編譯 凌寒

為了解這種病毒的歷史，一個(gè)研究小組致力于從人們還不知道這種病毒存在的時(shí)候開始重建它的基因組。

1966年，一名38歲的男子來(lái)到了現(xiàn)剛果民主共和國(guó)的一家醫(yī)院。除了年齡和性別以外，他的名字，他的癥狀以及他的一切都已經(jīng)被遺忘在了歷史的長(zhǎng)河中。但是他的一個(gè)淋巴結(jié)被收集并保存了下來(lái)。通過(guò)對(duì)該淋巴結(jié)的分析，由亞利桑那大學(xué)的邁克爾·烏羅貝（Michael Worobey）領(lǐng)導(dǎo)的一組研究人員表示，這名男子感染了HIV——可導(dǎo)致艾滋病的病毒。然而，這名男子不會(huì)知道，他的醫(yī)生也不會(huì)知道。17年后，HIV正式被發(fā)現(xiàn)。

通過(guò)從該組織樣本中獲取微小的基因片段，烏羅貝的團(tuán)隊(duì)幾乎完全重建了HIV的基因組，而在此之前，甚至沒(méi)有人知道它的存在。這項(xiàng)工作有助于充實(shí)人類歷史上最重要的一種流行病起源的故事?！皼](méi)有其他方法來(lái)檢驗(yàn)這些關(guān)于人類有史以來(lái)最重要的傳染病之一的起源的重要推斷，”烏羅貝說(shuō)，他花了大約五年的時(shí)間試圖拼湊出那個(gè)微小的基因組，“回顧性研究中，我們可能還會(huì)再做一次，但是工作量大得不得了。”

直到20世紀(jì)80年代，一種神秘的新型綜合征開始影響到美國(guó)男性，HIV才被發(fā)現(xiàn)。它似乎不知從何而來(lái)，但是實(shí)際上幾十年前它就在一個(gè)遙遠(yuǎn)的大陸上產(chǎn)生了。我們知道這一點(diǎn)是因?yàn)殡S著病毒的傳播，它的基因會(huì)發(fā)生變化。通過(guò)比較這些變化并估計(jì)它們發(fā)生的速度，科學(xué)家們可以追溯到HIV病毒進(jìn)化史的最前端。

最有可能的發(fā)源地：喀麥隆南部。估計(jì)的時(shí)間點(diǎn)：20世紀(jì)20年代。就在當(dāng)時(shí)，當(dāng)?shù)匾环N黑猩猩病毒感染了某個(gè)不幸的人，然后進(jìn)入了現(xiàn)在被稱為金沙薩的城市。在一個(gè)人口眾多、宿主數(shù)量巨大的發(fā)展中心，這種新病毒獲得了一席之地，最終在世界各地蔓延滋生。

這段漫長(zhǎng)的歷史意味著，在人們知道是什么使得他們生病之前，許多人肯定已經(jīng)感染了HIV。病理學(xué)家采集了他們的組織樣本，用化學(xué)固定劑處理，包埋入石蠟中，在顯微鏡下檢測(cè)（可能無(wú)濟(jì)于事），然后儲(chǔ)存在抽屜里。這個(gè)過(guò)程（尤其是固定劑）對(duì)構(gòu)成HIV基因組的RNA分子造成了可怕的影響，“但還不足以完全破壞它們，”烏羅貝告訴我，“事實(shí)證明，即使樣本在室溫下被放置在抽屜里50多年，你也可以將其中的RNA提取出來(lái)，即使金沙薩的室溫很暖和。”

但是由于當(dāng)時(shí)HIV還沒(méi)有被發(fā)現(xiàn)，所以很難判斷哪個(gè)舊樣本可能含有病毒的痕跡。找到這些痕跡簡(jiǎn)直就像大海撈針。因此，盡管在HIV被發(fā)現(xiàn)之前進(jìn)行了20年的搜尋，科學(xué)家們卻只在金沙薩發(fā)現(xiàn)了兩次HIV的蛛絲馬跡也就情有可原了。一次是洛克菲勒大學(xué)的大衛(wèi)·何（David Ho）在1959年的血液樣本中發(fā)現(xiàn)了HIV；另一次是烏羅貝在1960年的一個(gè)淋巴結(jié)中發(fā)現(xiàn)了HIV。

在這兩例發(fā)現(xiàn)中，病毒的RNA殘留量已經(jīng)微乎其微——只占總量的1%。這些碎片已經(jīng)足以證明HIV在被發(fā)現(xiàn)之前的幾十年就在已經(jīng)在金沙薩傳播，同時(shí)也足以勾勒出該病毒歷史的輪廓。但由于零散的證據(jù)可能會(huì)誤導(dǎo)人，烏羅貝想要獲得一個(gè)完整的歷史性基因組。

他的同事索菲·格里塞爾斯（Sophie Gryseels）和湯姆·沃茨（Tom Watts）開發(fā)了更靈敏的提取RNA的工具，并將它們應(yīng)用于金沙薩大學(xué)保存的1 600多個(gè)組織樣本中。他們只找到了一個(gè)帶有HIV痕跡的樣本，并花了5年時(shí)間盡自己所能從樣本中提取每一個(gè)RNA片段?！澳憧梢岳梅浅?fù)雜的進(jìn)化模型來(lái)追溯歷史上發(fā)生了什么，但它們?nèi)匀恢皇悄Ｐ投?，”格里塞爾斯告訴我，“利用古老的遺傳物質(zhì)，你可以看到它們真實(shí)的樣子。”

這種古老的病毒與c亞型的病毒最為相似，c亞型是HIV最流行的譜系，也是如今在非洲南部占主導(dǎo)地位的HIV譜系。但1966年的病毒并不屬于這一群體。它更像是一個(gè)遠(yuǎn)房表親，這表明我們今天看到的HIV只是20世紀(jì)60年代金沙薩HIV綜合多樣性的一小部分。這些歷史性病毒中只有少數(shù)爆發(fā)，成為全球性問(wèn)題。

“我們?yōu)槭裁磿?huì)對(duì)化石感興趣？因?yàn)樗鼈冎v述了一個(gè)故事，”佩雷爾曼醫(yī)學(xué)院研究HIV進(jìn)化的比阿特里斯·韓（Beatrice Hahn）說(shuō)道，“這個(gè)HIV‘化石’也不例外。這是進(jìn)化之謎中的重要一環(huán)?！?/p>

研究小組還利用1966年的樣本來(lái)核實(shí)他們與其他人通過(guò)觀察現(xiàn)代病毒收集到的HIV的歷史。令人欣慰的是，這種說(shuō)法基本上是正確的。研究小組估計(jì)，這種病毒最早出現(xiàn)在1896至1905年之間——比其他人的計(jì)算時(shí)間略早一些，但都是在正確范圍之內(nèi)。如今的HIV似乎是其過(guò)去的一個(gè)良好指示器。

病毒并不總是這樣。當(dāng)研究人員發(fā)現(xiàn)青銅時(shí)代乙肝病毒的蹤跡時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)這種病毒的進(jìn)化速度只是所有人想象的1/100，這從根本上修正了對(duì)其起源的估計(jì)。即使是SIV——可感染黑猩猩的HIV的表親——在遙遠(yuǎn)的過(guò)去和近代史上的進(jìn)化速度也各不相同，因此很難弄清它是什么時(shí)候出現(xiàn)的。相比之下，HIV則更為穩(wěn)定?！斑@非常令人振奮。”烏羅貝說(shuō)。

花大量時(shí)間去學(xué)習(xí)那些你所知道的差不多正確的東西，似乎并不能令人多么興奮，但科學(xué)正依賴于這樣的工作。沒(méi)有它，整座科研大廈就只能建立在搖搖欲墜或根本不存在的基礎(chǔ)上。

洛斯阿拉莫斯國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的貝蒂·考博（Bette Korber）說(shuō)，這項(xiàng)研究“令人欽佩”，“HIV出現(xiàn)和傳播的重建非常重要?！笨疾┞氏冗M(jìn)行了這樣的重建：她利用自己和其他人（包括烏羅貝的團(tuán)隊(duì)）反復(fù)使用的一個(gè)基因數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)HIV的起源日期做出了首個(gè)像樣的預(yù)估。她指出，有6 000萬(wàn)至1億人感染了HIV，2 500萬(wàn)至5 000萬(wàn)人已死亡，HIV造成的苦難堪比曾經(jīng)的世界大戰(zhàn)?！癏IV給整個(gè)人類留下了最深重的傷痛。”她說(shuō)道，“這是人類經(jīng)歷的一部分。我們需要理解它?！?/p>

烏羅貝補(bǔ)充說(shuō)，如果沒(méi)有幾十年前收集相關(guān)組織樣本的剛果病理學(xué)家的辛勤工作，這是不可能實(shí)現(xiàn)的。他們的名字不為人知，甚至他們現(xiàn)如今的同行也可能被忽視?！八麄兘?jīng)常不被賞識(shí)，”烏羅貝說(shuō)，“它們不僅能幫助與你直接交流的醫(yī)生，還在保存這些組織方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用，這些組織現(xiàn)在正在幫助我們弄清這種重要病毒的真實(shí)歷史?！?/p>