從海水污染的成分分析，我國近岸海域的主要污染因子是無機氮和活性磷酸鹽，成因除了河流和城市生活污水入海，魚蝦貝類海水養(yǎng)殖因素也不容忽視。

未經任何處理的高位水產養(yǎng)殖方式則更容易造成“養(yǎng)殖二次污染”。

營養(yǎng)物污染。目前水產養(yǎng)殖大多都是投喂外源性食物。大量殘餌和養(yǎng)殖生物的排泄物及死亡對水環(huán)境都有影響。有專家指出，在海水網箱中，投喂的干濕飼料約有20%未被食用，成為輸出廢物。而高位養(yǎng)殖方式，殘留食物則更多。殘餌、養(yǎng)殖物糞便中所含的N、P營養(yǎng)物質以及懸浮顆粒物和有機物會成為水體富營養(yǎng)化的污染源。

藥物污染。在水產養(yǎng)殖中常使用抗生素、治療劑、消毒劑和防腐劑等化學藥物來防治病害，清除敵害生物，消毒和抑制污損生物等。據(jù)了解，目前水產養(yǎng)殖中使用的化學藥品已達23種，這些藥物會有相當一部分直接散失到環(huán)境中，在一些水生生物體內產生累積并通過食物鏈放大，對整個水體的生態(tài)系統(tǒng)乃至人體造成危害。