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        甜玉米過氧化物酶基因多態(tài)性分析

        2019-09-11 02:41:38董安憶楊亞桐牛青敏劉松濤ZendaTinashe段會軍
        種子 2019年8期
        關(guān)鍵詞:凝膠電泳過氧化物甜玉米

        董安憶, 楊亞桐, 牛青敏, 劉松濤, Zenda Tinashe, 段會軍

        (河北農(nóng)業(yè)大學(xué)/華北作物種質(zhì)資源研究與利用教育部重點實驗室, 河北 保定 071001)

        甜玉米(sweeten corn)是普通玉米胚乳基因突變而來的,是玉米種群中的一個變種,由于胚乳中和糖分轉(zhuǎn)化有關(guān)的基因發(fā)生突變,使淀粉合成受阻,導(dǎo)致糖分大量積累。甜玉米比普通玉米具有更高的營養(yǎng)價值,籽粒中富含更多的維生素和氨基酸等營養(yǎng)元素,平均籽粒氨基酸含量比普通玉米高23.2%,蛋白質(zhì)含量比普通玉米高1倍左右,葡萄糖、蔗糖和果糖含量高7倍,硒的含量高8~10倍[1-3]。

        過氧化物酶基因是一個多基因家族,在植物體中活性較高,且在生物界中廣泛存在,與植物的氧化作用、呼吸作用和生長素在體內(nèi)的化學(xué)作用休戚相關(guān)[4-5]。過氧化物酶為細胞抵御活性氧傷害的重要酶系統(tǒng)[6],隨著植物的生長發(fā)育,過氧化物酶工作重心會做出相應(yīng)調(diào)整,用以配合穩(wěn)定生物體代謝過程[7],調(diào)控應(yīng)激反應(yīng)[8],過氧化物酶基因為多基因家族,眾多研究表明通過脅迫刺激可以影響其表達[9-10]。

        國內(nèi)外研究學(xué)者在過氧化物酶研究方面已經(jīng)做了大量的工作。任曉月等基于過氧化物酶多態(tài)性,運用聚丙烯酰胺凝膠電泳垂直板電泳技術(shù)對不同地區(qū)羅布麻進行遺傳多樣性分析,結(jié)果顯示其Rf值在0.547~0.882之間,親緣關(guān)系較近[11]。陳雯等運用聚丙烯酰胺凝膠電泳垂直板電泳技術(shù)對麻瘋樹進行過氧化物酶分析,其遺傳距離在0.72~1.0范圍內(nèi)[12]。劉文倩等對12種不同表型的披針葉八角植物進行過氧化物酶分析,在相似系數(shù)為0.7處可將供試植物分為3類,與其來源地有較高的相關(guān)性[13]。趙廣華對19種木蘭科植物進行過氧化物酶遺傳分析,結(jié)果表明,供試材料被分為4類[14],與《中國植物志》[15]中的分類基本一致。

        表2 10對引物序列

        引物名稱序 列 引物名稱序 列 Pox1F5'-CTCGACCTACAAGGAC-3'Pox1R5'-ATGTAGGCGCTGGTGA-3'Pox2F5'-CTCGACGTCAAGGACCTC-3'Pox2R5'-GCCCATCTTCACCATGG-3'Pox3F5'CAACGAAGACCAACATCGA-3'Pox3R5'-CCTGATCTGTCCCTGCG-3'Pox4F5'-CACCATCAAGAGCGTCATAAC-3'Pox4R5'-TTGGGCGTCGTCGTGT-3'Pox5F5'-GGCGTCGGCGTCG-3'Pox5R5'-ATCGGGAAGCTTCCCCTC-3'Pox6F5'-CCACGCCCTCATCGC-3'Pox6R5'-CATCTGGCCGTGCGTC-3'Pox7F5'-CCTTCTTCTTGCCATCTTGC-3'Pox7R5'-CATATCGCTCCACGACCTTT-3'Pox8F5'-CGAGCTGAGAGTGAATCGATC-3'Pox8R5'-CTTGAACGCCTGGATGAGC-3'Pox9F5'-GACGGTTCTATTGGGAAGAAG-3'Pox9R5'-CATGAAAGTGATGAGATGGC-3'Pox10F5'-CTCATCGTTAACGTCGCATC-3'Pox10R5'-GATGCAAGGAGTATAGTGCAAATG-3'

        注:F為正向引物,R為反向引物。

        雖然利用過氧化物酶基因多態(tài)性(POGP. Peroxidase gene polymorphism)在多種植物中進行了研究,但是在甜玉米種質(zhì)中報道的還很少。本研究利用過氧化物酶保守區(qū)域設(shè)計引物對甜玉米種質(zhì)進行過氧化物酶基因多態(tài)性評價,以明確甜玉米種質(zhì)資源的遺傳多樣性,為甜玉米育種奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        供試的34份材料(表1),均為河北農(nóng)業(yè)大學(xué)玉米育種團隊從全國各地收集。

        1.2 試驗方法

        1.2.1DNA提取與濃度測定

        通過利用CTAB法[15-17]對供試的34份甜玉米進行基因組葉片DNA提取,然后用紫外分光光度計測量DNA的濃度,之后放置在-20 ℃的冰箱中保存以備使用[18-19]。

        1.2.2引物設(shè)計

        基于玉米過氧化物酶cDNA序列設(shè)計引物,這些序列可在National Center for Biotechnology Information(NSBI,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)網(wǎng)站上找到。使用Clustalx 軟件對過氧化物酶cDNA序列進行序列相似性聚類及比對,找到相似性序列即保守區(qū)域序列。根據(jù)正向引物和反向引物的退火溫度調(diào)整引物長度(表2)。

        表1 34份甜玉米自交系

        編號名稱來源編號名稱來源1116379河北18M6-1-6河北2甘甜2甘肅19M5-1河北3紅M7河北20M5-c河北4紫Su5-12河北21石黃甜河北5TS河北22116375河北6保甜1河北23白甜1河北7116359河北24紫Su5-3河北8116329河北25116327河北9超甜玉米-3河北26紫Su5-3-3河北10GT4不詳27116432河北11甘紫甜1甘肅28GT1不詳12M638河北29黃粘甜不詳13超甜-1河北30116394河北14116484河北31MS河北15116377-78河北32HHT海南16116424河北33超甜-2河北17116469河北34116385河北

        1.2.3PCR擴增

        PCR 反應(yīng)體系為 25μL,包括5 ng·μL-1DNA 模板 2μL,10μmol·L-1前后引物各 1μL,10×Buffer 2.5μL, dNTP 1.6μL,TaqDNA 聚合酶0.3μL,去離子水16.6μL,待體系混合均勻后加入1小滴礦物油(全過程在冰盒上進行)。

        PCR 反應(yīng)程序為:95 ℃ 2 min;94 ℃ 1 min,55 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,35 個循環(huán);72 ℃ 5 min;4 ℃保存。PCR 擴增在 Biometra 型 PCR 儀上進行。擴增完成后,放入4 ℃保存。

        圖1 POX 2引物擴增電泳圖

        1.2.4瓊脂糖凝膠電泳

        擴增產(chǎn)物經(jīng)2%的瓊脂糖凝膠電泳進行分離檢測。然后,把電泳完成后的凝膠放入BIO RAD凝膠成像系統(tǒng)(Serial No:721 BR 13708)中進行觀察記錄[20-21]。

        1.3 數(shù)據(jù)分析

        以 0、1 記錄凝膠電泳結(jié)果,在指定遷移位置有帶記為 1,無帶記為 0,缺失記為9,構(gòu)建所有引物擴增結(jié)果數(shù)據(jù)庫。利用SPSS軟件對數(shù)據(jù)進行聚類分析和遺傳相似性分析,構(gòu)建相似性矩陣,利用組內(nèi)聯(lián)接的聚類分析方法研究甜玉米種質(zhì)間的遺傳關(guān)系。

        2 結(jié)果分析

        2.1 擴增結(jié)果分析

        利用10對引物對34 份甜玉米種質(zhì)進行擴增(圖1)。共擴增出了34條DNA條帶,其中多態(tài)性條帶21條,占擴增總帶數(shù)的61.76%,表明10對不同引物組合(表2)的多態(tài)性存在明顯差異(表3)。

        表3 10對引物組合對34份甜玉米材料的擴增結(jié)果

        引物總帶數(shù)多態(tài)性帶數(shù)多態(tài)性頻率/%Pox18675.0Pox25480.0Pox322100.0Pox43133.3Pox53133.3Pox622100.0Pox73266.67Pox82150.0Pox93133.3Pox103133.3總計342161.76

        2.2 基于過氧化物酶基因的遺傳多樣性分析

        據(jù)SPSS軟件統(tǒng)計,34份甜玉米種質(zhì)資源間的遺傳相似系數(shù)顯示,遺傳相似系數(shù)越大表明親緣關(guān)系越近,反之親緣關(guān)系越遠。本試驗遺傳相似系數(shù)變化范圍為0.674~0.978,說明供試材料間遺傳分化不明顯,本試驗甜玉米種質(zhì)資源的遺傳基礎(chǔ)相對狹窄。

        2.3 基于過氧化物酶基因標(biāo)記的甜玉米品種的聚類分析

        根據(jù)遺傳相似系數(shù)矩陣,基于歐式距離對供試玉米自交系進行組內(nèi)聯(lián)接的聚類分析樹狀圖(圖2)結(jié)果顯示,可以將34份甜玉米自交系分為4類,其中第一大類材料包括石黃甜,紫Su 5-3,116375,116329,紫Su 5-12,116359,116484,116377-78和116394;第二大類有GT 4,M 5-c,超甜玉米-3,116469,TS和黃粘甜;第三大類材料包括116379,甘甜2,HHT,超甜-2,白甜1,超甜-1和MS;第四大類材料包括M 638,M 616,116327,紫Su 5-3-3,116432,紅M 7,116385,保甜1,甘紫甜1,116424,M 5-1和GT 1。其中第一大類為普通甜玉米,第二,三,四類為超甜玉米。

        3 討 論

        利用過氧化物酶高度保守區(qū)域設(shè)計引物已應(yīng)用于大豆[22]、煙草[23]、水稻[24]、棉花[25],這為甜玉米遺傳多樣性研究提供了有力的理論指導(dǎo)。劉志雄認為,獲得SSR分子標(biāo)記一般需要建立、篩選基因文庫,克隆測序,引物設(shè)計等,耗費大量人力物力[26]。胡建廣等認為,RAPD引物較短,PCR退火溫度相對較低,重復(fù)性較差[27]。因此,利用SSR或RAPD都存在著一些不足,而本研究利用過氧化物酶保守區(qū)域設(shè)計引物結(jié)果顯示,10對引物共擴增出了34條DNA條帶,其中多態(tài)性條帶21條,占擴增總帶數(shù)的61.76%。其帶型片段顯示重復(fù)穩(wěn)定,說明了該技術(shù)的準確性,高效性。因此,利用過氧化物酶保守區(qū)域設(shè)計引物對甜玉米種質(zhì)進行遺傳分析是一種真實可靠的工具。

        本試驗對34組甜玉米材料進行聚類分析,將其劃分為四大類。其中,超甜玉米姊妹系M 638和M 616被劃分在FCGⅣ中,說明其遺傳關(guān)系較近;親緣關(guān)系較近的紫Su 5-12、紫Su 5-3在一個類群中,其中紫Su 5-3-3不與其在同一類,可能是由于品種混雜,環(huán)境因素也可能是由于所用引物數(shù)量的限制使之未被精確分類等。遺傳相似系數(shù)范圍為0.674~0.978,表明所選材料遺傳基礎(chǔ)比較狹窄,這與馮艷等[28]、張姿麗等[29]的結(jié)果基本一致。因此,要注重甜玉米資源的引進與發(fā)掘,從而拓寬甜玉米種質(zhì)資源多樣性??傊垲惙治隹梢员容^準確快速地對甜玉米進行類群劃分,對甜玉米親緣關(guān)系研究具有一定的參考價值[30]。

        綜上所述,利用過氧化物酶高度保守區(qū)域設(shè)計引物對甜玉米種質(zhì)進行過遺傳多態(tài)性分析,對于甜玉米種質(zhì)資源的研究、改良、優(yōu)化、雜交親本組配具有一定的參考價值。但還應(yīng)結(jié)合甜玉米的田間表現(xiàn)、生理生化指標(biāo)、配合力[31]等來推斷其遺傳多樣性[32],從而深化對甜玉米種質(zhì)資源遺傳多樣性的研究與合理利用。

        圖2 34份自交系基于歐氏距離的聚類分析圖

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