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        人工智能+健康醫(yī)療的研究和應(yīng)用

        2019-06-20 01:23:00胡守興
        軟件和集成電路 2019年4期
        關(guān)鍵詞:結(jié)節(jié)卷積深度

        胡守興

        當今,由大數(shù)據(jù)和深度學習技術(shù)開啟了新一波人工智能熱潮,大數(shù)據(jù)、人工智能技術(shù)在疾病預防篩查和診斷方面的應(yīng)用日趨成熟。本文圍繞醫(yī)療和體檢行業(yè),提出雙驅(qū)動的“人工智能+健康醫(yī)療”的平臺,同時,從影像診斷的角度以肺結(jié)節(jié)檢測的案例出發(fā),研究有關(guān)的技術(shù)現(xiàn)狀。最后對雙驅(qū)動平臺技術(shù)和應(yīng)用進行展望,并提出一些建議。

        一、人工智能概述

        早在1950年,Alan Turing在《計算機器與智能》中就闡述了對人工智能的思考。1956年,“人工智能”這個詞首次出現(xiàn)在達特茅斯會議上,標志著其作為一個研究領(lǐng)域的正式誕生。之后人工智能的發(fā)展經(jīng)歷過一次一次的低谷期。隨著大數(shù)據(jù)的積聚、理論算法的革新、計算能力的提升,人工智能在很多應(yīng)用領(lǐng)域取得了突破性進展,尤其是深度學習作為機器學習研究中的一個新興領(lǐng)域,起初由Hinton等人于2006年提出。2012年,杰弗里·辛頓的學生IIya Sutskever和Alex Krizhevsky在圖片分類比賽ImageNet中,使用深度學習打敗了Google團隊,深度學習的應(yīng)用,使得圖片識別錯誤率下降了14%。同年,谷歌首席架構(gòu)師Jeff Dean和斯坦福大學教授AndrewNg主導著名的GoogleBrain項目,采用16萬CPU來構(gòu)建一個深層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),并將其應(yīng)用于圖像和語音的識別,并獲成功。

        二、人工智能+健康醫(yī)療

        人工智能是一種很好的工具,能夠緩解大健康產(chǎn)業(yè)醫(yī)生資源緊缺的問題,緩解漏診誤診的問題,提高醫(yī)生工作效率,醫(yī)院可以利用人工智能進行范圍內(nèi)居民健康管理。通過人工智能還可以模擬醫(yī)生診療過程并給出診療建議,比如服用日常藥物,掛什么科,或者就近聯(lián)系醫(yī)生等,滿足常見病咨詢需求。這也給患者和醫(yī)生節(jié)省了大量的時間,也保證了生命的安全。隨著社會的高速發(fā)展,人們越來越認識到“防患于未然”,日常保健、定期體檢的重要性。對于健康的重要性,“預防優(yōu)先”的健康觀念日益深入人心,個人體檢的意愿及頻次必將進一步提升。

        三、雙驅(qū)動“人工智能+健康醫(yī)療”平臺

        醫(yī)療人工智能平臺的建設(shè)輔助醫(yī)療機構(gòu)提升服務(wù)水平,平衡醫(yī)療資源,緩解就醫(yī)壓力,特別是醫(yī)療資源匱乏的區(qū)域。醫(yī)療機構(gòu)根據(jù)自身信息化水平選擇不同的建設(shè)模式,幫助提升自身的醫(yī)療服務(wù)水平。人工智能平臺由數(shù)據(jù)、算力、開源框架和算法以及各種技術(shù)構(gòu)成,計算能力為人工智能平臺的運算速度提供保障。其中算法、數(shù)據(jù)和算力、深度學習是帶動本輪人工智能產(chǎn)業(yè)發(fā)展的“三駕馬車”。開源框架是算法的工程體現(xiàn)。

        數(shù)據(jù)驅(qū)動在輔助醫(yī)療影像診斷技術(shù),其應(yīng)用包括而不限于腦瘤分割、肺結(jié)節(jié)檢測、阿茲海默癥檢測、淋巴結(jié)檢測、肺支氣管擴張檢測、X光胸片疾病檢測、肝超聲檢測。以肺結(jié)節(jié)醫(yī)療影像數(shù)據(jù)為例,每位患者平均擁有20~30張片子,在自動識別肺結(jié)節(jié)時常用的計算機視覺模型如殘差神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),它可以使數(shù)十層甚至上百層的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的訓練成為可能,這對計算能力提出了很高的要求。龐大的數(shù)據(jù)量致使計算機的運算時間變得漫長,因此搭建一個超算平臺不僅能縮短運算時間,也能提升醫(yī)療的效率,降低患者的等待時間,可謂至關(guān)重要。

        知識驅(qū)動的構(gòu)建,構(gòu)建了醫(yī)療診斷圖譜,醫(yī)療診斷圖譜的落地是非常有價值的。知識圖譜是典型的大數(shù)據(jù)時代產(chǎn)物,大規(guī)模語義網(wǎng)絡(luò)與大數(shù)據(jù)技術(shù)、深度學習技術(shù)相結(jié)合,正在成為推動人工智能發(fā)展的核心驅(qū)動力,醫(yī)學知識圖譜中具備了知識表示、知識抽取、知識融合和知識推理這4個模塊的關(guān)鍵技術(shù)和研究進展進行綜述。

        開源的Neo4j、Twitter的FlockD、sones的GraphDB等。模式層構(gòu)建在數(shù)據(jù)層之上,是知識圖譜的核心。比如業(yè)界的百度的醫(yī)療大腦和IBM Watson提供了行業(yè)解決方案。

        四、人工智能影像輔助診斷

        人工智能已經(jīng)在肺結(jié)節(jié)、甲狀腺結(jié)節(jié)、乳腺癌、冠狀動脈斑塊、皮膚癌、眼底病、病理等領(lǐng)域取得了諸多成果。早期的肺癌是沒有任何癥狀的,中國70%~80%的肺癌病人一發(fā)現(xiàn)就是晚期,失去了手術(shù)治療的機會,越來越多的肺結(jié)節(jié)在檢查中被發(fā)現(xiàn),雖然大部分肺結(jié)節(jié)為良性病變,但仍有較高比例的早期肺癌,因此需高度重視肺結(jié)節(jié)的篩查。

        肺結(jié)節(jié)篩查工作量大,易漏診誤診,早在人工智能技術(shù)出現(xiàn)之前,人們已經(jīng)嘗試通過各種方式提高影像診斷效率,其中以CAD(計算機輔助決策系統(tǒng))應(yīng)用最為廣泛,它通過專家提取特征,制定分類規(guī)則,建立各種復雜嚴密的數(shù)學模型,實現(xiàn)了對影像的自動分析。公開的有代表性的系統(tǒng)有:ISICAD、SubsolidCAD、LargeCAD、ETROCAD,它們僅能處理和識別非常有限的影像表現(xiàn),魯棒性差,無法自動深層次學習和優(yōu)化。

        1.任務(wù)目標

        基于深度學習的人工智能影像分析技術(shù)解決了傳統(tǒng)CAD的不足,通過廣泛的影像大數(shù)據(jù)訓練,從底層提取特征,能夠?qū)崿F(xiàn)對更加多樣化的影像表現(xiàn)識別并不斷自動優(yōu)化。基于人工智能新的解決方案給醫(yī)學影像分析帶來諸多益處:

        ·高效的處理和分析影像速度,快速給出輔助判斷結(jié)果。

        ·良好的靈敏度(或召回率),降低篩檢中的漏診率。

        2.數(shù)據(jù)集

        LIDC-IDRI是由美國國家癌癥研究所(National Cancer Institute)發(fā)起收集的,目的是為了研究高危人群早期癌癥檢測。該數(shù)據(jù)集中,共收錄了1018個研究實例。對于每個實例中的圖像,都由4位經(jīng)驗豐富的胸部放射科醫(yī)師進行兩階段的診斷標注,會標注三種類別:① >=3mm的結(jié)節(jié),②<3mm的結(jié)節(jié),③>=3mm的非結(jié)節(jié)。

        LUNA16發(fā)布于2016年,是肺部腫瘤檢測最常用的數(shù)據(jù)集之一,它包含888個CT圖像,1084個腫瘤,圖像質(zhì)量和腫瘤大小的范圍比較理想。數(shù)據(jù)分為10個subsets,subset包含89/88個CT scan。LUNA16的CT圖像取自LIDC/IDRI數(shù)據(jù)集,選取了三個以上放射。

        Kaggle數(shù)據(jù)集中有1000張來自高危患者的低劑量肺部CT圖像(dicom格式),每張圖像包含多個胸部的軸向切片;該比賽的任務(wù)是建立一種自動化方法以確定患者是否會在1年內(nèi)被診斷出惡性腫瘤。

        3.候選結(jié)節(jié)檢測

        將高維CT圖降維到一些感興趣的區(qū)域, 比較高概率的召回/提取出候選區(qū)域ROI/region proposal,可以通過3D RPN或語義分割出來。

        語義分割是一個活躍的研究領(lǐng)域,DCNN用于對圖像中的每個像素進行單獨分類,這是由計算機視覺和醫(yī)學成像領(lǐng)域中不同的具有挑戰(zhàn)性的數(shù)據(jù)集所推動。在深度學習革命之前,傳統(tǒng)的機器學習方法主要依靠手工設(shè)計的特征來獨立地對像素進行分類。在過去的幾年里,人們提出了許多模型,證明基于FCN的CNN分割方法為自然圖像分割提供了優(yōu)越的性能。這種方法的主要缺點是多次執(zhí)行大量的像素重疊和相同的卷積。通過在非常大的數(shù)據(jù)集上對遞歸神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(RNN)進行微調(diào),F(xiàn)CN的性能得到了改善。SegNet和DeepLab也是通用領(lǐng)域語義分割常用的方法。

        然而,針對醫(yī)學圖像分割中存在的數(shù)據(jù)不足和類間不平衡等問題,提出了一些針對醫(yī)學圖像分割的深度學習模型。語義醫(yī)學圖像分割最早也是最流行的方法之一被稱為U-NET?;镜腢-NET模型是根據(jù)結(jié)構(gòu),網(wǎng)絡(luò)主要由卷積編碼和譯碼兩部分組成。在網(wǎng)絡(luò)的兩個部分中,基本的卷積操作在relu激活之后執(zhí)行。對于編碼單元中的向下采樣,執(zhí)行2×2最大池操作。在解碼階段,執(zhí)行卷積轉(zhuǎn)置(表示上卷積或去卷積)操作,對特征圖進行上采樣。U-NET的第一個版本被用于從編碼單元crop and copy特征映射到解碼單元。U-NET模型為分割任務(wù)提供了幾個優(yōu)勢。首先,該模型允許同時使用全局位置和上下文。

        其次,它使用很少的培訓樣本,并為分段任務(wù)提供更好的性能。最后,端到端的管道在前向通道中處理整個圖像,并直接生成分割圖。這樣可以確保U-NET保留輸入圖像的完整上下文。

        深度學習方法提出基于U-NET的可用于3D醫(yī)學圖像分割任務(wù)3D UNET體系結(jié)構(gòu),從稀疏標注的體素圖像中學習。三維醫(yī)學圖像分割網(wǎng)絡(luò)另有研究V-NET,它由一個具有殘差連接的FCN組成。醫(yī)學圖像自動分割方法res3dnet是基于殘差網(wǎng)絡(luò)的voxresnet在2016年提出,其中使用深voxewise殘留網(wǎng)絡(luò)進行大腦分割。2017年Kaggle數(shù)據(jù)科學競賽第一名獲獎團隊的則基于3D U-net模型提出了N-Net。

        前饋路徑:由兩層卷積層和四個融合單元構(gòu)成。反饋路徑:由兩層反卷積(裝置卷積)層和兩個融合單元構(gòu)成。Location crop:位置信息可能影響是否為結(jié)節(jié)和是否為惡性的判斷,因而引入輸入數(shù)據(jù)。輸入數(shù)據(jù)大小,并隨機選擇兩種patch:一種為70%的輸入數(shù)據(jù)至少包含一個結(jié)節(jié),另一種為30%的輸入數(shù)據(jù)不含結(jié)節(jié)。其中,patch超出圖像部分用灰度值為170填充。

        對于一些易誤診為結(jié)節(jié)的反例數(shù)據(jù),通過使用hard negative mining方法解決。將不同的patch輸入至網(wǎng)絡(luò)得到不同置信度的輸出映射;隨機選擇N個反例數(shù)據(jù)構(gòu)成候選池;侯選池中的數(shù)據(jù)以置信度值大小排序,且選出top-n的數(shù)據(jù)作為反例數(shù)據(jù)。輸出數(shù)據(jù)且使用非極大值抑制操作來重疊的proposal。損失函數(shù)為交叉熵函數(shù)。為了避免過擬合采用了數(shù)據(jù)增強和正則化操作。

        4.置信檢測

        由于第一階段產(chǎn)生的假陽性區(qū)域,最終將肺結(jié)節(jié)的識別結(jié)果提供給醫(yī)生作為診斷的參考,明確區(qū)分出結(jié)節(jié)與非結(jié)節(jié),以及確定結(jié)節(jié)的性質(zhì)(陽性或陰性腫瘤)。

        置信檢測可以基于3D-NET(NET), 可對更豐富的空間信息進行編碼,通過分層提取更有代表性的特征??梢詰?yīng)用深度殘差網(wǎng)絡(luò)或堆疊google inception來增強網(wǎng)絡(luò)的表達能力。

        MV-CNN:使用多視角卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(multiple view-convolution neural network)-MV-CNN對肺結(jié)節(jié)進行分類。在傳統(tǒng)的圖像識別神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中,輸入通道的數(shù)量取決于圖像的顏色通道的數(shù)量。一般來說,用于分析CT的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)只有一個輸入通道,因為一個CT掃描片是只有一個顏色通道的灰度圖像。肺部結(jié)節(jié)只是整個肺部CT圖像的一小部分,因此可以裁剪多個結(jié)節(jié)視圖,不同的視圖將提供不同的信息。具有小視場的斑塊可以提供結(jié)節(jié)的細節(jié),而具有大視場的斑塊可以提供腫瘤組織周圍的信息。

        置信檢測模型一般采用3D深度卷積網(wǎng)絡(luò)且往往融合多尺度進行集成訓練提升分類的效果。集成學習(Ensemble learning)通過組合幾種模型來提高機器學習的效果。與單一模型相比,在許多著名的機器學習比賽(如 Netflix、KDD 2009 和 Kaggle比賽)中能夠取得很好的名次。LUNA16第二名組采用了多尺度的模型組合學習xgboost的思路,提高了學習的效果。訓練過程還通過數(shù)據(jù)增強來防止過擬合。

        5.性能評價

        通過測量算法的檢測靈敏度和對應(yīng)的每次掃描的假陽性率來進行評估。

        五、行業(yè)和技術(shù)的發(fā)展期望

        基于數(shù)據(jù)規(guī)模小、標注質(zhì)量差、懂算法的不懂醫(yī)療的研發(fā)現(xiàn)狀,以及結(jié)合人工智能本身的特點,談幾點個人的想法和建議:

        1)目前數(shù)據(jù)是行業(yè)發(fā)展的瓶頸,數(shù)據(jù)積累與數(shù)據(jù)共通,是解決問題的關(guān)鍵;

        2)人工智能模型和模式核心創(chuàng)新,降低對數(shù)據(jù)和人工標注的依賴;

        3)建設(shè)人才隊伍,包括科研人才、醫(yī)療專業(yè)性人才和工程化人才;

        4)雙驅(qū)動平臺建設(shè),打通業(yè)務(wù)和數(shù)據(jù)壁壘,構(gòu)建以知識驅(qū)動和數(shù)據(jù)驅(qū)動的優(yōu)勢互補的預防診斷系統(tǒng),并整合對接原有的HIS、PACS系統(tǒng);

        5)從應(yīng)用看,醫(yī)療機器人、虛擬助手、風險預測、智能輔助診斷、細胞分析是未來的熱點,但需要深耕細作,確保質(zhì)量和創(chuàng)新兩不誤。

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