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        基于數(shù)字全息顯微的海洋浮游生物三維形貌快速重建方法研究*

        2019-12-07 12:52:30郭卜瑜劉惠萍王姣姣王金城
        關(guān)鍵詞:菲涅爾橈足類全息圖

        王 添, 于 佳, 郭卜瑜, 劉惠萍, 王姣姣, 王金城

        (中國海洋大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院,山東 青島266100)

        海洋浮游生物探測對于海洋生態(tài)研究和環(huán)境監(jiān)測具有重要意義[1-2]。數(shù)字全息顯微技術(shù)[3-5]作為一種光學(xué)測量方法,與傳統(tǒng)的探測技術(shù)相比,可以實現(xiàn)浮游生物原位、實時、無損壞、快速、大視場、大景深、三維立體探測,因此,被廣泛應(yīng)用于海洋浮游生物的探測與研究。

        目前,各種數(shù)字全息或數(shù)字全息顯微系統(tǒng)已用于海洋浮游生物的原位探測,例如,英國阿伯丁大學(xué)的Watson等設(shè)計研制了水下全息照相系統(tǒng)HoloCAM[6],該系統(tǒng)成功應(yīng)用于海洋浮游生物的實地探測,浮游生物的尺寸從幾十微米到幾十毫米不等,分辨率可達到50 μm。HoloCAM系統(tǒng)能夠同時記錄同軸和離軸全息圖,通過分層再現(xiàn),可以精確確定生物個體的大小、輪廓和相對位置。美國MIT的Loomis等DHI(Digital Holographic Imaging)系統(tǒng)搭載深海探測設(shè)備,拍攝記錄了深海浮游生物的同軸全息圖,分辨率可達到2.2 μm[7-8]。中國海洋大學(xué)的于佳團隊[9]也成功將數(shù)字全息顯微系統(tǒng)用于海洋浮游生物探測,分辨率可達到7.8 μm。

        然而,以上對海洋浮游生物的探測也只是得到其二維平面圖,在一定程度上很難反應(yīng)物體的三維形貌特征,而三維形貌特征作為浮游生物識別歸類和建立三維數(shù)據(jù)庫的重要依據(jù),對海洋生態(tài)環(huán)境檢測和保護有著重要的意義。因此,本文通過對基于離軸菲涅爾數(shù)字全息顯微的探測實驗進行研究,記錄浮游生物的全息圖,全息圖再現(xiàn),通過改進的相位恢復(fù)方法,對相位畸變預(yù)消除,直接得到正確的相位信息,避免了后期復(fù)雜的相位補償計算,從而對浮游生物三維形貌快速恢復(fù)。

        1 相位畸變產(chǎn)生的原因及其矯正

        數(shù)字全息顯微可分為無透鏡傅里葉變換和預(yù)防大離軸菲涅爾全息[10],前者系統(tǒng)結(jié)構(gòu)簡單、緊湊,再現(xiàn)算法簡單(只需要進行一次傅里葉變換),但成像分辨率不高。后者很好的解決了前者分辨率不高的缺點,在顯微成像探測領(lǐng)域應(yīng)用更廣泛。因此本論文基于預(yù)防大離軸菲涅爾系統(tǒng),對海洋浮游生物進行了表面形貌的三維重建研究。然而,在再現(xiàn)像的相位測量過程中,物體折射率不均勻以及系統(tǒng)景深對相位分布的影響,再現(xiàn)像產(chǎn)生相位畸變,相位畸變是指對全息圖進行數(shù)字再現(xiàn)得到的再現(xiàn)像的相位分布,與被測物體實際相位分布之間的差異,本論文中研究的相位畸變包括一次畸變和二次相位畸變[11-12]。

        1.1 一次相位畸變及其矯正

        在離軸菲涅爾數(shù)字全息圖記錄中,物光和參考光分別為O(x,y)、R(x,y),夾角為θ,參考光豎直和水平方向的夾角分別為α、β,參考光表達式如下:

        (1)

        全息圖再現(xiàn)的過程中,若模擬原參考光再現(xiàn),則需要在再現(xiàn)算法中非常準(zhǔn)確的設(shè)置參考光的偏置角,然而這個角度較小無法直接測量。一般的再現(xiàn)算法不考慮這個偏置角度,直接模擬垂直照射的平面波進行再現(xiàn),這樣就出現(xiàn)了數(shù)值模擬的再現(xiàn)光不能準(zhǔn)確的還原傳統(tǒng)光學(xué)全息所用的再現(xiàn)光。因此,再現(xiàn)像的相位產(chǎn)生畸變,成為一次相位畸變。由具體的推算過程可以得到一次相位畸變因子離散化表達式如下:

        (2)

        其中:m和n(m≥-N/2,n≤N/2-1)為再現(xiàn)像面的像素坐標(biāo);Δxi和Δyi為像平面的像素尺寸,其大小根據(jù)不同的再現(xiàn)算法而定。

        一次相位畸變與參考光和物光夾角有關(guān),實際實驗中這一角度無法直接測量,針對這一問題,本論文提出一種改進的卷積再現(xiàn)算法,能準(zhǔn)確設(shè)置再現(xiàn)光的偏置角度,達到矯正一次相位畸變的目的。具體的矯正步驟如下:

        (1)運行菲涅爾再現(xiàn)算法,設(shè)置不同的再現(xiàn)距離對全息圖進行再現(xiàn),得到一系列不同再現(xiàn)距離下的再現(xiàn)像,將這些像中的聚焦像的再現(xiàn)距離代入卷積再現(xiàn)算法中,作為全息圖的再現(xiàn)距離。

        (2)角度定標(biāo)。在卷積再現(xiàn)算法中引入帶有偏置角度的參考光如式(1),α可通過圖像處理軟件(如Photoshop)的標(biāo)尺功能讀取圖干涉條紋的傾斜度數(shù)得出,β是算法中的待測參數(shù),運行卷積算法得到不同β角度下的再現(xiàn)圖,當(dāng)?shù)玫骄劢乖佻F(xiàn)像時,α、β的值即為參考光準(zhǔn)確的偏置角度。

        (3)得到準(zhǔn)確的偏置角度后,利用卷積算法對同樣實驗條件下拍攝的其它全息圖進行處理,提取再現(xiàn)像振幅圖和無畸變的相位圖。

        該方法是在全息圖聚焦位置和參物角都未知的情況下,首先運行菲涅爾算法找到聚焦位置,然后再利用卷積算法確定參考光的偏置角度。定標(biāo)過程稍顯繁瑣,但是,參物角一旦確定,就可以在該條件下進行多次實驗。因此,只需要進行一次定標(biāo)實驗,即可對相位畸變實現(xiàn)預(yù)消除,這相對于在后期對已經(jīng)產(chǎn)生的相位畸變進行繁瑣的相位畸變補償計算,大大加快了相位恢復(fù)的速度。

        1.2 二次相位畸變及其矯正

        預(yù)放大離軸菲涅爾數(shù)字全息記錄光路中,物平面和CCD平面加入了顯微物鏡(MO)用來放大被測樣品的物光場。如圖1所示。

        圖1 預(yù)放大離軸數(shù)字全息記錄光路示意圖Fig.1 Schematic of pre-magnificate off-axisl digital hologram recording system

        被測物經(jīng)MO成像在CCD后面的像平面上,在CCD面接受的是放大的虛像,參考光在CCD面上發(fā)生干涉得到數(shù)字全息圖。在MO成像過程中造成了二次相位畸變。二次相位畸變因子的表達式為:

        (3)

        其中二次畸變因子只與MO的焦距和放大率有關(guān),與參物夾角、記錄距離等條件無關(guān)。

        物光光路的顯微物鏡發(fā)出的球面波引起了二次相位畸變,那么在參考光的光路中引入一個發(fā)出等曲率球面波的顯微物鏡,就可以對相位畸變進行補償。具體方法為:在物光光路不引入被測物的前提下,微調(diào)兩個顯微物鏡,使得兩束光的干涉條紋平行等間距分布。此時兩束光等曲率面彎曲,從而達到消除二次相位因子的目的。

        通過參物角定標(biāo)和引入顯微物鏡,可以在相位畸變之前進行預(yù)消除,避免了后期繁瑣的相位畸變矯正算法研究。

        2 實驗

        2.1 實驗系統(tǒng)簡介

        如圖2為實驗系統(tǒng)光路圖,激光經(jīng)過偏振分光棱鏡(PBS)被分為物光和參考光兩束,兩束光分別經(jīng)過擴束準(zhǔn)直。通過PBS前的λ/2玻片調(diào)節(jié)兩束光的光強比。物光和參考光分別被顯微物鏡1(MO1)和顯微物鏡2(MO2)放大經(jīng)消偏振棱鏡(BS)到達CCD,在CCD上發(fā)生干涉,記錄下干涉條紋,具體實驗設(shè)備參數(shù)見表1。

        圖2 實驗系統(tǒng)光路示意圖Fig.2 Schematic of hologram recording system

        2.2 基于分辨率板的相位畸變預(yù)矯正實驗

        浮游生物分布探測和三維形貌重建之前,首先利用分辨率板對實驗系統(tǒng)定標(biāo)參數(shù)確定。

        第一步:在參考光光路中引入相同參數(shù)的顯微物鏡,微調(diào)兩個顯微物鏡的距離,使得CCD接受到等間距平行的干涉條紋,加入分辨率板拍攝全息圖。

        第二步:利用菲涅爾算法再現(xiàn)全息圖,找到再現(xiàn)距離,本實驗中分辨率板再現(xiàn)距離為d=12 cm時,再現(xiàn)圖清晰、聚焦。

        第三步:將再現(xiàn)距離以及β=43°(在圖像處理軟件中讀取)代入卷積再現(xiàn)算法,設(shè)置不同的參物夾角α再現(xiàn)全息圖,由結(jié)果可知偏置角為α=7.8°,β=43°時,得到居中、清晰的再現(xiàn)像。

        通過偏置角度定標(biāo)和引入等曲率彎曲參考光,對再現(xiàn)像相位畸變進行預(yù)矯正,從而避免了后期繁瑣的后期算法研究。并且,將分辨率板換成其它被測物,進行同樣的處理過程,可以得到被測物無相位畸變的再現(xiàn)像。偏置角度等實驗參數(shù)不變的條件下,被測物更換為海洋浮游生物,進行三維形貌重建實驗。

        表1 實驗系統(tǒng)設(shè)備參數(shù)

        2.3 浮游生物三維形貌重建實驗

        對浮游生物的三維形貌重建,基于其全息圖再現(xiàn)像相位的準(zhǔn)確恢復(fù),需要進行相位畸變預(yù)矯正、相位提取和相位解包裹[13-15]三個步驟;進而對解包裹相位圖三維視覺化從而實現(xiàn)浮游生物的三維形貌重建[16]。文章以橈足類和夜光蟲為例(在山東省青島市沙子口碼頭海水取樣),對其進行表面形貌三維重建。

        系統(tǒng)放大率12.3×記錄單個橈足類浮游生物全息圖。圖3(a)、(b)分別為記錄全息圖、再現(xiàn)距離d=62 mm的振幅再現(xiàn)圖,由于橈足類有一定大小和厚度,整體無法同時聚焦在同一再現(xiàn)平面上,不同再現(xiàn)距離下橈足類的不同部位在焦,圖3(c)、(d)、(e)分為橈足類為:d=62 cm身體聚焦,d=56 cm觸角聚焦,d=84 cm觸須聚焦。

        橈足類不同再現(xiàn)距離下聚焦部分不同,然而前后一定范圍內(nèi),再現(xiàn)像清晰度變化不大,可認(rèn)為仍然在焦。因此,選取再現(xiàn)距離d=62 cm為橈足類聚焦距離。

        圖3 放大率12.3×橈足類全息圖(左上)及其整體和不同部位的振幅再現(xiàn)圖Fig.3 Recording image and amplitude reconstruction image of the whole body and different parts of copecod with 12.3× magnification

        圖4 浮游生物的再現(xiàn)包裹相位圖(左)和解包裹相位圖(右)Fig.4 Wrapped and Unwrapped phase reconstruction image of plankton

        圖4(a)為聚焦距離d=62 cm處的相位包裹圖,利用基于離散余弦變換法對包裹相位圖進行相位解包裹,圖4(b)為解包裹相位圖。

        解包裹相位圖為浮游生物的真實相位分布,相位圖中物體每一點與基準(zhǔn)面存在相位差,根據(jù)整體的相位分布可以得到物體的三維信息分布,在MATLAB中利用這些三維信息對橈足類進行三維重建,圖5為橈足類三維重建圖。

        同理,夜光蟲的三維形貌重建結(jié)果如圖6所示。

        圖5 橈足類浮游生物表面形貌三維重建圖 Fig.5 3D reconstruction image of copepods’ surface profile

        3 分析討論

        浮游生物的厚度、透明度、以及內(nèi)部結(jié)構(gòu)的復(fù)雜程度等都會對相位解包裹的速度和準(zhǔn)確性造成影響,進而影響物體三維重建的效果,由圖5和6可知,透明度高、內(nèi)部結(jié)構(gòu)相對簡單的夜光蟲,在相位畸變預(yù)矯正的基礎(chǔ)上,三維重建圖視覺效果相對較好。

        解包裹相位圖,如圖4(b),反應(yīng)的是物體真實相位分布情況,物體上每一點與基準(zhǔn)面都存在相位差,根據(jù)整體的相位分布可以得到物體的三維信息分布,從而對物體進行三維形貌重建。然而,該三維分布并不是物體表面形貌的實際高度分布,而只是物體相位與基準(zhǔn)面的相對相位差分布,但該分布還是可以在一定程度上反映物體三維形貌信息的。

        圖6 夜光蟲表面形貌三維重建圖Fig.6 3D reconstruction image of noctilucas

        由圖3可知,系統(tǒng)放大率12.3×,橈足類身體線度約為191 μm×175 μm,觸須約為330 μm×19 μm,觸角約為106 μm×30 μm,最小線度均達到3.5 μm。即在放大率為12.3×,系統(tǒng)探測分辨率能達到3.5 μm。

        4 結(jié)語

        本論文將預(yù)放大離軸菲涅爾數(shù)字全息系統(tǒng)與顯微系統(tǒng)相結(jié)合,應(yīng)用于海洋浮游生物表面形貌三維探測實驗研究中。針對透射型浮游生物的細(xì)微結(jié)構(gòu)和表面形貌,對于尺寸不同的橈足類(0.5~1 mm)和海藻類(100~500 μm)都實現(xiàn)了較好的探測效果,得到了三維化圖像數(shù)據(jù)。由于采用改進的再現(xiàn)算法和全息圖記錄光路,對相位畸變進行預(yù)消除,簡化了后期需要對再現(xiàn)像相位畸變進行繁瑣的相位補償計算,這有利于對海洋浮游生物進行實時探測和快速重建。

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