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        ApDHAR基因的克隆與RT-qPCR 檢測

        2019-04-17 08:39:46周其明張永君張耀亭劉中文朱緒偉
        北方蠶業(yè) 2019年1期
        關(guān)鍵詞:柞蠶電泳產(chǎn)物

        徐 欣 周其明 張永君 張耀亭 劉中文 朱緒偉

        (河南省蠶業(yè)科學研究院,鄭州 450008)

        脫氫抗壞血酸還原酶(dehydroascorbate reductase,DHAR),是維生素C再生途徑的還原酶,DHAR在谷胱甘肽(glutathione,GSH)的作用下,催化氧化態(tài)的抗壞血酸DHA重新還原成抗壞血酸(L-ascorbic acid,AsA)[1]。除了從番茄中克隆到2個DHAR基因外[2],Chen等[3]在煙草和玉米中證明增加DHAR的表達,可以提高植物體內(nèi)抗壞血酸的含量,還發(fā)現(xiàn)超量表達DHAR的轉(zhuǎn)基因植株對臭氧的抗性增加[4]。在小鼠中的同源基因是未命名蛋白產(chǎn)物和谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶,在家蠶中的已有研究認為此基因是 noppera-bo(nobo-Bm,GSTe7),參與家蠶蛻皮激素的合成和幼蟲的發(fā)育,當此基因缺失時會導致幼蟲的生長發(fā)育抑制以及角質(zhì)層為光滑的表現(xiàn)[5]。但是,DHAR作為維生素C代謝途徑的關(guān)鍵酶,在柞蠶體內(nèi)迄今為止沒有相關(guān)研究。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        1.1.1 柞蠶品種

        豫大一號,由河南省蠶業(yè)科學研究院繁育提供。

        1.1.2 主要試劑

        維生素C,粉劑,純度99%,Sigma公司產(chǎn)品;苯基硫脲,粉劑,純度97%,上海源葉生物科技有限公司產(chǎn)品;動物組織總RNA提取試劑盒(RNAprep Pure Tissue Kit),F(xiàn)astQuant cDNA第一鏈合成試劑盒(FastQuant RT Kit(with gDNase)),2×Taq PCR MasterMix,瓊脂糖,GeneGreen核酸染料均為天根生化科技(北京)有限公司產(chǎn)品。

        1.1.3主要儀器 TGL16M高速冷凍離心機,湖南湘立科學儀器有限公司產(chǎn)品;PCR儀(9200型),Applied Biosystems;UV2600紫外可見分光光度計,島津儀器(蘇州)有限公司產(chǎn)品;1600凝膠成像儀,上海天能科技有限公司產(chǎn)品。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 引物設(shè)計

        利用果蠅基因組數(shù)據(jù)庫(FlyBase)、家蠶基因數(shù)據(jù)庫(Silkworm Genome Database)、NCBI等數(shù)據(jù)庫,找到其他物種中DHAR的氨基酸序列,選擇保守結(jié)構(gòu)區(qū)域,結(jié)合 PCR 引物設(shè)計原則,用引物設(shè)計軟件Primer Premier 5.0設(shè)計了ApDHAR基因特異引物,并選擇 RT-qPCR 檢測的內(nèi)參基因柞蠶肌動蛋白基因(Antheraea pernyi Actin,ApA)為內(nèi)參基因(正向引物:CCAAAGGCCAACAGAGAGAAGA;反向引物:CAAGAATGAGGGCTGGAAGAGA),其退火溫度為50°C,循環(huán)數(shù)為30。

        1.2.2 柞蠶蛹總RNA的提取及cDNA的合成

        用ddH2O把研缽、剪刀、鑷子等用具洗干凈,放在恒溫干燥箱內(nèi),160 ℃烘烤4 h。RNA提取前,打開無菌室及潔凈工作臺內(nèi)的紫外燈消毒半小時。使用動物組織總RNA提取試劑盒,按照其說明書方法從柞蠶蛹中提取總RNA,置于-80 ℃中保存?zhèn)溆谩?/p>

        按照FastQuant cDNA第一鏈合成試劑盒說明書的步驟將RNA反轉(zhuǎn)為cDNA,置于-20 ℃中保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2.3 PCR反應(yīng)體系及條件確定

        使用2×Taq PCR Mastermix進行PCR反應(yīng),經(jīng)過對引物核苷酸序列的分析及不同退火溫度(45 ℃、48 ℃、50 ℃、52 ℃、55 ℃)下PCR產(chǎn)物的電泳結(jié)果來確定ApDHAR基因擴增的最佳退火溫度。

        PCR反應(yīng)的循環(huán)數(shù)也是一個必需的參數(shù)。先94 ℃預(yù)變性3 min,再按94 ℃ 50 s,50 ℃ 50 s,72 ℃ 1 min為1循環(huán),待定循環(huán)數(shù)(26、28、30、32、34和36)后,72 ℃繼續(xù)延伸10 min。由此確定ApDHAR基因擴增的最佳循環(huán)數(shù)。

        PCR反應(yīng)體系:

        2×Taq PCR Mastermix 12.5μL

        Forward Primer,10μM 1μL

        Reverse Primer,10μM 1μL

        Template DNA 1μL

        ddH2O to final Volume 25μL

        1.2.4 電泳圖片的獲得

        PCR產(chǎn)物在TAE電泳緩沖液中,以1.0%瓊脂糖凝膠、120-150 V電泳25 min,經(jīng)GeneGreen核酸染料染色后在Tanon-1600凝膠自動成像儀下觀察拍照。

        1.2.5 4齡24 h注射維生素C對ApDHAR基因相對表達量的影響

        根據(jù)前期試驗結(jié)果,維生素C注射劑量梯度為0 mg/g、0.01 mg/g、0.02 mg/g體重,4齡24 h柞蠶,在注射后0 h、1 h、6 h、12 h、24 h共5個時間點提取全蠶RNA,通過測定RNA的OD260/OD280結(jié)合瓊脂糖變性凝膠電泳確定RNA的純度及含量,將所有RNA樣品均稀釋到1 μg/μL,按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒的說明書將RNA反轉(zhuǎn)為cDNA,以各樣品cDNA為模板進行PCR擴增,采用ApA做陽性對照,對ApDHAR基因作差異性表達分析。

        基因的相對表達水平以其PCR產(chǎn)物電泳條帶和ApA基因PCR產(chǎn)物電泳條帶的積分光密度(Integrated Optical Density,IOD)比值表示。所有的實驗均重復(fù)3次,試驗數(shù)據(jù)采用SAS 9.0數(shù)據(jù)分析軟件進行統(tǒng)計分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 反轉(zhuǎn)錄cDNA模板的檢測

        用ApA對提取的柞蠶蛹cDNA進行質(zhì)量檢測,電泳檢測到一條大小468 bp的條帶(圖1),證明可以進行后續(xù)試驗。

        圖1 ApA基因cDNA的PCR產(chǎn)物電泳圖

        2.2 最佳退火溫度和循環(huán)數(shù)的確定

        對于ApDHAR基因在退火溫度46~54 ℃之間每2 ℃為一個梯度,PCR產(chǎn)物均無非特異性條帶,而且在50 ℃時電泳條帶的光強度值最大(圖2左),因此擴增的最佳退火溫度是50 ℃。

        對于ApDHAR基因在24~32個循環(huán)之間每2個循環(huán)為一個梯度,PCR產(chǎn)物均無非特異性條帶,而且在32個循環(huán)時電泳條帶的光強度值最大(圖2右),因此最佳循環(huán)數(shù)為32個循環(huán)。

        圖2 不同退火溫度和循環(huán)數(shù)PCR產(chǎn)物電泳圖譜

        圖3 ApDHAR基因的PCR產(chǎn)物電泳圖譜

        2.3 ApDHAR基因的克隆與測序

        根據(jù)引物最佳擴增條件,運用柞蠶蛹cDNA作為模板進行PCR檢測,到一條大小約860 bp的條帶(圖3),成功克隆到ApDHAR基因,然后送公司測序(測序結(jié)果需要進一步試驗因此沒有列出)。

        2.4 注射維生素C后ApDHAR基因的表達量變化

        有圖4所示,在注射維生素C后1 h時,處理組表達量都比對照組降低,高劑量降低更明顯,說明體外注射維生素C能抑制該基因表達;而且至24 h抑制效果持續(xù)存在,可能與該酶參與的代謝循環(huán)較慢有關(guān)。

        3 小 結(jié)

        經(jīng)過多次引物設(shè)計,擴增到ApDHAR基因,在其他昆蟲中為維生素C再生途徑的還原酶,雖然本試驗初步通過RT-qPCR 檢測其功能,并發(fā)現(xiàn)體外注射維生素C能抑制該基因表達,但測序結(jié)果中其基因序列與其他基因比對結(jié)果并不理想,下一步需要運用RACE方法,擴增基因的全長,以期對基因進行較深入研究。

        圖4 4齡24 h注射維生素C對ApDHAR基因相對表達量的影響

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