1945年8月15日，日本宣布無條件投降。在接下來的近3年時間里，遠東國際軍事法庭對二戰(zhàn)日本甲級戰(zhàn)犯進行了審判。然而731部隊的所有成員，沒有一個人被起訴、審判，甚至在東京審判的整個過程中，都沒有提及“日軍731部隊”。

1981年秋，一位叫約翰·W·鮑威爾的美國記者發(fā)表了一篇論文，揭露這其實是一樁骯臟的交易：石井四郎為首的731部隊，以向美國提供細菌戰(zhàn)資料為條件，逃過了東京審判。世界為之嘩然。

實際上，早在太平洋戰(zhàn)爭之前，美國的軍事情報機關(guān)就得知了日本在進行細菌戰(zhàn)的研究。

美軍占領(lǐng)日本后，迅速通過各種途徑找到了不少日軍細菌戰(zhàn)部隊的專家和將領(lǐng)，特別是石井四郎被美軍情報部門發(fā)現(xiàn)并抓捕。但石井四郎等人并不配合審訊，因為他們意識到自己對美軍的“價值”，在待價而沽。石井四郎、增田知貞等731部隊核心人員，私下通過參與美軍審訊的日本翻譯龜井貫一郎向美軍情報官員報價：“我們愿意合作……如果你能向我們提供書面豁免保證的話，也許我們能弄到所有的情報?！?/p>

為了迫使美國同意赦免細菌戰(zhàn)研究者的戰(zhàn)爭罪責，日本人還打出了蘇聯(lián)牌。當時冷戰(zhàn)已經(jīng)開始，他們非常清楚美國對蘇聯(lián)的敵意，因此增田知貞語帶威脅地向美軍審訊者表示：“如果我們與某個共產(chǎn)主義分子聯(lián)系的話，他有可能告訴蘇聯(lián)人?！?/p>

這樣的“要挾”確實切中美國心理。麥克阿瑟1947年3月21日給美國政府的一份報告中稱：“遠東國際軍事法庭的蘇聯(lián)檢察官要求審問在中國東北地區(qū)的哈爾濱市近郊從事細菌戰(zhàn)研究的石井中將、菊地大校、太田大?！麄儚娏乙蠓窒砻绹@得的有關(guān)（細菌戰(zhàn)的）情報……蘇聯(lián)的要求表現(xiàn)出對731部隊大量生產(chǎn)鼠疫菌、霍亂菌以及鼠疫跳蚤的興趣。”

在美國的庇護下，石井等人終于挺到了1948年3月。從那時起，遠東軍事法庭不再接受新的證據(jù)。

作為對美國的回報，石井四郎等人交出了他們所掌握的日方細菌戰(zhàn)情報。

美國將從日本得來的細菌戰(zhàn)成果，可能最早用于朝鮮戰(zhàn)爭。細菌專家陳文貴指出：美軍在朝鮮使用的細菌武器和日軍在常德使用的“極其相似，而且規(guī)模更大”。