.520 9,遠高于多年生草本植物(0.233)、特有種(0.248)和狹域種(0.242),表明大花無柱蘭在居群內和居群間均出現(xiàn)了較高水平的遺傳分化,其中有52.09%的遺傳變異存在于居群間,47.91%的遺傳變異存在于居群內,與王靜等[19]研究的瀕危植物連香樹(Cercidiphyllum japonicum)的結果相似。根據(jù)估算值的大小,基因流(Nm)分為高、中、低3個水平,而種群間的遺傳分化與Nm值呈負相關關系,高水平的基因流可以阻止居群之間的遺傳分化[20-21]。大花無柱蘭的Nm值為0.459 9,略小于0.5,基因流呈中等水平,可能不足以抵抗居群內因遺傳漂變引起的遺傳分化,推測有限的基因流可能導致其較高的遺傳分化水平。HAMRICK等[22]指出,異交和接觸性傳粉是植物保持較高遺傳多樣性的重要原因,大花無柱蘭具有較高水平的遺傳多樣性可能與此有關。大花無柱蘭的花朵具備引誘昆蟲的特征,在無柱蘭屬中花型最大,且花色艷麗、形狀奇特,推測對傳粉昆蟲具有較大的吸引力[1]。大花無柱蘭具有較高的遺傳多樣性和遺傳變異性,但植株數(shù)量很少,除人為采挖外,推測與大花無柱蘭對生境變化較為敏感有關。

        4 結 論

        以珍稀植物大花無柱蘭為材料,利用9個引物組合,共獲得305條譜帶。在物種水平上,多態(tài)性比率(PPB)為100%,Nei's基因多樣性指數(shù)(H)為0.209 8,Shannon's指數(shù)(I)為0.340 2;在居群水平上,PPB為24.59%~52.13%,H為0.079 6~0.165 5,I為0.120 9~0.252 3。居群基因分化度(Gst)為0.520 9,基因流(Nm)為0.459 9,遺 傳 距 離為0.091 9~0.198 4。大花無柱蘭的遺傳多樣性較為豐富,居群間存在一定的遺傳分化和基因交流,可采用就地保護和人工栽培等方式對該物種進行保護。

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