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        耐恩諾沙星沙門菌gyrA和gyrB基因的分子特征分析

        2019-03-06 04:25:00,,,,,
        河南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年2期
        關(guān)鍵詞:耐藥

        ,,,,,

        (河南牧業(yè)經(jīng)濟學(xué)院,河南 鄭州 450046)

        沙門菌(Salmonella)是人畜共患病原菌,獸醫(yī)臨床常選用喹諾酮類藥物作為治療沙門菌感染的常規(guī)用藥之一。恩諾沙星是化學(xué)合成的第3代喹諾酮類動物專用抗菌藥,在獸醫(yī)領(lǐng)域應(yīng)用廣泛。但由于臨床的不合理使用,沙門菌對恩諾沙星的耐藥現(xiàn)象在國內(nèi)外頻頻被報道,且耐藥率和耐藥程度呈逐漸上升趨勢[1-3]。

        喹諾酮類藥物主要是通過選擇性抑制細菌的DNA螺旋酶和拓撲異構(gòu)酶Ⅳ來發(fā)揮抗菌作用,其中DNA螺旋酶是喹諾酮類藥物作用的首要靶位,包括A亞單位和B亞單位,分別由gyrA基因和gyrB基因編碼。研究發(fā)現(xiàn),這些基因的突變可導(dǎo)致細菌DNA螺旋酶結(jié)構(gòu)改變,從而使喹諾酮類藥物失去原來的作用靶點。有報道稱,gyrA基因的第67—106位氨基酸突變決定著沙門菌的耐藥性[4-6],但突變位點在不同研究結(jié)果中不盡相同[7-8],因此,進一步探索和證實沙門菌gyrA和gyrB基因中影響喹諾酮類藥物耐藥性的具體突變位點,對于研究沙門菌對喹諾酮類藥物的耐藥機制是十分必要的。本研究從2016—2017年獸醫(yī)臨床分離的18株沙門菌中檢測耐恩諾沙星的菌株,一方面調(diào)查目前獸醫(yī)臨床沙門菌對恩諾沙星的耐藥程度,另一方面分析耐藥菌gyrA和gryB基因的分子特征,以進一步闡明沙門菌對喹諾酮類藥物的耐藥機制。

        1 材料和方法

        1.1 菌種復(fù)蘇

        18株沙門菌于2016—2017年分離自河南省不同地區(qū)畜禽養(yǎng)殖場,其中10株為雞源沙門菌,8株為豬源沙門菌。取保存菌種,按1∶100比例無菌接種于LB肉湯中,37 ℃振蕩培養(yǎng)12~18 h,用接種環(huán)無菌挑取菌液劃線接種于LB瓊脂平板上,37 ℃溫箱倒置培養(yǎng)12~18 h,后挑選單個菌落接種于LB肉湯,37 ℃振蕩培養(yǎng)12 h后,保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2 主要試劑和藥品

        LB肉湯、MH肉湯、SS瓊脂培養(yǎng)基均購自北京奧博星生物技術(shù)有限責任公司;DNA聚合酶(2×TaqPCR MasterMix)、EB核酸染料、DL2000 DNA Marker均購自北京索萊寶科技有限公司;瓊脂糖和TAE緩沖液均購自天根生物科技有限公司;恩諾沙星為河南牧業(yè)經(jīng)濟學(xué)院藥理學(xué)實驗室保存的科研專用原料藥,均在使用有效期內(nèi)。

        1.3 恩諾沙星對耐藥菌株最小抑菌濃度(MIC)的測定

        采用美國臨床實驗室標準化研究所(CLSI)推薦的微量肉湯稀釋法[9]測定恩諾沙星對18株獸醫(yī)臨床分離沙門菌的MIC,選擇大腸桿菌ATCC?25922作為質(zhì)控菌。

        1.4 恩諾沙星耐藥菌株gyrA和gyrB基因的擴增

        1.4.1 菌株基因組DNA提取及PCR引物序列 選擇對恩諾沙星耐藥的菌株,采用煮沸法提取耐藥菌株的基因組DNA。PCR引物序列及擴增片段長度見表1,引物序列由上海生工生物工程有限公司合成。

        表1 恩諾沙星耐藥菌株gyrA和gyrB基因擴增引物

        1.4.2 恩諾沙星耐藥菌株gyrA和gyrB基因的PCR擴增 以基因組DNA為模板,用上述引物進行PCR擴增。采用25.0 μL的PCR反應(yīng)體系:基因組DNA 2.0 μL,上、下游引物各0.5 μL,DNA聚合酶12.5 μL,ddH2O 9.5 μL。PCR反應(yīng)程序:95 ℃預(yù)變性5 min;95 ℃變性1 min,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,共循環(huán)30次;最后72 ℃延伸20 min,于16 ℃保存20 min。將擴增產(chǎn)物置于1.0%的瓊脂糖凝膠中進行電泳,在紫外凝膠成像系統(tǒng)下觀察結(jié)果。

        1.4.3 PCR產(chǎn)物測序及序列分析 將擴增所得gyrA和gyrB基因的PCR產(chǎn)物送至深圳華大基因股份有限公司進行測序,利用DNAMAN軟件將測序結(jié)果與NCBI上公布的沙門菌標準菌株(LT2株)的gyrA和gyrB基因序列進行比對,分析耐藥菌株gyrA和gyrB基因突變情況。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 恩諾沙星對耐藥菌株MIC測定結(jié)果

        根據(jù)CLSI推薦的標準,把MIC≤0.500 μg/mL和MIC≥4.000 μg/mL分別作為判斷菌株對喹諾酮類藥物敏感和耐藥的依據(jù)。MIC的測定結(jié)果見表2,18株獸醫(yī)臨床分離的沙門菌中有11株為敏感菌株,MIC≤0.500 μg/mL;耐藥菌為4株(菌株編號分別為2891、1815、9660、SH40),MIC≥4.000 μg/mL,耐藥率為22.2%;另有3株處于中介狀態(tài),MIC在0.500~4.000 μg/mL。由此可見,沙門菌已產(chǎn)生了普遍且較強的恩諾沙星抗性,高度耐藥菌2891株的恩諾沙星MIC達到敏感菌株的128倍以上。

        表2 恩諾沙星對18株沙門菌株的MIC值

        注:MIC≤0.500 μg/mL為敏感(S);0.500≤MIC≤4.000 μg/mL為中介(I);MIC≥4.000 μg/mL為耐藥(R)。

        Note:MIC≤0.500 μg/mL is sensitive(S);0.500≤MIC≤4.000 μg/mL is intermediary(I);MIC≥4.000 μg/mL is resistant(R).

        2.2 恩諾沙星耐藥菌株gyrA和gyrB基因的PCR擴增結(jié)果

        對4株恩諾沙星耐藥菌株(2891、1815、9660、SH40)進行g(shù)yrA和gyrB基因擴增,均得到625 bp和498 bp的目的條帶,與預(yù)期大小一致,如圖1所示。

        2.3 恩諾沙星耐藥菌株gyrA和gyrB基因的序列分析結(jié)果

        將4株恩諾沙星耐藥菌株(2891、1815、9660、SH40)的gyrA和gyrB基因編碼的氨基酸序列與標準野生型菌株(LT2)進行比對發(fā)現(xiàn),gyrB基因沒有發(fā)生突變,而gyrA基因存在位點突變。如表3所示,在gyrA基因的喹諾酮耐藥區(qū)(QRDR)內(nèi)(第67—106個氨基酸)存在2個位點突變,分別是Ser83→Phe或Leu,突變率達100%;Asp87→Asn,突變率75%。在非QDRD存在1個突變位點,Asn200→Asp,突變率為25%。分析不同菌株的突變情況,發(fā)現(xiàn)恩諾沙星MIC≥16.000 μg/mL的3株菌均是在83、87位出現(xiàn)雙突變(Ser83→Phe、Asp87→Asn),而恩諾沙星MIC為4.000 μg/mL的1株菌則是在83、200位出現(xiàn)雙突變(Ser83→Leu、Asn200→Asp)。

        M:DL2000 DNA Marker; 1:陽性對照; 2—5:耐藥菌株2891、1815、9660、SH40; 6:陰性對照

        菌株StrainsgyrA基因突變位點gyrA gene mutation sitegyrB基因突變位點gyrB gene mutation siteMIC/(μg/mL)LT2NoneNone0.0042891Ser83→Phe、Asp87→AsnNone64.0001815Ser83→Phe、Asp87→AsnNone16.0009660Ser83→Phe、Asp87→AsnNone16.000SH40Ser83→Leu、Asn200→AspNone4.000

        注:None表示未檢測出突變位點。

        Note:None indicates that no mutation site was detected.

        3 結(jié)論與討論

        隨著細菌對喹諾酮類藥物耐藥現(xiàn)象被頻頻報道,臨床耐藥菌株的檢測和耐藥機制的研究也不斷深入[10-12]。本研究從18株獸醫(yī)臨床分離的沙門菌中共檢測出4株恩諾沙星耐藥菌株,其中耐藥程度最強菌株的恩諾沙星MIC達到64.000 μg/mL,可見目前已出現(xiàn)對恩諾沙星高度耐藥的沙門菌,這對臨床防治沙門菌感染帶來了巨大的挑戰(zhàn),同時也提醒獸醫(yī)工作者們要注重臨床合理用藥。

        關(guān)于喹諾酮類藥物的耐藥機制,眾多研究證實,藥物作用靶位基因分子特征的改變與耐藥性的產(chǎn)生密切相關(guān)[13]。QRDR的基因突變被認為是最主要的耐藥機制[14],gyrA基因的點突變主要集中于第67—106位氨基酸[15],然而不同種屬的細菌突變位點和突變情況存在差異。有研究顯示,結(jié)核分枝桿菌gyrA基因的90、91、94位點突變與其對喹諾酮類藥物耐藥的產(chǎn)生密切相關(guān)[16]。大腸桿菌中,有研究表明,gyrA基因的QRDR有義突變常發(fā)生在81、82、83、84、87、106位氨基酸的編碼基因,單位點突變以83位的Ser→Leu最常見,雙位點突變有83、87位氨基酸突變[17-18]。在銅綠假單胞菌的研究中顯示,對環(huán)丙沙星和左氧氟沙星耐藥主要是由于gyrA與gyrB基因的突變以及外排泵mexAB-OprM與mexCD-OprJ表達增加共同作用的結(jié)果[19]。本研究通過分析耐恩諾沙星沙門菌的gyrA和gyrB基因的分子特征發(fā)現(xiàn),gyrB基因未發(fā)現(xiàn)突變位點,與李珂婷[20]用5種喹諾酮類藥物誘導(dǎo)培養(yǎng)沙門菌后其gyrB、parC及parE基因均未發(fā)生突變相似,但gyrA基因在83、87、200位氨基酸出現(xiàn)了位點突變,其中突變頻率最高的是83位氨基酸(Ser83→Phe或Leu),以Ser→Phe最多。4株恩諾沙星耐藥沙門菌中,耐藥程度較強的菌株均是在氨基酸的83位(Ser83→Phe)和87位(Asp→Asn)出現(xiàn)雙突變,而耐藥程度相對較弱的菌株是在83位(Ser83→Leu)和200位(Asn→Asp)出現(xiàn)雙突變,因此提示gyrA基因QRDR區(qū)(第67—106位氨基酸)的雙突變可使沙門菌對恩諾沙星的耐藥性增強,推測原因可能是Asp87的突變可能增強了Ser83位點突變所介導(dǎo)的耐藥性,而非QRDR的Asn200不能發(fā)揮增強耐藥性的作用,但此推斷仍需進一步研究來證實。

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