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        鹿科不同物種血液的分子鑒定

        2019-10-24 02:27:36周辰杰周翠霞張曉晨
        中成藥 2019年10期
        關(guān)鍵詞:物種

        周辰杰,黨 平,周翠霞,張曉晨

        (1.蘇州紅冠莊國藥股份有限公司,江蘇 昆山 215343;2.上海中醫(yī)藥大學中藥學院,上海 201203)

        鹿血為鹿科動物的血液,鹿種的基源產(chǎn)自我國東北地區(qū),據(jù)《本草綱目》記載:“鹿血主陽痿、補虛、止腰痛、鼻衄、跌傷、狂犬傷,和酒服治肺痿吐血,及崩中帶下,諸氣痛欲危者飲之立愈。大補虛損,益精血,解痘毒、藥毒”。鹿血來源于《中國藥典》鹿茸基源梅花鹿Cervus nipponTemminck 或馬鹿Cervus elaphusLinnacus 的新鮮血液,作為珍貴的中藥材在藥用或功能性食品方面被廣泛認可,如鹿血酒、鹿血晶等制品。鹿血飲片含有多種活性成分,并且在人類血液系統(tǒng)疾病和惡性腫瘤的治療中取得良好效果[1-4],其中也包含臨床研究報道[5-6]。因鹿血產(chǎn)品較昂貴,也成為了不法分子造假或者以次充好的對象,近年來有了一些對鹿血真?zhèn)魏推焚|(zhì)檢測的文獻報道,但結(jié)果仍存在一定偏差[7]。為了確保鹿血的真實度和純度,從源頭上控制鹿血的品質(zhì),課題組在相關(guān)鹿血鑒別文獻[8-9]的基礎(chǔ)上采用聚合酶鏈式反應(yīng)技術(shù)(PCR)成功鑒別了包括基源藥材梅花鹿血在內(nèi)的10 種常見物種(鹿、豬、馬、驢、牛、羊、兔、雞、鴨、鵝)血液樣本線粒體DNA 序列上的差異,并且方法簡便快速[10-11],以期為制定鹿血飲片的炮制規(guī)范提供依據(jù)。

        聚合酶鏈式反應(yīng)是一種用于放大擴增特定DNA 片段的分子生物學技術(shù),是生物體外的特殊DNA 復制,其最大優(yōu)勢便是將微量樣品中的DNA 片段大幅增加,從而達到放大核酸信號的目的。PCR 具有極高的反應(yīng)靈敏性和特異性,能夠區(qū)分少至幾個核苷酸堿基的差異,無論是化石中的古生物、或是幾十年前兇殺案遺留的殘骸,只要分離出微量的DNA,就能以PCR 技術(shù)放大,進行比對。由于進化過程中不同物種的遺傳物質(zhì)DNA 存在序列上的保守和多變性,因此物種之間存在一定的差別,其中線粒體DNA 相對基因組DNA 具有更高的突變率和遺傳多變性,因此線粒體DNA序列上的差別及其特異性便更多地運用于不同物種、相近物種及物種內(nèi)部的進化分析和診斷檢驗[12-14]。

        本課題組采用PCR 技術(shù)不但鑒定了鹿血和其他常見家畜家禽血液線粒體DNA 序列的不同,同時也以此技術(shù)鑒別了4 個鹿科物種(東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿,其中東北馬鹿、塔河馬鹿為馬鹿的2 個亞種,共5 種鹿科動物血液)在該序列上的差異,也為來源于不同鹿科物種的血液鑒別提供了依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 鹿血晶制備 取鹿科動物梅花鹿Cervus nipponTemminck 或馬鹿Cervus elaphusLinnacus 的新鮮血液,勻漿,過濾,濾液噴霧,凍結(jié),依法循環(huán)操作,使凍結(jié)物至一定厚度,冷凍干燥,干燥品表面呈紫紅色或紫黑色、具晶體光澤、大小不一的碎片。樣本由蘇州紅冠莊國藥股份有限公司提供。

        1.2 動物樣本 東北梅花鹿(Cervus nipponTemminck)、東北馬鹿(Cervus elaphusXanthopygus)樣本為鮮血,血液樣本中均添加抗凝劑,于-20 ℃保存;塔河馬鹿(Cervus elaphusYarkandensis)、坡鹿(Cervus eldii)樣本為血干粉,白唇鹿(Cervus albirostris)樣本為毛發(fā)(此樣本來源見討論部分);鹿血晶DNA 模板取樣于鹿血晶中藥飲片;所有動物血液樣本均采自蘇州紅冠莊國藥股份有限公司長春分公司,國家重點保護野生動物馴養(yǎng)繁殖許可證號林護馴繁(吉)2014-55。

        1.3 引物 供本實驗鑒定用的引物體系以對比各物種線粒體DNA(mtDNA)上的D-loop 區(qū)序列進行設(shè)計,由上海生工生物工程股份有限公司合成。序列見表1。

        1.4 試劑 DNA 抽提試劑盒(德國Qiagen 公司);預(yù)混Taq 酶(天津市萊博科技有限公司);瓊脂糖(德國Sigma公司);磷酸緩沖液;溴化乙錠;50 bp DNA 分子標記[天根生化科技(北京)有限公司];電泳緩沖液。

        表1 鑒定用引物體系的特異性引物序列

        1.5 儀器 Sigma 1-14 臺式離心機(德國Sigma 公司);Bio-Rad T-100PCR 儀(美國Bio-Rad 公司);HE-120 水平電泳儀、UV-2000 凝膠紫外分析割膠儀(上海天能科技有限公司)。

        1.6 試劑制備 溴化乙錠貯備液10 mg/mL;磷酸緩沖液(NaCl 8 g、KCl 0.2 g、Na2HPO41.42 g、KH2PO40.27 g,加水至1 L,調(diào)pH 7.4);電泳緩沖液(Tris 121 g、EDTA 11.5 g、冰醋酸28.55 mL,加水至500 mL)。

        1.7 鹿鮮血樣本DNA 模板提取[8,13-14]按文獻[5]的鮮血樣本提取方法,使用“DNeasy? Blood & Tissue Kit”試劑盒,或“TIANamp Genomic DNA Kit”試劑盒,以柱親和層析法提取DNA。取動物血液樣本200 μL,置于1.5 mL離心管中,依次加入蛋白酶K、AL 裂解緩沖液,分別吹打混勻;56 ℃水浴保溫10 min;加入無水乙醇,吹打混勻,進樣至DNA 純化柱中,8 000 r/min 離心1 min;棄過濾液,分別加入AW1、AW2 漂洗液,8 000、14 000 r/min 離心1、3 min;棄去過濾液,再離心1 min,將DNA 純化柱移入新1.5 mL 離心管中,加入洗脫緩沖液,室溫放置1 min 后,8 000 r/min離心1 min,取洗脫下的DNA 溶液,作為供試品溶液,置-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.8 鹿血晶樣本DNA 模板提取[10,15]使用DNeasy?Blood & Tissue Kit 或TIANamp Genomic DNA Kit 試劑盒,以柱親和層析法提取DNA。取鹿血晶20 mg,置1.5 mL 離心管中,加入磷酸鹽緩沖液振蕩溶解,加入蛋白酶K、AL 裂解緩沖液吹打混勻,56 ℃水浴保溫10 min,之后按“1.7”項下方法提取。

        1.9 鹿毛發(fā)樣本DNA 模板提取 使用DNeasy? Blood &Tissue Kit 試劑盒,以柱親和層析法提取DNA。取鹿毛發(fā)20 mg,剪碎,置1.5 mL 離心管中,用75%乙醇清洗2 次,再用雙蒸水清洗3 次,加入ATL 緩沖液、蛋白酶K 吹打混勻,于56 ℃ 水浴消化過夜,之后按“1.7”項下方法提取。

        1.10 PCR 反應(yīng)體系和反應(yīng)條件 在200 μL 薄壁管中進行PCR 反應(yīng),反應(yīng)體系的總體積為10 μL,包括預(yù)混Taq 酶5 μL、鑒別引物正反向各1 μL、DNA 模板1 μL、雙蒸水2 μL。將離心管置PCR 儀,PCR 反應(yīng)參數(shù)為94 ℃預(yù)變性5 min,循環(huán)反應(yīng)35 次(94 ℃,45 s;56 ℃,45 s;72 ℃,45 s),延伸(72 ℃)10 min。

        1.11 電泳檢測 采用瓊脂糖凝膠電泳法檢測PCR 產(chǎn)物,瓊脂糖凝膠濃度為1.5%,凝膠中加入核酸染色劑溴化乙錠;PCR 反應(yīng)液的上樣量為8 μL,DNA 分子量標記上樣量為5 μL(0.08 μg/μL)。在120 V 下電泳約30 min。完成電泳后,在紫外透射儀或凝膠成像儀上對凝膠片進行檢測。

        1.12 PCR 檢測 將5 種鹿科物種的DNA 模板按相同比例混合,即各組分的占比為20%,作為PCR 反應(yīng)的模板。在200 μL 薄壁管中進行PCR 反應(yīng),反應(yīng)體系的總體積為10 μL,包括預(yù)混Taq 酶5 μL、鑒別引物正反向各1 μL、混合模板1 μL、雙蒸水2 μL。將離心管置于PCR 檢測儀,PCR 反應(yīng)參數(shù)為94 ℃預(yù)變性5 min,循環(huán)反應(yīng)40 次(94 ℃,45 s;56 ℃,45 s;72 ℃,45 s),延伸(72 ℃)10 min。

        1.13 測序與BLAST

        制備測序樣品的PCR 反應(yīng)總體積為20 μL,反應(yīng)體系包括Taq 酶10 μL、鑒別引物正反向各2 μL、DNA 模板2 μL、無菌雙蒸水4 μL。將離心管置PCR 儀上,反應(yīng)參數(shù)為94 ℃預(yù)變性5 min,循環(huán)反應(yīng)40 次(94 ℃,45 s;56 ℃,45 s;72 ℃,45 s),延伸(72 ℃)10 min。

        PCR 反應(yīng)結(jié)束后,從每一管預(yù)測序樣品中吸取5 μL 電泳檢測,沒有問題便提交測序公司測序。同時,需提交測序樣品所使用的正反向引物各10 μL,濃度5 μmol/L。

        將正反向測序結(jié)果拼接,作為最終測序結(jié)果,使用BLAST 工具對測序結(jié)果進行數(shù)據(jù)庫比對。

        2 結(jié)果

        2.1 PCR 結(jié)果 見圖1~2。

        2.2 方法學考察

        2.2.1 重復性考察 將同批次的供試品以相同的PCR 反應(yīng)體系及反應(yīng)條件重復進行6 次上述PCR 實驗。結(jié)果見圖3~8。

        東北梅花鹿的特異性引物僅對東北梅花鹿DNA 模板特異性擴增出247 bp 大小的條帶,而其他物種DNA 模板無擴增,6 次實驗結(jié)果一致。

        東北馬鹿的特異性引物僅對東北馬鹿DNA 模板特異性擴增出164 bp 大小的條帶,而其他物種DNA 模板無擴增,6 次實驗結(jié)果一致。

        圖1 各樣品DNA 模板特異性擴增條帶

        圖2 5 種鹿的特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        塔河馬鹿的特異性引物僅對塔河馬鹿DNA 模板特異性擴增出299 bp 大小的條帶,而其他物種DNA 模板無擴增,6 次實驗結(jié)果一致。

        坡鹿的特異性引物僅對坡鹿DNA 模板特異擴增出401 bp大小的條帶,而其他物種DNA 模板無擴增,6 次實驗結(jié)果一致。

        白唇鹿的特異性引物僅對白唇鹿DNA 模板特異性擴增出534 bp 大小的條帶,而其他物種DNA 模板無擴增,6 次實驗結(jié)果一致。

        各種鹿科物種的特異性引物都能從混合模板中擴增出相對應(yīng)的鹿科物種特異性大小條帶,6 次實驗結(jié)果一致。

        綜上所述,東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿鑒定用引物體系都表現(xiàn)了很好的一致性,所有陽性、陰性結(jié)果都能夠重復。

        2.2.2 重復性試驗 通過3 家實驗室以相同的方法、條件進行試驗,來考察東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿鑒定用引物體系的重復性。

        2.2.3 中間精密度試驗 同一實驗室的不同人員,在不同時間進行試驗,對東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿鑒定用引物體系進行中間精密度考察,上述重復性試驗便是由不同的人員在不同的時間內(nèi)完成。結(jié)果顯示,均能再現(xiàn)一致的試驗結(jié)果,驗證了梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿鑒定用引物體系的中間精密度。

        3 討論

        由于前期的鹿和其他9 種家畜家禽鑒定用引物體系中的鹿引物無法對于不同鹿種進行鑒別[7],于是課題組建立了這套針對不同鹿種的引物體系,用來鑒別正品鹿血、正品鹿血藥材和飲片的具體來源。

        圖2 顯示,使用東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿鑒定用引物體系來對鹿血晶DNA 模板擴增,其中東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿的引物都能夠從鹿血晶DNA 模板中擴增出條帶,而坡鹿和白唇鹿的引物無此條帶,表明鹿血晶的原料來源為梅花鹿和馬鹿的血液,其中并不含坡鹿和白唇鹿這兩種國家保護動物的血液。

        白唇鹿屬于我國一級保護動物,僅分布于青藏高原,樣本采集困難,課題組從位于四川西部的新路海白唇鹿自然保護區(qū)中采集到了毛發(fā)樣本,從中提取DNA 來進行研究。

        圖3 東北梅花鹿特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        圖4 東北馬鹿特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        圖5 塔河馬鹿特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        圖6 坡鹿特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        圖7 白唇鹿特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        圖8 5 種鹿科物種特異性引物PCR 擴增DNA 條帶

        由于該物種數(shù)量不多,因此在GenBank 數(shù)據(jù)庫中的序列數(shù)據(jù)相比其他鹿種要少很多。在設(shè)計引物時課題組發(fā)現(xiàn),即使在GenBank 有限的白唇鹿序列中,也出現(xiàn)了2 套不一樣的數(shù)據(jù),其中之一為四川大學所提交的HM049636.1 等,另一套為法國和吉林的研究者提交的JN632690.1 與GQ304765.1 等,這2 套不同的序列經(jīng)過對比表現(xiàn)出了很大的不一致性,其區(qū)別已經(jīng)和其他同屬不同種的鹿物種之間的序列差別相當。課題組無法設(shè)計一套引物來涵蓋這2 種白唇鹿并將其與其他鹿種區(qū)分開來,于是根據(jù)這2 套數(shù)據(jù)分別設(shè)計了引物。

        通過PCR 實驗以及測序驗證,課題組從新路海所采集的白唇鹿標本能夠匹配上述后一套數(shù)據(jù),既法國和吉林的研究者所提交的數(shù)據(jù);自然PCR 產(chǎn)物的測序結(jié)果與四川大學所提交的序列有較大不同,因此根據(jù)這套序列所設(shè)計的引物是無法從所采集的白唇鹿標本中擴增出條帶的。課題組所提交的引物體系中的白唇鹿引物是經(jīng)過驗證,能夠從所采集到的白唇鹿樣本中擴增出條帶的引物。

        從目前所掌握的情況看,白唇鹿物種應(yīng)該沒有分亞種,因此其個體間的序列差別不應(yīng)該像上述2 套序列數(shù)據(jù)之間的差別那么顯著。至于為什么會出現(xiàn)這種情況,并不在課題組這系列實驗的研究范圍內(nèi),課題組也沒有資源在短時間內(nèi)完全解決這個疑問。

        本研究建立了針對不同鹿科物種的鑒定引物體系,能夠鑒別東北梅花鹿、東北馬鹿、塔河馬鹿、坡鹿、白唇鹿,通過PCR 實驗、測序、方法學驗證,證明了該體系的有效性和可靠性。

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