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        QF-PCR對孕婦SMN1基因篩查并應用于產前診斷

        2019-05-05 06:31:42任晨春郭東花梁玥宏王文靖田秀英崔洪艷陳成彬王玲紅楊微微張海霞李曉旭
        國際婦產科學雜志 2019年2期
        關鍵詞:攜帶者雜合基因型

        任晨春,郭東花,梁玥宏,王文靖,田秀英,崔洪艷,陳成彬,王玲紅,楊微微,張海霞,李曉旭

        脊肌萎縮癥(spinal muscular atrophy,SMA)作為最常見的一種常染色體隱性遺傳的致死性神經、肌肉疾病,以發(fā)展性、成對稱性的肌肉無力和萎縮作為主要的臨床特點,近側端肌肉受累嚴重于遠端肌肉,下肢肌肉累及較上肢嚴重[1-3]。在常染色體隱性疾病中,SMA作為最為常見的致死性疾病之一,在新生兒中的發(fā)病率高達1/10 000~1/6 000,且人群致病基因的攜帶水平約為1/60~1/40[4-5]。據(jù)報道,我國SMA攜帶水平在不同檢測人群中也存在差異,約在1/72~1/39之間[6-10]?;純杭彝ヒ话銢]有此類疾病的患者,所以患兒一經出生就給家庭和社會帶來沉重的精神負擔和經濟負擔。在超過95%的SMA患者中,存在SMN1基因的純合性缺失[11],以SMN1的第7和第8外顯子(exon7、8,E7、E8)同時缺失或僅有SMN1 E7缺失為其具體表現(xiàn),約5%的患者是由SMN1發(fā)生其他微小突變后雜合缺失引起。研究表明,造成SMA的首要原因是SMN1基因的缺失,因此檢測SMN1基因的缺失成為SMA分子檢測的首選方法[12]。本研究對孕婦進行SMA無癥狀攜帶者的篩查,對篩查陽性孕婦的胎兒進行產前診斷,尋求篩查和診斷SMA胎兒的新途徑,預防SMA患兒的出生。

        1 對象與方法

        1.1 研究對象選擇2014年12月—2017年10月就診于天津市中心婦產科醫(yī)院產科門診、接受常規(guī)產前檢查孕中期孕婦162例作為研究對象。年齡22~34歲,平均年齡(28.8±2.6)歲;孕周 16~18 周,平均(17.2±0.3)周。夫婦雙方均體健,無SMA相關臨床表現(xiàn)。夫婦雙方簽署知情同意書。

        1.2 方法

        1.2.1 外周血DNA的提取 取孕婦乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝外周血4 mL,利用離心柱法提取DNA,用分光光度儀測定DNA模板質量,-20℃保存以防DNA降解。

        1.2.2 熒光定量聚合酶鏈式反應法(QF-PCR)進行SMN1 E7和E8測定 依據(jù)孟英韜等[13]的設計方案,針對SMN1和SMN2高度相似存在反向重復且僅有的5個特異性堿基差異的特點,設計出2種特異性引物分別為應用于檢測存在于SMN1和SMN2第6內含子到第7內含子之間的4個堿基差異的引物1和應用于檢測位于E8堿基差異的引物2。引物序列如下:引物1,上游5’-AGACTATCAACTTAATTTCTGATC-3’,下游 5’-CTGGTCTGCCTACTAGATAT-3’;引物 2,上游 5’-GTAATAACCAATGCATGTGAA-3’,下游 5’-CTACAACACCCTTCTCACAG-3’。

        PCR反應條件為95℃預變性10 min,40個循環(huán)(以95℃變性15 s、58℃退火60 s為每個循環(huán)條件)。選擇羧基熒光素(FAM)通道和綠色熒光蛋白(VIC)通道用于信號采集。PCR反應后數(shù)據(jù)處理,ΔCT的計算方法:ΔCT=CT_FAM-CT_VIC,ΔΔCT=ΔCT_Sample-ΔCT_Standard(樣本 ΔCT減去 3個標準品ΔCT的平均值)。

        SMN1 E7數(shù)據(jù)結果判讀依據(jù):E7ΔΔCT≤-0.55為未檢出SMN1 E7缺失;-0.55<E7ΔΔCT≤-0.45為臨界值;-0.45<E7ΔΔCT≤0.45 為 SMN1 E7 雜合缺失型;0.45<E7ΔΔCT≤0.80為臨界值;0.8<E7ΔΔCT為 SMN1 E7純合缺失型。SMN1 E8數(shù)據(jù)結果判讀依據(jù):E8ΔΔCT≤-0.55為未檢出SMN1 E8缺失;-0.55<E8ΔΔCT ≤-0.45為臨界值;-0.45<E8ΔΔCT≤0.45為 SMN1 E8雜合缺失型;0.45<E8ΔΔCT≤1.5為臨界值;1.5<E8ΔΔCT為SMN1 E8純合缺失型。

        1.2.3 對篩查陽性攜帶者孕婦配偶進行SMN1 E7、E8檢測對經QF-PCR篩查,基因型為SMN1 E7雜合缺失伴或不伴E8缺失孕婦定為陽性攜帶者,對其配偶進行SMN1 E7及E8檢測。

        1.2.4 采用QF-PCR對羊水標本進行SMN1缺失測定 對夫婦雙方均為陽性攜帶者的孕婦進行羊水穿刺,抽取羊水10 mL,采用常規(guī)方法提取胎兒羊水DNA,采用QF-PCR對DNA模板SMN1 E7、E8缺失情況進行診斷。同時采用多重連接探針擴增技術(MLPA)對胎兒的基因缺失情況進行驗證(本部分實驗由金域醫(yī)學檢驗所檢測)。

        2 結果

        2.1 DNA提取的質量用離心柱法提取外周血DNA,濃度為 22.7~61.4 ng/μL,平均(36.8±12.1)ng/μL,OD260/OD280 在 1.75~1.89 之間。

        2.2 QF-PCR對孕中期孕婦外周血DNA檢測結果在162例孕婦中不存在SMN1 E7、E8同時純合缺失情況。SMN1 E7雜合缺失6例,參照SMN1 E8的檢測情況,這6例E7雜合缺失病例中孕婦編號分別為No.81、No.128、No.130的3例表現(xiàn)為合并E8雜合缺失,孕婦編號分別為No.18、No.89、No.91未發(fā)現(xiàn)E8缺失。故162例孕婦共檢測出6例SMA致病基因攜帶者,攜帶者占樣本總人數(shù)的3.70%(6/162)。在6例攜帶者中,編號為No.128和No.130的孕婦配偶同樣為SMN1缺失的陽性攜帶者,E7和E8都表現(xiàn)為雜合缺失。編號為No.18、No.81、No.89和No.91的4例孕婦配偶全部表現(xiàn)E7、E8正常型。孕婦中陽性攜帶者以及其配偶的基因型檢出結果見表1。No.89孕婦的QF-PCR曲線圖見圖1。

        對父母均為SMN1 E7雜合缺失的高危胎兒DNA采用QF-PCR進行基因診斷,顯示2名胎兒中No.128孕婦胎兒為純合型患者(即SMN1 E7、E8均顯示為純合缺失),No.130孕婦胎兒基因型表現(xiàn)為與父母相同的SMN1 E7雜合缺失同時伴E8雜合缺失(即SMA致病基因攜帶者)。對上述2名胎兒同時采用MLPA方法進行胎兒基因型的驗證,結果表明2名胎兒中No.128孕婦家庭的胎兒基因型為SMN1 E7、E8均為純合缺失;No.130孕婦家庭的胎兒的基因型為SMN1 E7、E8均雜合缺失,其MLPA結果見圖2。兩種方法結果一致。

        3 討論

        我國是出生缺陷高發(fā)國家,據(jù)2017年衛(wèi)生部統(tǒng)計,我國每年出生缺陷率高達5.6%,其中單基因遺傳病占出生缺陷的22.3%,是嬰兒致死致殘的重要原因。因此對單基因遺傳病攜帶者的產前篩查及診斷具有重要的意義。SMA作為一種常見的常染色體隱性遺傳病,給患兒家庭帶來極其嚴重的經濟和精神負擔。本研究對162例孕婦進行SMN1缺失檢測,發(fā)現(xiàn)SMN1缺失的攜帶率約為1/27,高于文獻報道的1/72~1/39[6-10],可能與檢測樣本量有限有關,也可能與天津地區(qū)高攜帶率有關,故對于天津地區(qū)的人群攜帶率需要進一步增加樣本量進行研究。

        表1 篩查SMA攜帶者及其配偶的基因型表現(xiàn)

        SMN1基因缺失是造成SMA的主要原因,對SMN1缺失的檢測方法主要有聚合酶鏈式限制性片段長度多態(tài)性分析技術(PCR-RFLP)、PCR結合變性高效液相色譜技術(PCR-DHPLC)和MLPA等。PCR-RFLP方法雖較為簡單易行,但對檢測SMN1雜合缺失尚存在局限性,僅能對SMN1基因純合缺失的SMA患兒進行分子診斷[14],因而不能應用于人群中進行SMA致病基因攜帶者的篩查;PCRDHPLC存在實驗引物設計較為復雜、實驗背景受重復片段干擾較大、結果判讀困難等缺點,并且對實驗檢測條件要求高。MLPA技術是目前檢測SMN1基因缺失的金標準,有準確度高、特異性強等優(yōu)點[15],不僅能檢出SMN1基因的純合缺失,還可對SMN1基因拷貝數(shù)進行定量分析[16],但對DNA樣本質量要求高、實驗耗費時間較長、實驗結果判讀相對復雜,商品化試劑價格也相對高昂[6],暫難以作為篩查方式在基層衛(wèi)生機構及大規(guī)模人群中普及。QF-PCR因其簡便、快速等優(yōu)點成為檢測基因缺失的又一重要方法,本課題組曾對5個SMA家系分別采用QFPCR和MLPA方法檢測SMN1基因缺失情況,兩種方法結果一致。本研究應用QF-PCR法對孕中期婦女SMN1 E7、E8的缺失情況進行篩查,在保持QFPCR法檢測本身的成本低廉、實驗快速準確、操作步驟簡便、實驗流程不易被污染、可對反應進行實時監(jiān)控、結果判讀較為直觀等傳統(tǒng)優(yōu)勢的同時[17],依靠其完備的實驗方案以及詳盡的數(shù)據(jù)解讀方法,使實驗試劑各異、操作平臺不同、實驗優(yōu)化不同等因素造成實驗重復性差、實驗結果難以通用識別的缺點得到基本克服,但本研究樣本有限,我們將通過增加病例的數(shù)量以進一步研究該方法的敏感度和特異度,評估在人群中篩查的價值以及對產前診斷SMA胎兒的意義。該方法的局限性在于只能檢測基因的缺失,對有SMN1基因突變的攜帶者無法識別,故對有SMA家族史的孕婦應采用QF-PCR法以及基因測序的方法聯(lián)合篩查效果更好。

        圖1 No.89孕婦SMN1基因E7和E8的PCR曲線

        圖2 No.130孕婦胎兒MLPA圖

        本研究建立了SMA攜帶者篩查及對夫婦雙方攜帶者家庭進行產前診斷的流程,采用QF-PCR方法先對孕婦SMN1 E7、E8的缺失情況進行篩查。對篩查出陽性的孕婦定義為攜帶者,然后對其配偶進行SMN1 E7、E8的檢測,若其配偶是陰性的,征詢父母的意見是否做產前診斷,對出生后的嬰兒進行隨訪。若其配偶是陽性的定義為夫婦雙攜帶者,對其胎兒進行羊水穿刺,采用QF-PCR方法診斷胎兒的基因型。本研究162例孕婦共篩查出6例SMA攜帶者,攜帶者占樣本總人數(shù)的3.70%,對其配偶進行檢測,有2例為夫婦雙攜帶者。對這2例胎兒進行產前診斷,1例為純合缺失,診斷為SMA患者,經遺傳咨詢父母決定終止妊娠。另1例診斷為攜帶者,經遺傳咨詢父母決定繼續(xù)妊娠,孕婦于孕39周順產,對嬰兒進行體格檢查未見明顯異常。由此可見,采用規(guī)范的產前篩查及診斷流程對于SMA攜帶者夫婦做出適當?shù)倪x擇以及減少SMA患兒的出生都具有重要的意義。

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