文/劉慶華 李強(qiáng) 編輯/青鳥

李強(qiáng)

上海同濟(jì)大學(xué)附屬東方醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)中心主任，肺部腫瘤臨床診療中心主任，大內(nèi)科及內(nèi)科教研室主任，教授、主任醫(yī)師，博士生導(dǎo)師。世界支氣管病及介入肺臟病學(xué)會(huì)理事，中國醫(yī)師協(xié)會(huì)呼吸醫(yī)師分會(huì)介入呼吸病學(xué)工作委員會(huì)主任委員，中華醫(yī)學(xué)會(huì)呼吸病分會(huì)介入呼吸病學(xué)組副組長。

劉慶華

女，上海同濟(jì)大學(xué)附屬東方醫(yī)院呼吸科副主任醫(yī)師，復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)博士，美國約翰·霍普金斯醫(yī)院訪問學(xué)者。主要從事肺部感染性疾病精準(zhǔn)診治和肺癌等呼吸內(nèi)鏡介入診治工作。為中華醫(yī)學(xué)會(huì)呼吸病學(xué)分會(huì)青年委員、中華醫(yī)學(xué)會(huì)呼吸病學(xué)分會(huì)感染學(xué)組委員、中國醫(yī)師協(xié)會(huì)內(nèi)鏡醫(yī)師分會(huì)呼吸內(nèi)鏡專委會(huì)委員。

隨著基因測序技術(shù)高速發(fā)展，NGS（二代基因測序）成了醫(yī)療領(lǐng)域的熱門詞匯，尤其在感染性疾病的診療中風(fēng)頭正盛——傳統(tǒng)病原微生物檢測速度相對(duì)較慢，如果患者情況危急，這種新技術(shù)或許能為患者多獲一線生機(jī)。本文中提到兩個(gè)病例，患者癥狀均來勢洶洶，但病因難尋，診療舉步維艱……

病例 1

男性，70歲，頭痛伴嗜睡2周，高熱、意識(shí)障礙4小時(shí)余。入院，病程中癥狀進(jìn)行性加重，無噴射性嘔吐，無咳嗽咳痰，發(fā)熱最高達(dá)39℃，不伴畏寒寒戰(zhàn)。意識(shí)模糊，右側(cè)定向凝視，頸項(xiàng)強(qiáng)直，雙肺呼吸音粗，心率93次/分，四肢肌張力增高，克氏征和布氏征（+），雙側(cè)巴氏征可疑陽性。

該患者患什么疾病，病因究竟是什么？肺部感染嗎？檢查后患者肺部影像并沒有看到顯著感染征象，臨床表現(xiàn)也不符合肺部感染，故肺部感染診斷不成立?；颊吒邿?、意識(shí)障礙伴有神經(jīng)系統(tǒng)體征，診斷首先考慮中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染可能。

那么，既然已經(jīng)考慮患者顱內(nèi)感染，感染病原體又是什么？該如何啟動(dòng)抗感染治療？必須盡快明確病原學(xué)診斷，這也是實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)治療和改善患者預(yù)后的首要因素，這肯定要做常規(guī)病原微生物培養(yǎng)。

醫(yī)生即刻啟動(dòng)經(jīng)驗(yàn)性抗感染治療和相關(guān)檢查：顱腦CT、MRI和腰穿?？墒悄X脊液標(biāo)本究竟該如何送檢才可以實(shí)現(xiàn)病原學(xué)的快速精準(zhǔn)診斷？常規(guī)病原微生物培養(yǎng)是肯定要進(jìn)行的一項(xiàng)檢查，但培養(yǎng)結(jié)果出來一般至少需要3天時(shí)間，患者病情危急，所以送檢腦脊液同步送檢病原微生物二代基因測序（NGS）。48小時(shí)后，NGS結(jié)果提示鏈球菌屬（巴黎鏈球菌和巴氏鏈球菌）病原體感染。然而，3天后腦脊液培養(yǎng)結(jié)果顯示陰性。給予患者針對(duì)鏈球菌屬抗感染藥物，治療3天后患者神志逐漸轉(zhuǎn)清，臨床指標(biāo)改善，一周后復(fù)查腦脊液轉(zhuǎn)清，化驗(yàn)指標(biāo)顯著改善，病情穩(wěn)定好轉(zhuǎn)。

可以說，腦脊液NGS向傳統(tǒng)病原微生物培養(yǎng)檢測技術(shù)宣戰(zhàn)，并占領(lǐng)了顱內(nèi)感染的“病原微生物精準(zhǔn)診斷戰(zhàn)場高地”。

病例 2

女性，66歲，反復(fù)咳嗽咳痰近3年。患者近3年來，多次查血沉基本正常，結(jié)核抗體陰性，結(jié)核桿菌T細(xì)胞檢測（-），痰x-pert（-）。曾輾轉(zhuǎn)多家醫(yī)院就診，均考慮肺結(jié)核，擬行抗結(jié)核治療，患者拒絕接受肺結(jié)核診斷和抗癆治療，癥狀時(shí)輕時(shí)重，癥狀重時(shí)就自行口服抗生素治療。

面對(duì)患者訴求，我們必須即刻開啟病原學(xué)精準(zhǔn)診斷之路。傳統(tǒng)的痰檢病原體檢測是必須的，同時(shí)進(jìn)行氣管鏡檢查，觀察肺內(nèi)各支氣管情況，肺泡灌洗獲取下呼吸道標(biāo)本，進(jìn)行病原微生物二代基因測序。

肺泡灌洗液NGS結(jié)果為非結(jié)核分枝桿菌（NTM）（海魚分枝桿菌）感染。

感染性疾病一直以來威脅著人類健康。病原體感染的復(fù)雜多樣，新發(fā)病原體不斷涌現(xiàn)，細(xì)菌耐藥形勢嚴(yán)峻，傳統(tǒng)的病原微生物檢測技術(shù)診斷敏感性、特異性受限，診斷結(jié)果相對(duì)滯后，很多時(shí)候難以獲得病原微生物陽性診斷?？焖倬珳?zhǔn)診斷感染病原體是當(dāng)今亟待解決的臨床問題，“感染性疾病病因診斷”開始面臨巨大挑戰(zhàn)。

臨床宏基因組測序是一種對(duì)臨床樣本中所有核酸進(jìn)行測序，然后從中尋找可能病原體的方法。病原微生物宏基因組學(xué)二代測序（NGS），在盡可能保證樣本中所有核酸都被無差別提取出來的前提下，具有快速獲得病原體種類甚至耐藥信息的能力，可覆蓋細(xì)菌、真菌、病毒、寄生蟲等主要感染病原體，讓感染性疾病的診斷邁向更為廣闊的空間，也為疑難危重感染的快速精準(zhǔn)診斷提供了新希望。

10余年前，至少半數(shù)以上的腦炎病例無法獲得病因診斷，而被稱為“最常見的腦炎是病因不明的腦炎”。作為全新的病原學(xué)診斷技術(shù)，NGS與宏基因組技術(shù)為包括中樞神經(jīng)系統(tǒng)內(nèi)的各種感染性疾病提供了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的途徑。首例腦脊液NGS報(bào)道發(fā)表于2014年，之后相繼有個(gè)案報(bào)道，都取得了令人欣喜的臨床診治結(jié)果。目前，NGS在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染病因診斷方面仍熱火朝天，正進(jìn)行臨床實(shí)踐積累和研究探索。病例1中患者在腦脊液病原微生物培養(yǎng)陰性的條件下，依然獲得了精準(zhǔn)診斷，為疾病精準(zhǔn)治療提供了可靠的依據(jù)。而病例2中的非結(jié)核分枝桿菌（NTM-PD）的發(fā)病率和患病率與日俱增，但是其精準(zhǔn)診斷和鑒別診斷一直困擾著臨床醫(yī)師。傳統(tǒng)的病原微生物培養(yǎng)技術(shù)，面臨著培養(yǎng)周期長、敏感性和特異性欠佳的不足。由此可見，可靠地檢測技術(shù)在NTM疾病診治中占有非常重要的地位，精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時(shí)代的到來，為臨床上這些診治困難的感染性疾病帶來了新曙光。

科技信息高速發(fā)展的今天，技術(shù)的進(jìn)步勢不可擋，而傳統(tǒng)的病原微生物學(xué)診斷手段已經(jīng)不能完全滿足臨床需要。NGS等非培養(yǎng)式的快速精準(zhǔn)檢測技術(shù)，盡管會(huì)面臨結(jié)果判讀、標(biāo)本中人類基因組干擾等各種困難，但已開始悄悄地改變著我們的臨床診治過程，向我們傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測手段發(fā)出了無聲宣戰(zhàn)。