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        廣州市腹瀉患者Aichi病毒的檢測及基因型

        2019-01-28 02:23:10文羽祺陳雪姣肖剛何文巧葉育華李泳枝陳清
        實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志 2019年1期
        關(guān)鍵詞:病毒感染基因型糞便

        文羽祺 陳雪姣 肖剛 何文巧 葉育華 李泳枝 陳清

        1南方醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)系(廣州 510515);2南方醫(yī)科大學(xué)第三附屬醫(yī)院(廣州 510630)

        腹瀉(Diarrhea)是指每日排便次數(shù)超過3次(或平日習(xí)慣的頻率),糞便稀薄,水分增加,排便量超過200 g(WHO)。在發(fā)展中國家,腹瀉是五歲以下兒童的主要死因之一[1],也是增加國家負(fù)擔(dān)的重要疾病之一[2?4]。感染是腹瀉的主要病因,尤其以病毒感染最為常見,引起腹瀉的病毒有輪狀病毒,諾如病毒,腺病毒,星狀病毒等。

        Aichi病毒屬于小RNA病毒科、Kobu病毒屬,是單正鏈RNA病毒。根據(jù)Aichi病毒3C/D區(qū)序列的差異性可把其分為A、B和C三個基因型,其中A基因型與B基因型的同源性約為90%。Aichi病毒于1989年在一例食用牡蠣而腹瀉的患者糞便標(biāo)本中首次發(fā)現(xiàn)[5]。隨后在印度,芬蘭,德國,澳洲,泰國等多個國家也有檢出該病毒[6?11]。在我國的蘭州,福建,上海,北京以及新疆地區(qū)的腹瀉患者糞便中也有 Aichi病毒的檢出[12?15]。相比于其他致腹瀉病毒,Aichi病毒的檢出率較低(0.5%~4.1%)[8],然而,多國均有報道成年人血清中Aichi病毒抗體陽性率高達(dá)80% ~ 99%[16?17],表明該病毒的感染比較普遍。因此,有關(guān)Aichi病毒與腹瀉的關(guān)系有必要進(jìn)行更多的研究。目前廣東省人群的病毒腹瀉發(fā)病率較高[18?19],但目前尚未見 Aichi病毒檢出的報道。為了解廣州市腹瀉患者中Aichi病毒的攜帶情況,我們開展了為期4年的基于醫(yī)院腹瀉病人的Aichi病毒監(jiān)測。

        1 材料與方法

        1.1 標(biāo)本從2015年1月到2018年1月,采集南方醫(yī)科大學(xué)某附屬醫(yī)院腹瀉病人的糞便標(biāo)本共1 002份。在收集樣本的同時,讓病人或患兒監(jiān)護(hù)人知情同意并填寫調(diào)查問卷。

        1.2 試劑、儀器病毒RNA提取試劑Trizol(Invit?rogen)、氯仿、異丙醇、DEPC(SIGAM);逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(Roche);PCR試劑GoTaq Green Master Mix(Pro?mega);PCR 儀(SureCycler8800);Gel Doc 1000 凝膠成像儀(Bio?Rad)。

        1.3 病毒RNA提取利用Trizol法提取糞便標(biāo)本中的病毒RNA,將所獲得的RNA標(biāo)記好并保存于?80℃冰箱。

        1.4 RT?PCR分子鑒定將提取的病毒RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,獲得cDNA。通過利用引物對(6261,6779:F5’?ACACTCCCACCTCCCGCCACTA?3’;R5’?GGAAGAGCTGGCTGTCAAGA?3’)擴(kuò)增 Aichi病毒的3C/D區(qū)[5],得到519 bp產(chǎn)物片段。經(jīng)凝膠電泳成像,所得到的可疑陽性PCR產(chǎn)物送公司測序以確認(rèn)其陽性情況。

        1.5 基因序列分析及進(jìn)化樹構(gòu)建將測序結(jié)果通過 Blast,BioEdit,MEGA X 等軟件進(jìn)行分析,并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。參考序列均來源于GenBank中Aichi病毒全序或部分片段。

        2 結(jié)果

        2.1 凝膠電泳經(jīng)3C/D區(qū)RT?PCR的擴(kuò)增,得到的PCR產(chǎn)物,通過凝膠電泳確認(rèn)陽性樣本。陽性樣本的凝膠電泳圖如圖1。

        圖1 GZ1998和GZ2206凝膠電泳圖Fig.1 Gel electrophoresis of GZ1998 and GZ2206

        2.2 Aichi病毒的檢測情況

        2.2.1 Aichi病毒的季節(jié)分布2015年至2018年每月腹瀉患者糞便樣本的采集情況以及Aichi病毒的檢出情況如下表1。

        表1 2015年1月至2018年1月各月份Aichi病毒在腹瀉患者糞便中的檢測情況Tab.1 Detection of Aichi Virus in stool samples of diarrhea patients from Jan.2015 to Jan.2018

        2.2.2 Aichi病毒陽性樣本檢出情況在1 002份腹瀉病人的糞便標(biāo)本中,檢出2例Aichi病毒陽性,檢出率為0.2%。其中1例Aichi病毒陽性標(biāo)本(GZ1998)來自一位36周歲的成年男子,采集時間為2017年3月8日,臨床癥狀有腹瀉、腹痛、腹脹、38°C低熱、乏力、食欲不振,有在外就餐史并且有食用海產(chǎn)品,該病例同時合并諾如病毒感染;而另1例(GZ2206)來源于一位3歲腹瀉兒童,采集時間為2017年7月28日,其臨床診斷為“腹瀉病”,除了腹瀉腹痛無任何其他臨床癥狀,無合并其他病毒感染,見表2。

        表2 Aichi病毒陽性病例的基本特征Tab.2 Characteristics of positive Aichi virus cases

        2.3 核酸序列測定、比對與基因分析結(jié)果本研究中的兩例陽性樣本,GZ1998與GZ2206,的核苷酸序列以及其推導(dǎo)的氨基酸序列已登錄到Gen?Bank,其登錄號分別是 MK071700?MK071701。陽性樣本擴(kuò)增的3C/D區(qū)核酸序列通過Blast軟件與其他Aichi病毒的序列進(jìn)行比對,其中GZ2206樣本毒株與來自意大利的Aichi病毒株(KC488326.1)非常相近,其同源性達(dá)到97.1%;而GZ1998樣本毒株與日本的病毒株(EF079154.1)的同源性高達(dá)99.6%。用MEGA X軟件根據(jù)Aichi病毒3C/D區(qū)的核苷酸序列進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建。如圖3所示。結(jié)果顯示,進(jìn)化樹中的Aichi病毒株主要分為A、B兩個亞型,其中GZ1998屬于A基因型,而GZ2206屬于B基因型。

        圖3 廣州市2株Aichi病毒的系統(tǒng)進(jìn)化分析Fig.2 Phylogenetic analysis of 2 positive samples of Aichi Virus

        3 討論

        本研究通過PCR方法檢測了某醫(yī)院腹瀉門診4年來1 002份腹瀉患者糞便標(biāo)本中的Aichi病毒,但僅檢測出2例Aichi病毒陽性樣本,其檢出率為0.2%,國內(nèi)多數(shù)報道的檢出率在0.6%~1.8%[13],國外報道Aichi病毒的流行率在0.5%~4.1%,說明在腹瀉病例中該病毒的檢出較低。但也有例外,例如我國新疆地區(qū)2013年報告檢出率高達(dá)18.4%,這可能與該研究所用的引物不同,導(dǎo)致其擴(kuò)增產(chǎn)物僅有158 bp[15],而其他研究,包括本研究所擴(kuò)增的產(chǎn)物為519 bp。本研究的結(jié)果與這些結(jié)果相比,檢出率最低,可能是因?yàn)闃颖镜膩碓幢容^局限,僅來源于一家醫(yī)院。雖然病毒核酸檢出率低,但多國均有報道成年人血清中Aichi病毒抗體的陽性率高達(dá) 80% ~ 99%[16?17],表明普通人群普遍存在該病毒的既往感染?,F(xiàn)有的研究結(jié)果提示Aichi病毒感染力較高但對一般人的致病力較低,多數(shù)感染由于沒有明顯的臨床表現(xiàn)而沒有就診,而且容易和其他病毒合并感染從而掩蓋了Aichi病毒感染。

        本研究中1例陽性樣本(GZ2206)來源于一位3歲的男性兒童,除腹瀉腹痛癥狀外,無惡心嘔吐,發(fā)燒等癥狀,無牡蠣食用史,無寄生蟲感染,無合并其他病毒感染。國外有研究在環(huán)境中(如下水道和地表水)檢測到Aichi病毒核酸,并且通過3C/D區(qū)的PCR擴(kuò)增進(jìn)行檢測,檢出率高達(dá)93%[20]。與此同時,在多數(shù)環(huán)境中檢測的Aichi病毒樣本均為B基因型。這提示,該Aichi病例可能是從周圍環(huán)境中感染Aichi病毒。需要在環(huán)境中檢測Aichi病毒核酸的相關(guān)研究以證實(shí)。本研究的另1例陽性樣本(GZ1998)來自一位36歲的成年腹瀉男子,該患者不僅伴有發(fā)熱、腹痛、乏力、食欲不振等癥狀,同時在近期食用過海產(chǎn)品。以往研究表明,Aichi病毒感染與食用海鮮(如:牡蠣)有關(guān),且此類研究中所報道的Aichi病毒多屬A基因型。此外,該病例還合并諾如病毒感染。諾如病毒是引起人類非細(xì)菌性腹瀉的主要原因之一,其主要癥狀包括惡心、嘔吐、發(fā)熱、腹痛和腹瀉[21?22]。該病人的癥狀基本上符合諾如病毒感染的臨床表現(xiàn),而其出現(xiàn)的乏力與食欲不振癥狀可能是兩種病毒合并感染所導(dǎo)致的。兩個病例的發(fā)病時間一個在3月另一個在7月,與廣州其他報道的常見致瀉性病毒的發(fā)病有明顯季節(jié)性不同[23],目前的結(jié)果無法證明Aichi病毒的檢在時間上有季節(jié)規(guī)律。

        通過Blast結(jié)果表示,本研究中Aichi病毒株GZ2206和來自意大利的病毒株同源性高達(dá)97.1%。它同時也與幾株來源于中國和澳大利亞的病毒株有很高的同源性。根據(jù)序列分析和基因進(jìn)化分析結(jié)果,本研究的病毒株GZ2206與來自福建、蘭州、上海、北京等中國地區(qū)以及澳大利亞、意大利的Aichi病毒株聚為一簇,表明其同源性高,可能來源于同一個祖先。而病毒株GZ1998和來自日本的多個病毒株具有很高的同源性,表明該病毒株和日本流行的病毒株有較親近的關(guān)系。該病例食用過海產(chǎn)品,懷疑該病毒株可能來源于受病毒污染的海產(chǎn)品。

        本次研究證實(shí),廣州市首次檢測出A、B兩種基因型的Aichi病毒,并且首次在中國內(nèi)地檢出A基因型的Aichi病毒。目前廣東省內(nèi)沒有該病毒的流行,但是由于本次的樣本采集地點(diǎn)和人群較為局限,還需要更廣泛的實(shí)驗(yàn)研究對廣東省內(nèi)Aichi病毒流行情況進(jìn)行更進(jìn)一步的研究。

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