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        基于EST-SSR熒光標(biāo)記和毛細(xì)管電泳檢測技術(shù)分析邵武碎銅茶群體遺傳多樣性與親緣關(guān)系研究

        2019-04-26 12:08:52孔祥瑞王讓劍邱麗玲鄭國華邱陳華
        茶葉學(xué)報(bào) 2019年4期
        關(guān)鍵詞:邵武親緣類群

        楊 軍,孔祥瑞,王讓劍,邱麗玲,鄭國華,邱陳華

        (1.福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所/國家茶樹改良中心福建分中心/農(nóng)業(yè)部福建茶樹及烏龍茶加工科學(xué)觀測實(shí)驗(yàn)站,福建 福州 350012;2.邵武農(nóng)業(yè)農(nóng)村局,福建 邵武 354000)

        邵武碎銅茶又名“觀星茶”也叫“神仙茶”,為有性茶樹群體種,2009年入選為福建省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳認(rèn)定的福建省茶樹優(yōu)異種質(zhì)資源保護(hù)區(qū)。其生長于福建省邵武市和平鎮(zhèn)海拔1000多米的留仙峰山上,生長環(huán)境多為亂石巖縫,制作成綠茶與紅茶品質(zhì)風(fēng)味獨(dú)特,取少量茶與古銅錢一起咀嚼2~3 min,能使銅錢軟化而破碎得名,被稱為世界兩大“奇茶”之一[1]。

        近些年,EST-SSR分子標(biāo)記因來自于功能基因,具有多態(tài)性高、共顯性、重復(fù)性好等特點(diǎn),在資源鑒定與輔助育種中廣泛應(yīng)用[2-5]。茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性與親緣關(guān)系分析是野生茶樹種質(zhì)初步鑒定的重要手段。近些年,利用分子標(biāo)記技術(shù)分別對云南白鶯山茶樹種質(zhì)資源[6]、貴陽花溪古茶樹資源[7]、黔南野生茶樹種質(zhì)資源[8]、香竹簧茶樹王與野生茶樹種質(zhì)資源[9]、貴州古茶樹種質(zhì)資源[10]進(jìn)行研究,結(jié)果表明云南白鶯山茶樹種質(zhì)資源亞群間存在著基因交流;貴陽花溪古茶樹資源由喬木型向灌木型進(jìn)化;黔南野生茶樹種質(zhì)資源遺傳差異較大,遺傳基礎(chǔ)較寬;香竹簧茶樹王與野生茶樹、栽培型茶樹品種之問的遺傳關(guān)系較遠(yuǎn);由于遺傳因素和地理位置不同引起貴州古茶樹資源的遺傳多樣性高。本試驗(yàn)對邵武碎銅茶群體進(jìn)行個(gè)體材料的親緣關(guān)系與遺傳多樣性研究,旨在對邵武茶樹種質(zhì)進(jìn)行初步鑒定,為茶樹育種、雜交親本選配提供初步依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        參試的29份邵武碎銅茶來自于福建省邵武市和平鎮(zhèn)留仙峰。以40個(gè)福建省茶樹良種作為對照(表1),對照樣品采自于福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所。采集各個(gè)材料一芽二葉鮮葉后用液氮迅速冷凍處理,保存在-70℃冰箱中備用。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 農(nóng)藝性狀調(diào)查 農(nóng)藝性狀調(diào)查參考陳亮等[11]撰寫的《茶樹種質(zhì)資源描述規(guī)范和數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)》。

        表1 69份供試材料的名稱與來源

        1.2.2 基因組DNA的提取 采用改進(jìn)的CTAB法[12]提取茶樹基因組DNA。用1.0%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行茶樹基因組分子量大小檢測,用756-MC型紫外分光光度計(jì)測定茶樹基因組DNA的純度(OD260/280比值)。

        1.2.3 引物合成 參照文獻(xiàn)[13]引物序列,序列由上海Sangon公司合成,引物信息見表2。

        1.2.4 PCR擴(kuò)增和產(chǎn)物鑒定 PCR 反應(yīng)體系為:ddH2O18.8 μL,10×Buffer2.5 μL(Mg2+),dNTP(10 mmol·L-1)0.5 μL,上、下游primer(10 μmol·L-1)各0.5 μL,Taq polymerase 0.2 μL(0.5 U),模板DNA 1 μL。PCR反應(yīng)于美國ABI-9600型擴(kuò)增儀上進(jìn)行,熱循環(huán)程序?yàn)椋?4℃預(yù)變性4 min,然后進(jìn)入下列溫度循環(huán):94℃變性45 s,不同溫度條件退火60 s,72℃延伸75 s,重復(fù)35個(gè)熱循環(huán);72℃延伸10 min,最后4℃保存。

        引物統(tǒng)一在反向引物(R)的5′段標(biāo)記熒光(FAM/TAMRA),由上海百力格生物科技有限公司合成。擴(kuò)增產(chǎn)物0.5 μL,GeneScanTM500 ROXTM0.5 μL,HiDi 9 μL,混勻后使用ABI公司3730XL進(jìn)行毛細(xì)管電泳。

        1.2.5 數(shù)據(jù)處理 采用ABI公司的GeneMapper 4.0軟件,選擇GeneScanTM500 ROXTM作為分子量標(biāo)準(zhǔn),對每一個(gè)擴(kuò)增出的條帶記錄大小。運(yùn)用PopGen 3.2軟件計(jì)算Shannon信息指數(shù)(I)和Nei’s基因多樣性指數(shù)(H)。運(yùn)用NTSYSpc2.1中的Tree plot程序進(jìn)行聚類分析。

        表2 20對 SSR 引物及其序列

        2 結(jié)果與分析

        2.1 邵武碎銅茶葉片性狀初步調(diào)查

        從表3中看出邵武碎銅茶種質(zhì)資源,葉身多為平,葉片著生狀態(tài)為稍上斜與水平,葉面以微隆起為主,葉尖以漸尖為主;調(diào)查葉片長寬比值范圍在1.92~3.06,平均值為2.40,推測葉片以橢圓形為主,少量為長橢圓形;葉面積平均值為17.87 cm2,為小葉種,與當(dāng)?shù)胤N質(zhì)資源描述為中葉種有所差異,葉面積大小受葉片調(diào)查代表性、調(diào)查時(shí)間與生長環(huán)境氣候變化相關(guān),推測有性邵武碎銅茶種質(zhì)資源群體為小葉種與中葉種并存。

        2.2 親緣關(guān)系分析

        從相似系數(shù)聚類圖1上看出,69個(gè)參試材料分為8個(gè)類群,除TY286、TY299、TY264外,其它邵武碎銅茶種質(zhì)資源分布于類群A、B、C;D類群主要為閩東地區(qū)綠茶品種資源;E類群主要為黃棪、金牡丹等高香烏龍茶品種資源;F類群主要為閩北烏龍茶品種資源;G類群主要為閩南烏龍茶品種資源;H類群主要為福云系列綠茶品種資源。從整體上看,邵武碎銅茶種質(zhì)資源與福建主要茶樹品種未聚類在一起,分為3個(gè)相對獨(dú)立的類群。與具有云南遺傳基礎(chǔ)的福云系列品種資源相比,邵武碎銅茶跟福建省品種資源親緣關(guān)系相對較近,說明本研究的親緣關(guān)系在一定程度上反映了不同群體資源間遺傳距離的遠(yuǎn)近。同時(shí),邵武碎銅茶種質(zhì)資源具有獨(dú)特的遺傳背景。

        表3 葉片性狀調(diào)查結(jié)果

        注:農(nóng)藝性狀調(diào)查時(shí)間為8月。

        2.3 群體間遺傳多樣性比較分析

        從表4中看出,A-H群體中Shannon遺傳多樣性指數(shù)最高的為B、C群體,推測在群體數(shù)量差不多情況下,邵武碎銅茶種質(zhì)資源遺傳多樣性豐富;Shannon遺傳多樣性指數(shù)最低的為E、F群體。Hardy-Weinberg遺傳偏離指數(shù)D主要反映Ho(觀測雜合度)和He(期望雜合度)之間的平衡關(guān)系,D值越接近0,基因型的分布就越接近于平衡狀態(tài),D值大于0說明存在雜合子過剩,D值小于0,說明存在雜合子缺失現(xiàn)象[14]。類群A、F、G的Ho與對應(yīng)的He相當(dāng),說明這3個(gè)類群基因型的分布就越接近于平衡狀態(tài);類群B、C、D、E、H 的Ho高于對應(yīng)的He,D值大于0,雜合子過?,F(xiàn)象,尤其是類群H的D值最大,屬于親本單一,基本遺傳背景來自與福云系列;整體邵武碎銅茶種質(zhì)資源的D值趨向0,說明邵武資源整體基因型的分布趨向平衡,群體相對穩(wěn)定。

        從群體聚類圖2看出,同屬邵武碎銅茶種質(zhì)資源的類群A、B、C聚類在一起,群體遺傳背景相對一致;類群D、E、F、G聚類在一起,主要為福建審(鑒)定品種;H類群主要為福云系列綠茶品種資源,與其它福建茶樹種質(zhì)資源親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn),說明其云南種質(zhì)資源遺傳基礎(chǔ)起到一定的作用。

        圖1 遺傳相似系數(shù)聚類圖Fig.1 Dendrogram on genetic similarity

        表4 對比11個(gè)群體遺傳多樣性

        圖 2 群體遺傳相似系數(shù)聚類圖Fig. 2 Dendrogram on genetic similarity of various groups

        3 討論

        3.1 遺傳多樣性分析

        茶樹種質(zhì)資源Shannon多樣性指數(shù)是衡量茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性的重要指標(biāo)。91個(gè)云南千家寨不同海拔野生茶樹Shannon多樣性指數(shù)為1.33[15];廣東歷史名茶群體種曲江羅坑茶與豐順馬圖茶Shannon多樣性指數(shù)分別為1.217與1.228[16];38個(gè)湖南黃金茶Shannon多樣性指數(shù)為0.55[17];福建地區(qū)茶樹資源Shannon多樣性指數(shù)為1.16[18];122個(gè)云南野生茶樹Shannon多樣性指數(shù)為0.88[19]。本試驗(yàn)計(jì)算29個(gè)邵武碎銅茶種質(zhì)資源Shannon多樣性指數(shù)為1.1298,與前人研究相比,Shannon多樣性指數(shù)高于湖南黃金茶與122個(gè)云南野生茶樹,低于廣東歷史名茶與91個(gè)云南千家寨不同海拔野生茶樹,初步鑒定說明邵武碎銅茶種質(zhì)資源的群體遺傳多態(tài)性高,多樣性豐富。

        3.2 邵武碎銅茶親緣關(guān)系分析

        29個(gè)邵武碎銅茶種質(zhì)資源與參試對照福建審(鑒)定品種與地方品種均未聚類在一起,說明邵武碎銅茶與福建現(xiàn)有育成品種的遺傳背景差異較大,擁有相對獨(dú)立的遺傳背景,具有較強(qiáng)的育種潛力。除參試材料TY286、TY299、TY264外,邵武碎銅茶種質(zhì)資源主要分為3個(gè)群體,每個(gè)群體的農(nóng)藝性狀、生化成分、適制性茶類等需要進(jìn)一步鑒定與觀察;參試材料整體聚類分析初步看出,人工選育品種多聚類在一起,比如類群E、H,地方品種多聚類在一起,比如類群D、G,同時(shí),綠茶類型多聚類在一起,烏龍茶類型聚類在一起。

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