亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        兩種肌萎縮側(cè)索硬化基因表達(dá)譜差異性比較

        2019-03-05 11:19:54林啟鵬馬立偉
        武警醫(yī)學(xué) 2019年2期
        關(guān)鍵詞:分析

        林啟鵬,朱 茜,馬立偉

        運(yùn)動神經(jīng)元病是指一類能快速進(jìn)展的致死性神經(jīng)變性疾病,能引起大腦皮質(zhì)、腦干及脊髓運(yùn)動神經(jīng)元變性[1-3]。肌萎縮側(cè)索硬化是最常見的運(yùn)動神經(jīng)元病,能引起患者肌萎縮、肌無力、構(gòu)音障礙和呼吸衰竭,通常不伴有感覺受累。大部分肌萎縮側(cè)索硬化患者在確診后2~5年死亡,在美國和歐洲肌萎縮側(cè)索硬化的發(fā)病率分別是5/10萬和2/10萬;其中約10%為家族性肌萎縮側(cè)索硬化,其余均為散發(fā)性肌萎縮側(cè)索硬化[1-3]。研究發(fā)現(xiàn),利魯唑及依達(dá)拉奉能延緩肌萎縮側(cè)索硬化病進(jìn)展,已被美國FDA批準(zhǔn)用于治療該病。目前尚無其他治愈方法[1-3]。

        SOD1基因突變是首個被證實(shí)與肌萎縮側(cè)索硬化疾病發(fā)生相關(guān)的基因突變位點(diǎn)[4]。隨著對肌萎縮側(cè)索硬化疾病的認(rèn)識,越來越多的基因被發(fā)現(xiàn)與肌萎縮側(cè)索硬化相關(guān),包括SOD1、C9orf72、CHMP2B、FUS及TDP-43等[4,5]。C9orf72 和 CHMP2B突變已被證實(shí)與額顳葉癡呆及肌萎縮側(cè)索硬化相關(guān)[6,7];Cox等[7]發(fā)現(xiàn)CHMP2B突變的肌萎縮側(cè)索硬化主要表現(xiàn)為下運(yùn)動神經(jīng)元綜合征;而C9orf72突變的肌萎縮側(cè)索硬化表現(xiàn)為上下運(yùn)動神經(jīng)元均受累[4-6]。本研究通過比較C9orf72 和 CHMP2B突變肌萎縮側(cè)索硬化的表達(dá)譜差異來尋找用于診斷及治療肌萎縮側(cè)索硬化的靶點(diǎn)。

        1 材料及方法

        1.1 差異基因的分析 在GEO數(shù)據(jù)庫中(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)使用“amyotrophic lateral sclerosis”進(jìn)行檢索,獲取2個數(shù)據(jù)集(GSE68605 and GSE19332),并從中挑選C9orf72突變及CHMP2B突變的樣本。從昂飛公司官網(wǎng)下載基因注釋文件,使用R軟件(3.5.0版本)對樣本進(jìn)行分析[8,9]。

        1.2 功能富集分析 對獲得的差異基因采用在線工具DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)進(jìn)行功能富集分析,獲取GO分析及KEGG通路分析結(jié)果[10]。

        1.3 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)及關(guān)鍵蛋白的篩選 使用在線功能STRING(http://string-db.org/)及Cytoscape 3.6.1軟件進(jìn)行分析及可視化蛋白互作網(wǎng)絡(luò)[10];使用Cytoscape 3.6.1軟件中的插件cytoHubba進(jìn)行關(guān)鍵蛋白的篩選[10,11]。

        2 結(jié) 果

        2.1 納入樣本信息 從GEO數(shù)據(jù)庫中獲得2個數(shù)據(jù)集(GSE68605 and GSE19332),從中我們獲得了11個獨(dú)立樣本,其中包含8個C9orf72突變型肌萎縮側(cè)索硬化和3個CHMP2B突變肌萎縮側(cè)索硬化。該樣本的組織均來源于死后患者頸段脊髓的運(yùn)動神經(jīng)元。

        2.2 差異基因分析 經(jīng)過分析,共發(fā)現(xiàn)13個差異基因,其中在C9orf72突變型肌萎縮側(cè)索硬化中表達(dá)水平上升的有CALM2、CALM1、CALM3、MT1X、RP11-480A16.1和RYR2;表達(dá)水平下降的有SLIT2、SEZ6L、SEC22B、WTAP、SAMD12、MALAT1和RAP1GDS1(圖1)。

        圖1 兩種肌萎縮側(cè)索硬化差異基因的熱點(diǎn)分析

        2.3 差異基因功能分析 獲得的13種差異基因經(jīng)DAVID分析后發(fā)現(xiàn)僅有CALM2、CALM1、CALM3 和 RYR2能夠被分類。而這些基因主要參與鈣離子檢測、通過調(diào)控靜息態(tài)鈣離子來調(diào)節(jié)心肌的收縮、調(diào)節(jié)心率、正向調(diào)節(jié)環(huán)核苷酸代謝過程及鈣調(diào)通路等生物學(xué)過程。同時參與了晝夜調(diào)節(jié)、心肌細(xì)胞中的腎上腺素通路、光傳導(dǎo)、催產(chǎn)素信號通路及鈣信號通路等生物學(xué)通路。GO分析及KEGG分析的前10結(jié)果,見表1、2。

        表1 兩種肌萎縮側(cè)索硬化差異基因的功能富集分析(GO分析)

        表2 兩種肌萎縮側(cè)索硬化差異基因所涉及的生物學(xué)通路(KEGG分析)

        使用STING及Cytoscape軟件分析蛋白互作網(wǎng)絡(luò),并使用cytoHubba中的不同算法計算前10關(guān)鍵蛋白,結(jié)果發(fā)現(xiàn)在 MCC、Betweenness、BottleNeck、Closeness、Degree和EPC算法中,CALM1、CALM2和CALM3均位于前10的關(guān)鍵蛋白。圖2展示了不同算法中的前10關(guān)鍵蛋白。

        圖2 兩種肌萎縮側(cè)索硬化cytoHubba算法計算出的前10關(guān)鍵蛋白

        3 討 論

        本研究通過生物信息學(xué)分析C9orf72突變肌萎縮側(cè)索硬化及CHMP2B突變肌萎縮側(cè)索硬化的表達(dá)譜差異,從而尋找用于診斷及治療肌萎縮側(cè)索硬化的生物標(biāo)志物及治療靶點(diǎn)。分析后發(fā)現(xiàn)在C9orf72突變肌萎縮側(cè)索硬化樣本中有6個表達(dá)水平升高的基因及7個表達(dá)水平下降的基因。對其功能進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)主要影響鈣離子通路,并且CALM3、CALM2和CALM1是引起兩種疾病差異的關(guān)鍵蛋白。

        CALM1、CALM2和CALM3基因能編碼鈣調(diào)蛋白;鈣調(diào)蛋白又被稱為delta磷酸化酶激酶,它在多種生物學(xué)過程中起著重要的作用,如神經(jīng)生長、代謝、細(xì)胞凋亡、肌肉收縮、細(xì)胞內(nèi)運(yùn)動、短期和長期記憶、以及免疫反應(yīng)等[12,13]。鈣調(diào)蛋白在腦及心臟中大量存在,而且在多種心臟及癌癥疾病中均發(fā)現(xiàn)CALM基因的突變[12,13]。在心臟疾病合并有兒茶酚胺型多形性室性心動過速、長QT綜合征或特發(fā)性心室顫動的患者常發(fā)現(xiàn)有CALM基因突變[13]。在中樞神經(jīng)系統(tǒng)中,鈣調(diào)蛋白與突觸可塑性及細(xì)胞骨架重塑有關(guān)[12,14-17]。在以往報道中發(fā)現(xiàn),與健康人相比,散發(fā)型肌萎縮側(cè)索硬化患者的鈣調(diào)蛋白表達(dá)水平下降,但在這些散發(fā)的患者中著重排除了SOD1、TARDBP、FUS、VCP、OPTN、UBQLN2或者C9orf72突變的患者[14]。我們發(fā)現(xiàn),鈣調(diào)蛋白在C9orf72突變肌萎縮側(cè)索硬化患者中表達(dá)水平升高,其原因可能與肌萎縮側(cè)索硬化患者上運(yùn)動神經(jīng)元受損相關(guān)。

        本研究采用生物信息學(xué)方法分析兩種類型肌萎縮側(cè)索硬化的表達(dá)譜差異,獲得可能的發(fā)病機(jī)制及治療的靶點(diǎn)。但納入樣本數(shù)少,未經(jīng)過體內(nèi)及體外實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證,可能會對結(jié)果造成影響,希望將來有更多的數(shù)據(jù)可用于分析。

        總之,在C9orf72突變肌萎縮側(cè)索硬化患者中,CALM基因表達(dá)水平上調(diào),這一關(guān)鍵蛋白可能是肌萎縮側(cè)索硬化發(fā)病的重要機(jī)制,也可能是治療該類疾病的重要靶點(diǎn)。

        猜你喜歡
        分析
        禽大腸桿菌病的分析、診斷和防治
        隱蔽失效適航要求符合性驗(yàn)證分析
        電力系統(tǒng)不平衡分析
        電子制作(2018年18期)2018-11-14 01:48:24
        電力系統(tǒng)及其自動化發(fā)展趨勢分析
        經(jīng)濟(jì)危機(jī)下的均衡與非均衡分析
        對計劃生育必要性以及其貫徹實(shí)施的分析
        GB/T 7714-2015 與GB/T 7714-2005對比分析
        出版與印刷(2016年3期)2016-02-02 01:20:11
        網(wǎng)購中不良現(xiàn)象分析與應(yīng)對
        中西醫(yī)結(jié)合治療抑郁癥100例分析
        偽造有價證券罪立法比較分析
        午夜国产精品一区二区三区| 亚洲av有码在线天堂| 人伦片无码中文字幕| 少妇激情一区二区三区久久大香香| 久久99热只有频精品8国语| 久久www免费人成精品| 人妻夜夜爽天天爽三区麻豆AV网站| 一区二区无码精油按摩| 玖玖资源站亚洲最大的网站| 国产无夜激无码av毛片| 九九久久精品国产| 99久久久精品国产性黑人| 久久亚洲精品国产av| 亚洲av永久无码精品网址| 久久夜色撩人精品国产小说| 国产精品专区一区二区av免费看| 9久久婷婷国产综合精品性色| 把女邻居弄到潮喷的性经历| 国产91精品成人不卡在线观看| 国产一区二区黑丝美女| 国偷自拍av一区二区三区| 51国偷自产一区二区三区| 亚洲AV秘 无码二区在线| 中文字幕一区二区在线看| 色欲av永久无码精品无码蜜桃| 中国丰满熟妇av| 中文字幕无码高清一区二区三区| 九九精品国产亚洲av日韩| 欧美性猛交xxxx三人| 国产精品video| 国产成人自拍视频在线观看网站| 真实夫妻露脸自拍视频在线播放| 国产成人无码一区二区在线观看| 2020久久精品亚洲热综合一本| 男女啪啪在线视频网站| 精品国产av色一区二区深夜久久| 精品2021露脸国产偷人在视频| 免费看男女啪啪的视频网站| 亚洲精品无码不卡在线播he| 久久久久亚洲精品无码网址| 国产内射视频在线播放|