新疆濕地主要有河流濕地、湖泊濕地、沼澤濕地、人工濕地四大類。目前新疆濕地保護率為66.12%。據全國第二次濕地資源調查顯示，新疆濕地總面積394.82萬公頃，位居全國第五。

近年來，新疆濕地保護力度不斷加大，先后出臺《新疆維吾爾自治區(qū)濕地保護與修復工作實施方案》《新疆濕地保護修復工程“十三五”規(guī)劃》《新疆維吾爾自治區(qū)重要濕地確認辦法》等保護與修復措施。目前，新疆已從搶救性保護轉為全面保護，初步形成了以濕地自然保護區(qū)和濕地公園為主體，世界遺產地、風景名勝區(qū)、水產種質資源保護區(qū)、森林公園、沙漠公園等形式為輔的濕地保護格局。